genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13426460--13426549	27	3.4	27	76	11	80	40	18	21	20	1.92
13427064--13427111	5	9.6	5	100	0	96	20	0	0	79	0.74
13429709--13429754	18	2.6	18	89	0	65	26	36	23	13	1.91
13432748--13432785	16	2.4	16	100	0	76	18	5	34	42	1.73
13434135--13434178	12	3.5	12	87	9	61	81	0	18	0	0.68
13434137--13434175	14	2.8	14	88	0	60	82	0	17	0	0.68
13437017--13437060	13	3.5	13	79	20	58	29	0	0	70	0.88
13437005--13437060	23	2.4	23	91	8	87	26	0	1	71	0.96
13439259--13439297	5	8.0	5	94	5	71	41	0	0	58	0.98
13441104--13441313	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
13443633--13443842	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
13451768--13451977	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
13456564--13456627	23	2.9	22	73	15	60	50	7	3	39	1.47
13456566--13456647	39	2.0	40	81	9	96	50	7	2	40	1.44
13456886--13457031	28	5.0	27	67	21	71	41	8	4	45	1.53
13457391--13457431	19	2.2	19	86	8	57	48	4	2	43	1.37
13457548--13457725	60	3.0	60	80	5	189	42	3	11	42	1.60
13461409--13461458	24	2.1	24	100	0	100	50	4	8	38	1.51
13462916--13463061	70	2.1	71	84	3	188	45	8	9	36	1.67
13470943--13471118	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
13470940--13471111	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
13475171--13475219	21	2.3	21	96	0	89	51	18	6	24	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13485771--13485819	24	2.0	24	100	0	98	57	12	12	18	1.65
13488776--13488800	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
13494392--13494450	21	2.7	22	76	12	59	52	0	0	47	1.00
13498768--13498800	14	2.4	14	94	0	57	36	0	15	48	1.45
13501089--13501238	43	3.5	44	77	4	171	30	25	16	28	1.96
13507454--13507661	40	5.2	39	83	3	211	25	25	23	25	2.00
13507454--13507659	80	2.6	81	83	4	240	25	26	23	25	2.00
13514866--13515072	40	5.2	39	82	4	202	25	25	23	25	2.00
13514864--13515070	80	2.6	80	81	6	233	26	25	23	25	2.00
13523136--13523311	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
13523132--13523303	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
13526262--13526340	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
13526253--13526339	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
13528720--13528895	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
13528716--13528887	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
13534811--13534982	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
13534835--13535018	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
13546502--13546652	40	3.8	39	82	2	142	23	27	22	25	2.00
13546502--13546652	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
13554475--13554641	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
13554491--13554641	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
13559425--13559632	40	5.2	40	82	1	184	21	26	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13559451--13559632	80	2.3	80	83	0	220	21	26	23	28	1.99
13567462--13567669	40	5.2	40	82	1	184	21	26	24	27	1.99
13567488--13567669	80	2.3	80	83	0	220	21	26	23	28	1.99
13575136--13575326	85	2.2	85	81	8	210	27	18	25	28	1.98
13575136--13575326	43	4.5	43	83	7	212	27	18	25	28	1.98
13587803--13587864	28	2.2	29	91	2	99	43	8	19	29	1.79
13591744--13591865	61	2.0	61	96	0	226	29	20	18	31	1.97
13595705--13595745	15	2.9	15	85	7	59	19	31	31	17	1.95
13597115--13597173	30	2.0	30	89	0	91	28	25	13	32	1.94
13604130--13604298	46	3.6	46	79	10	159	23	31	19	26	1.98
13615084--13615133	25	2.0	25	100	0	100	36	20	12	32	1.89
13615959--13616039	41	2.0	42	85	4	112	19	18	40	20	1.91
13617881--13617972	24	3.8	24	77	8	89	43	18	16	21	1.88
13617848--13617972	48	2.6	48	72	11	114	41	18	16	23	1.90
13619127--13619158	9	3.7	9	91	8	57	50	9	0	40	1.35
13627063--13627170	26	4.2	25	90	7	171	33	7	23	36	1.83
