genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.278.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87974343--87974401	12	4.8	12	73	17	50	42	1	3	52	1.28
87974343--87974392	20	2.8	17	80	20	57	44	2	2	52	1.24
87977799--87978435	175	3.6	175	87	4	929	26	18	20	34	1.96
87984320--87984617	40	7.5	40	90	3	408	26	28	22	22	1.99
87998380--87998413	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
87998958--87999017	28	2.4	24	76	17	61	36	1	3	58	1.25
88008933--88008961	15	2.0	15	93	6	51	13	13	3	68	1.33
88009627--88009731	43	2.4	43	83	0	138	36	21	14	27	1.92
88011049--88011075	13	2.1	13	100	0	54	22	0	0	77	0.76
88011045--88011088	19	2.4	18	92	3	70	22	2	0	75	0.92
88014738--88014904	40	4.2	40	79	2	158	22	27	23	26	2.00
88014754--88014902	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
88022712--88022860	40	3.8	40	78	6	153	22	26	24	26	2.00
88027170--88027299	40	3.2	40	79	2	154	23	28	23	23	2.00
88027186--88027336	40	3.8	40	78	6	146	21	26	24	27	2.00
88032423--88032487	3	21.7	3	100	0	130	67	0	0	32	0.91
88036560--88036621	3	20.7	3	100	0	124	67	0	0	32	0.91
88041139--88041178	12	3.4	12	86	3	55	50	7	32	10	1.64
88043133--88043241	56	1.9	56	100	0	218	40	15	20	23	1.91
88054569--88054601	5	6.8	5	93	6	59	18	0	0	81	0.68
88054570--88054600	14	2.2	14	100	0	62	19	0	0	80	0.71
88060890--88060934	22	2.0	22	86	0	63	24	2	4	68	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88065808--88065908	39	2.6	39	83	0	130	38	19	26	14	1.91
88065808--88065923	39	3.0	39	79	9	121	38	20	25	15	1.92
88068999--88069068	28	2.5	28	90	4	106	25	14	27	32	1.94
88076124--88076259	39	3.5	39	87	0	200	37	24	24	13	1.92
88083542--88083570	15	1.9	15	100	0	58	27	27	13	31	1.94
88086475--88086515	15	2.7	15	84	3	55	80	2	0	17	0.82
88086600--88086625	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
88105295--88105331	18	2.1	18	89	0	56	35	2	10	51	1.51
88106125--88106214	45	2.0	45	100	0	180	17	24	17	40	1.91
88109321--88109418	6	16.3	6	79	9	85	77	4	5	13	1.08
88109321--88109406	25	3.3	25	83	12	102	79	3	4	12	1.02
88117141--88117316	46	3.8	46	73	16	148	22	18	27	31	1.97
88117137--88117307	93	1.8	93	87	2	254	22	18	28	30	1.97
88120250--88120285	15	2.4	15	90	0	54	13	19	11	55	1.68
88120247--88120321	39	1.9	38	86	2	105	10	17	13	58	1.62
88122228--88122399	93	1.8	93	92	0	290	20	21	29	27	1.98
88122233--88122407	46	3.8	46	79	15	198	21	21	29	28	1.98
88127591--88127736	23	6.2	24	89	3	217	27	21	21	28	1.99
88127794--88127850	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
88127782--88127852	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
88127787--88127841	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
88129096--88129160	27	2.4	27	84	5	87	21	23	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88129213--88129442	27	8.5	27	75	8	144	34	10	19	36	1.85
88129276--88129415	54	2.6	53	80	5	167	30	8	22	38	1.84
88129274--88129426	81	1.9	80	84	6	202	32	9	20	37	1.85
88129404--88129623	80	2.7	81	82	7	252	43	8	21	26	1.81
88129393--88129623	27	8.6	27	87	2	259	42	8	21	27	1.82
88129394--88129630	107	2.2	108	84	5	302	41	8	22	27	1.83
88129395--88129657	134	2.0	135	80	2	305	40	8	22	28	1.84
88129607--88129725	27	4.4	27	78	5	116	29	10	21	38	1.86
88129607--88129725	54	2.2	54	80	5	134	29	10	21	38	1.86
88129682--88129740	27	2.2	27	81	6	66	35	8	13	42	1.75
88136817--88136858	14	3.2	13	83	12	50	66	9	4	19	1.38
88139643--88139732	45	2.0	45	97	0	171	37	14	26	21	1.92
88142553--88142684	40	3.3	40	76	13	110	37	21	19	21	1.94
88142610--88142746	41	3.4	41	86	7	181	37	21	20	19	1.94
88142751--88142880	47	2.8	47	81	14	153	50	29	0	20	1.49
