genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61228750--61228851	29	3.6	29	81	2	100	35	23	14	26	1.94
61230711--61230821	43	2.6	43	82	1	125	31	25	18	25	1.97
61230748--61230863	42	2.7	41	79	9	117	31	27	17	23	1.97
61230799--61230927	64	2.0	64	98	0	249	29	27	17	24	1.98
61235702--61235909	40	5.2	40	82	2	229	25	23	26	24	2.00
61243729--61243936	40	5.2	40	82	2	229	25	23	26	24	2.00
61249806--61249980	46	3.8	46	76	13	187	29	28	20	21	1.98
61249813--61249984	93	1.8	93	92	0	290	28	28	20	22	1.99
61252232--61252307	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
61252268--61252355	19	4.8	19	88	8	146	37	14	11	36	1.83
61252703--61252976	45	6.1	45	78	6	268	26	27	14	31	1.95
61252703--61252886	89	2.1	90	88	1	271	26	29	14	29	1.95
61252916--61253210	78	3.8	78	89	1	439	24	22	19	33	1.97
61253083--61253720	209	3.0	209	82	8	728	25	22	18	33	1.97
61264006--61264145	38	3.7	38	90	1	210	24	23	22	29	1.99
61264006--61264171	38	4.4	38	86	1	208	24	22	22	29	1.99
61263976--61264200	76	2.9	76	77	7	213	24	22	23	29	1.99
61263995--61264203	38	5.4	38	80	5	165	23	22	24	30	1.99
61266708--61266767	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
61270685--61270868	40	4.6	40	80	9	205	25	23	26	25	2.00
61270685--61270868	80	2.3	80	83	3	228	25	23	26	25	2.00
61280026--61280063	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61284034--61284091	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
61284070--61284106	19	1.9	19	100	0	74	35	16	10	37	1.83
61284073--61284114	19	2.3	19	88	8	61	38	11	14	35	1.83
61286134--61286167	11	2.8	12	86	13	52	0	23	0	76	0.79
61286233--61286258	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
61286263--61286311	3	16.7	3	83	12	66	61	2	0	36	1.08
61286263--61286311	16	3.3	15	83	13	66	61	2	0	36	1.08
61286263--61286311	22	2.4	21	86	10	66	61	2	0	36	1.08
61286423--61286475	21	2.3	23	75	21	58	52	3	0	43	1.19
61286893--61286934	11	3.8	11	81	9	50	40	26	0	33	1.56
61286951--61286977	13	2.1	13	100	0	54	48	7	7	37	1.59
61287533--61287591	30	1.9	31	86	3	84	49	3	20	27	1.65
61287845--61287869	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
61289108--61289149	18	2.3	18	100	0	84	40	14	19	26	1.89
61296059--61296234	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
61296055--61296226	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
61299150--61299218	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
61299141--61299228	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
61301612--61301787	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
61301608--61301779	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
61303823--61303850	6	4.7	6	100	0	56	17	14	0	67	1.22
61304800--61304888	27	3.3	27	76	3	90	35	35	14	13	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61315353--61315418	22	3.3	22	68	24	63	36	6	13	43	1.69
61315351--61315429	38	2.1	38	97	0	149	36	8	11	43	1.72
61318961--61319089	49	2.6	49	86	2	179	24	29	18	27	1.98
61321452--61321507	20	2.8	20	83	0	67	21	32	30	16	1.95
61327887--61328037	52	2.9	51	73	12	128	29	16	23	31	1.96
61328839--61328911	20	3.7	20	88	0	110	21	35	30	12	1.90
61329143--61329254	46	2.4	46	82	5	138	23	31	16	28	1.96
61335340--61335963	312	2.0	311	97	0	1176	36	10	19	33	1.86
61335914--61335975	27	2.3	26	78	8	70	37	0	11	51	1.38
61341546--61341579	14	2.5	13	86	9	50	67	11	2	17	1.34
61348342--61348453	28	4.0	28	82	4	120	27	31	15	25	1.95
61348668--61348702	16	2.2	16	94	0	61	11	17	20	51	1.75
61354951--61355168	40	5.4	40	82	3	197	27	20	25	27	1.99
61363048--61363253	39	5.2	39	81	8	220	25	21	26	26	1.99
61363048--61363253	79	2.6	79	79	10	231	25	21	26	26	1.99
61369623--61369707	28	3.0	28	86	3	109	28	30	15	25	1.96