13627063--13627170	52	2.1	52	94	0	189	33	7	23	36	1.83
13630304--13630334	12	2.6	12	94	0	53	9	22	51	16	1.73
13635044--13635150	26	4.2	26	92	1	180	32	7	23	36	1.83
13636604--13636653	26	1.9	26	84	8	66	38	22	16	24	1.93
13638432--13638521	29	3.0	30	78	15	114	30	15	21	33	1.94
13645361--13645410	18	2.9	17	76	5	55	28	30	6	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13650825--13650867	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
13650818--13650875	12	4.8	12	91	4	73	70	0	0	29	0.87
13654672--13654735	31	2.1	31	87	0	92	23	23	17	35	1.95
13654927--13655069	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
13654927--13655068	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
13654926--13655069	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
13655119--13655179	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
13655222--13655269	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
13659872--13659935	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
13660140--13660244	47	2.2	48	89	3	158	27	22	20	29	1.98
13660140--13660244	24	4.4	24	91	3	158	27	22	20	29	1.98
13660294--13660354	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
13660397--13660444	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
13664886--13664927	21	2.0	22	85	4	59	42	14	2	40	1.58
13665096--13665139	20	2.1	21	80	15	56	2	15	2	79	0.93
13665324--13665375	3	17.3	3	91	0	86	63	0	1	34	1.06
13666546--13666587	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
13667990--13668039	25	2.0	25	92	0	82	28	6	26	40	1.79
13670794--13670891	6	15.8	6	68	17	58	46	14	19	19	1.83
13670794--13670888	25	3.8	25	81	6	104	46	14	20	18	1.84
13670821--13670891	31	2.3	29	97	0	106	47	15	16	19	1.82
13671293--13671487	27	7.3	27	88	1	275	22	22	20	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13671469--13671595	54	2.4	54	81	2	148	29	8	22	39	1.84
13671469--13671597	27	4.8	27	79	0	132	29	8	21	40	1.83
13671499--13671638	54	2.6	54	82	2	147	29	7	22	40	1.81
13671605--13671858	27	9.4	27	88	0	355	42	8	22	27	1.82
13671562--13671858	81	3.7	81	83	3	355	40	8	21	29	1.82
13671605--13671866	54	4.8	54	93	0	434	41	8	21	27	1.82
13671869--13672010	27	5.3	27	79	6	153	29	7	21	40	1.81
13671860--13672010	81	1.9	81	87	0	221	29	7	22	40	1.81
13678236--13678406	47	3.7	46	77	6	125	25	26	16	30	1.97
13678334--13678503	46	3.7	45	81	10	157	24	25	19	31	1.98
13689750--13690015	47	5.7	48	79	6	237	22	30	19	28	1.98
13689752--13690015	140	1.9	141	81	5	320	22	29	18	28	1.98
13691671--13691842	49	3.5	49	81	7	190	22	25	21	30	1.99
13691665--13691849	98	1.9	97	86	3	264	22	25	21	29	1.99
13695814--13695989	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
13695810--13695981	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
13697493--13697579	24	3.6	24	86	7	106	25	31	16	27	1.96
13700315--13700350	18	2.0	18	88	0	54	30	22	8	38	1.83
13703721--13703760	21	2.0	20	90	5	62	22	30	37	10	1.87
13705001--13705221	50	4.6	50	73	14	189	24	28	19	26	1.99
13704999--13705176	99	1.9	92	84	8	239	25	29	19	25	1.98
13708294--13708323	3	10.0	3	100	0	60	0	0	33	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13709843--13709882	13	2.9	14	85	7	55	62	0	10	27	1.27
13710117--13710150	18	1.9	18	88	5	52	52	0	20	26	1.46
13710236--13710320	21	4.0	21	79	3	80	15	24	23	36	1.93
13710597--13710635	13	3.0	13	82	14	53	58	7	10	23	1.56
13710669--13710701	13	2.5	13	100	0	66	45	0	15	39	1.46
13712494--13712710	64	3.3	64	63	16	152	31	25	17	25	1.97
13712460--13712745	136	2.1	137	94	0	502	32	25	18	24	1.97
13714533--13714668	26	5.2	26	93	0	227	36	25	5	33	1.80
13718676--13718705	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
13721667--13721778	42	2.6	43	77	5	129	29	16	21	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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