genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.275.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87202328--87202387	20	3.0	19	80	11	68	45	13	8	33	1.73
87205263--87205372	26	4.2	26	91	0	175	33	6	24	35	1.81
87211730--87211782	26	2.0	26	100	0	106	33	0	22	43	1.54
87212534--87212583	26	1.9	26	88	8	75	22	14	4	60	1.51
87217468--87217492	7	3.6	7	100	0	50	44	0	0	56	0.99
87225227--87225265	12	3.2	12	85	0	51	25	7	28	38	1.83
87231449--87231532	42	2.0	43	85	2	116	15	35	25	23	1.94
87232963--87233014	16	3.2	16	88	0	68	38	5	26	28	1.79
87232996--87233083	44	2.0	46	86	8	128	32	5	26	35	1.80
87233170--87233220	26	2.0	25	84	3	66	43	0	3	52	1.19
87237503--87237545	22	2.0	22	95	0	77	53	13	20	11	1.71
87238026--87238078	23	2.3	23	86	0	79	54	11	16	16	1.70
87240472--87240615	18	7.9	18	89	4	211	36	15	11	36	1.83
87240472--87240615	35	4.0	36	94	4	238	36	15	11	36	1.83
87240982--87241486	205	2.5	205	91	0	814	29	20	17	31	1.96
87241473--87241567	44	2.2	44	84	0	127	26	28	15	29	1.96
87241509--87241952	132	3.4	132	94	0	746	26	25	18	29	1.98
87241502--87241952	44	10.2	44	73	10	341	26	25	18	29	1.98
87242843--87242912	1	70.0	1	71	0	50	8	5	0	85	0.73
87242859--87242900	6	6.8	6	84	15	59	14	0	0	85	0.59
87242858--87242912	12	4.4	12	80	8	65	10	1	0	87	0.63
87242858--87242901	20	2.2	20	96	4	81	13	0	0	86	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87248702--87248751	26	1.9	26	87	0	73	62	0	2	36	1.07
87249506--87249596	19	4.9	19	86	8	134	36	15	9	38	1.81
87249518--87249588	35	2.0	36	94	2	126	36	15	11	36	1.83
87249520--87249575	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
87249518--87249604	36	2.5	35	87	9	106	36	14	11	36	1.83
87249800--87249840	21	2.0	21	95	0	73	17	14	17	51	1.77
87251661--87251705	24	2.0	22	82	8	54	35	2	4	57	1.31
87252866--87253001	26	5.2	25	88	7	200	33	2	24	39	1.70
87252866--87253001	52	2.6	52	94	0	236	33	2	24	39	1.70
87255666--87255791	64	2.0	65	96	1	236	18	44	3	33	1.68
87262146--87262173	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
87274094--87274359	132	2.0	132	86	5	369	22	20	16	40	1.91
87276539--87276585	19	2.4	20	85	3	60	44	2	6	46	1.40
87276539--87276585	10	4.8	10	79	12	53	44	2	6	46	1.40
87278113--87278156	19	2.4	18	84	3	52	75	13	9	2	1.14
87283602--87283631	14	2.1	14	93	0	51	30	13	10	46	1.75
87283662--87283703	19	2.2	19	86	4	57	26	19	7	47	1.74
87291612--87291777	66	2.5	66	86	1	237	31	19	10	38	1.86
87292093--87292244	44	3.5	44	72	10	141	34	23	23	19	1.97
87296901--87296956	26	2.2	26	83	6	69	60	5	0	33	1.19
87300471--87300560	45	2.0	46	84	6	121	30	17	8	43	1.80
87304618--87304722	26	4.2	25	91	6	176	33	6	23	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87306193--87306244	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
87310342--87310449	26	4.2	26	92	0	180	32	7	23	37	1.82
87315246--87315281	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
87315698--87315736	5	7.8	5	100	0	78	41	17	0	41	1.50
87317682--87317742	30	2.0	32	84	12	83	42	0	6	50	1.28
87319011--87319294	90	3.2	90	84	3	356	28	7	13	51	1.67
87322554--87322596	21	2.1	20	87	12	61	48	20	11	18	1.79
87324144--87324253	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
87325000--87325614	64	10.1	63	81	9	656	30	7	1	59	1.36
87325036--87325521	63	8.1	54	70	20	190	31	7	1	59	1.36
87325036--87325148	53	2.1	53	86	1	154	32	7	3	55	1.46
87325088--87325614	63	8.6	64	84	7	596	30	7	1	59	1.37
87325145--87325252	33	3.3	33	69	20	109	30	6	1	61	1.32
87325153--87325255	30	3.3	30	66	19	84	33	5	1	59	1.32
87325088--87325613	182	2.8	180	85	7	637	30	7	1	59	1.37
87325114--87325614	119	4.1	122	83	7	522	30	7	1	60	1.34
