genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.291.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  291  of  318  ( 38146 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91576556--91576598	1	43.0	1	80	0	50	0	0	9	90	0.45
91576561--91576598	7	5.6	7	90	3	60	0	0	7	92	0.40
91577941--91578014	26	3.0	26	84	11	86	45	0	0	54	1.00
91586054--91586266	109	2.0	108	93	2	365	41	4	17	36	1.71
91589746--91589902	29	5.4	29	90	0	242	35	10	28	25	1.89
91589895--91590058	33	5.0	33	80	1	186	34	10	20	34	1.87
91589895--91590065	65	2.6	66	83	5	202	34	10	21	33	1.88
91589896--91590104	98	2.1	99	80	4	253	35	11	22	29	1.90
91592460--91592536	28	2.8	28	87	0	118	37	10	22	29	1.87
91592609--91592870	39	6.7	39	91	1	382	18	22	29	30	1.97
91598302--91598560	41	6.3	41	91	0	403	36	24	20	17	1.94
91598649--91598689	22	1.9	21	85	5	55	46	34	0	19	1.50
91604257--91604443	42	4.4	44	84	8	244	22	17	28	31	1.96
91604258--91604443	85	2.2	85	86	3	268	22	17	29	31	1.96
91607418--91607443	7	3.7	7	100	0	52	61	15	0	23	1.33
91614202--91614379	96	1.9	96	89	0	275	11	34	17	37	1.85
91620964--91621010	25	1.9	24	87	12	69	70	2	10	17	1.26
91620941--91620979	3	13.0	3	84	10	53	64	0	5	30	1.15
91622179--91622244	16	4.4	16	68	24	54	51	6	22	19	1.69
91625755--91625828	3	25.7	3	72	20	52	27	1	4	67	1.16
91633036--91633062	12	2.2	12	100	0	54	51	0	7	40	1.30
91638360--91638404	19	2.3	20	92	3	74	55	0	6	37	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91639764--91639821	18	3.2	18	76	16	57	60	0	3	36	1.14
91641424--91642541	119	9.4	119	94	0	1887	27	20	18	32	1.96
91659743--91659865	48	2.7	46	75	13	119	60	1	3	34	1.23
91659791--91659894	18	5.8	18	71	14	63	59	0	4	34	1.25
91662683--91662724	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
91664491--91664616	55	2.3	55	92	0	216	30	8	28	31	1.87
91671516--91671634	41	2.9	42	80	7	118	31	28	14	25	1.94
91671523--91671703	81	2.2	83	81	6	212	33	26	14	25	1.95
91671516--91671703	40	4.6	39	77	6	162	32	27	14	25	1.95
91674678--91674712	17	2.0	18	88	5	54	74	8	0	17	1.06
91675052--91675094	22	1.9	22	85	4	59	69	11	9	9	1.36
91686361--91686401	20	2.0	20	100	0	82	29	9	19	41	1.83
91686364--91686401	11	3.6	11	86	13	62	28	10	18	42	1.83
91686363--91686408	20	2.3	20	92	0	74	30	15	15	39	1.88
91687356--91687665	159	1.9	161	83	4	394	32	19	10	38	1.85
91688367--91688415	20	2.4	20	89	3	71	63	0	0	36	0.95
91688454--91688500	21	2.2	21	84	0	58	27	12	21	38	1.90
91688659--91688710	20	2.7	19	82	5	59	57	1	3	36	1.28
91688753--91688839	35	2.5	35	90	1	140	43	3	2	50	1.31
91688792--91688851	23	2.6	24	82	7	63	41	5	1	51	1.33
91697523--91697558	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
91699678--91699773	25	3.8	25	87	0	120	17	29	22	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91701127--91701153	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
91702448--91702486	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
91702725--91702859	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
91706489--91706520	5	6.4	5	100	0	64	40	0	0	59	0.97
91707815--91707853	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
91708093--91708227	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
91711862--91711906	5	9.4	5	90	9	76	42	0	0	57	0.98
91711864--91711909	14	3.3	14	100	0	92	43	0	0	56	0.99
91711862--91711906	19	2.4	19	92	7	74	42	0	0	57	0.98
91713208--91713246	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
91713486--91713596	38	2.8	40	71	5	91	23	18	27	29	1.98
91714924--91715020	49	2.0	49	95	0	176	32	14	11	41	1.81
91715707--91715759	20	2.7	19	85	8	70	33	5	9	50	1.58
91716668--91716735	29	2.4	29	76	11	70	52	1	1	44	1.19
