genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.316.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98126664--98126843	91	2.0	91	100	0	360	40	8	9	42	1.67
98126884--98126934	16	3.4	15	82	12	61	35	0	3	60	1.15
98131955--98132066	55	2.0	55	98	0	215	61	3	14	20	1.47
98135284--98135338	23	2.5	22	77	11	58	40	1	12	45	1.53
98140453--98140573	60	2.0	60	96	0	224	35	11	28	24	1.90
98144138--98144174	19	1.9	19	94	0	65	67	2	0	29	1.04
98145033--98145185	76	2.0	76	97	0	288	33	16	13	35	1.89
98156092--98156209	59	2.0	59	91	0	191	30	13	18	37	1.90
98161801--98162046	122	2.0	122	91	0	402	39	18	11	30	1.87
98163743--98163794	20	2.5	20	81	3	59	51	7	9	30	1.62
98176454--98176526	30	2.5	30	80	6	78	32	8	6	52	1.58
98176512--98176569	30	2.0	29	86	10	82	39	15	6	37	1.74
98178294--98178447	42	3.7	42	92	0	245	29	24	14	31	1.95
98178567--98178715	31	4.8	31	90	3	237	25	28	20	26	1.99
98178691--98178917	50	4.5	50	92	0	364	26	21	15	36	1.93
98181156--98181195	6	6.7	6	85	0	53	35	47	12	5	1.63
98184392--98184722	168	2.0	168	90	0	518	25	27	21	25	1.99
98185390--98185458	28	2.5	28	75	11	70	47	5	2	43	1.42
98193360--98193393	3	11.3	3	100	0	68	64	0	0	35	0.94
98197089--98197285	109	1.8	107	82	6	254	21	10	16	51	1.74
98197308--98197605	107	2.8	106	82	8	340	25	9	13	51	1.71
98200709--98200899	106	1.8	105	82	3	249	27	10	14	47	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98200987--98201271	111	2.6	109	86	4	380	23	12	14	48	1.78
98200987--98201310	109	3.0	108	82	5	341	23	13	13	49	1.77
98203952--98204015	30	2.0	31	85	11	85	48	6	12	32	1.66
98205327--98205360	13	2.5	13	90	4	50	64	0	5	29	1.17
98207321--98207821	267	1.9	266	85	1	689	31	15	14	38	1.87
98214103--98214167	32	2.0	32	82	5	78	60	13	18	7	1.57
98236506--98236559	23	2.3	24	96	3	101	38	0	18	42	1.50
98236521--98236570	23	2.2	23	85	3	66	44	2	18	36	1.61
98238385--98238413	14	2.1	14	100	0	58	44	6	20	27	1.77
98239913--98239950	3	13.0	3	88	5	60	28	0	0	71	0.87
98240835--98240865	9	3.4	9	100	0	62	38	0	0	61	0.96
98241808--98241853	23	2.0	23	100	0	92	43	26	0	30	1.55
98243054--98243080	13	2.1	13	100	0	54	33	29	0	37	1.58
98249040--98249070	15	2.0	16	93	6	55	41	0	6	51	1.27
98253211--98253242	16	2.0	16	93	0	55	40	18	15	25	1.90
98257786--98257817	16	2.0	16	93	0	55	40	18	15	25	1.90
98258561--98258613	21	2.4	22	84	9	63	30	1	5	62	1.29
98263103--98263139	16	2.3	16	90	0	56	51	8	5	35	1.55
98263109--98263135	14	1.9	14	100	0	54	51	3	7	37	1.48
98265119--98265147	12	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
98272252--98272276	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
98272946--98273008	28	2.2	29	83	8	76	47	0	3	49	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98277031--98277072	22	1.9	22	85	9	59	54	7	2	35	1.41
98283189--98283223	18	1.9	18	88	11	54	11	0	25	62	1.28
98295511--98295569	30	2.0	30	96	0	109	25	13	15	45	1.82
98295864--98295889	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
98299188--98299218	4	7.8	4	100	0	62	51	22	0	25	1.48
98301888--98301926	20	1.9	21	89	5	62	53	10	2	33	1.48
98302323--98302347	12	2.1	12	100	0	50	8	56	20	16	1.65
98303526--98303645	53	2.2	52	86	5	159	44	10	17	27	1.82
98304528--98304891	160	2.3	160	97	0	694	33	20	20	25	1.97
98308715--98308747	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
98308707--98308831	62	2.0	63	98	1	243	55	3	3	38	1.32
98310610--98310669	31	1.9	32	89	3	95	53	10	3	33	1.51
98326293--98326348	4	14.0	4	88	0	76	28	3	21	46	1.68
98330034--98330061	6	4.7	6	100	0	56	85	0	14	0	0.59
98341537--98341703	35	4.6	35	85	7	201	33	24	10	31	1.90
98341532--98341703	75	2.4	73	84	8	226	33	23	11	31	1.90
