genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.311.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96720080--96720220	45	3.2	44	79	5	149	31	17	24	26	1.97
96720112--96720485	187	2.0	188	88	0	552	31	15	24	28	1.96
96720622--96720775	44	3.5	43	84	3	193	31	18	23	27	1.97
96720576--96720778	44	4.7	44	79	6	191	30	19	22	27	1.98
96720575--96720803	44	5.3	44	77	7	184	31	19	20	28	1.97
96720791--96721834	88	11.9	88	88	0	1399	28	23	19	28	1.98
96721850--96721964	36	2.9	37	75	18	133	25	20	26	27	1.99
96721887--96722365	44	10.8	44	70	9	258	30	17	22	29	1.97
96722065--96722274	89	2.4	88	80	7	226	29	17	23	30	1.97
96722156--96722310	45	3.6	43	75	13	124	30	18	22	29	1.97
96723882--96723911	12	2.5	12	94	0	51	26	6	6	60	1.47
96723963--96724016	18	2.7	21	78	18	62	27	5	5	61	1.41
96726139--96726282	46	3.1	44	71	15	114	30	29	18	21	1.97
96726820--96726856	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
96727554--96727642	3	29.3	3	75	10	74	30	4	3	61	1.32
96727557--96727643	20	4.2	20	72	15	79	29	4	4	60	1.36
96729503--96729600	46	2.1	46	94	0	169	36	13	24	25	1.92
96732871--96732998	63	2.0	62	98	1	247	44	7	6	41	1.58
96735622--96735664	20	2.2	20	86	0	59	48	0	6	44	1.29
96735603--96735663	32	1.9	32	83	12	81	49	1	4	44	1.33
96735751--96735836	42	2.0	42	93	0	145	41	15	6	36	1.74
96736828--96736881	20	2.7	20	83	11	74	9	33	37	20	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96738528--96738655	64	2.0	64	96	0	238	14	14	11	59	1.62
96740807--96741276	131	3.6	130	84	2	563	25	17	21	35	1.95
96744699--96744971	138	2.0	138	91	2	451	31	23	12	32	1.92
96751093--96751161	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
96752790--96752827	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
96754121--96754170	22	2.3	22	100	0	100	40	16	20	24	1.91
96754988--96755026	14	2.8	14	80	0	51	38	15	2	43	1.60
96757018--96757116	17	5.6	17	86	7	135	38	12	14	35	1.83
96757010--96757116	35	3.0	35	94	4	178	38	11	14	35	1.82
96757018--96757116	18	5.6	18	89	4	148	38	12	14	35	1.83
96757601--96757649	17	2.9	18	76	14	50	34	2	0	63	1.06
96760343--96760382	2	20.0	2	94	0	71	0	2	50	47	1.14
96761999--96762058	28	2.2	28	82	8	70	30	5	5	60	1.40
96762040--96762099	26	2.3	26	80	8	68	35	3	3	58	1.31
96763014--96763048	18	1.9	18	88	0	52	51	8	2	37	1.47
96765950--96766003	19	2.8	19	88	5	74	27	18	5	48	1.70
96773730--96773848	44	2.7	44	81	3	132	31	16	23	28	1.96
96773884--96774233	87	4.1	88	84	6	486	29	23	19	27	1.98
96774163--96774686	44	11.8	43	71	13	214	30	19	21	28	1.98
96774210--96774499	132	2.2	133	82	3	345	31	19	21	26	1.97
96774210--96774518	88	3.5	89	79	6	276	32	18	20	28	1.97
96774293--96774633	88	3.8	90	75	9	259	31	18	21	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96775344--96775663	163	2.0	159	96	3	588	25	21	13	39	1.90
96781971--96782061	24	3.6	25	78	14	96	31	2	2	63	1.18
96781981--96782058	28	3.0	27	83	9	99	32	2	2	62	1.22
96782023--96782082	26	2.3	26	80	8	68	35	3	3	58	1.31
96782023--96782166	52	2.7	50	70	17	112	34	4	3	58	1.34
96786350--96786387	16	2.4	16	95	4	69	21	10	7	60	1.54
96786825--96786887	23	2.7	24	78	9	67	41	1	0	57	1.08
96786843--96786875	15	2.1	16	88	5	50	48	3	0	48	1.17
96787032--96787099	34	2.0	34	97	0	127	29	16	13	41	1.86
96791234--96791279	16	2.9	16	76	17	51	54	2	0	43	1.12
96791515--96791561	21	2.2	21	100	0	94	55	8	0	36	1.31
96792195--96792230	19	1.9	18	88	5	54	47	2	8	41	1.48
96792623--96792659	5	7.6	5	87	6	58	40	0	18	40	1.51
96792813--96792846	18	1.9	17	88	5	50	50	8	0	41	1.34
96792845--96792878	5	6.8	5	100	0	68	41	0	17	41	1.50
96793025--96793112	32	3.0	27	71	27	63	50	1	3	45	1.26
96795289--96795322	13	2.6	13	90	0	50	44	2	0	52	1.16
96795352--96795386	17	2.1	17	88	0	52	74	5	14	5	1.19