61369782--61369818	19	2.0	18	89	5	56	21	37	13	27	1.91
61369791--61369827	19	1.9	19	88	0	56	21	35	13	29	1.92
61372820--61372995	46	3.8	46	77	12	207	28	28	21	21	1.98
61374894--61375165	35	7.7	34	75	7	206	34	32	3	29	1.75
61377726--61377807	43	1.9	43	82	0	101	26	15	25	31	1.96
61383528--61383552	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61383565--61383597	16	2.0	17	88	5	50	36	21	0	42	1.53
61384243--61384291	15	3.4	15	74	25	52	51	0	0	48	1.00
61384535--61384584	5	10.0	5	78	8	57	54	2	0	44	1.11
61384535--61384586	16	3.4	16	82	12	65	53	1	0	44	1.11
61385153--61385196	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
61385215--61385258	13	3.3	13	78	15	54	54	0	0	45	0.99
61385502--61385567	32	2.1	32	100	0	132	39	9	9	42	1.68
61385839--61385876	14	2.7	14	95	0	67	39	5	0	55	1.23
61389768--61389796	8	3.8	8	90	9	51	10	0	0	89	0.48
61389767--61389796	15	2.0	15	100	0	60	13	0	0	86	0.57
61391411--61391485	27	2.8	27	83	2	98	32	25	14	28	1.95
61392451--61392480	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
61392921--61392962	22	1.9	22	85	9	59	14	28	9	47	1.75
61393293--61393387	28	3.3	28	86	7	120	27	30	15	26	1.96
61393357--61393534	58	3.1	57	78	3	180	28	21	17	32	1.96
61407260--61407426	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
61415299--61415466	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
61417487--61417656	43	4.0	43	82	3	209	28	15	24	32	1.95
61419789--61419937	43	3.5	42	75	18	155	30	24	18	26	1.97
61427397--61427506	43	2.6	43	79	1	114	29	23	19	28	1.98
61427688--61427746	30	1.9	31	86	3	84	45	1	22	30	1.62
61427957--61428020	29	2.1	31	83	11	80	35	0	3	60	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61427998--61428022	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
61434259--61434483	49	4.5	49	88	3	299	24	17	28	29	1.97
61434252--61434490	99	2.4	100	85	3	313	24	17	28	29	1.98
61437481--61437542	15	4.1	15	80	14	74	9	14	16	59	1.60
61437481--61437542	30	2.1	30	88	11	92	9	14	16	59	1.60
61439671--61439858	99	1.9	101	83	2	245	25	18	27	29	1.98
61443073--61443225	24	6.3	24	72	9	98	39	20	22	16	1.92
61445268--61445425	40	4.0	40	97	1	291	32	19	31	15	1.93
61445268--61445409	20	7.1	20	69	10	103	33	19	33	14	1.92
61455265--61455289	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
61455888--61456092	92	2.2	91	85	2	286	39	12	4	43	1.63
61459795--61459851	21	2.8	20	86	7	78	29	5	31	33	1.80
61459964--61460189	100	2.2	99	81	11	251	51	2	1	44	1.22
61459964--61460189	104	2.2	103	81	11	259	51	2	1	44	1.22
61472458--61472515	26	2.2	26	81	6	64	32	1	0	65	1.03
61475395--61475502	47	2.3	48	82	4	130	44	24	15	15	1.85
61476784--61476825	20	2.1	20	95	0	75	35	21	9	33	1.86
61478684--61478763	18	4.4	18	90	0	124	16	33	28	21	1.95
61478684--61478763	36	2.2	36	95	0	142	16	33	28	21	1.95
61480604--61480737	52	2.6	51	88	4	191	35	26	12	25	1.92
61480604--61480733	50	2.6	50	88	4	181	36	27	11	24	1.90
61488530--61488628	5	19.8	5	96	0	153	58	36	2	3	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61489708--61489732	7	3.6	7	100	0	50	52	0	0	48	1.00
61490304--61490337	13	2.5	13	90	4	50	41	0	2	55	1.15
61491869--61491941	32	2.5	27	76	19	83	26	4	19	50	1.65
61491882--61491942	32	1.9	32	93	0	104	27	4	18	49	1.68
61492863--61492932	35	2.0	35	100	0	140	28	8	20	42	1.81
61492968--61493054	22	3.9	22	79	14	97	27	5	20	45	1.74
61492990--61493078	46	1.9	46	88	0	133	29	6	17	46	1.74
61492934--61493062	68	1.9	68	88	3	197	28	6	17	46	1.74
61498951--61499027	25	3.1	25	88	0	109	19	19	19	41	1.91
61505244--61505290	19	2.5	19	96	0	85	27	23	10	38	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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