genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24698275--24698504	81	2.9	81	86	1	275	41	22	7	28	1.81
24698651--24698709	27	2.2	27	90	6	93	40	18	25	15	1.90
24699451--24699561	26	4.3	26	87	4	156	29	20	21	27	1.98
24699767--24699843	31	2.5	31	89	0	118	33	20	20	24	1.97
24701437--24701475	21	1.9	19	90	10	60	84	0	10	5	0.76
24701849--24701898	24	2.1	24	100	0	100	28	8	16	48	1.74
24701922--24701966	20	2.1	23	88	12	69	28	8	11	51	1.68
24702647--24702763	56	2.1	56	82	6	139	36	15	7	40	1.76
24705767--24706089	27	11.9	27	85	2	378	30	21	6	40	1.79
24706088--24706246	27	5.9	27	88	2	230	39	20	8	30	1.83
24706093--24706285	54	3.6	52	84	7	192	41	20	7	30	1.80
24706081--24706270	81	2.3	81	82	8	235	39	21	9	29	1.85
24706283--24706334	27	1.9	27	84	7	70	40	15	11	32	1.83
24706757--24706814	21	2.8	21	92	2	91	18	22	36	22	1.95
24707158--24707213	20	2.9	19	82	12	62	39	8	17	33	1.81
24707263--24707436	26	6.8	26	90	2	264	25	22	23	27	2.00
24707263--24707436	51	3.4	51	95	1	296	25	22	23	27	2.00
24707581--24707668	42	2.1	42	93	0	149	29	11	18	40	1.85
24717509--24717545	14	2.8	13	88	11	58	62	10	5	21	1.48
24729651--24729723	29	2.5	29	93	0	119	27	30	15	27	1.96
24737687--24737759	29	2.5	29	93	0	119	27	30	15	27	1.96
24741932--24741975	18	2.4	18	96	0	79	38	11	20	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24745216--24745249	17	1.9	18	88	5	52	14	23	38	23	1.92
24745309--24745388	29	2.8	29	86	5	110	36	12	20	31	1.89
24751205--24751238	17	2.0	17	100	0	68	29	11	11	47	1.76
24764299--24764363	23	2.8	23	97	2	121	26	20	18	35	1.95
24764349--24764411	24	2.6	24	94	0	117	34	25	17	22	1.95
24771872--24771934	24	2.6	24	94	0	117	25	22	17	34	1.95
24771920--24771981	23	2.6	24	94	5	117	35	25	17	20	1.95
24779721--24779817	27	3.6	27	97	1	176	30	26	13	28	1.94
24781339--24781519	46	3.9	46	79	12	219	21	20	29	28	1.98
24781341--24781511	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	28	1.98
24784499--24784564	33	2.0	33	90	0	105	22	27	16	33	1.96
24784532--24784760	48	4.8	46	76	7	199	27	26	17	29	1.98
24784532--24784760	96	2.4	96	87	1	325	27	26	17	29	1.98
24792232--24792680	48	9.5	48	74	5	349	28	26	16	28	1.97
24792214--24792680	96	4.9	95	86	4	590	28	26	16	28	1.97
24792232--24792680	185	2.4	186	85	6	589	28	26	16	28	1.97
24806206--24806441	81	2.9	81	86	1	321	19	21	12	46	1.83
24806207--24806440	27	8.6	27	74	7	197	20	21	12	46	1.83
24806341--24806453	27	4.2	27	76	5	68	18	23	12	46	1.83
24806341--24806453	54	2.1	54	81	6	131	18	23	12	46	1.83
24806575--24806640	27	2.4	28	82	10	82	28	28	18	24	1.98
24806742--24806842	50	2.0	50	86	0	139	24	25	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24809376--24809566	40	4.8	39	78	7	172	24	23	28	24	2.00
24817393--24817571	38	4.6	40	78	10	176	25	24	26	24	2.00
24817393--24817573	77	2.3	81	80	11	209	24	23	27	24	2.00
24821879--24821970	39	2.4	39	92	3	150	23	20	30	25	1.99
24821959--24821984	13	2.0	13	100	0	52	23	23	30	23	1.99
24821920--24822019	52	1.9	52	91	0	164	24	22	28	26	1.99
24821972--24822048	39	2.0	39	89	0	118	22	23	28	25	1.99
24821881--24822048	91	1.8	91	89	0	264	22	22	29	25	1.99
24830216--24830438	46	4.8	47	75	13	169	30	26	20	22	1.98
24830269--24830388	47	2.6	47	89	0	186	29	25	20	25	1.99
24832505--24832683	49	3.6	49	90	0	250	25	16	26	31	1.97
24832452--24832683	49	4.7	49	83	2	248	25	17	27	30	1.97
24834891--24835019	27	4.8	27	72	9	102	25	27	10	36	1.89
24835171--24835256	45	1.9	45	87	0	127	23	22	11	43	1.86
24838217--24838243	9	3.0	9	100	0	54	33	11	11	44	1.75
24841156--24841328	46	3.7	46	79	10	199	22	20	27	29	1.99
24841153--24841323	93	1.8	93	92	0	288	22	21	28	28	1.99
24848705--24848875	46	3.8	45	80	8	202	22	20	27	29	1.98
