genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.250.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78782872--78782901	15	2.0	15	93	0	51	26	0	16	56	1.40
78783498--78783650	43	3.6	43	83	7	211	24	16	29	28	1.97
78790046--78790221	46	3.8	46	77	12	198	21	19	28	30	1.98
78790042--78790213	93	1.8	93	92	0	290	21	20	29	29	1.98
78794032--78794155	39	3.2	39	91	2	196	20	20	30	28	1.98
78794126--78794298	39	4.4	39	94	0	301	19	26	30	24	1.98
78794032--78794298	78	3.4	78	85	5	265	20	23	29	26	1.99
78804545--78804748	40	5.1	40	83	2	232	26	25	22	25	2.00
78819457--78819612	43	3.7	43	82	5	199	24	18	27	29	1.98
78821915--78822063	80	1.9	80	81	2	183	22	29	24	22	1.99
78821956--78822063	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
78838401--78838566	40	4.2	39	79	9	169	26	22	27	23	2.00
78845256--78845331	29	2.6	30	82	2	91	22	18	25	34	1.96
78845256--78845356	29	3.5	29	78	4	87	24	16	25	32	1.96
78849877--78849953	34	2.3	34	86	4	111	27	23	23	25	2.00
78850190--78850231	20	2.0	21	86	4	59	26	9	9	54	1.63
78852304--78852516	46	4.6	46	78	11	154	22	26	20	30	1.98
78857025--78857181	25	6.5	24	72	17	103	35	5	0	58	1.25
78857059--78857108	5	10.0	5	75	16	50	34	2	0	64	1.05
78857039--78857182	50	2.9	48	76	15	116	35	5	0	58	1.27
78857161--78857223	24	2.5	26	71	19	71	34	3	0	61	1.12
78857434--78857477	22	2.0	22	83	12	56	29	6	6	56	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78860087--78860285	38	5.0	38	81	10	236	29	25	15	30	1.95
78867282--78867395	42	2.7	41	84	9	140	28	25	14	31	1.94
78867368--78867487	47	2.6	47	85	5	163	28	24	15	32	1.95
78867515--78867694	31	5.8	31	85	7	231	26	26	18	28	1.98
78867515--78867694	62	2.9	63	86	6	260	26	26	18	28	1.98
78867677--78867798	50	2.4	51	89	5	185	27	22	13	36	1.92
78877023--78877138	28	4.1	28	75	10	92	39	23	12	24	1.90
78883702--78883897	49	3.9	48	79	9	207	26	18	25	29	1.98
78883700--78883900	101	2.0	99	83	7	255	26	18	25	29	1.98
78887720--78887937	40	5.5	40	86	2	271	25	28	22	22	1.99
78890171--78890344	91	1.9	93	95	2	316	34	9	16	39	1.81
78891838--78891924	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
78891838--78891946	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
78891838--78891946	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
78907843--78907935	40	2.3	40	83	3	107	27	26	22	22	1.99
78915684--78915835	40	3.8	40	79	5	146	26	24	26	22	2.00
78915722--78915851	40	3.3	39	78	11	147	23	24	26	24	2.00
78924820--78924891	34	2.1	34	92	5	119	25	23	23	27	2.00
78928643--78928685	20	2.1	21	91	4	70	79	0	16	4	0.90
78931339--78931389	23	2.2	23	85	0	66	43	17	15	23	1.88
78937424--78937455	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
78938165--78938423	40	6.4	40	89	0	329	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78944209--78944381	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
78944206--78944376	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
78944606--78944643	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
78951321--78951493	46	3.7	46	77	11	183	21	20	27	30	1.98
78951318--78951488	93	1.8	93	91	2	281	21	19	28	29	1.98
78951718--78951755	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
78954356--78954563	40	5.2	39	81	1	200	25	25	23	26	2.00
78954356--78954561	80	2.6	81	82	3	229	25	25	23	26	2.00
78956358--78956446	44	2.0	43	93	2	151	26	17	25	29	1.98
78958107--78958245	48	2.9	47	82	5	172	30	21	15	32	1.94
78958931--78959203	41	6.8	40	90	5	415	29	25	24	20	1.99
78959217--78959340	53	2.5	47	70	17	108	51	25	0	22	1.53
78959273--78959336	16	4.2	16	70	25	50	50	25	1	23	1.58
78963868--78963903	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
78964246--78964341	43	2.3	43	98	1	185	35	9	14	40	1.78
78966171--78966308	43	3.2	43	91	0	213	22	21	30	25	1.99