96796905--96797039	39	3.4	39	75	6	121	23	20	27	28	1.99
96803085--96803118	13	2.6	13	90	0	50	44	2	0	52	1.16
96803148--96803182	17	2.1	17	88	0	52	74	5	14	5	1.19
96804701--96804835	39	3.4	39	75	6	121	23	20	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96808631--96808738	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
96810171--96810300	55	2.4	55	97	0	242	41	15	13	29	1.86
96815723--96815830	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
96820001--96820073	38	1.9	38	88	0	110	17	16	28	36	1.92
96822547--96822717	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
96822539--96822714	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
96825086--96825173	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
96825086--96825164	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
96825097--96825173	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
96828080--96828250	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
96828072--96828247	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
96833635--96833718	9	9.4	9	70	12	57	67	3	1	27	1.14
96833634--96833718	18	4.7	19	75	8	63	68	3	1	27	1.13
96833635--96833727	17	5.2	19	72	15	56	65	3	1	30	1.15
96834542--96834578	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
96839220--96839560	169	2.0	169	99	0	673	34	15	12	37	1.86
96847262--96847308	17	2.6	18	80	10	51	34	4	0	61	1.15
96847446--96847505	22	2.7	23	79	7	61	40	10	3	46	1.54
96848065--96848103	20	1.9	21	89	5	62	33	7	10	48	1.66
96860272--96860418	75	2.0	74	94	1	258	27	18	23	30	1.98
96860181--96860573	163	2.4	163	96	0	705	27	17	21	33	1.96
96860419--96860620	75	2.7	73	88	3	314	30	16	20	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96860419--96860645	75	3.1	73	83	7	298	29	16	20	32	1.95
96861886--96861920	17	2.1	17	88	0	52	22	11	0	65	1.24
96862593--96862639	17	2.6	18	80	10	51	34	4	0	61	1.15
96862780--96862839	22	2.7	23	79	7	61	40	10	3	46	1.54
96865048--96865091	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
96867051--96867103	19	2.8	20	75	13	58	37	0	0	62	0.96
96867083--96867142	9	6.4	9	75	21	61	31	0	1	66	1.01
96867058--96867135	28	2.6	30	82	12	97	37	0	1	61	1.04
96867090--96867150	19	3.2	19	74	4	61	39	0	1	59	1.08
96868927--96868973	23	2.0	24	84	12	62	46	2	0	51	1.13
96872507--96872607	50	2.0	50	92	0	166	44	12	20	21	1.85
96879600--96879676	36	2.1	36	97	0	145	40	3	18	37	1.69
96884915--96884953	18	2.2	18	86	9	53	17	2	2	76	1.01
96891566--96891599	14	2.3	15	90	5	52	20	11	0	67	1.21
96891564--96891619	21	2.5	22	75	11	53	16	12	1	69	1.27
96894845--96894952	26	4.2	26	89	0	171	37	23	6	33	1.80
96900418--96900557	39	3.6	39	93	0	217	25	20	29	25	1.99
96900418--96900586	39	4.3	39	91	2	214	24	20	28	25	1.99
96900448--96900596	79	1.9	78	83	8	194	24	20	29	25	1.99
96905180--96905293	26	4.4	26	92	0	192	34	24	7	34	1.83
96905180--96905293	52	2.2	52	100	0	228	34	24	7	34	1.83
96911338--96911542	40	5.2	40	93	2	317	23	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96913825--96913851	13	2.1	13	100	0	54	29	0	25	44	1.54
96916398--96916489	40	2.3	40	85	7	123	26	20	25	28	1.99
96916260--96916592	153	2.2	152	84	1	434	28	18	24	28	1.98
96916550--96916683	42	3.2	41	86	6	182	30	18	23	26	1.98
96917369--96917415	23	2.1	21	84	7	58	21	0	29	48	1.50
96917369--96917415	7	6.4	7	83	9	58	21	0	29	48	1.50
96917538--96917591	22	2.5	22	76	11	56	22	1	38	37	1.65
96917629--96917796	73	2.3	72	78	8	185	23	2	36	37	1.68
96917937--96917989	16	3.1	16	78	10	61	41	7	5	45	1.56
96918102--96918136	15	2.2	17	90	10	56	22	0	5	71	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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