genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18592877--18593011	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
18592823--18593012	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
18603270--18603329	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
18603368--18603419	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
18606766--18607014	6	40.3	6	68	17	127	46	14	19	19	1.84
18606766--18606960	25	7.9	25	72	14	115	47	14	18	18	1.83
18606775--18606900	37	3.4	37	78	6	132	47	14	19	18	1.82
18606787--18607014	31	7.4	31	70	15	166	45	14	19	19	1.85
18606794--18606984	19	9.6	19	69	20	106	46	15	19	19	1.85
18606787--18607014	62	3.7	62	91	0	366	45	14	19	19	1.85
18606848--18606930	37	2.2	37	85	4	105	44	14	20	20	1.86
18606913--18606984	37	1.9	37	82	0	90	47	16	16	19	1.83
18607132--18607239	27	4.0	26	79	5	99	37	19	23	20	1.95
18607398--18607462	22	3.0	22	80	8	78	30	23	26	20	1.98
18608005--18608117	27	4.2	27	85	4	156	27	18	15	38	1.92
18607977--18608117	54	2.6	54	83	4	160	27	19	16	36	1.93
18608138--18608279	27	5.3	27	85	6	180	29	9	21	38	1.86
18608113--18608279	54	3.1	54	84	1	138	31	8	21	38	1.84
18617698--18617922	124	1.8	124	84	1	308	31	10	23	34	1.89
18617917--18618046	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
18625966--18626095	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
18625928--18626095	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18632973--18633060	45	2.0	45	88	0	131	26	22	25	26	2.00
18636139--18636357	41	5.4	42	81	5	173	34	14	26	24	1.94
18636136--18636357	81	2.7	82	79	10	222	34	14	27	23	1.94
18637818--18637851	18	1.9	18	94	5	61	29	14	11	44	1.81
18639306--18639341	8	4.4	8	89	3	54	8	13	22	55	1.65
18646126--18646311	40	4.7	40	84	6	209	25	26	22	25	2.00
18648990--18649107	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
18648958--18649121	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
18656524--18656641	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
18656492--18656655	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
18659058--18659160	28	3.7	28	90	0	152	29	33	13	24	1.93
18659220--18659253	18	1.9	18	88	5	52	17	38	23	20	1.93
18662525--18662953	50	8.5	51	75	7	306	31	26	16	25	1.97
18662719--18662799	26	3.2	26	66	25	73	32	27	13	27	1.94
18662517--18662911	151	2.6	151	89	1	587	30	26	17	25	1.98
18662725--18662906	101	1.8	101	87	2	276	31	26	15	26	1.96
18667124--18667422	47	6.3	47	90	3	413	31	9	31	28	1.88
18673173--18673282	49	2.2	49	83	0	130	33	26	13	26	1.93
18680642--18680743	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
18688529--18688630	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
18693096--18693197	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
18700887--18700949	23	2.7	23	77	2	72	38	26	11	23	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18700887--18700971	24	3.6	24	77	1	91	34	27	14	24	1.94
18702533--18702658	42	3.0	42	84	3	137	38	19	12	30	1.89
18708047--18708225	89	2.0	89	97	0	340	27	25	12	34	1.92
18708431--18708458	12	2.3	12	100	0	56	50	25	0	25	1.50
18708726--18708817	48	1.9	48	86	4	132	31	22	15	30	1.95
18713198--18713365	46	3.6	45	77	12	171	29	29	20	21	1.98
18713199--18713369	93	1.8	93	91	0	279	29	29	20	21	1.98
18721004--18721170	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
18728488--18728654	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
18730654--18730692	19	2.1	19	95	0	69	53	17	5	23	1.63
18739299--18739401	29	3.6	29	82	2	100	30	33	15	21	1.94
18741254--18741491	23	10.0	24	88	4	342	28	21	22	28	1.99
18741275--18741491	47	4.6	47	92	2	346	28	20	22	29	1.98
18741540--18741586	20	2.3	20	92	0	76	34	19	10	36	1.86
18741623--18741670	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
