genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21546016--21546056	21	2.0	21	90	0	64	26	19	53	0	1.45
21552983--21553015	13	2.5	13	100	0	66	39	33	15	12	1.84
21555121--21555210	45	2.0	45	93	0	153	28	14	11	45	1.79
21556766--21556820	28	2.0	28	100	0	110	10	5	40	43	1.63
21560728--21560889	87	1.9	86	82	8	204	25	14	24	35	1.94
21571620--21571666	17	2.8	17	83	0	58	8	8	4	78	1.07
21571620--21571672	23	2.3	23	83	0	61	9	9	3	77	1.11
21581897--21581929	17	1.9	17	93	0	57	30	6	12	51	1.63
21583831--21583858	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
21589106--21589196	30	2.9	31	84	9	98	57	2	23	17	1.51
21600636--21600758	44	2.9	42	79	3	147	24	17	25	33	1.96
21600637--21600766	42	3.0	42	79	3	152	24	16	24	33	1.96
21604870--21604899	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
21607935--21608042	54	2.0	54	100	0	216	33	20	11	35	1.88
21609146--21609181	17	2.1	18	94	5	65	38	5	5	50	1.49
21617441--21617480	11	3.6	11	82	0	53	47	10	10	32	1.70
21617607--21617809	90	2.3	90	86	0	280	33	6	18	42	1.75
21617608--21617809	44	4.5	45	72	6	158	32	6	18	42	1.76
21619811--21619874	34	1.9	32	87	12	94	46	7	3	42	1.48
21619803--21619957	32	4.6	32	70	20	111	50	6	2	40	1.42
21619869--21619920	20	2.8	18	78	21	63	51	3	1	42	1.31
21620259--21620306	20	2.4	20	75	0	51	14	20	18	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21622317--21622539	101	2.2	101	84	3	279	28	26	16	29	1.97
21623943--21623982	21	1.9	21	89	0	62	22	7	10	60	1.54
21624341--21624396	20	2.9	19	81	10	60	42	1	3	51	1.29
21624341--21624396	19	2.9	18	84	7	58	42	1	3	51	1.29
21624357--21624410	20	2.8	19	86	5	65	38	1	3	55	1.28
21627338--21627396	26	2.3	24	78	18	57	33	3	13	49	1.59
21629368--21629428	21	2.9	21	80	4	70	37	37	11	13	1.80
21633720--21633789	3	24.7	3	77	11	76	2	27	0	70	1.02
21633719--21633789	14	5.1	14	81	8	74	2	26	0	70	1.01
21633725--21633794	34	2.1	34	100	0	140	5	27	0	67	1.13
21634783--21634901	61	1.9	62	80	10	136	32	21	15	31	1.94
21641210--21641253	21	2.1	21	83	8	54	25	9	2	63	1.35
21643801--21643871	21	3.2	21	71	11	61	35	2	5	56	1.38
21653124--21653172	22	2.2	22	82	7	55	22	18	4	55	1.60
21653210--21653272	30	2.1	30	93	0	108	26	3	14	55	1.54
21653396--21653428	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
21654735--21654765	16	1.9	16	93	0	53	74	9	6	9	1.23
21655926--21655999	26	2.8	26	86	8	105	27	16	12	44	1.82
21655926--21655999	27	2.8	27	87	6	107	27	16	12	44	1.82
21658391--21658562	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
21658383--21658558	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
21675163--21675242	15	5.3	14	74	14	52	27	5	1	66	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21675317--21675369	12	4.5	13	75	17	53	32	0	5	62	1.19
21675444--21675668	127	1.8	121	83	8	299	30	4	5	60	1.38
21678070--21678116	19	2.5	19	86	6	60	29	19	8	42	1.80
21686138--21686286	44	3.4	44	76	7	158	36	19	23	20	1.95
21686173--21686327	44	3.6	42	76	9	150	36	22	19	21	1.95
21686444--21686770	44	7.5	44	70	11	206	38	20	21	19	1.94
21686428--21686770	87	3.9	87	85	2	438	38	20	20	20	1.94
21687285--21687344	13	4.7	13	68	4	50	15	50	15	20	1.79
21687264--21687346	38	2.2	38	95	0	148	18	48	12	21	1.80
21687760--21687842	3	27.3	3	73	20	59	30	3	1	65	1.17
21687764--21687846	18	4.4	18	81	13	87	31	3	1	63	1.19
21689664--21689722	16	3.7	16	81	0	73	40	1	27	30	1.66
21690204--21690240	9	3.9	10	86	13	60	27	0	10	62	1.28
21690204--21690240	19	1.9	19	89	10	58	27	0	10	62	1.28
21690497--21690557	30	2.0	30	90	0	95	37	8	24	29	1.84
21692542--21692688	54	2.5	60	78	12	162	53	4	0	40	1.27
21692604--21692643	21	2.0	20	90	5	62	55	2	0	42	1.13
