genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.194.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  194  of  318  ( 38146 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60865091--60865289	27	7.5	26	80	8	107	31	9	19	40	1.82
60865081--60865303	54	4.2	53	77	6	191	30	8	20	40	1.83
60865081--60865311	81	2.9	80	81	3	241	29	8	21	40	1.83
60865159--60865320	27	6.0	27	83	4	193	30	6	21	41	1.79
60865997--60866080	29	2.8	30	84	13	111	27	25	19	28	1.98
60866451--60866499	25	2.0	25	84	8	64	30	16	20	32	1.94
60868495--60868601	29	3.7	29	80	5	108	22	30	15	30	1.95
60874627--60874672	21	2.2	21	100	0	92	21	45	10	21	1.82
60876282--60876417	29	4.7	29	86	3	157	24	30	15	29	1.95
60876258--60876416	58	2.7	58	82	0	174	23	32	15	27	1.95
60888873--60889039	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
60890952--60891135	39	4.7	39	85	0	233	23	29	22	24	1.99
60898374--60898556	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
60902427--60902568	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
60902466--60902594	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
60910448--60910589	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
60910487--60910615	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
60916785--60916936	39	3.9	39	89	1	216	23	30	21	24	1.99
60922899--60922943	21	2.1	21	87	0	63	35	20	8	35	1.84
60923981--60924054	34	2.2	34	90	4	114	33	27	10	28	1.90
60924109--60924173	27	2.4	27	84	5	87	21	26	13	38	1.91
60924270--60924417	31	4.8	31	89	0	224	26	27	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60924419--60924522	33	3.2	33	87	8	142	27	22	12	37	1.90
60927637--60927674	20	1.9	20	88	0	58	26	36	23	13	1.91
60938841--60938889	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
60939712--60939878	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
60943503--60943608	52	2.0	53	96	1	196	38	16	14	31	1.88
60949169--60949251	42	2.0	42	97	2	159	25	7	19	48	1.74
60952487--60952546	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
60952508--60952571	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
60952864--60953008	27	5.3	27	83	7	152	24	20	18	35	1.95
60952868--60952999	54	2.5	54	86	1	185	23	22	18	34	1.96
60953027--60953304	27	10.3	27	82	3	263	30	7	20	40	1.81
60955190--60955307	59	2.0	59	96	0	218	50	22	6	21	1.72
60955213--60955308	30	3.2	30	64	24	76	52	21	7	18	1.70
60955722--60955755	13	2.6	13	95	0	59	55	8	5	29	1.54
60956242--60956305	23	2.6	25	80	7	69	39	20	20	20	1.93
60959226--60959294	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
60961055--60961079	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
60963799--60963979	92	2.0	92	93	0	308	21	24	33	19	1.97
60979181--60979393	46	4.6	45	83	9	243	21	29	19	29	1.97
60979181--60979399	94	2.4	90	84	9	255	21	29	19	29	1.98
60985811--60985987	46	3.9	44	78	11	194	22	20	28	28	1.99
60991811--60991859	25	2.0	24	84	15	64	30	4	2	63	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60991824--60991873	24	2.1	24	82	10	59	32	6	2	60	1.32
60991865--60991926	26	2.4	25	84	10	81	59	3	4	32	1.34
60996299--60996325	14	1.9	14	100	0	54	25	7	0	66	1.17
60996317--60996361	21	2.2	21	84	11	58	24	0	4	71	1.05
61017834--61017936	29	3.6	29	78	2	100	20	17	33	28	1.95
61019376--61019429	21	2.6	21	90	0	90	24	29	33	12	1.92
61022435--61022466	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
61025120--61025239	28	4.3	28	93	0	195	20	45	19	15	1.86
61026347--61026517	46	3.7	46	74	16	154	22	29	21	27	1.99
61035568--61035887	47	6.7	47	80	12	266	22	29	19	28	1.98
61035570--61035887	50	6.6	50	82	9	319	22	29	18	28	1.98
61035570--61035887	94	3.3	96	80	8	332	22	29	18	28	1.98
61036131--61036163	16	2.1	16	100	0	66	33	18	6	42	1.75
61044070--61044199	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
