genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  53  of  318  ( 38146 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14924298--14924666	123	3.0	123	97	0	693	31	8	27	31	1.87
14924579--14924682	48	2.2	48	96	0	190	33	6	27	31	1.83
14924722--14924849	37	3.4	37	95	1	229	23	17	32	25	1.97
14936793--14937128	162	2.0	166	89	5	522	22	23	19	33	1.97
14940415--14940452	20	2.0	19	90	10	60	63	0	18	18	1.32
14947379--14947436	30	1.9	31	89	3	91	39	8	24	27	1.84
14947857--14948032	46	3.8	46	76	12	189	21	19	29	30	1.97
14947854--14948025	93	1.8	93	92	0	290	21	19	29	29	1.98
14964815--14964932	43	2.8	43	81	11	161	27	19	23	29	1.98
14977272--14977385	36	3.3	36	68	18	116	29	13	27	29	1.94
14977262--14977358	30	3.0	31	64	21	81	31	11	26	29	1.91
14977262--14977394	66	2.0	66	98	0	257	30	12	26	30	1.92
14981200--14981236	18	2.0	19	89	5	58	27	0	2	70	1.01
14982325--14982536	106	2.0	106	93	0	361	40	17	21	21	1.92
14985175--14985256	29	2.7	29	79	9	94	35	12	10	41	1.78
14986177--14986355	97	1.8	98	96	1	333	49	9	18	22	1.76
14989780--14990034	127	2.0	127	99	0	501	39	13	22	24	1.90
14990761--14991128	197	1.9	197	88	2	560	43	14	14	27	1.85
14994822--14994866	22	2.0	22	82	0	54	35	13	6	44	1.70
14995004--14995035	6	5.3	6	92	0	55	43	15	21	18	1.87
14996072--14996113	21	2.0	20	86	13	59	4	19	2	73	1.12
14997786--14997826	14	2.8	15	85	14	59	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14997786--14997826	13	3.0	14	89	10	59	56	0	0	43	0.99
14997859--14997914	15	3.5	15	71	19	51	48	3	0	48	1.19
15000381--15000435	24	2.3	24	90	0	83	38	14	16	30	1.89
15002524--15002566	20	2.2	20	95	0	77	18	23	4	53	1.63
15003561--15003620	11	5.5	11	76	11	52	28	0	3	68	1.05
15007285--15007334	18	2.8	18	84	6	66	30	22	14	34	1.93
15008062--15008143	43	1.9	43	84	0	110	23	13	19	43	1.86
15010728--15010941	46	4.6	46	82	6	218	22	27	19	31	1.98
15010541--15010945	46	8.5	47	73	15	200	23	26	18	30	1.98
15019128--15019174	20	2.3	20	81	3	58	36	21	31	10	1.88
15019134--15019172	20	2.0	20	89	0	60	33	23	35	7	1.83
15032569--15032611	22	2.0	22	86	9	61	32	2	34	30	1.71
15043925--15043998	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
15043982--15044056	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
15043925--15044056	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
15051797--15051870	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
15051854--15051928	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
15051797--15051928	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
15056545--15056674	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
15059546--15059594	24	2.0	24	96	0	89	16	18	26	38	1.91
15073378--15073414	15	2.6	14	88	12	58	35	0	16	48	1.46
15073653--15073698	24	1.9	24	82	8	58	32	4	17	45	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15081821--15081861	20	2.0	20	86	9	57	26	14	21	36	1.93
15082026--15082086	24	2.5	24	74	10	61	27	11	14	45	1.80
15086344--15086413	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
15086344--15086425	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
15088431--15088637	41	5.1	41	76	8	165	38	25	17	18	1.93
15088493--15088661	41	4.2	40	80	11	175	34	25	18	20	1.96
15093253--15093294	19	2.2	20	83	12	52	66	2	0	30	1.04
15093557--15093628	9	8.2	9	74	18	55	66	0	0	33	0.92
15093551--15093646	36	2.6	36	86	6	120	63	1	0	35	1.01
15093596--15093625	15	1.9	16	93	6	53	73	0	0	26	0.84
15093988--15094045	30	1.9	30	82	0	71	31	8	5	55	1.52
15094971--15095002	7	4.7	7	96	3	57	68	31	0	0	0.90
15095181--15095215	14	2.6	14	90	4	54	91	0	8	0	0.42
15095853--15095892	17	2.3	18	86	8	64	10	32	0	57	1.32
15096428--15096458	1	31.0	1	93	0	53	96	0	3	0	0.21
15096429--15096480	11	4.5	11	86	11	68	88	0	11	0	0.52
