genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10926541--10928212	268	6.2	269	86	2	1970	30	18	20	29	1.97
10926541--10928212	402	4.2	400	85	3	1972	30	18	20	29	1.97
10926922--10927023	45	2.3	45	83	5	127	37	17	22	22	1.94
10927188--10927291	45	2.3	45	83	8	124	33	18	25	23	1.96
10927521--10927957	45	9.8	43	69	16	180	30	18	21	29	1.97
10927476--10927916	89	4.9	89	70	14	296	29	18	21	30	1.97
10928482--10928520	17	2.3	17	86	8	53	30	51	0	17	1.46
10929037--10929075	21	1.9	20	89	5	60	33	0	0	66	0.92
10929311--10929336	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
10929837--10930273	125	3.4	124	81	7	459	26	16	18	37	1.92
10930752--10930989	3	77.0	3	74	11	160	64	2	5	27	1.30
10936043--10936096	12	4.7	12	76	17	51	66	11	0	22	1.22
10936131--10936163	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
10937558--10937598	20	2.0	20	85	0	55	19	17	0	63	1.31
10938427--10938478	3	18.0	3	84	7	72	34	1	0	63	1.06
10938434--10938500	12	5.4	12	79	13	66	35	2	0	61	1.12
10943295--10943377	25	3.3	25	82	11	98	31	21	22	24	1.98
10950410--10950455	20	2.3	21	77	11	51	19	13	30	36	1.90
10955663--10955703	18	2.2	19	87	12	59	34	7	0	58	1.26
10957057--10957107	22	2.4	22	96	3	95	41	19	15	23	1.90
10962100--10962206	26	4.2	26	84	2	144	33	4	22	39	1.75
10963667--10963716	26	1.9	26	91	0	82	34	22	14	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10963838--10963902	27	2.4	27	87	5	96	18	24	20	36	1.94
10967652--10967703	27	1.9	27	84	0	68	59	7	9	23	1.54
10967683--10967798	28	4.1	28	78	5	117	57	2	16	23	1.51
10967753--10967823	29	2.5	29	83	2	90	53	1	19	25	1.53
10973208--10973265	25	2.3	26	82	8	77	1	12	24	62	1.39
10980131--10980297	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
10980147--10980297	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
10981485--10981599	55	2.1	55	83	6	144	27	15	17	39	1.90
10988136--10988301	40	4.2	39	81	3	172	24	27	22	25	2.00
10988152--10988301	79	1.9	79	84	5	205	24	27	22	26	2.00
10989125--10989170	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
10997567--10997729	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
10997567--10997760	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
11005479--11005641	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
11005479--11005671	39	4.9	39	89	1	253	22	21	32	23	1.98
11005496--11005709	78	2.7	78	84	5	218	23	22	31	22	1.99
11008224--11008537	49	6.7	45	74	12	167	28	19	28	24	1.98
11012013--11012527	27	19.1	27	84	4	617	27	21	9	41	1.85
11012013--11012523	108	4.7	109	89	1	685	27	21	9	41	1.84
11012532--11012726	27	7.3	27	85	1	248	35	18	20	25	1.95
11012925--11013007	27	3.1	26	87	5	112	20	22	20	36	1.95
11013318--11013384	27	2.5	27	85	4	82	22	25	17	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11013508--11013609	6	16.8	6	75	17	95	19	15	14	50	1.79
11013508--11013609	30	3.4	30	87	6	152	19	15	14	50	1.79
11018922--11019017	27	3.6	26	80	9	104	36	17	16	29	1.92
11018922--11018980	26	2.2	27	93	3	102	35	15	18	30	1.92
11019010--11019070	26	2.3	26	91	2	95	37	22	8	31	1.84
11019009--11019343	27	12.4	27	74	5	160	39	19	9	30	1.84
11019026--11019248	81	2.8	81	78	10	242	41	20	8	28	1.82
11019026--11019248	27	8.3	27	77	9	197	41	20	8	28	1.82
11019009--11019285	54	5.1	53	76	9	220	41	20	8	29	1.82
11019581--11019703	41	3.0	41	90	0	192	22	22	28	26	1.99
11019850--11019908	22	2.7	22	89	5	84	22	25	23	28	1.99
11020119--11020161	22	2.0	22	85	0	59	16	25	18	39	1.91
11025940--11026344	27	15.3	27	76	10	178	38	21	8	31	1.84
11026119--11026344	54	4.2	54	81	4	251	38	21	9	30	1.86
11026079--11026383	81	3.8	81	75	6	249	36	23	9	30	1.86
11026256--11026380	27	4.6	27	78	4	108	37	23	8	30	1.85
