genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19200496--19200699	40	5.1	40	89	1	284	23	20	28	27	1.99
19203686--19203782	43	2.3	43	87	5	135	34	13	21	30	1.92
19207458--19207585	45	2.8	46	93	2	222	19	21	29	28	1.98
19210535--19210614	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
19210526--19210613	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
19212996--19213171	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
19212992--19213163	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
19216105--19216183	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
19216096--19216182	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
19221940--19221992	21	2.5	21	82	14	65	47	1	1	49	1.23
19225691--19225731	22	1.9	22	85	5	57	39	4	4	51	1.45
19226765--19226815	16	3.0	17	74	8	50	49	0	0	50	1.00
19235099--19235155	22	2.5	22	83	13	64	64	0	3	31	1.10
19236571--19236603	17	1.9	17	93	0	57	18	6	6	69	1.30
19236750--19236932	80	2.3	80	85	5	248	28	23	16	31	1.96
19236916--19237185	44	6.3	43	76	5	233	27	26	17	28	1.98
19236988--19237185	41	4.7	41	77	10	184	27	26	17	28	1.98
19236915--19237185	85	3.1	85	82	3	319	26	26	18	28	1.98
19237042--19237508	88	5.4	85	83	6	324	29	24	15	29	1.96
19237168--19237468	44	6.8	44	90	1	442	29	25	14	30	1.95
19239854--19240017	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
19239854--19240051	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19247428--19247591	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
19247428--19247625	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
19252412--19252453	20	2.1	20	95	0	75	52	4	11	30	1.59
19257063--19257100	20	1.9	20	88	0	58	76	0	15	7	1.01
19258390--19258490	28	3.5	28	84	4	103	28	13	27	29	1.95
19258419--19258490	29	2.5	29	91	6	112	30	13	26	29	1.94
19266380--19266480	28	3.5	28	84	4	103	28	13	27	29	1.95
19266409--19266480	29	2.5	29	91	6	112	30	13	26	29	1.94
19271046--19271094	20	2.4	22	83	10	59	63	0	6	30	1.19
19271176--19271240	25	2.5	27	82	9	73	64	0	1	33	1.03
19272515--19272547	17	1.9	17	93	0	57	18	6	6	69	1.30
19275057--19275091	17	1.9	17	88	11	52	37	0	2	60	1.12
19275044--19275096	19	2.8	20	75	18	58	41	0	1	56	1.10
19277167--19277224	29	2.0	30	86	3	82	34	0	0	65	0.93
19277256--19277347	3	30.7	3	74	23	79	33	1	0	65	1.00
19277257--19277358	17	6.2	17	74	18	90	33	0	0	64	1.07
19277256--19277352	29	3.5	28	78	17	112	34	1	1	63	1.08
19277263--19277344	7	12.4	7	76	21	54	32	1	0	65	1.00
19277356--19277418	22	2.9	22	75	11	67	44	1	4	49	1.33
19277663--19277701	19	2.1	19	85	9	53	20	2	7	69	1.26
19278047--19278356	43	7.2	43	91	1	451	23	31	21	22	1.98
19279397--19279668	138	2.0	138	94	1	474	48	14	9	26	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19281301--19281342	15	2.9	14	85	7	57	19	0	2	78	0.86
19281310--19281342	7	4.6	7	96	3	57	15	0	0	84	0.61
19281936--19281978	15	3.0	15	83	6	54	46	32	0	20	1.51
19281941--19282027	22	4.0	22	67	7	52	45	31	0	22	1.53
19282002--19282027	7	3.7	7	100	0	52	46	38	0	15	1.46
19282124--19282165	15	2.9	15	82	3	50	40	30	0	28	1.57
19282185--19282227	14	3.2	13	86	6	50	32	48	0	18	1.48
19282744--19282921	41	4.4	40	92	2	259	19	21	22	35	1.96
19282744--19282952	82	2.6	81	84	7	262	19	22	22	36	1.95
19282744--19282950	81	2.5	79	82	8	245	19	22	22	36	1.95
19282744--19282950	41	5.1	39	88	4	225	19	22	22	36	1.95
19282976--19283001	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
19285468--19285690	40	5.6	40	85	6	283	26	26	22	24	2.00
19300955--19301244	45	6.6	43	68	9	154	32	15	23	27	1.95
19300955--19301084	43	3.0	43	82	3	145	33	15	24	26	1.95
19301070--19301497	45	9.5	44	66	10	204	32	16	26	25	1.96
19301043--19301535	90	5.5	90	89	0	725	30	16	26	26	1.96
19304157--19304207	16	3.0	17	74	8	50	49	0	0	50	1.00