78969695--78969795	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
78977509--78977609	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
78982155--78982185	15	2.0	16	93	6	55	70	6	0	22	1.09
78982765--78982812	22	2.2	21	77	3	51	56	0	6	37	1.25
78987549--78987573	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
78989806--78990016	49	4.3	49	96	1	381	30	28	7	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78990566--78990622	28	2.0	28	100	0	114	40	14	10	35	1.80
78993722--78993765	17	2.6	16	82	10	61	27	29	20	22	1.99
78995158--78995412	43	6.0	42	82	8	318	27	16	27	29	1.97
78997079--78997118	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
78997451--78997490	21	1.9	20	90	10	62	62	7	0	30	1.23
78997612--78997692	41	2.0	41	97	0	153	48	7	3	40	1.49
78997776--78997838	30	2.0	31	82	11	76	46	4	4	44	1.45
79000107--79000165	29	2.0	30	86	3	84	49	15	6	28	1.70
79000857--79000885	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
79001125--79001180	25	2.3	24	77	19	62	53	0	1	44	1.11
79005963--79006002	21	1.9	21	89	0	62	35	17	2	45	1.62
79010751--79010803	26	2.0	26	82	7	63	22	15	20	41	1.89
79012056--79012156	24	4.2	24	85	0	130	20	34	3	40	1.71
79020359--79020398	2	21.0	2	90	10	66	50	0	0	50	1.00
79022566--79022623	29	2.0	29	83	12	75	44	0	12	43	1.41
79022587--79022721	34	4.0	32	75	16	114	42	1	13	42	1.53
79022587--79022719	68	2.0	66	81	10	153	42	1	13	42	1.53
79024677--79024828	40	3.8	40	84	7	175	23	22	27	26	1.99
79039440--79039577	40	3.5	40	81	8	131	25	21	25	28	1.99
79039485--79039583	40	2.5	40	91	0	153	24	21	28	26	1.99
79047437--79047588	40	3.8	39	83	7	164	23	22	28	25	1.99
79048982--79049315	125	2.7	124	80	8	372	38	17	14	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79050009--79050039	5	6.4	5	92	7	55	22	0	0	77	0.77
79050009--79050036	14	2.0	14	100	0	56	21	0	0	78	0.75
79052926--79053110	40	4.6	39	85	7	173	25	26	21	25	2.00
79052932--79053110	80	2.3	79	79	12	197	24	26	22	26	2.00
79053822--79053854	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
79060973--79061156	40	4.7	40	86	7	218	26	27	21	25	2.00
79060979--79061156	79	2.3	79	80	11	213	24	27	22	25	2.00
79061867--79061892	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
79070157--79070221	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
79096044--79096129	24	3.5	24	76	3	82	27	27	18	25	1.98
79096018--79096129	49	2.3	47	83	7	127	25	29	18	26	1.98
79102863--79102918	2	28.5	2	89	3	87	53	1	0	44	1.11
79108068--79108124	25	2.3	25	90	0	96	12	14	26	47	1.79
79112355--79112387	16	2.1	16	100	0	66	30	18	18	33	1.94
79117451--79117498	23	2.1	23	88	7	71	8	10	33	47	1.68
79117512--79117592	26	3.2	25	85	5	83	17	19	20	41	1.90
79117530--79117670	26	5.6	25	71	9	101	20	21	20	37	1.94
79123014--79123115	29	3.5	28	74	10	80	29	31	15	23	1.95
79129927--79129996	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
79138200--79138238	19	2.1	19	100	0	78	46	10	5	38	1.60
79140294--79140385	46	2.0	46	97	0	175	38	23	11	26	1.90
79142446--79142666	46	4.8	46	81	11	263	28	28	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79142501--79142670	93	1.8	93	90	0	277	28	28	20	22	1.99
79151880--79151927	18	2.7	18	93	3	80	18	2	18	60	1.46
79155063--79155251	43	4.4	43	90	1	272	30	15	20	33	1.94
79161707--79161769	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
79165732--79165782	25	2.0	25	96	0	93	50	19	7	21	1.72
79168003--79168109	50	2.1	50	84	0	133	23	17	8	50	1.73
79178662--79178791	47	2.8	47	77	15	144	29	26	20	23	1.99
79180374--79181817	795	1.8	793	88	2	2207	30	21	13	33	1.93
79182535--79182621	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
79182690--79182939	49	5.1	49	95	0	421	30	26	8	34	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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