genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11769749--11770038	27	10.8	26	77	8	244	40	18	10	30	1.85
11771942--11772036	47	2.0	47	95	0	172	21	10	37	30	1.87
11773032--11773057	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
11779853--11779939	43	2.0	43	100	0	174	33	6	22	36	1.81
11788715--11788902	49	3.8	49	78	2	214	26	19	25	28	1.99
11788710--11788897	100	1.9	100	92	0	313	25	20	25	28	1.99
11791907--11791971	15	4.4	15	75	22	66	10	13	12	63	1.53
11794428--11794615	49	3.8	49	83	2	250	27	18	25	29	1.98
11794423--11794610	100	1.9	100	93	0	322	26	19	25	29	1.98
11796934--11797032	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
11804617--11804715	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
11808105--11808138	17	2.0	17	100	0	68	47	11	23	17	1.81
11813315--11813346	15	2.1	15	100	0	64	6	18	0	75	1.01
11813808--11813858	16	3.3	16	86	5	70	45	7	0	47	1.32
11813815--11813862	16	3.3	15	88	11	73	45	6	0	47	1.27
11819143--11819302	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
11827231--11827390	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
11831252--11831298	23	2.0	23	84	8	60	40	36	10	12	1.78
11832312--11832348	15	2.5	15	91	4	58	10	16	0	72	1.10
11832806--11832856	16	3.3	16	86	5	70	45	7	0	47	1.32
11832813--11832860	16	3.3	15	88	11	73	45	6	0	47	1.27
11837383--11837481	27	3.6	27	83	6	85	38	18	10	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11837416--11837481	27	2.4	27	92	0	105	39	16	10	33	1.83
11837487--11837724	27	8.8	27	84	0	233	28	21	8	41	1.82
11837487--11837724	81	2.9	80	87	1	305	28	21	8	41	1.82
11837487--11837724	54	4.4	54	86	1	307	28	21	8	41	1.82
11837487--11837753	81	3.3	80	85	1	300	30	21	8	39	1.82
11837745--11837947	54	3.7	53	76	8	169	41	19	8	30	1.81
11837716--11837954	27	8.8	27	74	9	146	41	20	7	30	1.81
11837986--11838077	27	3.4	27	84	3	105	35	20	22	20	1.96
11839400--11839564	23	7.0	23	88	4	215	27	20	22	29	1.99
11839400--11839564	24	7.0	24	89	4	239	27	20	22	29	1.99
11839400--11839564	47	3.5	48	90	6	248	27	20	22	29	1.99
11839757--11839820	31	2.1	31	87	0	92	35	14	23	26	1.93
11842381--11842474	29	3.2	29	96	0	170	26	28	15	28	1.96
11842343--11842474	58	2.3	58	84	2	167	25	33	15	25	1.95
11847115--11847175	24	2.5	25	84	5	72	13	11	0	75	1.05
11847140--11847187	9	5.1	9	85	9	60	18	4	2	75	1.07
11847140--11847180	19	2.2	19	86	8	57	19	4	0	75	0.98
11847129--11847180	5	10.6	5	76	12	54	17	7	0	75	1.03
11847314--11847348	13	2.7	13	100	0	70	40	0	0	60	0.97
11847639--11847689	16	3.3	16	86	5	70	45	7	0	47	1.32
11847647--11847689	16	2.8	16	93	6	72	46	6	0	46	1.30
11847646--11847695	15	3.3	15	89	10	75	46	6	0	48	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11848697--11848806	31	3.5	31	93	0	184	27	22	19	30	1.98
11848830--11848921	42	2.2	42	90	0	139	35	21	14	28	1.92
11849066--11849188	26	4.8	26	91	1	187	26	22	23	26	2.00
11849060--11849188	52	2.5	51	93	3	226	27	21	22	28	1.99
11849999--11850065	27	2.5	26	79	11	73	22	22	17	37	1.94
11850117--11850331	27	7.9	27	74	7	123	31	10	18	40	1.84
11850335--11850586	27	9.3	27	87	1	317	40	8	23	27	1.84
11857934--11857987	27	2.0	27	100	0	108	33	18	14	33	1.92
11860985--11861033	20	2.5	20	86	0	62	46	12	8	32	1.71
11861872--11861934	31	2.0	31	100	0	126	31	22	19	26	1.97
11864130--11864318	40	4.8	40	88	2	224	24	26	24	23	2.00
11864303--11864332	14	2.1	14	100	0	60	33	16	23	26	1.96
11864263--11864372	54	2.0	54	98	0	211	28	24	23	23	2.00
11864319--11864433	40	2.9	39	90	2	167	30	25	20	24	1.98
11864229--11864404	94	1.9	94	96	0	325	27	26	22	23	1.99
11866649--11866697	22	2.2	20	77	19	53	48	26	4	20	1.67
11867855--11867887	17	2.0	17	94	5	59	33	18	0	48	1.48
11909386--11909596	27	7.8	27	87	0	278	27	24	9	38	1.85
