genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77352084--77352270	71	2.7	68	92	5	272	18	28	18	34	1.95
77352107--77352270	71	2.3	71	98	0	319	18	28	18	34	1.95
77352107--77352304	71	2.8	70	90	3	258	20	28	17	33	1.96
77353586--77353610	9	2.8	9	100	0	50	20	24	12	44	1.85
77353758--77353806	24	2.0	24	100	0	98	30	16	8	44	1.76
77367307--77367370	28	2.3	28	88	0	92	20	17	35	26	1.94
77367695--77368133	27	16.3	27	84	2	508	38	20	9	30	1.85
77372853--77372996	40	3.6	40	79	5	150	27	24	27	20	1.99
77372890--77373019	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
77380941--77381070	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
77386358--77386385	14	2.0	14	100	0	56	35	28	0	35	1.58
77392936--77392986	17	2.9	17	82	5	57	33	0	1	64	1.05
77395763--77395865	50	2.1	50	100	0	206	34	13	21	30	1.92
77397996--77398020	12	2.1	12	100	0	50	24	8	16	52	1.70
77411055--77411088	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
77412295--77412323	15	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
77413060--77413108	22	2.2	22	85	7	64	24	2	0	73	0.94
77413173--77413207	15	2.4	14	81	9	52	17	8	2	71	1.23
77414371--77414479	52	2.1	52	89	3	166	39	11	17	31	1.86
77414678--77414753	2	38.0	2	100	0	152	50	0	0	50	1.00
77423677--77423766	44	2.1	43	93	2	153	35	33	14	16	1.89
77428726--77428959	48	4.9	48	80	4	247	27	16	30	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77430655--77430874	40	5.6	40	78	7	200	25	22	26	25	2.00
77438714--77438934	40	5.6	40	81	2	223	24	23	26	24	2.00
77439708--77439744	19	1.9	19	89	10	58	43	10	18	27	1.83
77439877--77439974	46	2.1	46	94	0	169	43	7	17	31	1.76
77441787--77441864	39	2.0	39	100	0	156	33	5	23	38	1.77
77455302--77455364	15	4.4	14	79	15	58	17	11	14	57	1.65
77457660--77457716	30	1.9	29	85	3	78	47	1	26	24	1.62
77458248--77458331	44	1.9	44	95	0	150	21	17	27	33	1.96
77464743--77464922	46	3.8	49	78	14	200	28	29	20	21	1.98
77464750--77464922	93	1.9	93	93	0	301	28	29	20	21	1.98
77470230--77470318	41	2.2	41	87	2	126	21	24	38	15	1.92
77471600--77471673	21	3.5	21	92	0	112	16	33	28	21	1.95
77479319--77479355	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
77491671--77491802	43	3.1	43	70	10	117	28	16	22	32	1.96
77510067--77510130	27	2.4	27	84	2	76	17	21	21	39	1.93
77510281--77510394	28	4.0	27	73	15	86	22	25	26	25	2.00
77516535--77516673	48	2.9	48	81	1	161	23	29	20	27	1.98
77521221--77521264	22	2.0	22	100	0	88	27	13	13	45	1.81
77524931--77525190	90	3.0	88	81	7	264	24	16	26	31	1.97
77524931--77525153	45	5.0	45	83	6	262	23	16	26	33	1.95
77528103--77528136	17	1.9	18	94	5	61	11	23	50	14	1.76
77529757--77530111	47	7.6	44	75	15	229	22	29	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77529748--77530108	94	3.9	94	81	9	391	22	29	19	27	1.98
77529750--77530111	141	2.6	137	80	8	372	22	30	19	27	1.98
77540141--77540216	23	3.3	23	76	10	75	26	23	17	32	1.96
77540439--77540533	20	4.7	21	77	11	101	37	4	17	40	1.70
77540435--77540567	40	3.3	40	81	2	142	36	5	18	39	1.73
77540434--77540546	60	1.9	60	83	7	149	38	4	18	38	1.71
77540437--77540588	20	7.6	20	75	5	85	35	6	19	38	1.78
77546121--77546246	46	2.7	46	92	0	198	21	20	26	30	1.98
77548744--77548772	15	1.9	15	100	0	58	37	0	6	55	1.27
77552733--77552779	22	2.2	22	84	3	60	12	29	36	21	1.91
77557891--77558011	57	2.1	56	80	10	138	31	16	21	30	1.95
77562287--77562316	14	2.1	14	100	0	60	43	13	0	43	1.43
77564629--77564661	17	2.0	17	88	5	50	33	18	0	48	1.48
77564941--77565122	46	4.0	46	93	0	283	23	22	14	39	1.91
77566935--77567182	123	2.0	123	98	0	478	29	22	6	41	1.80
77567387--77567446	21	2.8	21	77	10	59	55	10	0	35	1.34
77572973--77573341	184	2.0	184	92	1	614	25	12	28	33	1.92
77583948--77584044	50	1.9	50	93	0	167	28	19	15	36	1.93
