genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18219774--18219963	47	4.0	47	89	5	276	27	22	22	27	1.99
18231516--18231581	28	2.4	28	97	0	123	31	27	4	36	1.77
18231516--18231594	28	2.9	28	90	1	106	31	26	5	36	1.78
18234193--18234321	40	3.2	40	80	2	143	24	25	27	21	1.99
18237298--18237367	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
18237298--18237379	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
18245106--18245175	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
18245106--18245187	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
18247811--18247843	6	5.5	6	100	0	66	51	0	48	0	1.00
18254523--18254693	46	3.7	43	78	12	146	26	18	30	23	1.98
18261355--18261537	40	4.6	40	88	2	242	22	22	30	24	1.99
18261355--18261572	80	2.7	80	82	3	217	24	22	28	24	1.99
18265120--18265237	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
18265088--18265251	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
18270394--18270565	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
18270386--18270561	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
18272945--18273033	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
18272945--18273024	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
18272956--18273033	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
18275981--18276152	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
18275973--18276148	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
18281061--18281178	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18281029--18281192	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
18288024--18288206	40	4.6	40	92	0	276	21	23	30	24	1.99
18288024--18288241	80	2.7	79	83	7	255	23	22	29	23	1.99
18289412--18289495	43	2.0	43	92	0	141	28	11	19	40	1.87
18291798--18291877	30	2.7	30	94	0	133	31	8	26	33	1.87
18304616--18304685	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
18310067--18310125	30	2.0	30	83	9	77	28	25	6	38	1.81
18314546--18314681	49	2.7	49	81	4	166	26	20	24	28	1.99
18314541--18314681	51	2.8	51	80	4	171	25	20	25	28	1.99
18318490--18318630	40	3.5	40	85	0	174	24	26	21	26	2.00
18318490--18318668	40	4.5	39	79	6	153	23	25	22	29	1.99
18321224--18321398	49	3.5	48	75	10	174	29	26	17	27	1.97
18321216--18321401	100	1.9	100	89	2	293	28	26	18	26	1.98
18325534--18325705	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
18325526--18325701	46	3.8	46	81	10	223	28	29	21	20	1.98
18325577--18325720	46	3.1	45	75	11	148	29	29	20	20	1.98
18331868--18331967	38	2.6	38	90	3	157	33	24	21	22	1.98
18334383--18334696	48	6.5	48	80	9	304	26	30	16	25	1.97
18334383--18334696	97	3.3	94	83	8	350	26	30	16	25	1.97
18334383--18334648	145	1.8	145	86	4	385	27	31	16	25	1.96
18337765--18337795	15	2.1	15	100	0	62	38	22	12	25	1.90
18341823--18341934	43	2.7	41	74	13	111	25	17	24	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18342169--18342240	22	3.3	22	64	21	60	43	2	16	37	1.63
18342161--18342246	44	2.0	44	100	0	172	40	2	16	40	1.61
18363444--18363486	22	2.0	20	82	8	50	39	16	4	39	1.69
18370159--18370290	40	3.3	40	86	5	162	25	27	22	24	2.00
18370187--18370338	79	1.9	80	82	6	193	25	26	22	25	2.00
18378234--18378416	79	2.3	80	82	7	203	25	27	22	24	2.00
18378232--18378416	40	4.7	40	80	7	207	25	28	22	24	1.99
18385845--18385987	47	3.0	47	95	0	250	28	14	13	42	1.84
18386790--18386906	44	2.6	45	87	2	157	24	23	28	23	2.00
18388324--18388477	39	3.9	39	86	0	191	23	31	22	22	1.98
18388354--18388477	39	3.2	39	90	1	194	25	32	20	22	1.98
18395825--18395978	39	3.9	39	86	0	191	23	31	22	22	1.98
18395855--18395978	39	3.2	39	90	1	194	25	32	20	22	1.98
18398193--18398225	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
18399477--18399610	45	3.1	43	78	9	132	34	26	17	21	1.95
18402346--18402609	48	5.5	48	86	6	349	26	30	17	26	1.97
