genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.266.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84272501--84272532	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
84272501--84272531	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
84274867--84274902	18	2.0	18	100	0	72	11	16	16	55	1.68
84275663--84275699	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
84280253--84280283	15	2.1	15	100	0	62	67	0	12	19	1.22
84280249--84280286	19	2.0	19	89	0	58	68	0	13	18	1.21
84285201--84285298	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
84292765--84292862	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
84299439--84299602	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
84299439--84299636	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
84303975--84303999	12	2.1	12	100	0	50	32	0	16	52	1.44
84310717--84311429	289	2.5	288	89	3	1074	29	20	17	31	1.96
84311162--84311672	205	2.5	205	93	0	853	28	21	18	31	1.97
84317523--84317566	21	2.1	21	95	0	79	11	18	25	45	1.82
84323753--84323804	22	2.4	22	72	18	54	63	5	3	26	1.34
84338032--84338198	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
84346039--84346205	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
84358345--84358485	27	5.2	26	83	6	174	17	24	23	35	1.95
84358345--84358485	54	2.6	53	90	2	212	17	24	23	35	1.95
84363117--84363243	40	3.2	39	75	8	121	23	28	23	24	2.00
84363133--84363282	80	1.9	80	82	8	189	23	26	23	26	2.00
84370092--84370122	16	1.9	16	93	0	53	48	0	6	45	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84375041--84375099	27	2.2	28	78	9	68	38	13	20	27	1.90
84377905--84377940	15	2.3	16	90	4	56	8	16	38	36	1.79
84385730--84385946	46	4.7	45	80	11	199	22	29	20	27	1.98
84385683--84385949	94	2.8	92	79	13	260	23	28	19	28	1.98
84385683--84385946	140	1.9	140	82	7	338	23	28	19	28	1.98
84392315--84392380	28	2.4	28	92	0	105	16	37	21	24	1.93
84395054--84395238	40	4.7	40	78	6	180	23	27	24	24	2.00
84395054--84395238	79	2.3	82	82	7	220	23	27	24	24	2.00
84397162--84397347	92	2.0	92	97	0	354	38	3	18	39	1.69
84399058--84399196	60	2.3	60	82	8	158	25	25	18	30	1.98
84399189--84399234	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
84400709--84400832	60	2.1	60	96	0	230	20	26	8	45	1.78
84405040--84405190	39	3.7	39	74	14	135	41	7	6	44	1.60
84407198--84407248	25	2.0	25	96	0	93	25	23	15	35	1.94
84410593--84410640	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
84410684--84410742	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
84410793--84410887	24	4.0	24	85	10	124	28	21	24	26	1.99
84410794--84410887	47	2.0	49	85	12	133	27	21	24	26	1.99
84411079--84411172	38	2.4	38	92	1	152	37	18	23	21	1.94
84418343--84418396	19	2.8	19	80	5	56	27	12	24	35	1.92
84423951--84424000	7	7.1	7	90	0	64	54	6	0	40	1.25
84429730--84429773	19	2.3	19	92	0	70	27	9	11	52	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84430148--84430234	44	2.0	44	100	0	174	52	16	12	18	1.74
84432466--84432494	14	2.1	14	100	0	58	41	13	17	27	1.87
84435016--84435040	11	2.3	11	100	0	50	16	8	8	68	1.38
84435505--84435544	18	2.2	18	100	0	80	32	5	25	37	1.77
84439807--84439840	17	2.0	17	88	0	50	35	14	2	47	1.60
84439882--84440029	49	2.8	53	80	10	178	39	6	0	53	1.31
84440161--84440290	51	2.6	51	81	3	138	30	20	11	38	1.88
84443486--84443663	43	4.1	43	76	8	191	24	15	26	33	1.95
84448577--84448846	45	5.9	47	80	11	260	24	21	27	26	1.99
84448630--84448846	45	4.9	45	84	5	273	24	21	27	25	1.99
84456720--84456819	44	2.3	44	82	5	123	27	15	28	30	1.96
84456696--84456896	43	4.7	43	75	9	151	28	15	24	31	1.95
84460515--84460539	5	5.0	5	100	0	50	40	20	40	0	1.52
84460612--84460641	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
84462538--84462705	27	6.1	27	86	6	205	19	23	21	35	1.96