21692666--21692711	21	2.3	21	85	7	60	65	2	0	32	1.05
21692814--21692848	13	2.8	12	83	8	52	57	0	11	31	1.34
21696255--21696286	15	2.1	15	94	0	55	15	0	9	75	1.05
21698403--21698620	40	5.5	40	90	1	314	26	31	21	21	1.98
21701419--21701470	12	4.1	12	75	20	52	51	1	0	46	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21712591--21712789	40	5.0	40	92	3	314	29	20	25	25	1.99
21712591--21712824	80	2.9	80	88	6	280	29	20	25	25	1.99
21712685--21712836	40	3.8	40	87	6	116	26	21	26	25	1.99
21712589--21712836	120	2.1	120	82	8	310	29	20	25	25	1.99
21720734--21720924	38	4.9	40	88	9	274	27	20	25	25	1.99
21720734--21720924	78	2.5	77	85	11	275	27	20	25	25	1.99
21720734--21720958	77	2.9	78	81	13	227	27	20	26	25	1.99
21720734--21720958	117	1.9	115	81	10	271	27	20	26	25	1.99
21728256--21728452	40	4.9	40	92	4	303	28	20	25	24	1.99
21728348--21728499	40	3.8	40	87	6	116	26	21	26	25	1.99
21728256--21728487	80	2.9	80	86	8	269	28	20	26	25	1.99
21728256--21728487	120	1.9	119	83	9	294	28	20	26	25	1.99
21736393--21736591	40	5.0	40	91	3	305	30	20	24	24	1.99
21736407--21736619	40	5.3	40	89	4	226	29	20	24	25	1.99
21736393--21736626	80	2.9	80	86	6	262	29	20	24	24	1.99
21736393--21736626	120	2.0	120	83	8	298	29	20	24	24	1.99
21749253--21749393	27	5.2	27	82	11	182	34	23	24	17	1.96
21749253--21749396	54	2.7	54	93	2	245	34	23	24	17	1.96
21753305--21753636	166	2.0	166	98	0	637	24	28	16	30	1.97
21756369--21756501	27	5.0	27	79	6	146	35	21	24	19	1.96
21756361--21756501	54	2.6	54	89	2	212	35	21	23	19	1.96
21758098--21758205	26	4.2	26	93	0	189	34	27	7	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21759419--21759467	18	2.8	18	84	3	64	20	24	34	20	1.96
21760825--21760849	10	2.5	10	100	0	50	48	24	0	28	1.52
21761476--21761632	43	3.7	43	80	10	169	31	22	18	27	1.97
21784568--21784760	46	4.1	47	70	13	132	22	28	19	29	1.98
21793023--21793217	40	4.8	40	83	4	205	27	22	26	24	2.00
21793026--21793208	80	2.3	81	84	0	233	27	22	25	24	2.00
21793059--21793243	80	2.3	80	82	2	212	28	22	24	23	1.99
21805365--21805394	15	1.9	16	93	6	53	36	6	3	53	1.44
21807237--21807403	46	3.6	45	79	12	178	28	29	20	22	1.98
21809083--21809115	16	2.1	16	100	0	66	57	18	0	24	1.40
21812755--21812805	7	7.0	7	93	6	84	29	0	1	68	1.00
21812752--21812805	15	3.7	15	90	5	92	29	0	1	68	1.00
21812752--21812805	22	2.5	22	90	9	92	29	0	1	68	1.00
21813622--21813676	21	2.6	22	72	18	62	43	40	0	16	1.48
21813664--21813715	14	3.8	14	82	5	61	48	23	1	26	1.62
21813874--21813931	21	2.8	21	82	10	57	50	27	0	22	1.50
21814136--21814286	40	3.8	40	84	3	171	23	21	20	34	1.97
21814135--21814286	80	1.9	80	83	5	200	23	21	20	34	1.96
21814269--21814304	18	2.0	18	88	0	54	22	30	8	38	1.83
21814232--21814399	56	2.9	58	73	7	173	24	23	19	33	1.97
21814335--21814429	40	2.3	40	80	8	104	25	24	20	30	1.98
21818403--21818551	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21818444--21818551	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
21826521--21826669	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
21826562--21826669	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
21829433--21829479	19	2.4	20	86	10	62	59	2	0	38	1.09
21829448--21829488	19	2.2	19	86	0	55	68	4	0	26	1.10
21829445--21829499	28	1.9	29	82	10	69	65	5	0	29	1.15
21830453--21830477	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
21859581--21859656	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
21859610--21859707	35	2.7	37	87	12	150	35	16	10	37	1.82
21859617--21859707	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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