genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.313.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97178527--97178697	47	3.6	47	82	6	168	29	14	24	31	1.95
97178577--97178702	49	2.6	48	85	6	159	28	14	26	30	1.95
97182431--97182475	20	2.2	20	84	4	54	33	20	11	35	1.88
97186143--97186177	16	2.1	17	94	5	63	28	0	0	71	0.86
97196644--97196670	8	3.4	8	100	0	54	55	0	0	44	0.99
97198736--97198794	26	2.2	27	84	3	75	16	3	1	77	0.98
97207365--97207816	101	4.4	100	76	9	367	31	27	13	27	1.94
97207481--97207864	204	1.9	204	81	5	463	31	28	13	26	1.94
97210871--97210913	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
97211514--97211551	15	2.5	15	87	12	51	39	2	2	55	1.28
97226903--97227318	145	2.9	143	88	2	602	29	14	20	35	1.92
97228963--97229148	97	1.9	97	84	4	250	32	11	16	40	1.83
97235008--97235058	9	5.7	9	76	15	52	37	0	0	62	0.95
97237648--97237755	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
97239387--97239455	34	2.0	34	97	0	129	34	20	5	39	1.76
97240406--97240460	22	2.5	23	82	11	71	47	0	7	45	1.30
97257506--97257553	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
97258240--97258281	20	2.0	21	86	4	59	42	2	11	42	1.54
97258676--97258715	21	2.0	21	90	5	64	70	0	0	30	0.88
97259487--97259520	15	2.4	14	90	5	50	50	2	0	47	1.16
97261729--97261794	3	22.0	3	84	6	89	34	1	33	30	1.67
97262383--97262438	28	2.0	28	100	0	112	35	7	25	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97262470--97262509	14	2.6	16	82	17	50	47	0	0	52	1.00
97268404--97268498	47	2.0	47	100	0	190	36	4	27	31	1.76
97271709--97271740	8	4.0	8	95	0	55	37	46	0	15	1.46
97272588--97272616	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
97276317--97276351	17	2.0	18	88	5	54	65	0	0	34	0.93
97276317--97276358	10	4.5	10	80	14	54	64	0	0	35	0.94
97276503--97276542	7	5.7	7	85	11	55	60	0	2	37	1.11
97280932--97281029	17	5.5	18	81	4	119	35	12	10	41	1.76
97280932--97281038	35	3.0	36	87	9	148	36	13	9	41	1.76
97283081--97283120	21	1.9	21	84	0	53	40	42	2	15	1.60
97283073--97283113	14	2.9	15	85	7	59	34	43	2	19	1.64
97283108--97283161	7	7.6	7	81	4	63	50	29	0	20	1.49
97283074--97283156	28	2.9	28	82	5	78	42	38	1	18	1.58
97283108--97283156	14	3.4	14	86	5	71	48	32	0	18	1.48
97283180--97283224	14	3.2	14	80	0	54	48	26	0	24	1.51
97283318--97283365	22	2.2	21	82	10	53	41	31	2	25	1.67
97283402--97283449	25	1.9	25	87	8	71	39	41	0	18	1.51
97283430--97283464	15	2.4	15	90	4	54	45	34	0	20	1.51
97283432--97283515	22	3.9	21	73	6	69	46	29	1	22	1.60
97283678--97283782	40	2.6	40	80	14	119	35	19	20	24	1.96
97286871--97286923	14	3.8	14	80	7	63	28	24	30	16	1.97
97286896--97286921	7	3.7	7	100	0	52	26	30	26	15	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97293670--97293840	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	21	1.98
97293666--97293837	46	3.7	46	79	13	208	29	29	20	20	1.98
97300341--97300379	18	2.2	18	86	4	53	64	5	30	0	1.15
97301750--97301992	132	1.8	131	85	2	344	26	17	18	37	1.93
97302556--97302584	3	9.7	3	100	0	58	34	31	0	34	1.58
97302583--97302633	3	17.0	3	95	0	93	31	0	1	66	1.03
97306089--97306173	31	2.8	31	85	5	120	24	12	15	47	1.81
97309204--97309243	21	1.9	21	100	0	80	42	20	10	27	1.83
97310761--97310982	111	2.0	111	89	0	336	33	24	13	27	1.94
97314343--97314416	26	2.9	26	77	2	78	35	14	8	41	1.76
97316162--97316205	21	2.1	21	86	0	61	50	9	13	27	1.72
97334886--97334929	20	2.2	20	91	0	70	75	0	0	25	0.81
97334886--97334920	9	3.7	9	85	14	52	74	0	0	25	0.82
97335093--97335132	21	1.9	21	85	10	55	27	7	7	57	1.53
97339343--97339390	3	16.0	3	100	0	96	66	0	33	0	0.92
97343684--97343773	29	3.0	30	75	19	98	35	5	1	57	1.29
97345352--97345377	8	3.2	8	100	0	52	38	0	11	50	1.39
