genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71849573--71849756	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
71849613--71849801	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
71857599--71857782	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
71857643--71857791	80	1.9	80	81	2	183	22	24	30	22	1.99
71857639--71857820	80	2.3	81	77	4	181	23	24	29	22	1.99
71865622--71865663	20	2.1	20	86	0	57	38	19	2	40	1.64
71867833--71868015	48	3.8	48	84	7	237	28	17	26	27	1.98
71867833--71868044	95	2.2	95	84	3	264	29	17	25	27	1.97
71868288--71868313	11	2.4	11	100	0	52	19	7	30	42	1.79
71881134--71881309	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
71881131--71881302	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
71887488--71887662	45	3.8	46	79	13	216	20	20	29	29	1.98
71891229--71891301	35	2.1	35	100	0	146	31	10	13	43	1.79
71891306--71891398	40	2.3	40	85	7	118	25	13	32	27	1.94
71898032--71898198	40	4.2	40	79	2	149	22	27	23	26	2.00
71906052--71906202	40	3.8	39	82	2	142	23	27	22	25	2.00
71906052--71906202	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
71915689--71915855	40	4.2	40	79	2	158	23	27	22	26	2.00
71917638--71917831	48	4.0	48	87	0	280	28	19	24	28	1.98
71920993--71921092	28	3.5	29	94	5	170	32	27	12	29	1.92
71930996--71931058	31	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
71931249--71931368	24	5.0	23	85	8	143	27	21	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71931241--71931368	47	2.6	49	84	10	156	27	21	21	29	1.98
71931412--71931467	11	5.5	11	68	23	50	32	21	10	35	1.88
71931414--71931476	20	3.2	20	93	0	108	33	23	9	33	1.87
71931515--71931562	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
71932738--71932809	27	2.7	27	77	0	81	29	8	22	40	1.83
71932801--71933383	27	21.6	27	86	4	512	41	9	21	26	1.84
71932802--71933384	54	10.8	54	86	2	708	41	9	21	26	1.84
71932802--71933384	81	7.2	81	85	3	744	41	9	21	26	1.84
71937776--71937835	15	4.0	15	75	0	66	60	16	11	11	1.60
71937776--71937835	30	2.0	30	87	6	86	60	16	11	11	1.60
71946122--71946194	25	2.9	25	93	0	128	24	21	24	28	1.99
71946240--71946306	10	6.6	10	79	6	73	32	20	10	35	1.87
71946240--71946306	21	3.3	21	85	4	84	32	20	10	35	1.87
71954572--71954793	124	1.8	122	79	7	261	31	10	23	34	1.89
71954752--71954902	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
71954789--71954918	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
71954751--71954918	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
71956287--71956348	20	3.2	20	67	19	60	51	12	9	25	1.70
71957393--71957465	25	2.9	25	83	0	92	26	20	23	30	1.99
71957495--71957559	5	12.6	5	75	6	58	35	21	7	35	1.82
71957495--71957559	21	3.1	21	88	2	78	35	21	7	35	1.82
71957521--71957567	10	4.7	10	94	5	78	31	19	10	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71968218--71968264	23	2.0	23	83	0	58	23	31	8	36	1.85
71979602--71979670	30	2.3	30	97	0	129	24	28	20	26	1.99
71991224--71991297	34	2.2	34	90	0	112	31	28	12	28	1.93
71991517--71991681	31	5.4	31	89	2	244	25	29	17	27	1.97
71991517--71991681	60	2.7	62	87	3	244	25	29	17	27	1.97
71991686--71991786	33	3.1	31	80	9	105	28	23	12	34	1.92
71991699--71991783	33	2.6	33	84	1	118	25	22	12	38	1.90
71991763--71991843	33	2.5	32	79	16	87	19	22	13	44	1.86
71993422--71993476	11	4.9	11	76	12	58	63	3	0	32	1.12
71995383--71995464	39	2.1	39	93	0	137	20	23	31	24	1.98
71995705--71995732	10	2.8	10	100	0	56	28	0	32	39	1.57
71999603--71999653	24	2.1	23	82	7	57	41	17	21	19	1.91
72006416--72006711	27	11.0	27	88	1	360	23	19	19	37	1.95
72009418--72009564	76	1.9	78	91	2	244	24	29	20	25	1.99
72009415--72009575	39	4.2	39	89	4	236	24	31	19	24	1.98
72017242--72017434	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
