genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57498804--57498835	15	2.1	15	100	0	64	56	31	6	6	1.49
57501453--57501481	15	1.9	15	100	0	58	34	34	10	20	1.87
57502971--57503004	16	2.1	17	88	5	52	50	20	2	26	1.63
57505744--57505773	12	2.6	12	94	5	53	6	16	6	70	1.31
57506048--57506143	50	1.9	50	95	0	174	26	27	19	27	1.99
57510070--57510129	28	2.2	28	90	3	95	21	25	18	35	1.96
57513411--57513559	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
57513452--57513559	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
57515977--57516039	28	2.3	28	83	8	76	22	22	19	36	1.95
57516947--57517009	9	7.0	9	75	0	54	36	26	7	28	1.85
57516947--57517007	18	3.4	18	90	0	95	37	26	8	27	1.85
57521941--57522167	49	4.6	48	81	10	262	26	17	25	30	1.97
57523409--57523478	35	2.0	35	100	0	140	40	8	25	25	1.84
57524255--57524338	41	2.0	41	95	0	150	35	17	14	32	1.90
57526003--57526065	12	5.1	12	72	24	51	46	1	1	50	1.20
57531612--57531660	23	2.1	23	100	0	98	18	4	26	51	1.64
57541459--57541645	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
57541482--57541645	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
57541482--57541679	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
57554769--57554932	44	3.6	44	75	8	175	25	18	27	28	1.98
57554766--57554981	93	2.3	93	96	1	398	27	19	27	25	1.99
57554813--57555026	49	4.5	48	75	10	197	28	20	26	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57562631--57562803	49	3.6	49	81	3	181	28	20	27	23	1.99
57562629--57562809	98	1.9	97	83	3	238	27	20	28	23	1.99
57566037--57566068	15	2.1	15	94	0	55	65	6	9	18	1.42
57569382--57569742	49	7.5	49	78	9	302	24	26	20	29	1.99
57572186--57572250	21	3.1	21	82	12	80	43	18	23	15	1.88
57572194--57572264	21	3.4	21	77	11	74	42	16	22	18	1.89
57578599--57578841	24	10.1	24	97	0	423	36	25	18	20	1.95
57586578--57586820	24	10.1	24	97	0	423	36	25	18	20	1.95
57590091--57590275	40	4.7	39	77	9	162	27	22	26	23	1.99
57603342--57603442	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
57603342--57603524	40	4.6	40	82	3	181	27	22	26	23	1.99
57611421--57611521	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
57611421--57611571	40	3.8	40	84	4	180	28	22	25	23	1.99
57611417--57611588	40	4.4	38	77	10	161	29	21	26	23	1.99
57620021--57620058	2	19.5	2	89	5	60	50	0	0	50	1.00
57623106--57623237	39	3.7	39	73	21	133	25	19	27	28	1.99
57623162--57623247	39	2.2	39	85	0	109	27	18	25	27	1.98
57624912--57625118	45	4.6	45	89	2	274	33	28	16	21	1.95
57624913--57625118	91	2.3	88	85	4	270	33	28	16	21	1.95
57625672--57625702	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
57625875--57625923	25	2.0	25	92	8	82	30	16	20	32	1.94
57650593--57650637	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57656302--57656442	74	1.9	73	81	9	171	23	22	19	34	1.96
57658345--57658663	49	6.7	48	71	13	155	25	27	20	27	1.99
57658587--57658712	46	2.7	48	81	9	154	23	25	17	33	1.96
57663532--57663565	16	2.1	17	88	5	52	58	0	0	41	0.98
57664112--57664159	21	2.3	21	74	0	51	45	8	22	22	1.79
57664424--57664469	20	2.4	20	78	7	51	34	0	19	45	1.51
57665392--57665550	78	2.0	78	98	0	309	25	16	20	37	1.93
57666606--57666690	43	2.0	43	85	0	116	34	16	21	28	1.95
57666800--57666885	31	2.7	31	83	3	100	58	18	5	17	1.58
57667129--57667169	21	2.0	21	90	0	64	2	51	19	26	1.59
57667586--57667614	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
57669793--57669826	16	2.1	16	100	0	68	38	11	29	20	1.88
57673180--57673563	9	43.6	9	73	10	195	37	1	13	46	1.54
57673168--57673221	26	2.1	26	100	0	108	35	3	14	46	1.63
57673235--57673273	17	2.3	17	90	0	60	38	2	5	53	1.37