18406487--18406633	51	2.9	51	87	0	213	29	26	12	31	1.93
18406657--18406751	28	3.5	28	76	11	108	27	25	14	32	1.95
18408434--18408469	2	17.5	2	88	5	54	47	0	2	50	1.15
18410262--18410294	17	2.1	17	88	11	52	18	0	36	45	1.49
18411997--18412225	49	4.6	50	76	5	232	24	18	27	29	1.98
18441680--18441982	39	7.5	39	87	8	421	19	23	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18441832--18441958	46	2.9	46	81	12	178	18	22	31	27	1.97
18441680--18441972	124	2.4	117	90	3	442	18	22	29	28	1.98
18441793--18441958	85	2.0	85	98	0	323	18	22	31	27	1.97
18443826--18443886	20	3.0	20	92	0	104	13	13	31	42	1.82
18445712--18445766	18	3.1	18	86	0	83	41	18	21	18	1.90
18450270--18450428	29	5.5	29	82	5	171	25	16	31	25	1.97
18450266--18450430	57	2.9	58	79	6	176	26	16	31	25	1.96
18459920--18460046	26	4.8	27	87	3	177	37	20	15	25	1.92
18459913--18460046	53	2.5	52	84	5	180	38	20	15	26	1.92
18459913--18460046	27	5.0	27	82	7	166	38	20	15	26	1.92
18460035--18460238	27	7.6	27	84	2	113	23	20	19	37	1.94
18460035--18460238	81	2.5	81	81	6	225	23	20	19	37	1.94
18460061--18460262	27	7.5	27	83	5	239	21	21	20	37	1.95
18464322--18464451	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
18468627--18468720	29	3.2	28	76	11	91	23	22	12	41	1.88
18468646--18468871	29	7.8	28	70	11	93	24	26	11	36	1.90
18468766--18468871	29	3.7	29	78	5	115	21	31	12	34	1.90
18468741--18468866	58	2.2	57	85	4	171	23	28	12	35	1.91
18468653--18468872	87	2.5	86	78	12	250	24	26	12	36	1.91
18474798--18474952	40	3.9	40	93	0	256	21	28	21	28	1.99
18482684--18482867	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
18482724--18482912	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18486094--18486248	40	3.9	40	95	0	274	21	28	23	27	1.99
18492446--18492515	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
18500266--18500335	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
18506259--18506360	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
18514147--18514248	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
18528852--18528977	46	2.7	46	82	3	137	21	19	24	34	1.96
18531730--18531754	5	5.0	5	100	0	50	40	20	40	0	1.52
18537005--18537136	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
18544353--18544484	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
18547857--18547988	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
18549886--18549983	49	2.0	49	100	0	196	40	10	20	28	1.85
18553470--18553516	22	2.1	23	96	4	87	42	17	12	27	1.85
18554777--18554846	6	11.3	6	90	6	113	81	0	2	15	0.81
18556405--18556443	17	2.2	17	86	9	51	74	0	10	15	1.07
18556428--18556467	12	3.1	13	89	7	55	80	0	7	12	0.91
18556823--18556951	42	3.1	43	83	4	147	15	31	31	21	1.94
18564701--18564763	6	10.5	6	87	0	90	79	3	1	15	0.94
18569371--18569471	49	2.1	49	100	0	202	25	13	18	41	1.88
18570520--18570633	28	4.2	28	85	3	135	37	21	21	19	1.94
18570524--18570631	55	2.0	55	85	3	146	37	20	21	20	1.94
18571713--18571745	17	1.9	17	93	0	57	69	3	21	6	1.24
18574896--18575067	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18574888--18575063	46	3.8	45	80	12	214	28	29	21	20	1.98
18574939--18575082	46	3.1	46	73	11	141	29	29	20	20	1.98
18577445--18577533	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
18577445--18577524	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
18577456--18577533	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
18580483--18580654	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
18580475--18580650	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
18585806--18585972	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
18587098--18587153	28	2.0	28	100	0	112	21	32	10	35	1.88
18587104--18587163	28	2.1	28	87	0	84	23	36	8	31	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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