genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.304.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95124250--95124472	125	1.8	121	83	8	297	31	4	5	58	1.40
95129672--95129712	6	7.0	6	94	2	66	48	17	31	2	1.60
95130844--95130970	66	1.9	66	96	0	236	33	19	11	35	1.88
95131034--95131974	43	21.7	43	74	9	524	35	21	22	20	1.96
95131022--95131887	131	6.6	132	84	6	1104	36	21	21	20	1.96
95131203--95131987	87	9.0	86	69	13	297	35	21	21	21	1.96
95131080--95131974	175	5.2	172	74	10	598	35	21	22	20	1.96
95131992--95132189	67	2.9	68	87	3	285	27	22	22	27	1.99
95132244--95133029	132	6.0	132	96	0	1412	31	19	24	25	1.98
95132244--95133214	132	7.4	132	92	1	1377	31	19	23	25	1.98
95133004--95133256	131	1.9	131	97	0	479	31	19	22	25	1.98
95132244--95133262	44	23.2	44	76	8	799	31	19	23	25	1.98
95133606--95133647	22	1.9	22	85	9	59	23	52	9	14	1.71
95133718--95133765	23	2.2	21	85	7	60	12	2	29	56	1.48
95133706--95133820	21	5.0	23	73	20	98	13	1	28	55	1.48
95134121--95134205	3	28.3	3	71	21	56	29	3	1	65	1.16
95135784--95135839	10	5.6	10	89	4	78	23	5	1	69	1.18
95136558--95136591	18	1.9	18	88	5	52	29	11	2	55	1.50
95137887--95137922	18	2.0	18	94	0	63	5	30	22	41	1.76
95146067--95146592	183	2.9	183	87	2	763	17	17	27	37	1.92
95153194--95153252	11	5.4	10	78	11	55	37	47	1	13	1.53
95153194--95153252	22	2.7	22	83	0	82	37	47	1	13	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95155761--95155803	18	2.4	18	96	0	77	34	20	4	39	1.74
95158925--95159004	19	4.3	19	88	6	128	37	17	8	36	1.81
95164047--95164125	22	3.6	22	89	0	95	25	24	27	22	2.00
95173369--95173403	15	2.3	15	100	0	70	34	17	20	28	1.95
95174444--95174488	22	2.0	22	82	0	54	22	22	31	24	1.99
95174459--95174500	22	1.9	22	85	0	57	30	21	26	21	1.98
95185229--95185495	46	5.7	49	77	12	217	21	29	19	28	1.98
95185374--95185497	47	2.7	46	78	17	132	22	27	20	29	1.98
95185226--95185497	94	2.9	92	76	13	286	22	29	19	28	1.98
95186794--95186826	17	1.9	17	93	0	57	57	0	39	3	1.14
95192275--95192318	19	2.3	19	88	7	63	0	31	0	68	0.90
95192530--95192560	16	2.0	15	93	6	53	19	9	0	70	1.14
95192844--95192873	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
95202567--95202723	41	3.7	42	79	10	149	29	27	17	24	1.98
95216651--95216889	89	2.7	88	84	5	302	23	23	18	34	1.96
95217885--95218108	67	3.4	66	80	5	229	33	18	23	24	1.97
95220558--95220610	27	2.0	27	82	14	65	60	1	5	32	1.31
95221494--95221530	17	2.2	17	90	9	58	0	8	2	89	0.58
95222176--95222753	88	7.0	83	71	15	308	36	18	16	27	1.93
95222344--95222405	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
95222501--95222535	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
95222553--95223085	72	6.8	73	74	14	388	33	18	17	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95222750--95223228	165	2.9	168	88	4	702	31	20	17	29	1.96
95222924--95223085	74	2.1	75	85	7	222	32	20	18	28	1.97
95223089--95223228	74	1.9	75	89	3	219	27	23	20	28	1.99
95223293--95223458	72	2.3	71	88	4	244	41	21	15	22	1.89
95223458--95223721	70	3.7	71	84	4	356	38	22	13	25	1.91
95223296--95223888	257	2.3	257	94	2	1033	37	22	14	25	1.92
95223721--95223883	71	2.4	66	82	10	181	33	24	14	27	1.94
95226097--95226149	27	2.0	25	86	13	72	0	9	5	84	0.76
95226097--95226154	16	3.5	16	78	4	62	0	10	5	84	0.77
95230412--95230511	39	2.5	39	79	4	103	53	4	6	37	1.45
95231034--95231068	14	2.4	14	90	9	52	5	0	25	68	1.11
95231033--95231073	16	2.5	17	81	18	52	4	2	21	70	1.18
95231064--95231099	16	2.3	15	90	4	54	0	8	2	88	0.59
95233217--95233248	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
95234888--95234998	11	9.7	11	67	7	60	27	5	4	63	1.36
95235105--95235141	18	2.2	18	85	9	51	40	0	0	59	0.97