88143004--88143047	15	3.0	15	83	3	54	20	2	29	47	1.62
88143142--88143269	37	3.5	37	89	0	193	12	51	14	21	1.75
88143581--88143648	7	9.3	7	80	7	64	64	1	0	33	1.02
88143581--88143633	14	3.8	14	87	7	81	67	0	0	32	0.91
88143581--88143633	21	2.5	20	88	8	79	67	0	0	32	0.91
88143582--88143660	22	3.7	21	83	8	88	60	1	0	37	1.05
88144005--88144037	17	1.9	17	93	0	57	6	27	9	57	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88146888--88146918	12	2.7	12	95	5	55	35	0	12	51	1.40
88147709--88147790	40	2.0	40	100	0	164	20	24	25	29	1.99
88148213--88148241	15	1.9	15	100	0	58	27	10	13	48	1.75
88148563--88148589	7	3.9	7	100	0	54	88	0	11	0	0.50
88148987--88149067	31	2.6	31	78	17	98	25	3	1	69	1.13
88149173--88149206	16	2.2	16	89	5	52	29	0	0	70	0.87
88150400--88150444	20	2.2	20	100	0	90	46	13	26	13	1.80
88158788--88158829	23	1.9	23	90	9	70	11	23	38	26	1.90
88161201--88161227	12	2.2	12	100	0	54	33	14	0	51	1.43
88165374--88165402	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
88172770--88172828	21	2.9	21	79	18	70	66	0	5	28	1.13
88172773--88172828	22	2.4	24	77	20	64	66	0	5	28	1.14
88172771--88172829	10	5.7	10	76	13	57	66	0	5	28	1.13
88173692--88173733	21	2.0	21	85	4	57	61	0	9	28	1.27
88175917--88176073	41	3.8	41	81	4	172	36	19	19	24	1.94
88177703--88177744	14	3.1	14	76	13	52	33	0	4	61	1.17
88181784--88181818	16	2.2	16	89	0	52	57	0	40	2	1.14
88189714--88190238	45	11.7	43	65	13	173	32	15	24	27	1.95
88189753--88190256	90	5.6	90	87	1	645	33	15	24	26	1.95
88191746--88191794	25	2.0	25	88	8	73	32	0	2	65	1.04
88191821--88191880	27	2.3	26	85	5	77	26	1	3	68	1.15
88194365--88194474	26	4.2	26	90	0	166	34	5	22	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88200293--88200459	9	17.6	9	76	10	154	31	0	21	46	1.56
88200297--88200459	39	4.2	40	86	9	168	30	0	21	47	1.56
88200308--88200447	39	3.4	44	87	10	183	30	0	22	45	1.58
88200293--88200459	57	2.9	57	81	7	196	31	0	21	46	1.56
88200293--88200448	48	3.2	48	80	3	188	31	0	22	45	1.57
88200639--88201366	241	3.0	241	96	0	1330	33	14	17	34	1.90
88205323--88205546	49	4.5	48	88	4	295	29	28	17	25	1.98
88207685--88207745	14	4.4	14	73	20	56	59	18	14	8	1.60
88207681--88207747	29	2.4	28	78	14	75	59	17	14	7	1.58
88209160--88209186	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
88210734--88210906	49	3.5	49	88	3	224	29	26	17	26	1.98
88213174--88213245	25	2.9	25	91	0	117	34	1	31	31	1.67
88214866--88214974	39	2.8	39	78	6	116	31	19	18	31	1.96
88216484--88216709	46	5.0	46	87	3	278	42	14	23	20	1.88
88216485--88216556	21	3.2	21	66	27	58	41	11	22	25	1.86
88216484--88216709	90	2.5	90	84	1	281	42	14	23	20	1.88
88217497--88217532	18	2.0	18	100	0	72	27	22	22	27	1.99
88222713--88223074	46	7.7	47	71	11	167	27	18	29	24	1.98
88228556--88228619	6	10.8	6	94	3	112	17	0	14	68	1.21
88232071--88232246	46	3.8	45	74	11	169	22	19	28	29	1.98
88244997--88245128	59	2.3	58	97	1	246	37	14	24	24	1.92
88244967--88245128	88	1.8	89	90	1	263	35	14	24	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88244997--88245128	29	4.5	29	97	1	246	37	14	24	24	1.92
88252559--88252690	59	2.3	58	97	1	246	37	14	24	24	1.92
88252529--88252690	88	1.8	89	90	1	263	35	14	24	25	1.93
88252559--88252690	29	4.5	29	97	1	246	37	14	24	24	1.92
88256357--88256477	28	4.3	29	79	8	124	23	14	33	28	1.94
88256378--88256490	28	4.0	30	72	19	73	27	13	30	29	1.94
88264930--88264960	16	1.9	16	93	0	53	51	19	16	12	1.76
88265087--88265123	19	2.0	19	89	5	58	27	18	37	16	1.92
88265173--88265324	29	5.3	29	75	12	129	25	13	33	26	1.94
88267063--88267093	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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