11026365--11026532	27	6.3	27	85	0	212	33	19	21	26	1.97
11027182--11027280	27	3.7	27	86	5	119	19	23	21	36	1.95
11027420--11027540	6	19.3	6	68	20	70	18	16	14	50	1.78
11027420--11027532	31	3.6	31	89	2	145	18	16	14	50	1.78
11029536--11029702	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
11036489--11036653	40	4.2	40	80	6	160	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11039124--11039233	23	4.7	23	78	8	89	33	20	21	23	1.97
11039257--11039322	32	2.1	32	91	0	105	36	25	19	18	1.94
11041567--11041677	42	2.6	42	79	0	132	41	15	22	20	1.90
11042275--11042311	18	2.1	18	100	0	74	43	21	0	35	1.53
11047543--11047575	16	2.1	16	88	11	50	39	21	6	33	1.78
11048824--11048899	21	3.6	21	71	7	73	43	13	22	21	1.86
11048814--11048957	42	3.5	42	79	5	148	42	14	22	20	1.88
11048834--11048949	41	2.8	42	83	6	137	43	15	22	18	1.87
11048880--11048946	21	3.2	21	76	4	82	44	14	22	17	1.86
11054503--11054537	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
11056603--11056637	13	2.6	13	95	4	61	0	20	0	80	0.72
11064863--11064915	8	5.6	10	82	13	51	49	1	0	49	1.12
11064867--11064902	4	8.5	4	88	11	54	50	0	0	50	1.00
11067502--11067526	9	2.8	9	100	0	50	68	0	0	32	0.90
11067655--11067700	17	2.7	17	75	0	56	63	2	2	32	1.19
11067685--11067759	29	2.6	29	81	8	73	58	4	1	36	1.25
11069040--11069393	3	116.7	3	75	9	272	62	2	5	29	1.33
11070385--11070446	32	1.9	32	83	6	81	12	1	30	54	1.48
11070834--11071137	45	6.8	45	77	6	251	27	22	18	31	1.97
11070834--11071142	133	2.3	134	82	3	365	27	22	18	31	1.97
11076407--11076436	15	2.0	15	100	0	60	26	6	26	40	1.81
11078206--11078236	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11078203--11078242	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
11078474--11078678	53	3.8	53	79	9	213	22	25	16	35	1.95
11083141--11083349	40	5.2	40	88	2	296	22	28	23	25	1.99
11092767--11092841	28	2.6	29	78	2	89	22	20	36	21	1.96
11103620--11103695	29	2.6	29	85	0	98	25	32	18	23	1.97
11111063--11111132	28	2.4	29	85	2	88	25	31	17	25	1.97
11136795--11136867	26	2.8	26	83	10	78	38	21	8	31	1.83
11136973--11137078	27	3.9	26	84	9	115	16	26	22	33	1.96
11136973--11137085	54	2.1	54	85	6	149	15	24	23	36	1.94
11142448--11142567	48	2.5	47	83	5	134	25	27	20	26	1.99
11147828--11147854	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51
11148993--11149105	42	2.7	43	81	4	140	27	18	25	28	1.98
11148938--11149099	42	3.9	42	74	14	124	27	17	25	29	1.97
11149794--11149822	13	2.2	13	100	0	58	20	0	31	48	1.50
11153881--11154033	40	3.8	40	79	5	148	25	28	23	22	2.00
11161900--11162052	40	3.8	40	79	5	148	25	28	23	22	2.00
11179922--11179958	18	2.1	18	89	0	56	56	21	2	18	1.54
11184776--11184946	50	3.6	49	72	10	165	23	26	21	28	1.99
11184773--11184989	94	2.3	94	93	2	366	26	26	19	26	1.99
11189514--11189572	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
11189623--11189717	24	4.0	24	85	10	124	28	21	24	26	1.99
11189909--11190058	38	4.1	38	84	11	224	40	15	22	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11189933--11190048	31	3.5	31	80	15	142	41	14	20	23	1.89
11189909--11190048	69	2.0	69	98	0	271	39	15	21	23	1.92
11191586--11191616	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
11199557--11199611	29	1.9	29	85	10	78	21	43	16	18	1.88
11200529--11200747	94	2.3	93	79	4	215	26	29	17	25	1.98
11200620--11200795	46	3.8	46	79	7	185	25	28	18	27	1.98
11202540--11202631	28	3.4	27	81	10	109	34	14	23	27	1.93
11202655--11202904	51	4.9	51	88	1	358	33	14	24	27	1.94
11205411--11205455	20	2.2	20	84	0	54	35	13	4	46	1.63
11208973--11209040	35	2.0	34	85	2	91	26	20	20	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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