77586802--77586921	30	4.1	30	73	7	86	25	11	26	35	1.91
77587547--77587586	20	2.0	20	100	0	80	10	35	35	20	1.86
77588831--77588985	84	1.8	84	85	0	220	27	23	15	33	1.95
77588829--77588969	42	3.4	42	76	3	140	28	26	14	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77591152--77591302	40	3.8	39	78	10	128	22	26	23	27	2.00
77591152--77591301	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
77594548--77594987	6	72.5	6	74	18	360	47	14	18	19	1.83
77594548--77594987	30	15.3	30	81	14	527	47	14	18	19	1.83
77594548--77594987	85	5.2	85	97	0	808	47	14	18	19	1.83
77595106--77595171	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
77595106--77595179	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
77595130--77595187	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
77595344--77595402	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
77595490--77595572	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
77595771--77595911	27	5.3	27	81	0	158	26	17	19	35	1.95
77595916--77596298	27	14.2	27	83	3	441	41	9	21	27	1.84
77610759--77610962	40	5.1	40	80	2	194	25	25	21	26	2.00
77612582--77612956	47	8.0	47	88	4	528	34	10	28	26	1.89
77612796--77612864	24	3.0	24	66	26	58	30	14	31	23	1.94
77612582--77612956	187	2.0	188	90	2	594	34	10	28	26	1.89
77612582--77613005	140	3.0	138	82	10	479	35	10	28	26	1.89
77612930--77613066	46	3.0	46	89	0	202	35	8	29	26	1.85
77616031--77616238	67	3.2	64	77	10	206	31	17	29	22	1.96
77620980--77621026	24	2.0	24	95	0	85	21	12	19	46	1.82
77622922--77623019	27	3.6	27	80	10	99	33	8	17	40	1.79
77622971--77623108	27	5.1	27	78	6	127	29	7	21	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77622902--77623108	110	1.9	108	81	2	252	31	9	19	40	1.83
77622949--77623108	54	2.9	53	75	5	140	31	8	19	40	1.82
77623143--77623281	27	5.1	27	90	1	190	37	7	26	28	1.84
77625580--77625661	31	2.7	30	94	5	148	28	26	15	29	1.96
77625878--77625947	25	2.8	25	91	4	106	24	24	27	24	2.00
77626739--77626814	26	2.9	26	74	16	75	22	19	18	39	1.92
77626855--77626949	26	3.6	26	80	14	88	33	8	17	40	1.80
77626834--77627037	107	1.9	106	80	6	234	30	9	19	40	1.83
77626834--77627037	27	7.7	26	74	9	128	30	9	19	40	1.83
77626942--77627064	27	4.6	27	77	9	101	27	10	20	41	1.85
77627069--77627198	27	4.8	27	81	0	161	39	6	23	30	1.79
77627069--77627212	54	2.7	54	82	0	180	38	6	24	29	1.81
77627069--77627232	81	2.0	81	80	0	184	38	7	23	31	1.82
77628565--77628682	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
77628533--77628696	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
77635668--77635785	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
77635636--77635799	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
77638905--77638987	31	2.7	31	92	3	134	26	27	15	30	1.96
77639207--77639276	25	2.8	25	91	4	106	24	24	27	24	2.00
77640077--77640178	27	3.7	27	72	11	73	24	18	18	38	1.93
77640174--77640382	27	7.7	27	75	5	127	32	10	18	39	1.84
77640181--77640374	54	3.6	54	75	5	183	32	10	17	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77642074--77642217	39	3.7	40	84	0	175	23	22	29	23	1.99
77647727--77647870	39	3.7	40	84	0	175	23	22	29	23	1.99
77649262--77649390	27	4.8	27	86	0	159	37	6	24	31	1.82
77652863--77652901	18	2.2	18	95	0	69	48	15	12	23	1.79
77657133--77657227	40	2.4	41	85	3	122	25	15	26	32	1.96
77657742--77657773	15	2.1	16	94	5	57	50	0	21	28	1.49
77662427--77662516	40	2.3	39	77	9	92	31	14	23	31	1.94
77671034--77671243	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
77679169--77679378	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
77682111--77682318	40	5.2	39	83	4	179	26	25	21	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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