genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.305.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95338478--95338620	19	7.9	19	87	12	230	37	14	11	37	1.82
95338969--95339139	45	3.8	45	90	0	263	26	30	12	30	1.92
95338976--95339165	89	2.1	90	90	0	292	26	28	13	31	1.93
95339182--95339680	78	6.4	78	90	2	788	24	25	18	31	1.98
95339182--95339689	156	3.3	156	96	0	908	24	25	18	31	1.97
95339698--95339737	20	2.0	20	95	0	71	25	22	20	32	1.98
95347976--95348012	18	2.0	19	89	5	58	67	0	0	32	0.91
95348301--95348426	35	3.5	36	89	7	193	36	15	11	37	1.83
95348301--95348426	54	2.3	54	100	0	252	36	15	11	37	1.83
95348315--95348424	17	6.5	15	87	8	87	36	15	10	37	1.83
95348301--95348426	19	6.9	19	89	10	210	36	15	11	37	1.83
95350627--95350663	12	3.1	12	100	0	74	35	24	8	32	1.85
95352655--95352712	30	1.9	30	89	0	89	12	29	37	20	1.89
95354739--95354818	34	2.3	36	83	10	96	65	0	2	32	1.06
95354769--95354820	5	10.2	5	80	12	52	71	0	0	28	0.87
95354769--95354821	21	2.6	20	82	5	70	69	0	0	30	0.88
95358499--95358555	24	2.2	27	78	18	84	47	14	22	15	1.82
95358505--95358555	24	2.1	24	96	0	93	49	13	23	13	1.78
95360345--95360371	7	3.9	7	100	0	54	44	0	25	29	1.54
95363479--95363531	24	2.2	25	93	6	92	26	7	3	62	1.39
95366656--95366687	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
95375213--95375255	22	2.0	22	95	0	77	34	9	6	48	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95375389--95375417	10	3.0	10	95	5	51	51	0	6	41	1.28
95384369--95384458	45	2.0	45	100	0	180	42	8	20	28	1.82
95385924--95386178	101	2.6	96	84	6	321	41	14	15	27	1.86
95386133--95386275	60	2.5	58	83	8	170	29	13	20	35	1.92
95386126--95386294	57	3.0	56	76	14	166	30	15	20	33	1.94
95395691--95395796	54	2.0	53	96	1	194	33	13	12	41	1.81
95403235--95403259	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
95403689--95403725	15	2.4	16	90	4	58	51	0	2	45	1.15
95405454--95405497	20	2.2	20	83	0	52	40	9	11	38	1.73
95405699--95405850	20	7.7	20	67	12	55	43	5	12	38	1.65
95405739--95405850	40	2.9	40	79	11	126	43	5	11	39	1.64
95406263--95406310	2	24.0	2	86	0	60	41	0	8	50	1.33
95406263--95406310	14	3.4	14	88	0	69	41	0	8	50	1.33
95406263--95406310	16	3.0	16	87	0	69	41	0	8	50	1.33
95414489--95414530	17	2.5	17	80	3	50	57	0	2	40	1.12
95418828--95418873	18	2.7	18	86	6	60	84	0	6	8	0.77
95420063--95420101	19	2.1	19	90	0	60	35	17	7	38	1.79
95425759--95426048	40	7.2	40	92	1	465	22	28	23	25	1.99
95429977--95430097	43	2.8	43	76	5	120	27	16	25	30	1.97
95432765--95432821	5	10.6	5	81	10	51	75	5	0	19	0.99
95433461--95433497	18	2.1	18	100	0	74	32	21	10	35	1.88
95434453--95434493	20	2.0	20	85	4	55	60	2	4	31	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95436875--95437048	24	6.8	25	66	26	73	32	5	1	60	1.30
95436928--95436999	23	3.1	23	80	4	83	31	4	1	62	1.23
95440489--95440525	2	18.5	2	94	0	65	51	2	0	45	1.15
95447920--95448057	68	2.0	69	84	4	181	44	23	9	22	1.81
95450489--95450561	33	2.2	33	95	2	130	42	12	0	45	1.41
95451298--95451374	38	2.0	38	100	0	154	33	23	12	29	1.92
95451519--95451546	8	3.5	8	100	0	56	28	21	10	39	1.87
95452413--95452526	57	2.0	55	81	10	131	17	18	12	51	1.75
95456144--95456183	11	3.5	11	80	6	53	62	5	0	32	1.17
95456145--95456185	12	3.5	12	80	6	57	63	4	0	31	1.15
95456136--95456186	23	2.2	23	100	0	102	62	3	0	33	1.13
95456574--95456611	1	38.0	1	100	0	76	100	0	0	0	0.00
95456986--95457025	22	1.9	21	85	10	55	40	7	2	50	1.44
95460649--95460777	50	2.5	51	87	5	190	35	16	22	25	1.94
95460753--95460901	31	4.8	31	90	3	228	26	18	28	26	1.98
95462562--95462690	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
