genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.241.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75824137--75824312	61	2.9	62	88	2	275	30	25	13	30	1.94
75824137--75824312	92	1.9	91	91	3	291	30	25	13	30	1.94
75824336--75824511	42	4.2	42	97	0	325	34	19	14	31	1.92
75824659--75824728	25	2.8	26	87	8	92	25	22	27	24	2.00
75825537--75825600	27	2.4	27	81	5	76	21	23	18	35	1.95
75825632--75825868	27	8.7	27	78	3	152	31	9	19	39	1.83
75825742--75825901	54	3.0	54	81	3	189	28	11	21	38	1.88
75825719--75825868	81	1.9	81	87	5	223	28	8	21	42	1.81
75825718--75825896	81	2.2	81	81	9	215	27	9	21	41	1.84
75825739--75825908	27	6.3	26	76	11	112	28	11	22	37	1.88
75825900--75825991	27	3.4	27	91	5	150	38	5	26	30	1.79
75825890--75826008	54	2.2	53	80	11	143	36	7	22	33	1.83
75832209--75832246	19	2.0	19	100	0	76	21	15	5	57	1.57
75838660--75838777	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
75838628--75838791	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
75850537--75850568	15	2.1	15	100	0	64	31	40	21	6	1.78
75851887--75852016	40	3.3	39	80	5	154	26	26	22	24	2.00
75851887--75852052	39	4.2	40	78	7	142	24	26	22	25	2.00
75859075--75859242	40	4.2	40	83	3	187	24	26	22	26	2.00
75859436--75859486	25	2.0	25	100	0	102	23	23	19	33	1.97
75860470--75860571	29	3.5	29	100	0	204	32	14	28	24	1.95
75860558--75860630	29	2.5	29	84	0	92	28	17	26	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75860471--75860630	58	2.8	58	85	9	195	31	15	26	25	1.96
75863257--75863292	18	1.9	19	88	5	56	27	22	8	41	1.82
75871475--75871511	16	2.3	16	90	0	56	43	0	13	43	1.44
75874196--75874246	21	2.4	21	93	0	84	21	9	27	41	1.84
75875171--75875318	41	3.5	42	79	8	156	25	20	22	30	1.99
75875171--75875318	44	3.5	43	80	10	160	25	20	22	30	1.99
75882837--75882884	20	2.4	20	85	0	69	20	22	20	35	1.96
75891070--75891121	27	1.9	27	92	0	86	30	21	30	17	1.96
75893437--75893549	27	4.2	26	82	8	127	37	23	22	17	1.94
75893437--75893549	55	2.1	54	85	5	147	37	23	22	17	1.94
75897714--75897786	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
75905846--75905918	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
75915135--75915204	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
75915135--75915216	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
75917238--75917395	24	6.6	24	91	1	237	34	25	18	21	1.96
75917216--75917392	48	3.7	48	86	2	205	33	24	18	23	1.97
75917238--75917395	71	2.2	72	89	1	237	34	25	18	21	1.96
75921048--75921179	51	2.6	51	83	4	151	28	29	15	27	1.96
75921147--75921280	50	2.7	50	82	1	151	26	26	20	26	1.99
75925104--75925364	40	6.6	40	82	5	289	23	27	24	25	2.00
75925104--75925364	80	3.3	80	85	3	330	23	27	24	25	2.00
75926077--75926102	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75934014--75934143	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
75934030--75934181	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
75934030--75934179	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
75940797--75941047	27	9.4	27	89	1	353	25	15	18	40	1.90
75942375--75942522	43	3.4	43	76	11	126	35	24	14	25	1.94
75943265--75943599	50	6.7	50	79	2	321	25	17	25	30	1.98
75943368--75943549	101	1.8	101	87	2	276	25	17	25	30	1.97
75943272--75943607	151	2.2	151	94	1	584	25	18	25	30	1.98
75950713--75950760	20	2.3	21	86	10	64	37	22	4	35	1.74
75950962--75951123	43	3.8	42	76	11	141	33	26	17	21	1.96
75955404--75955611	40	5.2	39	81	6	204	25	27	21	25	1.99
75959160--75959261	40	2.5	42	85	4	136	22	17	24	35	1.95
75960850--75960975	40	3.2	39	78	6	130	28	23	25	22	1.99
75960850--75961037	80	2.3	80	78	12	197	26	23	27	23	2.00
75967960--75968117	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
75967960--75968147	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
