genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73256362--73257094	176	4.1	177	83	4	838	31	17	23	28	1.97
73256820--73256915	44	2.2	46	81	9	110	33	14	22	29	1.94
73261812--73261913	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
73264178--73264216	12	3.2	12	81	0	51	64	10	5	20	1.44
73265660--73265735	3	25.7	3	90	7	120	31	0	2	65	1.06
73267633--73267694	27	2.3	27	86	5	81	61	6	3	29	1.37
73267623--73267694	27	2.7	26	81	10	74	58	6	4	30	1.43
73267860--73267889	15	2.0	15	93	0	51	63	0	3	33	1.11
73268352--73268514	3	54.3	3	73	11	120	60	1	7	29	1.35
73271818--73271852	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
73278490--73278547	26	2.2	26	93	0	98	36	24	5	34	1.78
73288911--73288943	9	3.7	9	91	0	57	24	12	24	39	1.89
73288909--73288943	18	1.9	18	100	0	70	28	11	22	37	1.89
73288995--73289040	9	5.1	9	91	0	74	47	13	8	30	1.72
73289091--73289148	29	2.0	29	89	3	89	20	39	0	39	1.53
73289323--73289351	14	2.0	15	93	6	51	34	48	0	17	1.47
73293459--73293517	31	1.9	31	100	0	118	23	32	16	27	1.96
73294705--73295129	212	2.0	212	96	0	778	33	17	17	32	1.93
73299444--73299493	20	2.5	20	73	0	55	30	18	24	28	1.97
73299426--73299530	40	2.6	40	83	0	129	33	20	24	20	1.97
73299528--73299570	19	2.2	19	83	4	50	37	11	20	30	1.89
73311553--73311622	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73314297--73314440	40	3.6	40	80	1	155	27	20	26	25	1.99
73323399--73323499	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
73323428--73323503	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
73331251--73331351	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
73331280--73331355	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
73339130--73339230	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
73339159--73339234	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
73340766--73340835	27	2.5	28	90	2	106	30	28	15	25	1.96
73343156--73343199	21	2.1	21	100	0	88	40	9	25	25	1.84
73356530--73356894	49	7.7	48	75	10	299	24	29	19	26	1.98
73356530--73356807	96	2.9	96	89	3	407	24	29	19	25	1.99
73356530--73356940	46	8.7	46	72	15	190	24	29	18	27	1.98
73366475--73366573	52	1.9	52	87	0	144	36	12	22	29	1.90
73374144--73376066	962	2.0	961	96	1	3563	35	10	18	34	1.86
73391798--73391902	45	2.4	45	84	7	135	22	20	27	28	1.99
73399525--73399777	44	5.8	44	84	6	343	24	22	28	25	1.99
73399520--73399777	89	2.9	88	93	2	419	24	22	27	25	1.99
73405134--73405259	25	5.3	25	62	21	72	32	11	28	27	1.91
73405108--73405327	47	4.7	47	90	0	341	34	12	28	25	1.92
73405116--73405187	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
73405298--73405481	98	1.9	96	91	4	298	35	7	26	30	1.83
73405297--73405481	48	3.8	48	89	5	291	35	7	26	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73405627--73405735	37	2.9	37	94	0	182	22	18	31	27	1.97
73411173--73411202	15	2.0	15	93	0	51	30	6	10	53	1.60
73413007--73413076	15	4.7	15	81	0	86	57	14	17	11	1.66
73412998--73413076	30	2.6	30	77	4	86	55	13	17	12	1.69
73413036--73413081	15	3.1	15	93	0	74	54	17	15	13	1.71
73424284--73424413	40	3.2	40	81	4	156	23	24	27	23	2.00
73426579--73426748	93	1.8	93	91	2	279	22	20	28	28	1.99
73426583--73426757	46	3.8	46	75	13	160	21	20	28	29	1.98
73433683--73433858	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
73433680--73433851	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
73438822--73438871	26	1.9	26	83	0	64	52	0	34	14	1.42
73440591--73440990	27	14.8	27	86	1	469	30	22	8	39	1.83
73440591--73440991	54	7.4	54	84	1	525	30	21	8	39	1.83
73442335--73442390	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
73443567--73443596	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
73443989--73444063	27	2.8	27	84	8	82	21	24	22	32	1.98
