genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.189.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59117704--59117732	14	2.0	15	93	6	51	37	6	6	48	1.57
59117901--59117992	15	5.9	15	85	8	105	42	3	25	29	1.70
59117935--59117992	17	3.6	17	90	6	86	43	3	24	29	1.70
59118766--59118816	25	2.1	24	81	3	57	23	33	27	15	1.95
59121478--59121553	40	1.9	40	83	0	98	31	31	15	21	1.94
59124500--59124548	22	2.2	22	85	7	64	34	12	22	30	1.91
59129177--59129221	15	2.9	15	86	3	54	33	22	0	44	1.53
59131283--59131451	46	3.7	46	87	0	232	17	21	16	44	1.86
59131283--59131463	91	2.0	91	85	2	247	16	19	17	45	1.85
59131293--59131493	91	2.2	91	82	3	226	17	19	15	46	1.84
59131468--59131672	45	4.6	45	85	4	245	26	20	17	35	1.95
59131461--59131672	89	2.4	89	83	5	248	25	20	17	35	1.95
59131488--59131672	89	2.1	90	88	1	273	26	21	17	34	1.95
59131688--59131809	46	2.7	46	89	0	190	20	18	18	43	1.88
59133525--59133562	18	2.2	18	90	4	60	47	0	2	50	1.15
59133657--59133707	26	2.0	25	81	7	59	49	1	7	41	1.43
59139535--59139568	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
59139567--59139609	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
59140363--59140396	17	1.9	17	88	5	50	26	11	0	61	1.30
59143086--59143110	8	3.1	8	100	0	50	0	12	0	88	0.53
59148059--59148086	8	3.5	8	100	0	56	28	21	0	50	1.49
59154038--59154080	18	2.4	18	80	0	50	60	6	0	32	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59154120--59154155	8	4.5	8	100	0	72	27	22	0	50	1.50
59154468--59154588	59	2.1	59	98	0	233	28	13	29	28	1.94
59159585--59159609	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
59159726--59159755	13	2.2	14	94	5	53	66	0	0	33	0.92
59162489--59162539	25	2.0	25	100	0	102	60	0	3	35	1.15
59164810--59164838	14	2.1	14	100	0	58	41	17	13	27	1.87
59166626--59166650	12	2.1	12	100	0	50	24	40	0	36	1.55
59170047--59170081	12	2.9	12	95	0	61	25	8	31	34	1.86
59170216--59170306	33	2.8	33	94	0	164	17	9	42	29	1.82
59189794--59190129	47	7.1	47	91	2	519	30	12	30	25	1.92
59189816--59190129	145	2.2	143	93	2	533	31	12	30	25	1.93
59189962--59190037	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
59190103--59190193	46	2.0	46	86	0	128	32	8	31	26	1.87
59190336--59190480	37	3.9	37	96	0	254	24	19	31	25	1.98
59191729--59191774	19	2.5	18	93	6	83	13	15	4	67	1.38
59194374--59194436	30	2.1	30	88	5	92	58	11	3	26	1.47
59194465--59194520	19	2.9	18	76	19	60	75	3	1	19	1.05
59197270--59197300	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
59199785--59199825	22	1.9	22	85	5	57	39	12	12	36	1.80
59199980--59200086	54	2.0	53	85	7	144	18	34	19	27	1.95
59200797--59200821	12	2.1	12	100	0	50	8	28	40	24	1.83
59231734--59231769	18	2.0	18	100	0	72	27	16	5	50	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59243888--59244069	48	3.9	48	68	17	155	25	19	24	29	1.99
59245953--59246244	38	6.9	40	73	15	182	29	23	15	30	1.96
59245958--59246164	85	2.4	85	91	0	333	29	23	15	30	1.95
59246076--59246214	48	2.9	48	86	3	192	30	21	15	32	1.94
59246006--59246244	133	1.8	132	90	0	388	30	23	14	30	1.94
59248958--59248999	15	2.8	15	85	0	57	52	11	16	19	1.74
59251399--59251485	41	2.2	40	80	2	93	64	8	2	25	1.33
59252812--59253009	85	2.3	85	92	0	333	30	23	15	30	1.95
59252921--59253059	48	2.9	48	89	1	208	30	22	15	31	1.95
59254183--59254318	26	5.3	26	90	3	199	26	23	21	28	1.99
59255122--59255208	27	3.2	27	88	3	113	20	25	18	35	1.95
59255346--59255533	27	7.0	27	76	8	170	30	10	19	38	1.86
59255351--59255557	81	2.6	81	89	2	301	29	9	20	40	1.84
59255353--59255557	27	7.6	27	79	7	157	29	9	20	40	1.84
59255351--59255581	81	2.9	81	86	3	243	31	9	19	38	1.85
59259144--59259215	32	2.2	33	95	5	137	45	5	33	15	1.69
59261959--59262021	30	2.1	29	97	2	117	33	23	17	25	1.96