95465049--95465113	31	2.1	31	88	0	94	40	6	7	46	1.58
95467717--95467756	21	1.9	21	100	0	80	27	7	20	45	1.78
95470364--95470410	15	3.3	14	80	11	51	51	0	0	48	1.00
95470368--95470404	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
95471549--95471585	11	3.0	13	76	15	51	48	2	0	48	1.15
95471707--95471767	33	1.9	30	83	9	77	40	0	3	55	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95472027--95472068	15	2.8	15	79	20	52	66	0	9	23	1.21
95472810--95472901	44	2.1	44	84	8	116	20	20	23	34	1.96
95472870--95472990	47	2.5	47	73	5	109	22	19	24	33	1.97
95482629--95482781	47	3.2	47	90	3	225	28	14	16	41	1.87
95482758--95482806	25	2.0	25	95	0	89	22	12	16	48	1.79
95483081--95483121	15	2.7	15	92	0	64	17	9	36	36	1.82
95484763--95484896	42	3.2	42	83	6	150	26	11	20	42	1.85
95484873--95484930	26	2.2	26	78	0	62	29	6	12	51	1.65
95485610--95485663	21	2.6	21	87	0	72	25	38	11	24	1.88
95486209--95486267	30	2.0	30	83	6	77	49	20	5	25	1.69
95486564--95486639	38	2.0	38	97	0	143	28	22	15	32	1.95
95486742--95486797	26	2.2	26	83	6	69	0	30	0	69	0.89
95486750--95486806	15	3.7	15	78	17	62	0	28	0	71	0.86
95491563--95491603	20	2.2	20	86	8	59	24	4	4	65	1.32
95491992--95492099	31	3.5	30	81	12	112	40	0	6	51	1.34
95492016--95492099	31	2.8	32	85	7	113	40	1	7	51	1.37
95504045--95504083	14	2.8	14	84	0	51	38	7	0	53	1.30
95505051--95505119	29	2.4	29	83	7	79	68	4	0	27	1.09
95505069--95505260	9	20.7	9	70	12	68	62	5	2	30	1.28
95505127--95505211	36	2.3	38	84	7	106	63	3	2	30	1.24
95506206--95506260	27	2.0	27	89	0	83	34	3	5	56	1.40
95507936--95507970	6	5.8	6	96	0	61	54	11	34	0	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95508835--95508859	10	2.5	10	100	0	50	48	8	0	44	1.32
95508920--95508960	21	2.0	21	85	9	57	56	0	0	43	0.99
95508916--95508963	20	2.4	20	80	16	55	54	0	0	45	0.99
95514283--95514363	31	2.7	30	87	9	112	25	11	8	54	1.64
95516334--95516396	32	2.0	32	90	0	99	50	0	1	47	1.10
95519328--95519354	2	13.5	2	100	0	54	0	0	51	48	1.00
95520494--95520522	6	4.8	6	100	0	58	17	0	31	51	1.45
95524548--95524604	29	2.0	29	100	0	114	59	10	14	15	1.60
95524552--95524599	15	3.3	15	73	26	57	60	10	14	14	1.59
95524555--95524602	14	3.4	14	74	25	55	62	8	12	16	1.53
95527003--95527299	3	99.7	3	76	13	233	64	2	3	30	1.21
95528211--95528314	44	2.3	45	79	8	115	32	24	12	30	1.92
95528380--95528751	87	4.3	87	85	4	436	20	22	21	36	1.96
95528509--95528964	43	10.6	42	66	14	176	20	21	21	36	1.95
95528596--95528879	129	2.2	128	86	3	392	20	21	22	35	1.96
95528509--95528966	215	2.1	216	85	5	606	20	21	21	36	1.95
95528726--95528968	86	2.8	84	83	6	292	20	20	21	37	1.94
95530164--95530249	30	2.9	30	96	0	154	16	51	6	25	1.69
95530165--95530217	18	3.3	18	65	29	55	15	52	7	24	1.68
95530889--95531060	3	55.7	3	71	14	84	31	5	3	59	1.38
95531040--95531102	12	5.5	11	80	15	51	36	0	6	57	1.24
95539361--95539404	22	2.0	22	82	8	54	18	25	2	54	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95541775--95542139	3	120.7	3	74	14	256	63	2	3	30	1.25
95541851--95541922	37	1.9	38	83	8	94	56	2	6	33	1.40
95541903--95541936	16	2.1	17	88	5	52	64	0	5	29	1.17
95542069--95542113	16	2.8	17	83	10	58	64	0	4	31	1.13
95542759--95542791	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
95544614--95544652	15	2.5	15	87	4	51	51	10	0	38	1.36
95546532--95546556	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
95547495--95547526	16	2.1	16	94	5	57	68	6	3	21	1.26
95557424--95557543	60	2.0	60	100	0	240	28	31	10	30	1.89
95560068--95560120	25	2.2	24	82	3	61	56	5	9	28	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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