24853775--24853929	48	3.2	48	85	0	211	30	23	6	38	1.80
24855193--24855245	27	2.0	27	85	3	72	39	20	11	28	1.87
24856869--24856948	39	2.1	39	100	0	160	28	25	22	23	1.99
24857283--24857401	40	3.0	40	87	1	150	27	29	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24858403--24858546	48	3.0	48	86	0	198	30	22	7	38	1.82
24860902--24860973	19	3.7	19	76	10	67	33	6	0	59	1.24
24861127--24861161	3	11.3	3	93	6	61	37	0	0	62	0.95
24861106--24861161	21	2.6	22	83	5	62	33	1	1	62	1.16
24861568--24861657	45	2.0	45	100	0	180	24	6	11	57	1.57
24873175--24873771	119	5.0	119	93	0	989	34	16	18	29	1.94
24873695--24873880	83	2.2	83	89	0	282	33	18	18	29	1.95
24875592--24875663	19	3.7	19	76	10	67	33	6	0	59	1.24
24875790--24875830	21	2.0	21	85	0	55	34	2	2	60	1.23
24891466--24891574	24	4.6	23	85	7	137	33	23	17	24	1.96
24891466--24891574	48	2.3	48	91	3	175	33	23	17	24	1.96
24894436--24894579	39	3.7	39	90	0	234	26	21	29	22	1.99
24894437--24894593	78	2.0	79	92	1	262	24	21	29	24	1.99
24894443--24894617	78	2.2	78	87	3	244	24	23	29	22	1.99
24894917--24894968	26	2.0	26	100	0	104	15	7	30	46	1.74
24898829--24898974	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
24898861--24899011	40	3.8	40	85	4	171	23	26	21	28	1.99
24906762--24906907	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
24906794--24906944	40	3.8	40	85	4	171	23	26	21	28	1.99
24913709--24913851	39	3.7	39	88	2	225	26	21	29	22	1.99
24913710--24913891	77	2.3	79	87	3	260	24	23	29	23	1.99
24930543--24930654	24	4.7	24	84	6	113	26	16	22	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24933970--24934017	20	2.3	20	78	3	60	50	0	10	39	1.37
24936387--24936539	42	3.6	42	81	5	191	30	16	25	27	1.96
24936963--24936997	17	2.0	18	88	5	54	80	2	17	0	0.84
24938284--24938353	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
24938284--24938365	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
24944108--24944132	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
24944452--24944615	42	3.9	42	81	1	202	33	15	23	27	1.95
24949725--24949829	52	2.0	52	94	3	185	28	20	12	39	1.88
24950292--24950401	56	1.9	57	87	5	161	43	8	19	29	1.79
24950390--24950418	7	4.3	7	95	4	51	72	0	13	13	1.13
24953898--24953975	38	2.1	38	100	0	156	33	12	10	43	1.77
24956126--24956166	20	2.0	20	100	0	82	29	4	0	65	1.13
24961226--24961291	33	2.0	33	85	5	89	51	4	7	36	1.51
24967328--24967493	40	4.1	40	87	1	224	24	17	24	33	1.96
24967327--24967493	81	2.1	80	87	1	235	24	17	24	33	1.96
24971001--24971172	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
24970994--24971169	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
24975029--24975204	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
24975026--24975197	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
24979148--24979402	48	5.3	48	91	0	402	27	32	17	23	1.96
24979601--24979704	48	2.2	48	85	0	145	23	28	21	26	1.99
24983868--24983908	21	2.0	21	90	0	64	41	17	24	17	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24987562--24987771	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
24995696--24995905	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
24998498--24998690	80	2.4	80	84	2	244	25	27	22	23	2.00
24998498--24998692	40	4.8	40	83	1	221	26	27	22	24	2.00
25003566--25003624	30	2.0	29	86	3	82	38	6	25	28	1.81
25011091--25011147	30	1.9	30	85	0	78	42	7	21	29	1.79
25017822--25018011	38	4.9	38	87	2	245	21	22	25	31	1.98
25019117--25019390	48	5.7	48	76	8	277	28	19	27	24	1.99
25019117--25019388	96	2.8	96	90	1	400	28	19	27	24	1.99
25027532--25027583	21	2.5	21	87	0	68	38	21	17	23	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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