genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  235  of  318  ( 38146 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73844311--73844486	46	3.8	46	80	10	223	20	21	29	28	1.98
73844307--73844478	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
73857598--73857637	10	3.9	10	87	6	53	0	17	2	80	0.83
73859471--73859501	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
73859862--73859918	28	2.1	28	90	9	91	45	3	7	43	1.48
73860037--73860267	113	2.0	113	80	3	259	39	15	14	30	1.87
73860054--73860278	114	2.0	114	80	4	258	39	15	14	30	1.87
73864071--73864259	40	4.7	40	93	0	315	23	20	25	30	1.99
73868046--73868238	40	4.8	40	84	0	215	26	23	25	24	2.00
73875804--73876025	40	5.6	40	91	1	331	23	21	26	29	1.99
73883490--73883527	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
73884264--73884544	27	10.4	27	89	1	411	24	21	19	34	1.97
73889042--73889099	27	2.1	27	87	0	80	27	6	20	44	1.77
73889050--73889107	27	2.1	27	96	0	107	25	5	18	50	1.68
73891959--73891997	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
73895260--73895400	37	3.8	37	93	0	228	26	30	17	24	1.97
73895551--73895783	48	4.8	48	93	3	396	30	27	6	35	1.83
73895753--73895946	47	4.1	47	89	0	280	26	29	11	32	1.91
73895846--73895917	22	3.1	22	64	24	58	22	29	15	33	1.94
73895657--73895946	94	3.1	94	82	6	286	27	28	9	33	1.89
73900417--73900509	47	2.0	47	97	0	177	29	16	19	35	1.93
73903679--73903826	40	3.7	40	89	3	210	25	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73903679--73903838	79	2.0	79	84	3	187	25	23	26	24	2.00
73907176--73907363	40	4.7	40	91	1	288	25	23	27	23	2.00
73910539--73910715	40	4.5	40	89	4	245	24	23	28	24	2.00
73917329--73917553	40	5.7	40	88	5	264	25	25	22	26	2.00
73917350--73917553	80	2.6	79	86	5	295	25	25	22	26	2.00
73922910--73923060	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
73922947--73923076	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
73929902--73930086	71	2.7	67	85	11	220	34	17	27	20	1.95
73929944--73930093	71	2.1	71	98	1	293	35	17	28	18	1.94
73937360--73937557	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
73937426--73937543	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
73937394--73937557	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
73944928--73945125	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
73944994--73945111	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
73944962--73945125	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
73950284--73950359	12	6.4	12	79	8	93	25	11	6	56	1.59
73950284--73950359	35	2.1	35	90	7	118	25	11	6	56	1.59
73954238--73954348	27	4.2	26	84	11	127	18	23	22	36	1.95
73954238--73954348	55	2.1	52	85	8	143	18	23	22	36	1.95
73955645--73955674	12	2.5	12	94	0	51	13	23	50	13	1.77
73962059--73962169	27	4.2	25	79	15	107	17	23	22	36	1.94
73962059--73962169	55	2.1	52	85	8	143	17	23	22	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73964841--73965048	27	7.7	27	83	5	244	30	13	17	37	1.89
73964871--73965048	80	2.2	81	87	3	252	30	12	18	38	1.88
73965040--73965113	27	2.7	27	91	0	112	40	21	17	20	1.91
73965038--73965128	27	3.4	27	81	3	103	41	17	19	20	1.90
73980503--73980551	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
73981373--73981523	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
73981409--73981539	40	3.3	40	79	4	149	24	22	26	25	2.00
73988516--73988564	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
73989381--73989531	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
73989417--73989547	40	3.3	40	79	4	149	24	22	26	25	2.00
73997204--73997299	28	3.4	28	84	4	104	30	15	23	30	1.96
74006908--74006971	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93
74007165--74007354	24	8.0	24	88	4	260	26	21	22	29	1.99
74007164--74007355	47	4.0	48	88	4	273	26	20	22	30	1.98