75975073--75975230	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
75975073--75975260	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
75976743--75976846	40	2.5	42	80	9	115	33	22	18	25	1.96
75984567--75984606	18	2.3	18	91	4	64	12	27	42	17	1.85
75986769--75986851	43	2.0	43	87	2	123	34	22	14	27	1.93
75989391--75989611	40	5.6	40	79	2	205	25	23	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75997955--75998083	46	2.8	46	96	0	231	30	27	20	20	1.98
75997960--75998102	46	3.1	45	77	11	130	30	27	20	20	1.98
76000196--76000414	40	5.6	40	80	4	223	25	23	26	24	2.00
76005756--76005793	18	2.1	18	95	0	67	31	13	15	39	1.86
76008936--76008975	18	2.2	18	95	0	71	30	10	17	42	1.82
76011737--76011860	45	2.7	47	81	15	152	28	29	20	21	1.98
76016243--76016328	37	2.3	35	92	7	136	26	33	18	20	1.96
76016397--76016597	49	4.1	49	95	0	350	29	27	8	33	1.87
76020832--76020999	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
76022999--76023102	29	3.6	28	80	5	118	25	15	29	28	1.96
76023012--76023122	58	1.9	57	85	1	150	25	17	29	27	1.97
76026524--76026770	40	6.2	40	86	3	268	25	27	22	23	2.00
76026548--76026728	40	4.6	40	92	1	274	25	28	22	23	2.00
76026548--76026771	79	2.8	78	83	4	270	25	28	22	23	2.00
76034680--76034904	40	5.7	39	86	3	272	25	28	23	23	2.00
76034680--76034864	79	2.3	80	89	0	273	25	27	23	23	2.00
76038703--76038785	25	3.4	25	83	5	107	33	20	19	26	1.96
76038833--76038879	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
76038914--76038961	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
76049207--76049367	72	2.2	72	84	4	200	32	28	16	22	1.96
76053591--76053617	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
76060642--76060689	8	6.0	8	85	0	69	47	25	22	4	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76060646--76060689	16	2.8	16	96	0	79	43	27	25	4	1.74
76060935--76061024	28	3.2	28	90	0	135	34	24	8	32	1.86
76061132--76061221	28	3.2	27	84	7	110	21	24	22	32	1.98
76061142--76061232	27	3.2	28	82	4	85	23	26	18	31	1.97
76061132--76061246	55	2.1	56	82	8	137	20	24	20	34	1.96
76065024--76065067	23	1.9	23	100	0	88	50	22	0	27	1.50
76065486--76065794	94	3.3	93	80	7	313	23	28	19	28	1.98
76067407--76067557	29	5.5	29	78	13	176	28	15	29	26	1.96
76067418--76067567	78	1.9	78	87	0	219	30	14	30	26	1.94
76067502--76067578	29	2.7	29	83	0	91	36	14	25	23	1.93
76069616--76069786	85	2.0	85	96	2	317	38	22	8	30	1.84
76074321--76074347	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
76076592--76076777	72	2.6	72	85	3	232	32	27	16	23	1.96
76079726--76079913	40	4.7	40	93	1	297	23	21	29	26	1.99
76088414--76088529	29	4.0	29	90	4	110	25	22	14	37	1.92
76088427--76088529	29	3.5	29	96	2	188	24	24	14	36	1.93
76088426--76088559	59	2.2	60	89	1	207	25	25	14	35	1.93
76095948--76096063	29	4.0	29	90	4	110	25	22	14	37	1.92
76095961--76096063	29	3.5	29	96	2	188	24	24	14	36	1.93
76095960--76096093	59	2.2	60	89	1	207	25	25	14	35	1.93
76101382--76101559	49	3.7	47	79	8	164	23	28	21	26	1.99
76101429--76101561	49	2.7	49	85	6	182	21	28	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76101580--76101701	48	2.5	48	90	0	190	22	24	22	30	1.99
76104839--76105085	40	6.2	40	81	1	275	25	27	22	25	2.00
76104839--76105085	80	3.1	80	90	2	356	25	27	22	25	2.00
76104861--76105085	120	1.9	119	85	2	317	24	27	22	26	2.00
76112969--76113038	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
76113046--76113152	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
76114356--76114423	21	3.1	21	62	22	50	17	25	20	36	1.94
76119108--76119268	46	3.6	44	85	8	184	24	31	20	23	1.98
76119151--76119313	46	3.6	43	82	6	166	22	32	19	25	1.97
76121760--76121934	46	3.8	46	79	15	207	28	29	20	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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