95236231--95236283	22	2.4	22	83	3	61	11	13	15	60	1.59
95237489--95237637	73	2.0	73	98	0	289	43	8	22	26	1.80
95238441--95238477	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
95242144--95242190	22	2.2	21	88	3	67	61	2	4	31	1.27
95243130--95243155	6	4.3	6	100	0	52	19	19	15	46	1.85
95244986--95245068	41	2.0	40	90	2	130	38	1	14	45	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95245200--95245273	29	2.5	29	78	12	78	52	13	12	21	1.72
95246917--95246984	29	2.3	31	87	9	99	63	5	1	29	1.27
95247700--95247761	19	3.2	18	77	20	63	40	0	8	51	1.31
95250464--95250517	26	2.0	27	92	3	92	29	14	7	48	1.71
95250979--95251018	3	13.3	3	100	0	80	0	32	0	67	0.91
95252309--95252358	3	16.7	3	100	0	100	32	0	0	68	0.90
95262835--95262912	17	4.4	18	85	12	65	38	11	11	38	1.78
95262835--95262912	35	2.2	36	84	11	99	38	11	11	38	1.78
95262843--95262914	18	3.9	19	89	10	114	38	9	13	37	1.78
95262843--95262914	35	2.0	35	89	8	108	38	9	13	37	1.78
95270263--95270429	46	3.9	40	82	16	194	37	16	24	21	1.93
95270306--95270478	46	3.8	46	89	1	240	39	15	23	20	1.91
95273583--95274496	207	4.4	207	92	0	1499	30	17	23	29	1.97
95274863--95274988	19	6.9	18	77	18	93	37	11	15	36	1.83
95274862--95274988	17	6.9	19	85	12	185	37	11	14	36	1.82
95274870--95274988	35	3.3	35	94	4	193	37	11	14	36	1.83
95275970--95276045	24	3.2	24	79	7	82	51	0	27	21	1.48
95278293--95278324	16	1.9	17	93	6	57	25	18	0	56	1.42
95278696--95278756	30	2.0	30	96	0	113	32	9	11	45	1.73
95279383--95279449	33	2.0	34	85	2	91	29	2	19	47	1.64
95280000--95280036	18	2.1	18	89	0	56	51	0	27	21	1.48
95280008--95280082	24	3.1	24	88	0	96	52	0	26	21	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95287834--95287858	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
95288314--95288367	28	1.9	28	88	0	81	29	1	14	53	1.52
95295382--95295449	29	2.4	29	80	2	75	55	5	8	29	1.54
95295632--95295665	7	4.9	7	92	0	59	55	0	0	44	0.99
95295605--95295665	14	4.8	13	82	11	65	54	1	0	44	1.10
95295845--95295885	17	2.2	20	87	12	61	58	2	0	39	1.11
95295906--95295930	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
95295958--95296007	12	3.9	13	71	12	50	60	0	6	34	1.21
95296046--95296099	20	2.7	21	83	11	69	57	0	3	38	1.17
95297877--95298469	118	4.9	120	91	2	872	30	18	17	34	1.94
95303327--95303922	118	5.0	119	93	3	952	30	18	17	33	1.94
95303329--95303922	237	2.5	238	91	4	957	30	18	17	33	1.94
95311854--95311898	15	3.1	15	79	17	51	40	13	24	22	1.90
95315643--95315675	7	4.7	7	100	0	66	57	0	0	42	0.98
95315643--95315685	21	2.0	21	82	8	52	58	2	2	37	1.24
95315760--95315795	16	2.2	17	90	5	56	50	0	13	36	1.43
95315833--95315875	20	2.2	19	88	12	61	58	2	0	39	1.11
95315939--95315988	12	3.9	13	71	12	50	60	0	6	34	1.21
95316008--95316076	28	2.6	28	82	13	83	56	0	4	39	1.19
95319331--95319545	48	4.6	48	79	10	225	26	19	29	24	1.98
95319331--95319545	91	2.3	94	83	10	273	26	19	29	24	1.98
95325474--95325581	29	3.5	29	69	14	90	49	16	9	25	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95325450--95325578	64	2.0	64	93	0	222	48	18	8	24	1.76
95331352--95331385	18	1.9	17	94	5	59	38	5	2	52	1.41
95333633--95333679	17	2.8	17	78	15	53	34	6	0	59	1.23
95334568--95334645	39	2.0	39	94	0	138	20	23	20	35	1.96
95335948--95335983	13	2.8	13	95	0	63	33	22	16	27	1.95
95338152--95338185	17	1.9	18	88	5	52	67	0	0	32	0.91
95338456--95338499	22	2.0	22	86	4	61	38	18	6	36	1.77
95338492--95338618	18	7.5	15	79	16	78	37	14	11	37	1.82
95338478--95338620	54	2.7	54	96	3	263	37	14	11	37	1.82
95338471--95338621	71	2.1	71	88	10	229	36	15	10	37	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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