73451183--73451281	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
73463662--73463746	40	2.1	40	100	0	170	48	9	8	34	1.65
73465605--73465651	18	2.6	18	96	0	85	40	10	10	38	1.75
73466068--73466150	31	2.7	31	94	3	143	28	26	15	28	1.96
73466368--73466436	25	2.8	25	86	8	97	27	24	23	24	2.00
73467221--73467285	27	2.4	27	76	5	69	24	23	16	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73467339--73467445	27	3.9	27	78	11	119	30	9	18	41	1.82
73467428--73467524	27	3.6	25	84	5	113	27	8	22	41	1.82
73467345--73467524	54	3.3	53	83	5	191	29	8	20	41	1.83
73467402--73467557	81	1.9	81	83	5	199	28	11	19	39	1.87
73467556--73467647	27	3.4	27	86	5	132	39	7	25	28	1.83
73467546--73467672	54	2.4	53	79	11	141	35	9	24	30	1.87
73469990--73470072	31	2.7	31	92	3	134	27	26	15	30	1.96
73470292--73470361	25	2.8	25	91	4	106	24	24	27	24	2.00
73471241--73471447	27	7.6	27	74	6	148	30	9	20	40	1.83
73471246--73471427	54	3.3	55	79	6	199	32	9	17	40	1.83
73471211--73471439	54	4.2	54	74	7	167	30	10	19	39	1.85
73471325--73471480	81	1.9	80	84	7	208	28	10	19	40	1.86
73471479--73471570	27	3.4	27	86	5	132	40	7	23	28	1.82
73471469--73471595	54	2.4	54	82	4	150	36	9	23	30	1.87
73471479--73471595	27	4.3	27	81	4	128	36	8	24	29	1.85
73484643--73484670	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
73486052--73486254	40	5.1	39	90	3	298	23	21	25	29	1.99
73486048--73486269	80	2.8	80	91	2	340	25	21	24	28	1.99
73489554--73489591	19	2.0	19	94	0	67	26	23	5	44	1.74
73496133--73496231	48	2.1	48	100	0	198	38	14	16	31	1.88
73498387--73498644	39	6.6	39	85	3	295	23	19	26	30	1.98
73501493--73501528	18	2.0	18	94	0	63	11	8	22	58	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73503119--73503275	79	2.0	79	100	0	314	29	14	17	38	1.89
73503136--73503298	79	2.1	78	83	6	204	32	15	17	34	1.91
73503607--73503636	12	2.5	12	94	0	51	16	26	30	26	1.97
73506039--73506182	43	3.3	43	80	5	139	31	24	17	27	1.97
73506021--73506182	43	3.8	43	73	14	127	31	25	17	25	1.97
73506271--73506320	25	2.0	25	100	0	100	32	24	12	32	1.91
73522723--73522747	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
73522950--73523091	72	2.0	72	91	0	230	28	12	22	35	1.91
73532007--73532041	17	2.1	17	100	0	70	37	5	11	45	1.64
73533729--73533890	43	3.8	43	80	8	154	22	17	29	30	1.97
73535500--73535625	46	2.7	46	92	0	207	30	26	21	21	1.98
73535502--73535644	46	3.1	46	75	13	134	29	27	20	21	1.98
73536046--73536105	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
73542664--73542709	21	2.2	21	100	0	92	45	4	23	26	1.71
73544557--73544601	22	2.0	23	83	8	58	37	4	0	57	1.19
73547260--73547284	13	1.9	13	100	0	50	68	0	32	0	0.90
73550294--73550359	32	2.0	34	82	11	84	37	21	18	22	1.94
73550855--73550922	27	2.5	27	82	0	82	30	11	20	36	1.89
73550856--73550987	54	2.5	53	82	2	156	31	9	20	37	1.85
73550873--73550987	27	4.3	26	81	4	113	31	9	20	39	1.84
73560559--73560662	27	3.9	27	85	0	154	27	11	21	39	1.88
73560530--73560640	54	2.1	54	84	0	141	30	14	18	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73560555--73560662	54	2.0	54	90	0	171	27	12	20	39	1.88
73564707--73564879	48	3.6	48	84	1	186	26	18	29	26	1.98
73567809--73568001	40	4.8	41	84	4	164	27	21	25	24	1.99
73567857--73568022	80	2.1	80	85	4	219	25	22	27	24	2.00
73567855--73568022	40	4.2	40	86	3	196	25	22	26	25	2.00
73569795--73569852	28	2.1	28	87	6	82	22	32	18	25	1.97
73571336--73571371	16	2.2	17	90	5	56	22	5	19	52	1.66
73571985--73572053	30	2.3	30	84	0	84	24	24	30	20	1.99
73573098--73573234	6	22.3	6	69	15	84	49	13	17	19	1.79
73573107--73573234	37	3.5	37	84	0	166	50	12	17	19	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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