genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.163.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  163  of  318  ( 38146 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50306741--50306861	47	2.6	47	93	0	197	27	22	14	35	1.93
50320383--50321146	49	15.7	49	94	1	1234	32	9	29	28	1.88
50323618--50323652	18	1.9	18	88	0	52	37	8	25	28	1.85
50326552--50326659	49	2.3	47	83	3	126	34	17	26	21	1.96
50330272--50330372	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
50330301--50330376	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
50338163--50338263	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
50338192--50338267	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
50341824--50341936	38	2.9	38	86	2	136	23	23	26	26	2.00
50341840--50341942	38	2.7	38	89	0	143	22	22	26	29	1.99
50341940--50342266	43	7.6	43	96	0	591	11	25	33	29	1.90
50343912--50344217	55	5.6	54	84	5	393	22	24	16	35	1.95
50343912--50344209	109	2.7	108	91	2	481	22	24	17	35	1.95
50344196--50344317	47	2.6	47	94	0	217	26	24	13	35	1.93
50345078--50345134	29	1.9	30	89	3	89	26	26	12	35	1.92
50346666--50346707	22	2.0	22	90	4	68	9	40	28	21	1.84
50348430--50348516	44	2.1	39	72	23	95	55	14	6	22	1.64
50348432--50348523	45	2.1	45	91	2	150	54	14	7	23	1.65
50358295--50358425	40	3.3	40	78	2	147	25	23	27	23	2.00
50366300--50366430	40	3.3	40	78	2	147	25	23	27	23	2.00
50374362--50374474	37	3.1	37	93	0	181	28	31	18	21	1.97
50374687--50374966	47	6.0	47	94	0	452	26	30	11	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50374747--50374824	23	3.2	25	64	29	69	29	32	10	28	1.90
50374841--50374967	25	5.3	25	65	17	81	29	29	9	32	1.88
50378615--50378665	12	4.1	12	73	26	52	50	0	1	47	1.12
50384051--50384209	43	3.7	43	76	9	130	30	27	18	22	1.98
50389373--50389548	46	3.8	46	77	14	191	19	19	30	30	1.97
50389370--50389541	93	1.8	93	92	2	292	20	20	30	29	1.97
50396936--50397111	46	3.8	46	79	14	200	19	20	30	29	1.97
50396933--50397104	93	1.8	93	93	2	301	20	20	30	28	1.98
50403544--50403607	27	2.4	26	76	5	74	29	15	21	32	1.95
50410456--50410617	43	3.8	43	85	3	157	24	16	30	29	1.96
50410473--50410747	43	6.4	42	78	5	239	21	18	28	31	1.97
50410672--50410763	43	2.2	43	88	3	134	26	26	18	29	1.98
50412860--50413049	30	6.5	30	90	6	282	27	25	13	33	1.93
50412860--50413049	59	3.2	59	92	2	294	27	25	13	33	1.93
50414706--50414737	13	2.4	14	94	5	57	53	6	0	40	1.26
50416578--50416613	18	1.9	19	88	5	56	47	16	16	19	1.83
50418477--50418549	28	2.6	29	79	14	80	36	35	0	27	1.57
50418516--50418569	21	2.6	21	93	0	90	42	33	0	24	1.55
50418738--50418806	35	2.0	35	85	0	93	43	40	1	14	1.54
50418773--50418856	29	2.9	28	78	5	96	39	41	0	19	1.51
50418865--50418893	15	1.9	15	100	0	58	41	37	0	20	1.53
50422376--50422408	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50428833--50428999	40	4.2	40	78	3	158	25	28	20	26	1.99
50436889--50437055	40	4.2	40	82	1	194	25	27	22	25	2.00
50436880--50437055	79	2.2	79	82	4	212	25	27	22	25	2.00
50439108--50439193	6	14.7	6	78	9	70	13	6	0	79	0.93
50439108--50439179	11	6.3	11	74	19	58	12	6	0	80	0.89
50439108--50439179	17	4.2	17	80	3	81	12	6	0	80	0.89
50443893--50443924	13	2.4	14	85	15	50	46	6	18	28	1.73
50444992--50445224	48	4.9	48	77	13	230	27	20	25	26	1.99
50447114--50447146	16	2.0	17	88	5	50	45	9	9	36	1.68
50449616--50449674	25	2.3	25	85	8	75	32	13	10	44	1.77
50452016--50452073	30	1.9	30	92	0	98	36	13	20	29	1.91
50452418--50452532	46	2.5	44	85	4	140	28	18	29	23	1.98
50453745--50453784	21	2.0	21	85	5	55	15	40	25	20	1.90
50458034--50458220	40	4.7	40	75	11	143	24	27	22	24	2.00
50468156--50468239	31	2.7	30	78	12	98	33	3	2	60	1.27
50468156--50468241	10	8.4	10	73	8	75	33	3	2	60	1.26
50476206--50476339	26	5.2	26	98	0	259	35	26	6	30	1.82
