genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62699949--62699995	20	2.4	20	75	3	51	55	2	29	12	1.49
62704028--62704121	45	2.0	46	93	6	163	45	4	24	25	1.71
62704698--62704723	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
62709415--62709484	27	2.5	28	88	2	97	28	27	15	28	1.96
62709415--62709485	28	2.6	27	88	2	97	28	26	16	28	1.97
62712396--62712613	40	5.4	40	82	2	222	27	22	25	25	2.00
62720404--62720621	40	5.4	40	86	3	260	26	23	27	22	2.00
62720404--62720621	79	2.7	80	84	1	267	26	23	27	22	2.00
62720404--62720621	119	1.8	121	84	4	298	26	23	27	22	2.00
62720564--62720647	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
62728472--62728681	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
62736607--62736816	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
62741636--62741703	34	2.0	34	97	0	127	16	20	36	26	1.93
62742982--62743006	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
62751491--62751550	6	9.8	6	76	16	52	50	16	15	18	1.79
62751505--62751556	25	2.1	24	85	3	68	50	17	15	17	1.79
62751500--62751579	31	2.5	31	89	2	124	52	15	15	17	1.75
62751716--62751817	27	3.8	26	88	5	132	36	21	23	18	1.95
62751976--62752040	22	3.0	22	77	8	69	33	20	23	23	1.97
62752468--62752682	27	8.0	27	85	1	261	24	19	19	37	1.94
62752496--62752689	81	2.4	81	90	0	289	25	17	18	38	1.92
62752485--62752681	54	3.6	54	91	0	313	24	17	19	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62752496--62752716	81	2.7	81	81	4	187	27	16	18	37	1.92
62752807--62753020	108	2.0	108	95	0	383	32	7	20	40	1.79
62752807--62753013	54	3.8	54	92	0	342	32	6	19	41	1.78
62752728--62753013	27	10.6	27	84	0	304	31	8	20	39	1.82
62759394--62759445	27	1.9	27	88	0	77	36	21	17	25	1.94
62764597--62764765	40	4.2	39	78	8	142	32	23	20	23	1.98
62764597--62764686	39	2.3	39	88	1	135	36	22	21	20	1.95
62765129--62765163	15	2.4	14	90	4	52	20	0	34	45	1.51
62765079--62765168	22	4.1	22	71	7	58	23	1	30	45	1.60
62765144--62765191	25	1.9	25	87	8	71	18	0	41	39	1.51
62765235--62765282	22	2.2	22	82	10	55	22	2	33	41	1.66
62765235--62765282	7	6.7	7	80	4	51	22	2	33	41	1.66
62765444--62765478	15	2.4	15	90	4	54	20	2	37	40	1.67
62765439--62765526	7	12.3	7	74	9	52	21	2	37	38	1.66
62765459--62765523	21	3.1	20	80	12	60	21	1	40	36	1.63
62765439--62765540	14	7.3	14	76	7	73	22	1	36	39	1.66
62765483--62765534	7	7.4	7	80	8	61	25	1	38	34	1.67
62772925--62772967	10	4.5	10	80	8	54	32	0	0	67	0.91
62772966--62773153	43	4.4	43	87	2	281	22	20	29	27	1.98
62772966--62773153	84	2.2	86	88	1	281	22	20	29	27	1.98
62775593--62775625	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
62778534--62778572	10	3.6	10	86	13	51	84	5	0	10	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62783914--62783946	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
62797649--62797837	55	3.5	55	78	2	159	19	23	18	38	1.93
62797644--62797837	53	3.6	54	77	2	183	20	23	18	38	1.93
62815302--62815518	40	5.4	40	82	2	231	27	27	20	24	1.99
62820779--62820883	53	2.0	53	84	0	138	19	23	20	37	1.94
62825675--62825914	129	1.9	128	86	0	345	40	16	11	31	1.83
62829203--62829345	38	3.8	38	86	4	191	20	20	27	31	1.98
62829185--62829346	76	2.1	77	82	6	204	21	20	26	30	1.98
62829338--62829621	43	6.6	43	91	0	451	11	25	32	30	1.92
62832084--62832135	21	2.5	22	81	9	63	57	5	11	25	1.55
62847026--62847188	44	3.8	42	80	5	159	21	20	23	34	1.97
62847032--62847188	42	3.7	42	78	9	131	22	20	24	33	1.97
62853330--62853357	11	2.5	11	100	0	56	14	0	35	50	1.43
62857221--62857295	28	2.6	29	78	2	89	22	20	36	21	1.96
62865014--62865088	30	2.5	30	91	8	125	30	14	28	25	1.95
62865100--62865148	24	2.0	24	84	0	62	24	20	32	22	1.98
62865431--62865596	40	4.2	40	78	8	162	25	22	27	24	2.00
62865431--62865580	79	1.9	79	84	5	205	26	22	27	24	2.00
