genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80914654--80914726	26	2.8	26	83	4	94	21	21	19	36	1.95
80914667--80914807	26	5.6	25	70	13	87	20	22	20	36	1.95
80916297--80916428	66	2.0	66	95	0	237	29	21	11	37	1.88
80918236--80918301	19	3.4	20	76	12	66	65	9	3	22	1.36
80923363--80923389	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
80924946--80925016	29	2.5	29	86	2	99	61	8	0	29	1.25
80924946--80925013	28	2.4	28	87	2	91	63	8	0	27	1.24
80930302--80930441	41	3.5	40	80	6	144	32	24	17	26	1.97
80931286--80931349	25	2.6	25	85	7	85	0	18	6	75	1.01
80932592--80932654	20	3.1	20	69	13	56	20	28	15	34	1.94
80932601--80932668	21	3.3	21	72	12	68	17	30	16	35	1.92
80932581--80932691	41	2.7	41	87	2	161	18	29	17	34	1.94
80935566--80935717	37	4.1	37	91	0	214	25	32	19	22	1.97
80937187--80937285	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
80944863--80944961	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
80946432--80946758	47	7.0	47	87	0	440	26	29	11	32	1.92
80946539--80946618	25	3.3	25	69	22	80	30	27	8	33	1.87
80951234--80951285	15	3.5	14	74	10	50	32	38	15	13	1.86
80951226--80951294	30	2.3	30	97	0	129	24	36	20	18	1.95
80952072--80952209	47	2.9	47	80	6	161	22	26	20	31	1.98
80953582--80953707	44	2.8	44	81	3	128	18	14	30	36	1.90
80961848--80962014	48	3.5	47	78	6	142	26	20	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80979580--80979633	25	2.0	28	82	10	69	31	3	22	42	1.71
80979722--80980039	48	6.6	47	80	7	293	27	19	28	24	1.98
80979722--80980039	96	3.3	95	81	5	347	27	19	28	24	1.98
80979711--80980039	144	2.3	144	85	4	432	27	18	28	24	1.98
80986559--80986657	30	3.3	30	81	0	117	17	30	28	24	1.97
80987549--80987922	48	7.8	48	79	10	347	25	27	19	27	1.99
80987548--80987915	96	3.9	97	80	6	414	24	27	20	27	1.99
80987545--80987922	191	2.0	191	85	5	514	24	27	19	28	1.99
80991618--80991732	44	2.6	44	83	2	140	35	13	22	28	1.92
80995942--80995984	21	2.0	21	100	0	86	39	4	13	41	1.66
80996461--80996618	29	5.4	30	88	8	218	33	13	25	27	1.93
80996461--80996618	59	2.7	57	89	4	219	33	13	25	27	1.93
81001076--81001486	48	8.6	48	82	4	384	25	28	19	26	1.99
81001076--81001486	191	2.1	191	82	4	472	25	28	19	26	1.99
81008219--81008249	16	1.9	16	93	0	53	32	25	12	29	1.93
81008482--81008554	32	2.3	32	85	0	101	21	20	30	27	1.98
81011928--81012121	27	7.2	27	87	0	226	28	20	7	43	1.78
81011928--81012121	81	2.4	81	86	1	255	28	20	7	43	1.78
81011928--81012110	54	3.4	54	86	0	249	29	19	7	43	1.78
81012356--81012417	27	2.3	28	83	8	83	20	24	22	32	1.98
81012554--81012681	6	20.8	6	69	13	73	18	16	12	52	1.74
81012576--81012676	37	2.7	37	79	0	121	17	16	13	51	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81012589--81012658	19	3.7	19	78	3	70	17	15	14	52	1.74
81014675--81014868	27	7.2	27	87	0	244	29	21	7	42	1.79
81014657--81014868	81	2.6	81	87	0	280	31	20	6	41	1.78
81015194--81015223	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
81015394--81015526	6	21.7	6	70	13	83	19	18	12	49	1.78
81015416--81015516	37	2.7	37	85	0	139	18	19	12	48	1.80
81015394--81015509	31	3.5	31	75	13	115	18	18	12	49	1.80
81028439--81028504	30	2.3	28	85	10	105	25	31	28	13	1.94
81031610--81031776	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
81039632--81039798	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
81047328--81047443	22	5.1	22	83	5	115	18	19	16	45	1.85
81047328--81047432	44	2.3	46	83	4	133	18	20	17	43	1.88
81060564--81060658	48	2.0	48	91	0	154	29	24	18	27	1.98
81076508--81076639	27	4.9	26	82	7	149	34	22	23	19	1.97
81076526--81076639	54	2.1	54	93	3	194	34	24	22	18	1.96
81078250--81078357	26	4.2	26	89	2	164	37	22	7	33	1.82