61052746--61052787	22	1.9	22	90	9	68	28	14	23	33	1.94
61053014--61053358	171	2.0	171	94	0	609	25	15	16	42	1.87
61055950--61055975	12	2.2	12	100	0	52	61	0	7	30	1.24
61056745--61056781	19	1.9	19	94	0	65	37	16	18	27	1.92
61067125--61067159	13	2.7	13	100	0	70	34	31	34	0	1.58
61070718--61070758	16	2.7	16	88	7	59	51	4	17	26	1.65
61077165--61077272	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
61078890--61079055	27	6.2	26	82	7	197	18	24	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61078890--61079055	54	3.1	54	92	1	262	18	24	22	34	1.96
61103918--61104048	51	2.6	51	83	6	142	29	29	13	27	1.94
61107931--61107990	31	1.9	31	83	6	77	25	36	26	11	1.90
61113003--61113188	40	4.7	40	86	5	227	26	26	21	25	1.99
61115043--61115099	23	2.5	23	88	0	78	47	15	15	21	1.82
61115066--61115237	76	2.3	76	89	0	263	31	16	19	32	1.94
61115441--61115485	22	2.0	22	82	0	54	22	0	33	44	1.53
61115446--61115480	15	2.4	15	90	4	54	20	0	34	45	1.51
61115699--61115829	14	9.2	14	67	12	52	24	1	29	45	1.63
61115710--61115832	22	5.8	21	67	20	58	22	1	32	43	1.63
61115710--61115836	21	6.0	21	67	20	68	22	1	32	43	1.63
61115796--61115842	21	2.2	22	88	3	69	14	0	44	40	1.46
61115785--61115845	21	2.9	21	76	9	61	19	0	40	39	1.52
61116585--61116647	34	1.9	32	84	12	83	63	3	0	33	1.10
61116612--61116670	22	2.7	22	86	0	73	72	1	1	23	1.02
61116626--61116670	7	6.1	7	80	10	54	75	2	2	20	1.01
61116628--61116674	15	3.1	15	78	9	60	74	2	2	21	1.03
61117259--61117289	16	1.9	16	100	0	62	12	22	25	38	1.90
61131426--61131524	27	3.5	28	84	4	119	34	28	13	24	1.93
61132366--61132390	7	3.6	7	100	0	50	60	28	0	12	1.32
61139249--61139348	27	3.5	28	84	5	121	34	28	13	25	1.93
61140191--61140215	7	3.6	7	100	0	50	60	28	0	12	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61140915--61140998	26	3.2	25	86	9	116	36	4	22	35	1.76
61142617--61142686	27	2.6	27	90	2	106	17	27	22	32	1.96
61142615--61142724	27	4.2	26	80	11	102	17	21	21	39	1.93
61142615--61142724	53	2.1	52	81	8	125	17	21	21	39	1.93
61142788--61142827	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
61146696--61146804	26	4.2	26	95	1	184	33	4	24	36	1.76
61148415--61148528	27	4.3	26	78	9	113	19	22	21	35	1.96
61158982--61159092	42	2.6	42	80	5	109	30	20	18	30	1.96
61178484--61178626	40	3.6	40	84	0	160	23	28	22	25	1.99
61178524--61178666	40	3.6	41	82	5	141	22	25	23	28	1.99
61181451--61181570	42	2.9	40	81	7	132	30	26	14	29	1.95
61190429--61190498	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
61194185--61194299	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
61194185--61194299	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
61195911--61196019	26	4.2	26	96	1	184	36	24	4	33	1.76
61199948--61200062	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
61199948--61200062	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
61201933--61202142	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
61205000--61205209	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
61213132--61213341	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
61214699--61214759	28	2.3	27	85	5	79	31	9	19	39	1.84
61216199--61216308	26	4.2	26	88	2	150	36	23	4	35	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61217568--61217597	12	2.4	13	94	5	53	16	0	10	73	1.09
61218734--61218791	19	3.0	20	80	10	75	67	0	0	32	0.91
61218777--61218848	29	2.5	28	73	8	65	61	4	2	31	1.29
61218822--61218931	28	3.9	28	70	13	75	60	2	5	30	1.33
61218892--61218945	19	2.8	20	80	5	65	64	0	3	31	1.11
61218887--61218947	20	3.1	20	78	4	70	63	0	4	31	1.15
61220332--61220364	15	2.1	16	94	5	59	33	0	0	66	0.92
61228692--61228746	28	2.0	28	92	0	92	25	29	25	20	1.99
61228704--61228822	29	4.1	29	80	1	114	30	26	20	23	1.98
61228704--61228822	58	2.1	57	83	1	148	30	26	20	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318