genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17616994--17617053	26	2.4	24	83	8	75	28	0	3	68	1.05
17620511--17620542	16	2.0	16	93	0	55	43	9	6	40	1.62
17621800--17621853	28	1.9	28	96	0	99	31	33	22	12	1.92
17623133--17623173	8	5.2	8	94	5	75	29	0	0	70	0.87
17623133--17623195	8	7.5	8	84	10	63	31	0	1	66	1.01
17624333--17624471	41	3.4	41	95	2	237	24	25	17	31	1.97
17626134--17626191	20	3.0	19	82	7	64	60	0	1	37	1.07
17627557--17627586	11	2.6	12	94	5	53	6	10	6	76	1.15
17631647--17631795	43	3.5	43	79	13	164	24	19	26	29	1.98
17635162--17635300	43	3.2	43	84	5	147	26	19	28	25	1.99
17635189--17635302	43	2.7	43	87	0	165	26	19	28	25	1.98
17638988--17639061	37	2.0	37	100	0	148	8	21	27	43	1.80
17643043--17643112	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
17646251--17646411	43	3.8	42	78	10	141	24	16	25	32	1.96
17646285--17646391	42	2.5	44	82	11	132	26	14	23	35	1.94
17649025--17649103	28	2.8	28	88	0	122	32	10	26	30	1.89
17653449--17653699	27	9.4	27	86	3	265	41	19	14	25	1.89
17654908--17654932	13	1.9	13	100	0	50	72	8	16	4	1.24
17657440--17657500	30	2.0	30	81	12	72	19	19	0	60	1.36
17659626--17659792	40	4.2	41	80	5	164	24	26	22	26	2.00
17660615--17660660	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
17664585--17664630	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17666532--17666662	40	3.3	40	78	2	147	25	24	27	22	2.00
17671884--17672176	47	6.6	47	76	14	280	31	13	23	32	1.93
17671975--17672221	38	6.0	38	75	17	208	31	13	23	31	1.93
17671923--17672214	85	3.4	85	92	0	494	30	13	23	32	1.93
17673380--17673440	29	2.1	28	96	3	113	21	11	19	47	1.81
17677553--17677684	29	4.6	29	74	0	120	33	21	12	31	1.92
17680106--17680148	18	2.4	18	92	0	68	46	16	18	18	1.84
17680440--17680625	27	7.0	27	83	1	214	42	17	13	26	1.86
17680440--17680625	54	3.5	54	85	2	243	42	17	13	26	1.86
17682684--17682730	18	2.6	18	82	0	58	48	14	14	21	1.80
17683050--17683262	27	7.9	27	86	0	221	43	18	13	25	1.86
17683951--17683995	20	2.2	20	88	0	63	15	24	15	44	1.85
17696417--17696510	29	3.2	29	73	5	82	39	20	13	26	1.90
17703636--17703667	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
17711868--17712879	504	2.0	505	93	1	1724	29	19	17	34	1.95
17723719--17723831	38	2.9	38	84	2	127	22	22	27	28	1.99
17723735--17723842	38	2.8	38	84	0	135	20	21	27	30	1.98
17723835--17724032	43	4.6	43	94	0	342	11	25	31	30	1.91
17734077--17734160	42	2.0	42	97	0	159	39	33	4	22	1.75
17740566--17740620	24	2.3	24	87	0	83	50	21	1	25	1.58
17747096--17747196	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
17749467--17749492	12	2.2	12	100	0	52	30	23	0	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17750572--17750607	18	1.9	19	88	5	56	38	22	5	33	1.77
17755467--17755732	47	5.7	47	72	8	247	23	19	28	28	1.98
17755469--17755779	93	3.3	93	92	0	505	22	20	28	28	1.99
17755528--17755786	46	5.6	46	72	12	224	22	19	28	29	1.98
17758195--17759248	516	2.0	520	86	4	1478	37	20	12	28	1.89
17761614--17761664	20	2.5	20	96	0	93	41	13	19	25	1.88
17765427--17765597	46	3.7	46	79	11	181	22	19	27	30	1.98
17772975--17773111	47	2.9	48	75	16	151	23	18	27	30	1.98
17772975--17773144	93	1.8	92	87	5	252	22	19	27	30	1.98
17780797--17780984	40	4.7	40	91	1	279	25	29	22	23	1.99
17780784--17780984	80	2.5	80	90	3	314	26	28	21	22	1.99
17785865--17785953	28	3.2	28	80	3	101	16	21	22	39	1.92
17800024--17800201	40	4.5	40	80	4	175	23	25	22	28	1.99
17803845--17803921	5	14.6	5	79	17	77	37	0	3	58	1.17
17803797--17803921	34	4.0	33	79	12	115	39	0	4	56	1.24
17803879--17803921	10	4.3	10	100	0	86	39	0	0	60	0.97