98351878--98351905	13	2.2	13	100	0	56	21	50	14	14	1.78
98353844--98353873	14	2.1	14	93	0	51	20	16	6	56	1.62
98354211--98354493	131	2.2	132	88	0	415	31	19	17	32	1.95
98354211--98354566	131	2.7	130	82	2	347	30	19	18	32	1.95
98354629--98354870	130	1.9	130	84	1	324	24	18	20	36	1.95
98358684--98358728	21	2.0	22	83	8	56	40	11	4	44	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98358822--98358862	21	2.0	20	85	4	55	29	4	9	56	1.53
98358915--98358973	24	2.5	23	78	10	57	37	3	8	50	1.49
98359962--98359991	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
98360889--98360922	7	4.9	7	100	0	68	14	0	41	44	1.45
98360980--98361006	7	3.9	7	100	0	54	14	0	29	55	1.40
98361214--98361257	20	2.2	20	84	8	54	45	38	4	11	1.61
98361252--98361331	7	11.7	7	89	2	83	33	26	16	23	1.95
98361252--98361359	14	8.0	14	77	12	73	35	29	13	21	1.92
98361532--98361571	20	2.0	20	85	0	53	17	0	35	47	1.48
98361509--98361578	27	2.6	28	84	8	83	20	1	31	47	1.59
98366690--98366771	31	2.6	30	81	7	92	37	8	8	45	1.65
98366719--98366865	31	4.8	31	75	11	115	39	13	5	41	1.68
98366722--98366877	61	2.6	61	80	9	156	39	16	5	39	1.72
98374344--98374385	4	11.0	4	80	10	52	50	28	0	21	1.49
98374344--98374385	22	1.9	22	100	0	84	50	28	0	21	1.49
98380423--98380452	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
98381494--98381531	18	2.1	18	100	0	76	18	21	5	55	1.62
98386951--98387019	34	2.0	35	85	2	95	47	1	0	50	1.09
98387620--98387650	3	10.3	3	100	0	62	32	67	0	0	0.91
98391046--98391071	12	2.2	12	100	0	52	30	0	23	46	1.53
98395853--98395889	4	9.8	4	85	11	51	48	21	0	29	1.50
98397843--98398006	84	2.0	84	98	0	319	28	10	28	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98401449--98401539	42	2.2	42	81	0	101	49	10	6	32	1.64
98401561--98401600	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
98402251--98402289	3	13.0	3	91	0	51	38	35	25	0	1.56
98402242--98402289	15	3.2	15	81	0	60	37	35	25	2	1.68
98406131--98406163	6	5.5	6	100	0	66	48	18	0	33	1.48
98406854--98406907	28	1.9	28	92	0	90	35	11	14	38	1.82
98406855--98406915	28	2.2	28	87	0	86	36	9	14	39	1.80
98419923--98419975	11	4.6	11	76	17	54	32	3	11	52	1.55
98421736--98421826	39	2.3	40	81	9	98	34	16	24	25	1.95
98424230--98424314	44	1.9	44	95	0	152	28	5	37	28	1.80
98426569--98426636	34	2.0	34	100	0	136	50	11	8	29	1.69
98431306--98431346	21	2.0	21	90	0	64	29	24	29	17	1.97
98437371--98437431	25	2.4	25	97	0	113	47	0	8	44	1.33
98438212--98438294	24	3.2	24	70	23	78	37	9	18	34	1.83
98444575--98444655	25	3.3	25	67	19	71	23	14	8	53	1.69
98444936--98444969	4	8.5	4	100	0	68	52	0	0	47	1.00
98449167--98449213	20	2.4	19	80	16	60	29	0	2	68	1.02
98452255--98452308	27	2.0	28	92	3	92	48	14	9	27	1.75
98454657--98454694	20	1.9	20	88	0	58	5	42	0	52	1.24
98468264--98468318	22	2.4	24	84	6	69	58	0	1	40	1.09
98471919--98471970	20	2.6	20	90	6	79	57	9	0	32	1.31
98473262--98473318	29	2.0	29	96	0	105	47	5	21	26	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98478959--98479012	23	2.6	19	74	23	54	55	0	0	44	0.99
98478963--98479010	23	2.1	23	92	7	80	58	0	0	41	0.98
98479088--98479121	16	2.1	16	88	0	50	47	0	2	50	1.16
98479191--98479231	14	2.9	15	78	10	50	68	9	4	17	1.35
98486129--98486304	56	3.1	56	83	5	219	41	17	17	23	1.90
98487090--98487142	17	3.1	17	74	15	56	22	0	3	73	0.99
98487945--98487971	14	1.9	14	100	0	54	40	0	0	59	0.98
98493323--98493412	45	2.0	45	97	0	171	38	23	11	26	1.88
98497626--98497653	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
98503130--98503165	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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