18744534--18744661	42	3.0	42	87	3	159	38	17	12	32	1.87
18750570--18750660	42	2.2	42	88	7	132	30	26	17	25	1.97
18755744--18755892	42	3.6	41	86	4	194	24	15	26	32	1.95
18755875--18755929	28	2.0	28	92	0	92	25	14	30	29	1.95
18759278--18759317	20	2.0	20	85	9	55	27	25	20	27	1.99
18761586--18761761	46	3.8	46	79	4	219	21	21	29	28	1.98
18761583--18761753	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18765656--18765688	16	2.1	16	88	11	50	30	6	0	63	1.18
18766499--18767657	588	2.0	586	93	1	2000	36	17	13	31	1.89
18768328--18768491	71	2.3	71	98	0	319	18	28	18	34	1.95
18768328--18768525	71	2.8	70	90	3	240	20	28	17	33	1.96
18776671--18776706	17	2.1	17	94	0	63	52	11	13	22	1.72
18784357--18784397	21	2.0	21	100	0	82	26	4	19	48	1.69
18789964--18790054	34	2.7	33	78	11	87	38	0	14	47	1.44
18789988--18790054	34	1.9	35	90	3	109	43	0	14	41	1.46
18790137--18790655	126	4.2	126	87	2	708	38	15	16	29	1.90
18790156--18790652	251	2.0	250	87	2	719	39	16	16	27	1.90
18793872--18793902	16	1.9	16	100	0	62	38	0	22	38	1.54
18794117--18794163	21	2.2	22	84	3	60	46	0	4	48	1.21
18794108--18794171	31	2.1	30	82	8	76	48	0	3	48	1.17
18796918--18796955	16	2.4	16	86	0	58	47	18	23	10	1.79
18797171--18797289	29	4.2	29	77	6	127	29	14	29	26	1.95
18797175--18797287	58	2.0	57	84	5	147	29	15	30	25	1.95
18802601--18802628	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
18803095--18803214	39	3.1	39	80	4	127	22	19	28	30	1.98
18814255--18814286	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
18814255--18814285	14	2.2	14	100	0	62	19	0	0	80	0.71
18818708--18818745	5	7.8	5	91	5	60	15	0	0	84	0.63
18826949--18827113	27	6.1	26	86	6	213	17	24	21	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18826949--18827109	54	3.0	54	93	1	270	17	24	22	36	1.95
18832590--18832630	8	5.1	8	87	0	64	39	21	26	12	1.89
18832586--18832644	16	3.7	16	88	0	73	44	18	25	11	1.84
18832587--18832644	24	2.4	23	73	18	55	43	18	25	12	1.85
18832855--18832949	29	3.3	29	79	4	95	31	11	29	27	1.92
18834220--18834366	37	4.0	37	82	2	154	38	18	13	29	1.89
18834222--18834372	74	2.1	73	82	1	176	38	17	14	29	1.90
18834237--18834391	74	2.1	74	80	4	170	40	17	11	30	1.85
18837129--18837261	56	2.4	56	93	0	230	37	24	11	26	1.89
18837611--18837666	25	2.2	25	96	0	103	39	16	0	44	1.47
18837611--18837675	25	2.6	25	90	2	85	40	16	1	41	1.58
18840566--18840834	46	5.8	46	74	14	248	21	19	29	29	1.98
18840562--18840827	93	2.9	93	93	2	453	21	19	30	28	1.98
18840621--18840780	47	3.4	47	76	14	195	20	18	31	30	1.96
18841931--18841964	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
18844027--18844251	124	1.8	124	84	1	308	32	10	22	34	1.89
18844246--18844375	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
18853275--18853423	42	3.5	43	78	4	142	28	22	14	34	1.94
18856931--18857154	40	5.7	40	87	5	269	25	27	22	24	2.00
18856931--18857154	78	2.8	81	82	8	282	25	27	22	24	2.00
18856931--18857154	118	1.9	120	82	7	287	25	27	22	24	2.00
18864973--18865197	40	5.7	40	88	4	271	25	26	21	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18864940--18865145	80	2.6	80	83	8	251	25	26	20	27	1.99
18869234--18869290	22	2.6	22	77	2	71	36	19	24	19	1.94
18874276--18874340	32	2.0	32	100	0	130	41	0	3	55	1.15
18877003--18877040	19	2.0	19	85	10	51	36	23	5	34	1.78
18878292--18878372	41	2.0	41	97	0	153	19	12	19	48	1.80
18881155--18881214	30	2.0	30	100	0	120	33	23	3	40	1.71
18884539--18884577	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
18886119--18886179	22	2.9	22	80	4	72	32	19	27	19	1.96
18887994--18888025	16	2.0	16	100	0	64	31	18	12	37	1.88
18889030--18889075	22	2.1	22	84	8	58	65	6	0	28	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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