17803879--17803921	15	2.9	15	100	0	86	39	0	0	60	0.97
17803993--17804025	18	1.9	17	88	11	50	45	0	0	54	0.99
17804780--17804891	9	12.9	8	73	19	66	66	1	1	29	1.11
17804780--17804939	10	17.8	9	72	16	93	63	2	1	31	1.18
17804714--17804814	38	2.6	38	75	7	98	66	0	4	27	1.19
17804714--17804833	37	3.2	36	72	10	98	65	2	4	27	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17804841--17804938	29	3.4	29	71	10	69	62	2	3	32	1.22
17808696--17808813	27	4.4	27	82	6	132	36	19	19	24	1.95
17808695--17808809	54	2.1	54	84	7	146	36	18	20	24	1.95
17808803--17808867	27	2.4	27	84	2	78	27	21	18	32	1.97
17809547--17809609	27	2.3	28	86	2	83	25	22	15	36	1.94
17809731--17809806	31	2.5	31	86	0	107	18	17	15	48	1.81
17809728--17809815	6	14.3	6	73	17	65	19	15	15	48	1.81
17811755--17812024	53	4.9	53	77	12	287	40	20	8	31	1.82
17811835--17812058	111	2.0	111	100	0	448	39	19	9	31	1.84
17811762--17812026	85	3.2	81	73	10	238	40	20	8	31	1.82
17811762--17812028	27	9.7	27	73	11	231	40	19	8	31	1.81
17811757--17812032	58	5.0	53	76	12	236	40	19	7	31	1.81
17811880--17812079	53	3.7	53	75	10	206	40	20	9	31	1.83
17811957--17812096	27	5.3	26	74	11	79	41	20	7	30	1.80
17811762--17812096	26	12.3	26	68	15	155	40	19	8	31	1.82
17812074--17812315	27	9.2	27	80	4	253	30	21	6	41	1.77
17812076--17812311	80	3.0	79	86	3	300	30	20	6	42	1.77
17812551--17812602	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
17812825--17812912	6	14.8	6	73	19	78	19	17	14	48	1.81
17812835--17812901	19	3.4	19	74	22	75	19	17	16	46	1.85
17812825--17812931	31	3.2	31	78	15	88	19	17	14	48	1.81
17812834--17812914	40	2.0	40	100	0	162	19	17	14	48	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17814918--17814978	27	2.3	27	88	0	95	40	19	9	29	1.84
17814973--17815233	27	9.7	27	80	4	172	31	20	6	41	1.78
17814987--17815231	54	4.6	54	88	1	341	30	20	6	42	1.78
17814960--17815233	81	3.4	81	85	2	345	30	20	7	41	1.80
17815741--17815834	6	15.3	6	77	16	95	18	18	15	47	1.82
17815741--17815820	31	2.6	31	93	0	133	17	18	16	47	1.83
17817743--17817966	27	8.3	27	80	3	184	38	21	9	30	1.85
17817743--17817958	81	2.7	81	78	2	211	38	21	9	30	1.85
17817743--17817897	54	2.9	54	88	0	229	39	21	9	30	1.84
17817947--17818118	27	6.4	27	88	0	220	27	21	9	40	1.85
17817917--17818099	81	2.3	81	81	5	201	30	22	9	37	1.86
17817960--17818137	81	2.2	81	81	4	216	28	22	8	40	1.83
17817994--17818167	81	2.1	81	80	8	185	25	20	11	41	1.86
17818471--17818530	27	2.3	26	85	2	75	21	21	20	36	1.95
17818649--17818724	31	2.5	31	84	4	91	19	18	13	48	1.80
17818649--17818724	6	12.3	6	69	20	50	19	18	13	48	1.80
17835424--17835500	33	2.3	33	95	0	136	33	16	22	27	1.95
17839345--17839502	43	3.7	43	76	9	178	30	24	17	27	1.97
17843232--17843383	40	3.8	39	78	5	142	26	25	25	23	2.00
17843234--17843383	80	1.9	80	83	2	194	26	26	25	22	2.00
17843270--17843397	40	3.2	39	76	6	132	23	25	26	24	2.00
17846200--17846372	43	4.0	45	73	11	132	32	23	17	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17846737--17846761	8	3.1	8	100	0	50	24	24	0	52	1.48
17853826--17853980	43	3.6	42	76	6	134	33	22	16	27	1.95
17855859--17856121	40	6.7	40	86	6	342	23	21	28	25	1.99
17855893--17856144	39	6.4	40	83	9	155	25	21	27	25	1.99
17855859--17856094	79	3.0	79	93	3	386	23	21	28	25	1.99
17857745--17857815	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
17857799--17857922	27	4.6	27	81	2	151	42	18	7	31	1.77
17857783--17857893	54	2.1	53	81	8	134	40	21	6	31	1.78
17857799--17857922	54	2.3	54	90	0	185	42	18	7	31	1.77
17857905--17857966	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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