74007179--74007354	95	1.8	96	92	1	300	26	21	22	30	1.98
74007409--74007515	20	5.3	20	97	0	196	31	19	13	35	1.90
74008831--74009036	27	7.7	27	83	5	229	40	7	21	30	1.81
74008833--74009035	81	2.5	81	88	4	277	40	7	21	30	1.81
74012627--74012667	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
74022028--74022090	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
74024316--74024468	39	3.9	39	91	0	234	24	20	31	24	1.98
74024317--74024487	39	4.4	39	87	0	225	24	21	30	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74028346--74028530	40	4.6	39	85	4	226	28	22	24	23	1.99
74028345--74028551	80	2.6	80	83	4	247	27	22	25	25	2.00
74028344--74028551	40	5.2	39	83	5	211	27	22	25	25	2.00
74036303--74036508	40	5.2	39	84	3	232	26	22	26	24	2.00
74036302--74036508	80	2.6	80	84	4	256	26	22	26	25	2.00
74043488--74043636	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
74043529--74043636	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
74046383--74046595	40	5.3	40	75	5	162	28	23	23	23	2.00
74046383--74046595	80	2.7	78	80	4	201	28	23	23	23	2.00
74053170--74053347	40	4.5	40	82	4	182	25	26	20	26	1.99
74056082--74056694	305	2.0	305	100	0	1226	40	10	15	33	1.81
74059191--74059290	40	2.5	40	86	0	146	30	23	17	30	1.96
74063780--74064041	48	5.5	48	88	3	350	27	19	26	26	1.99
74063780--74064041	144	1.8	144	87	3	393	27	19	26	26	1.99
74064311--74064524	117	1.8	117	98	0	419	33	8	18	39	1.82
74066073--74066116	22	2.0	22	100	0	88	22	22	31	22	1.98
74085692--74085807	43	2.7	43	90	1	180	25	27	20	25	1.99
74088340--74088370	9	3.3	9	95	4	53	61	22	0	16	1.34
74088729--74088771	22	2.0	21	81	4	50	25	25	4	44	1.73
74088719--74088852	66	2.0	66	87	5	191	20	24	5	49	1.71
74096758--74096902	50	2.9	50	80	2	159	28	25	17	28	1.97
74099570--74099723	56	2.8	56	90	2	247	33	24	15	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74100423--74100486	31	2.1	31	100	0	128	25	15	3	56	1.54
74100433--74100483	16	3.2	16	66	5	50	29	13	1	54	1.50
74103302--74103349	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
74103393--74103451	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
74103502--74103596	24	4.0	24	85	10	124	28	21	24	26	1.99
74103503--74103596	47	2.0	49	85	12	133	27	21	24	26	1.99
74103788--74103926	68	2.0	69	97	1	262	39	15	21	23	1.91
74103814--74103926	38	3.5	31	81	16	138	40	14	21	23	1.90
74103842--74103949	38	2.8	38	92	1	180	39	15	22	22	1.91
74111653--74111700	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
74111744--74111802	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
74111853--74111947	24	4.0	24	85	10	124	28	21	24	26	1.99
74111854--74111947	47	2.0	49	85	12	133	27	21	24	26	1.99
74112139--74112301	38	4.4	38	84	11	232	38	17	22	22	1.93
74112163--74112278	31	3.5	31	80	15	142	41	14	20	23	1.89
74112139--74112278	69	2.0	69	98	0	271	39	15	21	23	1.92
74119718--74119849	46	2.9	46	81	2	149	32	17	18	31	1.94
74121602--74121767	46	3.6	45	76	11	165	30	28	18	22	1.97
74121603--74121773	93	1.8	93	91	0	279	29	28	19	22	1.98
74124151--74124238	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
74124151--74124229	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
74124162--74124238	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74127152--74127322	46	3.7	46	77	4	191	29	27	20	22	1.99
74127153--74127323	93	1.8	93	91	0	279	29	28	20	22	1.98
74129842--74130003	39	4.2	39	88	2	245	23	19	32	24	1.97
74129859--74130034	78	2.2	78	85	4	237	23	22	32	21	1.98
74135321--74135448	40	3.2	39	81	6	141	24	26	21	27	1.99
74138589--74138690	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
74147958--74147995	18	2.1	18	90	0	58	36	0	0	63	0.95
74148133--74148180	22	2.1	22	88	3	69	66	0	4	29	1.10
74149546--74149585	5	8.2	5	83	5	55	22	0	0	77	0.77
74149522--74149587	7	9.0	7	75	9	60	28	0	0	71	0.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318