11909589--11909689	27	3.7	27	76	4	105	40	19	7	31	1.81
11909386--11909622	81	2.9	80	81	5	262	29	23	8	38	1.85
11909611--11909771	54	2.9	52	79	9	153	40	17	9	32	1.81
11909726--11909777	27	1.9	27	88	7	79	40	11	11	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11909839--11909910	27	2.7	27	86	4	110	31	23	23	20	1.98
11911083--11911130	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
11911178--11911233	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
11911167--11911233	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
11911282--11911520	24	10.0	24	85	5	308	28	21	20	28	1.98
11911283--11911499	47	4.6	47	88	3	301	29	21	19	29	1.98
11911713--11911776	31	2.1	31	84	0	83	35	12	23	28	1.91
11914423--11914509	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
11931687--11931742	28	2.0	28	100	0	112	39	0	35	25	1.56
11935427--11935567	74	1.9	75	83	1	185	27	29	17	25	1.98
11935427--11935537	37	3.0	37	93	0	186	28	30	18	22	1.97
11935738--11935856	46	2.6	46	89	0	175	25	30	10	33	1.90
11935830--11936165	47	7.1	47	90	2	456	25	30	12	30	1.93
11939962--11940452	40	12.3	40	89	0	732	26	28	20	24	1.99
11941722--11941832	37	3.0	37	89	0	168	28	28	18	24	1.98
11941722--11941852	37	3.5	37	83	2	120	29	28	17	25	1.97
11942016--11942149	46	2.9	46	84	4	180	26	31	8	33	1.87
11942126--11942414	47	6.1	47	89	4	366	26	30	12	30	1.92
11942126--11942385	141	1.8	143	89	5	409	25	31	13	30	1.94
11947383--11947635	68	3.9	64	77	8	224	28	16	30	24	1.96
11955210--11955235	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
11971721--11971863	56	2.5	56	87	1	214	32	25	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11993522--11993556	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
11996688--11996736	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
11996826--11996866	17	2.4	18	76	12	50	14	12	4	68	1.36
11996993--11997071	26	3.1	26	75	14	67	26	6	6	60	1.45
12001863--12002724	43	20.2	43	81	3	945	18	30	32	18	1.95
12001863--12002806	170	5.5	170	81	4	913	19	31	31	18	1.95
12001948--12002764	213	3.8	213	84	4	1013	18	30	32	18	1.95
12002843--12002977	42	3.2	43	82	3	175	22	34	25	17	1.95
12003046--12003139	43	2.2	43	94	0	161	17	34	25	23	1.96
12003233--12003303	24	2.9	25	85	6	92	23	36	33	5	1.79
12003708--12003818	58	1.9	58	87	3	161	27	17	18	36	1.93
12004187--12004661	191	2.5	190	88	4	698	30	22	24	21	1.99
12011572--12012586	43	23.9	43	78	6	852	19	32	31	16	1.94
12011632--12012520	85	10.5	86	82	3	971	18	32	32	16	1.93
12012512--12012602	42	2.2	41	86	9	123	23	32	27	16	1.96
12012640--12012774	43	3.2	43	83	1	182	21	33	26	18	1.96
12012933--12012978	25	1.9	25	91	8	78	36	13	41	8	1.75
12024656--12025688	43	24.3	42	76	9	682	20	31	30	17	1.95
12024688--12025050	85	4.3	85	80	6	269	20	33	30	15	1.94
12024764--12025638	170	5.1	168	78	6	827	19	31	32	17	1.95
12024764--12025677	86	10.7	86	80	5	874	19	31	31	17	1.95
12024764--12025635	129	6.8	129	79	4	883	19	31	32	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12025599--12025828	116	2.0	114	82	3	282	23	32	26	18	1.97
12025742--12025835	42	2.2	43	88	1	136	21	34	26	18	1.96
12033009--12033083	29	2.6	29	78	4	80	21	36	21	21	1.96
12033067--12033140	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
12042656--12042873	40	5.5	40	90	2	307	24	26	23	25	2.00
12045921--12045954	18	1.9	17	94	5	59	8	17	8	64	1.47
12047073--12047120	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
12047168--12047223	11	5.5	11	71	16	57	37	14	19	28	1.91
12047157--12047223	20	3.3	20	89	0	98	35	13	20	29	1.91
12047272--12047413	23	6.0	24	91	7	220	28	21	21	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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