59266028--59266057	13	2.3	13	94	0	51	33	10	16	40	1.82
59290264--59290489	45	5.1	45	77	3	192	23	16	25	34	1.95
59290527--59290551	13	1.9	13	100	0	50	16	8	20	56	1.65
59291735--59291762	12	2.3	12	100	0	56	42	7	10	39	1.67
59294384--59294591	40	5.2	40	83	4	235	28	28	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59294384--59294595	80	2.7	78	85	6	282	28	28	20	22	1.98
59300619--59300866	40	6.2	40	90	2	356	25	20	27	27	1.99
59304335--59304388	27	2.0	27	100	0	108	25	14	29	29	1.95
59305898--59306103	40	5.2	40	87	3	276	27	28	20	23	1.99
59305898--59306107	79	2.7	78	86	6	289	27	28	20	23	1.99
59308555--59308665	44	2.5	44	80	4	116	41	11	24	22	1.87
59308863--59308974	56	2.0	57	94	1	199	44	10	23	21	1.83
59316207--59316250	22	1.9	23	86	9	63	61	13	9	15	1.56
59319659--59319724	34	1.9	34	96	0	123	24	24	18	33	1.97
59321454--59321497	20	2.2	20	84	8	54	22	2	18	56	1.52
59321996--59322032	16	2.2	17	90	4	58	35	0	24	40	1.55
59323466--59323655	46	4.0	46	78	8	200	28	17	26	27	1.98
59323472--59323654	50	3.8	49	79	7	196	28	18	26	25	1.98
59328864--59328902	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
59340488--59340654	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
59348474--59348640	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
59349874--59349915	22	2.0	22	95	4	77	9	30	0	59	1.29
59351427--59351515	40	2.2	40	88	4	126	26	21	26	24	1.99
59354244--59354290	20	2.3	20	96	0	85	14	31	34	19	1.92
59356128--59356160	13	2.5	13	100	0	66	30	36	0	33	1.58
59356400--59356496	48	2.0	48	97	0	185	31	16	23	27	1.96
59358649--59358764	28	4.2	28	85	2	146	37	20	24	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59359996--59360045	18	2.7	19	78	6	59	64	0	30	6	1.18
59359995--59360051	15	3.5	16	71	21	55	64	0	29	5	1.15
59362476--59362545	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
59362476--59362557	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
59370506--59370575	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
59370506--59370587	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
59372275--59372304	12	2.5	12	94	0	51	73	3	0	23	0.98
59373426--59373463	19	1.9	19	85	15	51	23	26	7	42	1.81
59374935--59374978	21	2.0	21	82	4	52	22	22	20	34	1.97
59380493--59380559	20	3.3	20	78	12	75	16	28	14	40	1.88
59380492--59380567	20	3.8	19	77	10	71	17	26	15	40	1.89
59397413--59397470	23	2.6	22	79	12	64	22	0	3	74	0.97
59400952--59401043	46	2.0	46	86	0	130	27	22	22	27	1.99
59400998--59401056	31	1.9	31	100	0	118	25	25	20	28	1.99
59401036--59401312	50	5.5	50	90	1	403	27	22	14	35	1.93
59408525--59408575	22	2.3	23	86	3	68	11	7	7	72	1.28
59408738--59408790	28	1.9	28	88	3	81	33	0	1	64	1.05
59409386--59409429	23	1.9	24	90	9	74	36	4	0	59	1.18
59410729--59410787	30	2.0	30	83	6	75	47	5	3	44	1.42
59411309--59411351	13	3.3	13	93	0	68	41	4	2	51	1.35
59412116--59412180	5	12.3	6	71	28	51	47	1	0	50	1.10
59412116--59412180	26	2.5	26	82	9	71	47	1	0	50	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59412203--59412257	25	2.2	25	81	12	60	49	5	1	43	1.36
59418883--59419107	89	2.5	89	81	9	233	25	27	18	29	1.98
59423915--59424072	49	3.2	48	73	11	126	25	28	19	26	1.99
59424462--59424513	26	2.0	26	88	0	77	15	23	19	42	1.89
59428525--59428694	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
59436621--59436790	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
59438790--59438829	21	1.9	21	100	0	80	30	15	22	32	1.94
59441572--59441636	20	3.4	20	74	25	77	47	7	1	43	1.41
59452056--59452128	37	1.9	38	83	8	96	34	28	6	30	1.83
59453662--59453737	23	3.3	23	81	5	82	44	18	23	13	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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