72017272--72017434	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
72023112--72023278	40	4.2	40	80	3	176	25	22	27	24	2.00
72023112--72023262	80	1.9	79	84	4	205	25	22	27	23	2.00
72027099--72027153	22	2.5	22	93	0	101	18	12	29	40	1.87
72027121--72027264	38	3.8	38	82	1	164	19	15	24	40	1.90
72034546--72034626	39	2.1	39	83	0	99	33	35	18	12	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72040739--72040764	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
72046618--72046666	24	2.0	24	96	0	89	44	20	18	16	1.86
72048897--72048952	20	2.8	20	79	12	62	25	16	25	33	1.95
72048981--72049080	27	3.5	28	74	20	89	25	19	29	27	1.98
72048996--72049091	32	3.1	31	69	24	87	26	16	26	31	1.97
72048945--72049091	60	2.5	60	84	7	176	27	19	25	28	1.98
72049040--72049092	27	2.0	27	82	10	65	24	18	26	30	1.98
72053173--72053261	40	2.2	40	93	0	151	22	22	28	26	1.99
72054165--72054355	45	4.1	44	82	7	195	26	17	29	26	1.98
72054171--72054359	48	4.0	46	82	5	204	26	17	28	26	1.98
72056150--72056185	19	1.9	18	88	5	54	22	16	41	19	1.90
72057343--72057561	39	5.6	39	78	1	150	32	29	18	19	1.96
72057376--72057560	79	2.4	78	81	1	208	30	31	18	18	1.96
72057648--72057723	36	2.1	36	95	0	134	42	18	11	27	1.85
72060737--72060836	28	3.4	29	82	6	114	29	26	15	30	1.95
72069886--72069954	29	2.4	30	80	4	79	23	33	15	27	1.95
72071668--72071769	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
72073364--72073399	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
72076191--72076357	40	4.2	40	81	2	167	23	26	22	26	2.00
72076207--72076357	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
72083580--72083708	40	3.3	38	82	5	159	24	27	23	24	2.00
72083580--72083745	79	2.1	79	83	6	203	23	27	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72083596--72083745	40	3.8	38	82	11	144	22	27	23	26	2.00
72088548--72088605	22	2.7	22	75	15	59	37	0	22	39	1.54
72092614--72092666	23	2.3	23	74	6	54	16	5	26	50	1.67
72097693--72098014	46	6.8	48	73	12	173	27	17	30	25	1.97
72097652--72097862	46	4.6	46	77	9	164	27	18	29	24	1.98
72106408--72106576	91	1.8	92	93	1	295	28	28	21	21	1.99
72106403--72106573	46	3.7	46	77	13	199	29	27	21	22	1.99
72106405--72106592	46	4.1	46	71	21	135	28	28	20	22	1.99
72113865--72114033	91	1.8	92	93	1	295	28	28	21	21	1.99
72113860--72114030	46	3.7	46	77	13	199	29	27	21	22	1.99
72113862--72114049	46	4.1	46	71	21	135	28	28	20	22	1.99
72117255--72117305	21	2.4	21	90	0	75	37	11	19	31	1.88
72117255--72117319	11	6.1	11	75	5	62	36	13	16	32	1.89
72117257--72117317	32	1.9	31	83	3	77	36	11	18	34	1.86
72117351--72117423	25	2.9	25	83	0	83	30	24	19	26	1.98
72125296--72125360	11	6.1	11	75	5	62	36	13	16	32	1.89
72125296--72125346	21	2.4	21	90	0	75	37	11	19	31	1.88
72125298--72125358	32	1.9	31	83	3	77	36	11	18	34	1.86
72129285--72129459	49	3.5	49	83	3	242	29	26	17	26	1.98
72129277--72129464	100	1.9	100	95	0	340	28	25	19	26	1.98
72133324--72133432	56	1.9	56	81	3	130	27	15	26	30	1.96
72133717--72133768	25	2.1	25	96	0	95	32	3	21	42	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72135896--72135938	13	3.2	13	81	12	52	16	13	13	55	1.69
72137535--72137589	27	2.0	27	82	6	67	18	21	23	36	1.95
72137583--72137640	23	2.5	23	88	0	80	22	18	17	41	1.90
72137782--72137853	33	2.1	34	84	2	92	25	20	25	29	1.99
72147069--72147119	12	4.2	12	80	7	50	0	19	5	74	1.02
72150938--72151060	48	2.6	48	85	0	147	26	18	23	31	1.97
72156162--72156228	34	2.0	34	87	0	98	28	31	8	31	1.88
72177837--72178000	40	4.1	40	84	9	181	24	27	20	27	1.99
72177860--72178014	40	3.9	40	88	0	211	24	27	21	26	2.00
72177868--72178049	80	2.3	80	83	2	213	25	26	20	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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