62872536--62872584	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
62873406--62873572	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
62884636--62884759	28	4.3	29	89	1	171	29	29	13	27	1.94
62884636--62884759	57	2.2	57	85	2	169	29	29	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62912402--62912467	28	2.4	28	89	0	105	12	22	21	43	1.85
62918952--62919014	27	2.3	27	94	0	108	25	33	6	34	1.81
62928888--62929135	52	4.8	52	79	9	224	35	16	25	21	1.95
62928895--62929089	107	1.8	108	86	7	290	34	16	25	23	1.95
62929325--62929355	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
62934308--62934408	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
62942268--62942368	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
62946120--62946145	12	2.2	12	100	0	52	23	19	15	42	1.89
62947589--62947840	53	4.8	53	77	10	218	36	17	25	21	1.94
62947599--62947794	108	1.8	108	85	6	281	35	16	25	22	1.95
62948029--62948059	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
62949874--62950002	43	3.0	43	85	1	161	27	20	29	22	1.99
62955078--62955151	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
62955019--62955151	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
62962961--62963034	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
62962902--62963034	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
62969770--62969869	26	3.5	28	82	8	87	26	15	29	30	1.95
62969800--62969869	26	2.6	27	90	4	106	25	14	30	30	1.95
62972185--62972371	40	4.7	39	76	4	149	27	21	26	24	1.99
62972187--62972371	80	2.3	80	83	1	237	27	21	26	24	1.99
62972227--62972378	40	3.8	40	80	3	162	26	21	26	24	1.99
62972225--62972408	80	2.3	80	81	3	201	26	21	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62972224--62972408	40	4.7	38	76	9	147	25	21	27	25	2.00
62978300--62978375	23	3.3	23	71	14	68	35	21	22	21	1.96
62978294--62978352	23	2.6	22	76	10	66	37	20	20	22	1.95
62978294--62978361	22	3.0	21	73	12	64	36	20	20	22	1.95
62979760--62979789	16	1.9	15	93	6	51	46	20	0	33	1.51
62980834--62980892	30	2.0	30	83	6	75	42	3	25	28	1.71
62981233--62981475	55	4.6	53	79	8	228	36	18	23	21	1.95
62981236--62981436	108	1.8	110	88	4	309	34	17	24	22	1.96
62981675--62981705	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
62987511--62987762	27	9.3	27	86	2	326	26	13	19	40	1.89
62987511--62987762	109	2.3	109	89	1	382	26	13	19	40	1.89
62990836--62990905	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
62990836--62990917	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
62995590--62995691	37	2.8	38	75	10	104	49	5	2	42	1.42
62995590--62995727	74	1.9	74	86	3	197	49	4	2	43	1.37
62996210--62996242	15	2.1	17	88	11	52	72	6	15	6	1.24
63001944--63001997	26	2.1	26	83	10	67	20	12	1	64	1.36
63004994--63005636	49	13.1	49	97	0	1205	33	9	26	30	1.87
63005708--63005794	37	2.3	36	90	5	129	19	18	34	27	1.95
63011409--63011444	18	1.9	19	88	5	56	41	0	11	47	1.39
63011832--63011951	57	2.1	57	98	0	231	30	15	25	27	1.96
63017063--63017147	29	3.0	30	89	8	133	25	32	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63021465--63021555	29	3.2	28	83	7	112	28	30	15	25	1.96
63021772--63021802	16	1.9	16	93	0	53	16	25	16	41	1.88
63023626--63023927	149	2.0	149	100	0	604	26	12	15	45	1.82
63033753--63033777	13	1.9	13	100	0	50	32	4	16	48	1.64
63038004--63038268	27	9.8	27	86	0	314	29	21	7	41	1.81
63037904--63038470	27	20.9	27	77	9	156	35	20	8	35	1.83
63038004--63038297	81	3.6	80	87	2	372	31	21	7	39	1.81
63038058--63038396	81	4.2	80	81	5	270	34	20	7	37	1.81
63038529--63038621	27	3.4	27	88	2	125	35	20	24	19	1.96
63039332--63039359	8	3.5	8	100	0	56	42	21	21	14	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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