97350359--97350389	13	2.3	14	94	5	55	41	0	6	51	1.27
97350588--97350627	20	1.9	22	85	10	57	42	2	0	55	1.13
97354050--97354092	17	2.7	16	85	7	61	60	0	2	37	1.10
97354571--97354612	18	2.3	18	80	8	50	69	0	0	30	0.89
97358048--97358115	31	2.2	31	89	5	102	48	5	0	45	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97362770--97362808	19	2.1	19	100	0	78	41	15	15	28	1.87
97363533--97363572	16	2.5	16	83	0	53	52	10	12	25	1.70
97363890--97363928	13	2.8	14	88	11	62	64	0	5	30	1.15
97364041--97364174	60	2.2	60	80	9	157	25	13	11	49	1.76
97364378--97364435	27	2.1	28	87	3	82	60	1	0	37	1.07
97365250--97365282	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
97368089--97368159	30	2.4	29	79	11	72	50	1	1	46	1.18
97371463--97371681	73	3.0	73	91	0	366	29	16	28	25	1.97
97372492--97372559	16	4.3	16	67	10	50	55	0	4	39	1.20
97372485--97372582	47	2.1	47	96	1	180	54	0	5	40	1.23
97372839--97372877	16	2.4	17	91	4	62	64	5	0	30	1.15
97373133--97373167	10	3.5	10	84	0	52	48	2	2	45	1.32
97374333--97374416	24	3.3	24	72	26	66	22	15	8	53	1.68
97374825--97374865	21	2.0	21	86	9	59	39	0	0	60	0.96
97374828--97374877	25	2.0	25	88	0	73	46	0	0	54	1.00
97376467--97376577	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
97378432--97378483	26	2.1	24	85	7	68	34	0	7	57	1.27
97384196--97384224	8	3.6	8	100	0	58	75	10	0	13	1.04
97384196--97384253	19	3.4	17	77	15	57	75	8	0	15	1.02
97389818--97389859	20	2.1	20	100	0	84	30	4	4	59	1.39
97392662--97392749	43	2.0	43	100	0	176	26	6	15	51	1.69
97410647--97410757	47	2.4	47	83	6	145	35	22	16	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97411511--97411585	4	18.2	4	70	10	53	4	26	5	64	1.33
97411513--97411617	46	2.3	47	88	6	162	6	26	6	60	1.47
97415842--97415866	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
97418135--97418172	15	2.6	16	84	16	55	68	2	0	28	1.03
97418097--97418168	31	2.3	32	78	7	76	63	6	2	26	1.33
97419140--97419195	29	1.9	29	92	0	94	35	1	5	57	1.32
97435084--97435123	20	2.0	20	100	0	80	55	15	10	20	1.68
97437715--97437760	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
97437722--97437766	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
97438190--97438222	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
97438366--97438500	53	2.5	54	92	1	227	31	22	17	27	1.97
97441209--97441270	21	3.0	21	73	7	63	35	24	20	19	1.96
97442726--97442766	15	2.7	15	75	24	50	53	12	0	34	1.38
97447334--97447378	23	2.0	23	81	0	54	31	4	8	55	1.51
97454587--97454646	28	2.1	28	96	0	111	38	11	16	33	1.85
97462362--97462423	23	2.8	20	75	22	52	30	0	4	64	1.14
97464252--97464286	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
97464466--97464505	21	1.9	21	89	0	62	60	7	2	30	1.38
97464435--97464653	25	8.9	25	68	13	96	55	3	5	35	1.40
97465125--97465177	18	3.3	18	65	29	55	18	7	49	24	1.74
97465120--97465188	30	2.3	30	97	0	129	15	5	50	27	1.67
97465843--97466160	88	3.6	88	78	10	294	36	17	15	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97465825--97466140	175	1.8	174	83	5	422	34	18	16	30	1.93
97466078--97466694	77	8.1	76	78	12	592	33	20	16	29	1.94
97466069--97466694	71	8.2	76	80	10	595	34	20	16	29	1.94
97466411--97466780	155	2.3	157	81	9	423	35	18	15	30	1.92
97466827--97467083	76	3.5	73	86	7	335	30	20	16	32	1.95
97466412--97467287	411	2.1	408	81	9	1016	36	18	15	28	1.93
97467271--97467315	13	3.4	13	81	6	63	68	4	11	15	1.34
97467099--97467387	100	2.9	101	88	3	424	39	19	17	23	1.92
97467295--97467462	73	2.3	74	88	1	248	34	20	17	27	1.95
97467379--97467548	91	1.9	89	87	6	252	35	20	16	27	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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