91716752--91716793	21	2.0	22	85	4	59	38	2	4	54	1.34
91717016--91717046	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
91717664--91717713	26	2.0	26	88	4	75	46	0	2	52	1.12
91720722--91720759	19	2.0	19	94	0	67	15	26	28	28	1.96
91721116--91721201	24	3.4	24	71	13	82	30	1	4	63	1.21
91721125--91721217	18	5.3	17	71	15	64	30	1	5	63	1.23
91721116--91721233	52	2.3	52	88	5	186	28	0	5	65	1.20
91721139--91721241	25	4.1	25	73	11	86	29	0	4	65	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91721152--91721245	18	5.3	18	70	20	65	30	0	5	63	1.16
91721191--91721241	24	2.1	24	85	7	68	27	0	3	68	1.07
91725383--91725489	45	2.4	45	83	12	139	42	17	18	21	1.90
91726477--91726532	6	9.2	6	80	2	58	0	23	3	73	0.99
91726477--91726529	18	2.9	18	85	2	70	0	22	3	73	0.99
91726776--91726838	33	1.9	33	87	9	94	57	6	0	36	1.24
91729612--91729649	20	1.9	20	84	10	51	44	13	21	21	1.85
91731546--91731750	38	4.9	40	85	13	256	37	16	24	21	1.93
91731627--91731799	46	3.8	46	89	1	240	39	15	23	20	1.91
91732871--91733117	126	2.0	122	82	7	298	29	15	14	39	1.88
91733172--91733305	34	3.9	33	79	11	128	42	15	0	41	1.47
91733712--91733759	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
91734333--91734370	19	2.1	19	90	5	60	36	0	5	57	1.21
91737605--91737654	24	2.1	24	96	0	91	18	22	0	60	1.37
91740659--91740871	43	5.0	43	80	4	234	26	14	24	33	1.94
91742273--91742318	18	2.5	19	78	3	58	39	4	19	36	1.72
91744995--91745058	25	2.6	26	80	11	73	35	18	28	17	1.93
91744938--91745052	49	2.3	50	79	8	119	34	19	24	21	1.96
91744995--91745083	25	3.6	24	75	10	65	37	17	29	15	1.91
91746852--91746925	18	4.1	18	81	10	89	36	14	16	32	1.89
91748416--91748467	3	17.7	3	88	4	79	63	0	0	36	0.95
91748691--91748719	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91749243--91749282	3	13.7	3	94	5	73	65	0	0	35	0.93
91752780--91752931	76	2.0	76	98	0	295	38	11	9	40	1.73
91756168--91756335	41	4.1	40	76	5	158	39	22	19	19	1.92
91756168--91756357	81	2.3	82	82	5	224	36	21	21	20	1.95
91756280--91756376	41	2.4	40	85	1	122	37	21	22	18	1.95
91756702--91756744	21	2.0	20	82	13	50	25	2	27	44	1.66
91756779--91756846	14	4.8	15	77	13	65	20	0	45	33	1.52
91756749--91756810	32	1.9	32	83	0	79	19	0	37	43	1.51
91756814--91756846	7	4.7	7	96	0	57	21	0	48	30	1.50
91757373--91757460	42	2.1	42	91	6	144	37	13	22	26	1.91
91759826--91759940	54	2.1	54	84	6	144	36	22	23	17	1.95
91759826--91759938	27	4.2	27	79	3	111	36	22	23	17	1.95
91761557--91761666	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
91765382--91765425	21	2.1	21	95	0	79	25	20	54	0	1.45
91765729--91765909	43	4.2	43	93	0	299	24	19	25	30	1.98
91771454--91771501	23	2.0	24	84	11	64	35	4	6	54	1.45
91772651--91772756	26	4.1	25	87	7	158	33	7	22	35	1.83
91772651--91772756	52	2.0	52	92	0	176	33	7	22	35	1.83
91773836--91773873	19	2.0	19	100	0	76	36	10	26	26	1.89
91779275--91779374	26	3.9	25	92	5	173	32	8	24	36	1.84
91780448--91780487	20	2.0	20	100	0	80	40	10	25	25	1.86
91781215--91781337	61	2.1	56	89	7	183	54	5	13	26	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91788940--91789056	61	1.9	62	87	5	175	23	12	13	50	1.76
91797340--91797369	2	15.0	2	92	0	51	46	3	0	50	1.18
91810301--91810350	16	3.1	15	78	21	57	80	4	2	14	0.95
91826724--91826760	17	2.2	16	90	4	56	21	16	8	54	1.68
91830238--91830396	52	3.0	52	79	8	153	28	16	24	30	1.96
91830305--91830440	53	2.7	52	77	11	149	25	16	28	28	1.97
91831187--91831244	20	2.9	20	89	0	89	20	32	31	15	1.94
91831686--91831732	20	2.3	20	78	10	51	53	8	4	34	1.51
91833898--91833968	20	3.5	20	88	3	90	42	8	9	39	1.69
91839108--91839222	47	2.4	47	78	8	119	34	5	0	60	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318