87325350--87325457	23	5.1	22	66	20	61	32	8	0	59	1.27
87327785--87327864	39	2.1	39	100	0	160	36	2	11	50	1.52
87330920--87330964	14	3.2	14	81	9	56	64	4	4	26	1.32
87330969--87331009	19	2.2	19	86	8	57	73	7	4	14	1.22
87333081--87333165	43	2.0	43	100	0	170	28	23	17	30	1.97
87334188--87334218	12	2.6	12	94	0	53	32	22	19	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87338148--87338416	49	5.5	49	83	2	299	27	13	23	35	1.92
87340273--87340315	20	2.2	20	82	0	50	41	6	0	51	1.29
87341993--87342123	54	2.4	54	81	5	165	25	24	17	32	1.97
87343613--87343650	17	2.2	18	90	4	60	44	0	0	55	0.99
87344795--87344829	10	3.5	10	88	0	52	0	8	48	42	1.33
87344798--87344824	14	1.9	14	100	0	54	0	11	51	37	1.37
87349268--87349295	5	5.6	5	100	0	56	21	0	0	78	0.75
87350764--87350794	16	1.9	16	93	0	53	12	6	6	74	1.21
87353414--87353438	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
87354525--87354594	30	2.4	29	81	9	79	62	7	2	27	1.35
87356200--87356224	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
87362376--87362422	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
87362705--87362735	13	2.3	14	94	5	55	64	6	0	29	1.18
87362731--87362777	17	2.8	17	83	6	51	63	0	4	31	1.13
87362830--87362886	24	2.4	25	80	11	66	54	3	3	38	1.35
87362949--87363000	25	2.1	24	82	3	59	65	0	5	28	1.16
87363139--87363227	20	4.3	20	72	17	58	62	1	5	30	1.25
87363212--87363247	15	2.4	15	95	0	63	63	0	2	33	1.08
87367087--87367134	17	2.8	16	75	25	53	77	6	4	12	1.11
87368410--87368449	17	2.4	17	86	0	53	57	2	10	30	1.45
87368727--87368773	18	2.6	17	78	18	51	65	2	0	31	1.04
87369800--87370128	44	7.6	44	81	8	370	27	27	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87369829--87370128	86	3.5	84	79	8	336	28	26	15	30	1.96
87369809--87370142	128	2.6	127	81	7	413	28	26	15	29	1.96
87370045--87370360	169	1.9	169	85	1	434	30	24	14	30	1.95
87369811--87370297	215	2.3	212	80	7	524	29	25	15	29	1.96
87370214--87370297	44	2.0	42	85	4	114	29	22	14	33	1.93
87370089--87370442	169	2.1	168	81	7	412	30	23	14	31	1.95
87382572--87382624	17	3.2	17	78	2	54	58	1	7	32	1.37
87384051--87384083	17	1.9	17	88	11	50	15	9	42	33	1.78
87384305--87384329	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
87384287--87384340	23	2.3	23	78	12	65	74	0	3	22	0.98
87395131--87395165	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
87409707--87409734	14	2.0	14	100	0	56	64	0	7	28	1.20
87409760--87409849	47	1.9	47	84	4	119	53	6	5	34	1.51
87409804--87410036	60	3.8	59	84	6	272	53	3	9	33	1.50
87409804--87410036	122	1.9	120	86	5	335	53	3	9	33	1.50
87410280--87410313	12	2.8	12	90	4	50	0	23	0	76	0.79
87410281--87410313	16	2.0	17	88	5	50	0	24	0	75	0.80
87417232--87417270	20	2.0	20	100	0	78	20	20	15	43	1.88
87423292--87423357	33	2.0	33	96	0	123	22	24	13	39	1.90
87429866--87429924	17	3.5	17	70	25	54	64	0	1	33	1.04
87430407--87430521	17	6.5	17	86	6	158	36	13	10	40	1.78
87430407--87430530	35	3.5	35	85	9	162	37	13	9	39	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87430407--87430530	52	2.3	53	90	5	196	37	13	9	39	1.78
87430929--87431439	83	6.1	83	97	0	941	26	20	20	32	1.97
87431482--87431802	83	3.9	83	93	2	526	26	19	19	33	1.96
87431197--87431719	280	1.9	284	94	2	937	27	19	19	33	1.96
87431114--87431927	363	2.2	364	94	2	1423	27	19	19	33	1.96
87431726--87432306	119	5.0	119	89	5	909	29	19	17	33	1.95
87432057--87432270	107	2.0	107	98	0	410	28	20	18	32	1.96
87432298--87432476	44	4.1	44	76	9	186	27	24	16	31	1.96
87432305--87432471	88	1.9	86	82	4	210	28	24	16	30	1.97
87433337--87433380	21	2.1	22	83	8	56	4	22	0	72	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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