50479296--50479336	17	2.3	18	87	4	57	43	7	2	46	1.44
50482916--50483003	17	5.4	17	70	18	62	63	1	3	31	1.18
50482947--50482997	11	4.5	11	81	11	59	68	1	1	27	1.11
50482944--50482991	24	2.1	22	88	7	69	66	2	2	29	1.14
50483232--50483289	30	1.9	30	82	0	71	56	5	13	24	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50485021--50485212	45	4.3	45	78	11	205	34	28	12	25	1.92
50484972--50485213	134	1.8	134	90	1	396	33	27	13	25	1.93
50485034--50485197	89	1.8	89	85	2	231	34	26	14	23	1.94
50490227--50490402	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
50490223--50490394	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
50493355--50493423	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
50493346--50493433	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
50495815--50495990	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
50495811--50495982	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
50500378--50500556	96	1.9	96	85	2	252	35	17	13	33	1.89
50508518--50508544	4	6.8	4	100	0	54	74	0	0	25	0.83
50517339--50517490	42	3.6	42	78	7	146	28	23	17	30	1.96
50520493--50520538	19	2.4	20	78	10	51	30	2	15	52	1.55
50527242--50527282	14	2.9	15	78	10	50	75	7	2	14	1.12
50527637--50527737	52	1.9	53	93	2	177	47	3	1	46	1.32
50527717--50527747	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
50544304--50544353	24	2.1	24	92	7	84	16	20	34	30	1.94
50548686--50548772	24	3.6	24	93	0	156	35	24	17	22	1.95
50554225--50554288	17	3.9	17	71	17	55	40	3	1	54	1.25
50555705--50555803	41	2.4	41	84	0	135	34	21	14	30	1.93
50558336--50558562	47	4.9	48	78	9	231	23	29	17	29	1.97
50558334--50558558	93	2.4	94	81	9	273	23	29	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50564554--50564588	17	2.1	17	94	0	61	31	20	20	28	1.97
50567898--50567924	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
50568273--50568305	13	2.5	13	100	0	66	42	33	6	18	1.75
50568382--50568451	34	2.1	34	100	0	140	47	15	8	28	1.75
50579896--50579973	32	2.4	32	91	0	111	28	23	12	35	1.91
50579897--50579988	32	2.9	32	86	0	94	28	26	11	33	1.92
50584072--50584288	39	5.6	39	88	1	294	20	21	28	29	1.98
50589789--50589971	40	4.6	40	93	1	296	26	27	21	24	1.99
50592003--50592163	30	5.5	30	89	6	231	27	25	13	32	1.94
50592003--50592163	58	2.8	57	88	4	216	27	25	13	32	1.94
50599190--50599290	29	3.5	29	81	9	116	28	26	13	30	1.94
50599189--50599290	28	3.5	29	81	6	109	28	27	13	30	1.94
50606642--50606767	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
50606581--50606767	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
50610634--50610782	40	3.7	40	90	3	237	25	26	23	24	2.00
50613281--50613313	2	16.5	2	100	0	66	0	0	48	51	1.00
50623022--50623184	43	3.8	43	66	16	113	25	18	25	31	1.98
50623737--50623790	24	2.2	24	93	0	90	29	0	24	46	1.53
50623803--50623834	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
50628793--50628960	40	4.2	40	85	5	198	26	27	22	23	1.99
50628793--50628960	80	2.1	80	86	4	232	26	27	22	23	1.99
50636789--50636912	39	3.2	38	82	6	108	28	29	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50636802--50636968	40	4.2	40	83	6	189	26	28	21	23	1.99
50636802--50636968	79	2.1	79	85	5	221	26	28	21	23	1.99
50639449--50639601	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
50639418--50639600	78	2.3	79	90	1	278	23	29	22	24	1.99
50647476--50647618	39	3.7	39	90	2	234	22	30	20	26	1.99
50647436--50647617	77	2.3	79	89	2	269	23	29	22	24	1.99
50662559--50662607	22	2.3	22	78	3	55	28	16	22	32	1.95
50662819--50662862	19	2.4	19	85	14	65	18	4	9	68	1.34
50664560--50664589	15	2.0	15	93	0	51	63	13	3	20	1.43
50675565--50675756	29	6.7	29	78	1	183	28	16	20	34	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318