19306510--19306557	24	2.1	23	88	7	71	27	2	4	66	1.21
19309130--19309175	22	2.1	21	84	4	56	21	30	17	30	1.96
19311381--19311433	26	2.0	26	82	7	63	24	16	20	37	1.93
19313068--19313252	40	4.6	41	75	11	179	25	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19316260--19316315	26	2.2	26	93	0	94	33	26	10	28	1.90
19318393--19318568	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
19318389--19318560	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
19320453--19320508	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
19320451--19320529	35	2.2	37	86	13	121	37	10	16	35	1.82
19320451--19320522	19	3.9	19	89	10	123	37	11	15	36	1.83
19320451--19320545	17	4.8	22	84	12	79	36	9	15	37	1.80
19320813--19320844	17	1.9	16	93	6	55	28	0	0	71	0.86
19321565--19321589	13	1.9	13	100	0	50	48	12	8	32	1.69
19328021--19328128	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
19329615--19329667	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
19331320--19331350	12	2.6	12	94	0	53	12	25	48	12	1.77
19332867--19333074	40	5.2	39	81	3	193	24	25	24	25	2.00
19332867--19333073	80	2.6	80	81	3	229	24	26	24	25	2.00
19339462--19339569	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
19341054--19341106	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
19351732--19351831	28	3.6	28	71	9	82	60	5	5	30	1.40
19351804--19351846	11	3.6	11	77	17	50	67	0	2	30	1.03
19351804--19351881	25	3.2	24	79	13	88	64	1	2	32	1.15
19353112--19353150	20	1.9	21	89	5	62	12	10	38	38	1.78
19353713--19354006	78	3.8	78	89	1	446	31	19	23	25	1.98
19354104--19354449	78	4.4	78	89	3	518	33	17	24	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19353572--19354736	365	3.2	362	84	6	1362	32	18	23	25	1.97
19353713--19354941	443	2.8	441	91	2	1987	32	18	23	25	1.97
19354521--19354893	78	4.8	78	92	1	604	31	19	24	24	1.98
19354923--19355092	89	1.9	89	91	0	277	29	14	30	25	1.95
19354833--19355100	45	5.9	45	77	6	274	31	16	27	25	1.96
19355458--19355548	35	2.5	37	87	8	132	37	10	15	36	1.83
19355458--19355548	19	4.9	19	89	8	143	37	10	15	36	1.83
19355458--19355571	19	5.8	22	85	10	78	36	9	15	37	1.81
19361542--19361587	24	2.1	21	84	15	58	28	0	4	67	1.10
19367517--19367683	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
19367517--19367683	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
19368509--19368554	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
19375524--19375690	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
19375524--19375690	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
19376515--19376560	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
19378171--19378252	26	3.2	26	94	0	146	31	6	25	36	1.81
19383121--19383227	12	8.9	12	75	16	64	58	0	4	36	1.19
19383116--19383227	34	3.2	33	74	21	102	58	0	4	36	1.18
19386185--19386344	26	6.2	26	91	0	257	33	6	23	35	1.82
19389768--19389818	16	3.0	17	74	8	50	49	0	0	50	1.00
19396450--19396488	19	2.1	19	100	0	78	53	15	10	20	1.70
19396955--19397001	22	2.2	21	85	11	60	25	0	6	68	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19398628--19398686	28	2.1	28	100	0	118	16	11	25	45	1.82
19399307--19399366	27	2.3	27	86	11	81	28	15	16	40	1.89
19399322--19399447	27	4.7	27	81	9	107	26	9	20	43	1.82
19399321--19399447	54	2.4	54	81	2	148	26	9	20	43	1.82
19399350--19399461	27	4.1	27	81	6	93	28	7	21	42	1.79
19399440--19399752	27	11.6	27	84	2	351	42	9	20	28	1.82
19403009--19403076	28	2.5	28	92	4	113	19	10	27	42	1.83
19403685--19403746	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
19403726--19403805	27	3.0	27	90	0	124	30	8	20	41	1.82
19403701--19403827	54	2.4	54	80	6	141	27	9	19	43	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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