57673215--57673529	44	7.0	43	77	9	211	39	1	12	46	1.51
57673206--57673567	53	6.7	53	75	8	271	38	1	13	46	1.53
57673668--57673752	15	5.8	15	71	20	81	52	0	1	45	1.08
57673679--57673752	29	2.6	29	93	4	123	51	0	1	47	1.09
57673926--57673996	24	3.0	24	93	0	124	43	8	19	28	1.80
57674045--57674177	64	2.1	64	98	0	257	45	3	12	38	1.59
57676163--57676320	85	1.9	84	91	1	262	44	11	18	25	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57676491--57676517	12	2.2	12	100	0	54	14	0	7	77	0.97
57676593--57676631	10	3.7	10	83	12	51	74	2	10	12	1.17
57677648--57677681	16	2.2	16	89	5	52	70	2	0	26	1.01
57677822--57677861	16	2.5	16	100	0	80	47	5	7	40	1.54
57677976--57678234	7	36.1	7	70	7	81	40	35	0	23	1.60
57678022--57678126	36	2.9	38	82	10	123	41	31	0	26	1.56
57678017--57678236	43	5.3	42	69	15	147	41	33	0	24	1.59
57677976--57678118	29	4.9	29	69	14	89	39	36	0	23	1.60
57678052--57678141	36	2.5	36	81	5	101	43	31	0	25	1.55
57678242--57678299	29	2.0	28	83	3	71	36	34	1	27	1.67
57678255--57678309	14	3.7	15	73	11	51	36	34	0	29	1.58
57678466--57678503	16	2.5	16	87	8	53	47	28	0	23	1.52
57679358--57679451	40	2.3	39	76	15	93	25	21	20	32	1.97
57679309--57679923	155	4.0	155	81	5	757	29	20	19	30	1.97
57679820--57679936	40	2.9	40	79	12	116	27	23	18	29	1.98
57682778--57682920	48	3.0	48	85	0	178	22	20	27	29	1.98
57689272--57689321	25	2.0	25	88	7	75	66	0	0	34	0.92
57689466--57689507	16	2.6	16	77	11	50	23	2	0	73	0.94
57695485--57695517	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
57707240--57707288	22	2.2	23	82	10	57	34	6	4	55	1.44
57714502--57714541	11	3.6	11	82	0	53	22	15	5	57	1.57
57714765--57714797	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57719920--57719958	16	2.4	16	100	0	78	12	25	30	30	1.93
57719936--57720042	38	2.8	38	87	2	153	17	21	27	33	1.96
57719974--57720056	16	4.8	16	75	16	67	19	22	26	31	1.98
57719975--57720092	54	2.2	54	86	3	157	19	20	27	32	1.97
57719919--57720135	92	2.4	92	88	0	301	17	19	28	34	1.95
57720029--57720179	38	4.0	38	84	0	167	17	16	28	37	1.92
57720029--57720179	76	2.0	76	84	2	196	17	16	28	37	1.92
57725017--57725072	28	2.0	28	96	0	103	19	25	23	32	1.98
57725432--57725511	9	8.2	9	77	10	61	42	1	0	56	1.07
57725459--57725505	19	2.5	19	77	19	53	34	2	0	63	1.06
57725492--57725533	21	2.0	22	85	4	59	40	0	0	59	0.97
57727808--57728014	39	5.2	40	80	8	208	25	21	27	25	2.00
57735647--57735853	39	5.2	40	80	8	226	25	21	27	25	1.99
57735647--57735867	79	2.8	77	79	10	232	25	21	27	25	1.99
57742489--57742852	3	121.3	3	64	14	101	29	7	2	59	1.39
57742562--57742603	14	2.9	15	82	6	52	30	9	0	59	1.29
57742727--57742784	20	2.9	19	76	19	55	29	6	1	62	1.31
57746602--57746648	9	5.3	9	87	2	69	23	19	10	46	1.80
57746592--57746648	27	2.2	26	87	3	78	22	17	10	49	1.77
57754578--57754730	44	3.5	44	70	6	148	31	21	26	20	1.98
57754523--57754939	89	4.8	89	90	2	569	31	21	24	22	1.98
57754523--57754942	175	2.4	176	86	3	564	31	21	25	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57754905--57754978	36	2.1	36	92	0	121	25	24	22	27	2.00
57754823--57755064	122	2.0	122	93	1	414	30	21	23	24	1.99
57754946--57755106	86	1.9	86	90	0	259	32	21	22	24	1.98
57754737--57755115	208	1.8	208	89	1	598	31	21	23	22	1.98
57756650--57756707	3	19.7	3	82	10	75	29	5	0	65	1.14
57756764--57756797	16	2.1	16	88	0	50	38	2	2	55	1.30
57756885--57757041	17	9.9	15	67	19	61	31	9	0	58	1.35
57756944--57757061	20	5.5	21	72	11	78	28	7	1	61	1.33
57756841--57757061	3	73.7	3	67	12	96	29	8	1	60	1.36
57757091--57757128	16	2.3	17	86	13	53	28	5	0	65	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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