15100755--15100885	64	2.0	64	100	0	262	37	3	25	34	1.71
15102444--15102494	21	2.4	21	93	3	84	50	0	23	25	1.49
15115086--15115261	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
15115082--15115253	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
15118213--15118281	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
15118204--15118291	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15120676--15120851	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
15120672--15120843	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
15127342--15127369	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
15127968--15128188	40	5.6	40	86	7	308	24	23	26	25	2.00
15131506--15131665	40	4.0	41	80	8	159	23	28	23	24	2.00
15139615--15139689	29	2.6	29	78	4	80	21	36	21	21	1.96
15139673--15139746	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
15148695--15148739	23	1.9	24	95	4	83	22	22	11	44	1.84
15148855--15149063	55	3.9	54	77	9	205	24	25	15	34	1.95
15148855--15149054	108	1.8	110	88	4	307	24	25	15	34	1.95
15150391--15150479	41	2.2	40	85	2	124	23	24	40	11	1.87
15151992--15152016	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
15152407--15152556	48	3.1	48	84	0	192	26	20	25	28	1.99
15155345--15155444	23	4.4	23	85	7	132	37	18	23	22	1.94
15155334--15155443	45	2.4	45	84	4	141	36	17	20	25	1.94
15166240--15166497	129	2.0	130	95	0	464	31	18	18	31	1.95
15169142--15169186	23	2.0	23	81	0	54	62	24	6	6	1.44
15175970--15176241	49	5.5	49	94	0	454	27	9	32	29	1.89
15176344--15176421	37	2.1	37	97	0	147	29	19	30	20	1.97
15186823--15186913	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
15187009--15187312	49	6.4	49	89	6	473	28	32	9	29	1.88
15187030--15187307	89	3.0	89	90	6	421	28	32	8	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15187009--15187258	138	1.8	138	96	0	464	29	32	9	28	1.88
15191792--15192325	138	3.9	138	93	1	867	45	5	7	41	1.56
15192020--15192236	71	3.1	70	64	21	175	46	5	8	40	1.57
15192091--15192303	67	3.1	66	65	24	152	45	5	7	42	1.55
15193411--15193439	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
15195421--15195478	28	2.1	28	100	0	116	43	3	10	43	1.55
15195464--15195534	34	2.0	38	83	10	96	30	5	4	59	1.40
15197557--15197625	33	2.1	33	97	0	129	21	26	5	46	1.74
15199525--15199686	30	5.5	29	70	12	123	35	14	28	21	1.92
15199665--15199744	30	2.7	30	86	0	115	46	10	25	18	1.80
15199527--15199716	90	2.1	88	86	1	254	37	14	27	20	1.91
15199570--15199740	90	1.9	89	83	5	220	39	13	26	21	1.90
15199732--15199799	30	2.3	30	84	0	91	33	10	26	29	1.89
15203560--15203601	20	2.0	20	86	4	57	61	7	19	11	1.52
15203716--15203740	13	1.9	13	100	0	50	72	4	8	16	1.24
15207720--15207830	56	2.0	56	83	3	143	31	27	18	22	1.97
15216917--15217080	40	4.1	40	80	1	168	22	27	24	25	2.00
15224532--15224707	46	3.8	46	75	15	173	22	19	27	29	1.98
15224529--15224699	93	1.8	93	89	0	270	22	20	28	28	1.99
15244047--15244084	19	2.0	19	100	0	76	36	0	15	47	1.46
15244732--15244919	56	3.4	56	88	0	288	28	13	22	35	1.92
15244731--15244950	112	2.0	113	88	6	331	28	13	22	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15249447--15249479	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
15251549--15251771	46	4.8	46	93	1	358	38	15	24	21	1.92
15256189--15257049	427	2.0	422	93	0	1175	36	18	11	34	1.86
15259483--15259591	39	2.8	40	82	2	139	23	26	22	26	2.00
15263831--15263899	25	2.7	25	81	4	75	24	27	24	23	2.00
15267308--15267485	40	4.5	40	88	6	231	24	29	23	22	1.99
15269710--15269773	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
15269967--15270131	23	7.0	24	88	4	230	26	21	23	28	1.99
15269966--15270130	47	3.5	47	90	4	235	26	21	23	28	1.99
15270186--15270288	20	5.2	20	95	0	188	33	18	11	36	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318