84462538--84462705	54	3.1	54	89	3	248	19	23	21	35	1.96
84463670--84463706	19	2.0	19	85	15	51	64	10	2	21	1.37
84470617--84470763	54	2.7	54	90	1	222	19	23	21	35	1.96
84470617--84470809	27	7.1	27	81	10	196	20	22	19	37	1.94
84472581--84472671	19	4.9	19	82	8	125	36	9	16	37	1.82
84472589--84472678	36	2.5	37	84	10	116	36	10	16	36	1.82
84484380--84485369	207	4.8	207	91	2	1520	30	17	22	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84485753--84485878	54	2.3	54	85	6	175	37	11	15	35	1.83
84485761--84485878	35	3.3	35	91	3	173	37	11	15	35	1.84
84489927--84490102	46	3.8	46	80	7	212	22	21	27	28	1.99
84489924--84490094	93	1.8	93	93	0	297	22	21	27	28	1.99
84494067--84494101	17	2.1	17	88	0	52	40	0	0	60	0.97
84494166--84494251	35	2.4	35	84	9	104	30	6	1	61	1.29
84494360--84494419	30	2.0	31	83	3	77	31	5	0	63	1.16
84494656--84494703	24	2.0	24	84	8	62	31	6	4	58	1.42
84494888--84494955	32	2.1	32	89	5	102	29	10	4	55	1.52
84494896--84494962	32	2.1	32	94	0	116	28	8	5	56	1.53
84498490--84498539	14	3.5	15	80	20	54	24	22	10	44	1.83
84500244--84500329	42	2.0	42	95	0	154	34	20	19	24	1.96
84505287--84505317	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
84505284--84505323	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
84505548--84505763	55	4.0	54	80	6	231	22	25	16	35	1.95
84512377--84512407	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
84512374--84512413	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
84512599--84512853	55	4.8	53	81	7	252	21	25	17	35	1.95
84512646--84512843	108	1.8	110	88	2	310	23	25	17	33	1.96
84518234--84518277	2	22.5	2	90	4	72	45	0	0	54	0.99
84518519--84518626	3	35.7	3	68	25	59	30	4	1	62	1.25
84518496--84518567	30	2.3	32	81	9	87	30	4	0	65	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84518519--84518628	19	6.0	18	73	16	84	30	4	1	62	1.25
84518801--84518848	24	2.0	24	84	8	62	31	6	4	58	1.42
84519039--84519108	33	2.1	33	97	0	131	27	10	4	58	1.49
84528602--84528649	24	2.0	24	100	0	96	41	4	0	54	1.20
84530089--84530271	89	2.1	86	90	3	285	35	8	15	39	1.79
84530158--84530370	101	2.1	101	93	0	363	36	9	14	40	1.78
84543532--84543756	40	5.7	40	85	5	269	26	26	21	24	2.00
84543532--84543756	119	1.9	120	84	6	305	26	26	21	24	2.00
84551766--84552022	38	6.7	38	84	7	299	26	27	21	24	1.99
84575513--84575722	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
84579516--84579685	93	1.8	92	84	1	232	22	17	27	31	1.97
84586078--84586250	46	3.7	46	73	10	163	23	19	26	31	1.98
84586075--84586245	93	1.8	93	87	0	252	22	19	27	30	1.98
84588585--84588713	40	3.2	40	83	6	154	24	22	27	25	2.00
84592537--84592571	15	2.4	15	90	4	54	17	0	2	80	0.84
84594347--84594399	24	2.2	24	83	6	63	15	3	7	73	1.20
84603213--84603240	7	4.0	7	100	0	56	28	14	0	57	1.38
84603227--84603290	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
84603505--84603622	23	5.1	23	91	3	193	32	21	19	27	1.97
84603505--84603620	45	2.5	47	90	5	191	32	21	19	25	1.97
84603673--84603739	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
84603673--84603728	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84605995--84606167	93	1.9	93	88	0	265	23	19	28	28	1.98
84605997--84606174	46	3.8	46	76	4	178	23	19	27	29	1.98
84613702--84613771	35	2.0	35	100	0	140	22	8	22	45	1.79
84614193--84614256	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
84614448--84614566	23	5.0	24	87	5	163	31	21	19	27	1.97
84614678--84614725	25	1.9	25	95	0	87	29	20	22	27	1.99
84622325--84622433	43	2.6	42	75	5	112	26	22	19	31	1.98
84623643--84623678	17	2.1	17	100	0	72	25	11	27	36	1.90
84629803--84629992	40	4.8	41	80	3	156	24	24	27	22	2.00
84629799--84629989	80	2.4	80	84	6	235	24	24	27	23	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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