81084590--81084797	40	5.2	40	81	2	202	26	23	25	24	2.00
81084594--81084802	80	2.6	80	79	2	224	27	22	25	23	2.00
81086811--81086969	27	5.9	27	85	11	184	34	22	23	18	1.96
81086829--81086969	54	2.6	54	93	2	239	34	24	23	17	1.96
81087385--81087414	16	1.9	15	93	6	51	3	20	23	53	1.60
81088589--81088696	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81093778--81093802	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
81097537--81097578	20	2.1	20	86	8	59	57	0	9	33	1.31
81098036--81098095	4	15.0	4	100	0	120	25	0	25	50	1.50
81103755--81103811	21	2.5	24	75	21	68	40	0	1	57	1.09
81105871--81105926	29	2.0	29	89	3	87	19	37	21	21	1.94
81107337--81107647	94	3.3	94	77	7	303	27	18	28	24	1.98
81107329--81107600	47	5.9	44	74	13	163	27	19	29	23	1.98
81114761--81115120	47	7.6	46	70	12	155	28	19	28	23	1.99
81114761--81114977	94	2.3	95	83	1	249	28	18	29	23	1.98
81119686--81119784	4	24.8	4	93	0	153	45	0	54	0	0.99
81119686--81119784	10	9.9	10	93	0	153	45	0	54	0	0.99
81119686--81119784	14	7.1	14	95	0	153	45	0	54	0	0.99
81128399--81128474	26	2.9	26	82	3	73	38	10	17	34	1.84
81132289--81132518	40	5.8	40	94	1	374	26	28	22	23	1.99
81132263--81132518	80	3.2	80	91	3	385	26	27	22	23	1.99
81140332--81140586	40	6.4	40	89	5	369	25	27	22	23	2.00
81140358--81140586	118	1.9	120	91	3	383	25	28	22	23	1.99
81146714--81146880	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
81150090--81150476	49	7.9	49	96	1	693	28	28	10	33	1.89
81150090--81150476	149	2.6	147	95	0	693	28	28	10	33	1.89
81153335--81153432	40	2.5	40	80	9	119	23	24	25	26	2.00
81154176--81154567	40	9.8	40	95	0	685	27	26	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81156443--81156597	37	4.2	37	94	2	267	25	32	20	21	1.98
81156646--81156961	49	6.5	49	95	1	564	29	26	9	33	1.89
81164275--81164416	40	3.6	39	79	9	135	22	26	23	27	2.00
81164275--81164431	80	2.0	80	83	2	199	22	25	24	28	2.00
81164317--81164431	40	2.9	39	82	2	140	23	26	23	26	2.00
81166690--81166901	90	2.4	90	81	3	239	27	26	19	26	1.99
81166789--81166876	42	2.1	42	84	0	113	27	28	18	26	1.98
81167988--81168084	51	1.9	51	91	4	160	27	25	14	31	1.95
81168108--81168202	28	3.5	28	76	11	117	26	21	14	37	1.92
81169884--81169910	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48
81172306--81172512	63	3.2	65	78	10	192	22	29	17	30	1.96
81176906--81177115	67	3.2	65	78	9	205	22	28	17	31	1.96
81179175--81179409	39	6.1	39	95	2	402	21	25	30	22	1.99
81185014--81185363	39	9.1	39	93	1	598	21	25	29	23	1.99
81195172--81195215	23	1.9	24	86	9	65	50	0	4	45	1.22
81195270--81195301	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
81196230--81196279	19	2.6	19	81	12	57	40	0	2	58	1.10
81196322--81196379	23	2.5	23	88	2	80	50	0	3	46	1.18
81197228--81197262	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
81201607--81201766	29	5.5	30	88	8	213	33	14	25	26	1.94
81201607--81201766	59	2.8	57	88	4	214	33	14	25	26	1.94
81209576--81209735	29	5.5	30	88	8	213	33	14	25	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81209576--81209735	59	2.8	57	88	4	214	33	14	25	26	1.94
81211603--81211779	40	4.4	40	82	4	180	23	22	28	25	1.99
81211603--81211779	80	2.2	80	86	5	234	23	22	28	25	1.99
81212007--81212048	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
81213305--81213339	11	3.3	11	84	8	54	20	8	14	57	1.63
81215437--81215555	57	2.1	58	85	1	159	29	21	6	42	1.78
81221473--81221558	23	3.6	23	73	11	73	69	5	4	19	1.27
81221502--81221553	20	2.7	19	82	8	70	71	5	7	15	1.29
81221502--81221571	20	3.5	19	74	12	52	72	5	5	15	1.22
81221534--81221572	14	2.8	14	88	7	53	74	7	2	15	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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