genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22827300--22827328	6	4.8	6	100	0	58	17	31	0	51	1.45
22830727--22830857	65	2.0	65	98	0	253	25	15	17	41	1.88
22831098--22831191	34	2.8	32	75	10	91	24	20	25	29	1.99
22837532--22837632	30	3.2	30	64	26	73	24	14	16	43	1.86
22837515--22837645	65	2.0	65	92	0	217	25	12	18	42	1.86
22837893--22837988	34	2.9	33	77	10	97	25	21	25	28	1.99
22845324--22845495	93	1.8	93	91	0	281	29	29	20	20	1.98
22845316--22845491	46	3.8	46	77	12	189	30	28	20	21	1.98
22850502--22850531	8	3.8	8	90	0	51	53	20	23	3	1.60
22850502--22850533	16	2.0	16	100	0	64	50	18	25	6	1.70
22851255--22851307	28	1.9	28	84	3	72	28	18	26	26	1.98
22855962--22855991	8	3.8	8	100	0	60	53	23	23	0	1.46
22856599--22856644	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
22856732--22856784	28	1.9	28	84	3	72	28	18	26	26	1.98
22858152--22859145	206	4.8	206	93	0	1559	28	21	18	30	1.97
22858163--22859145	409	2.4	412	90	2	1557	29	21	18	30	1.97
22871042--22871087	15	3.1	15	82	14	51	63	2	0	34	1.07
22871667--22871704	19	2.0	19	100	0	76	63	15	0	21	1.31
22881228--22881323	43	2.3	43	85	5	124	32	26	15	26	1.96
22884284--22884441	54	3.0	52	80	9	158	35	15	24	25	1.94
22884685--22884722	16	2.4	16	90	0	67	42	0	15	42	1.47
22888927--22888961	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22915834--22915936	37	2.7	37	77	7	107	27	13	24	34	1.93
22917377--22917403	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
22925169--22925356	40	4.7	40	80	7	193	27	26	22	23	2.00
22929475--22929604	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
22929437--22929604	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
22935964--22936151	40	4.7	40	80	7	193	27	26	22	23	2.00
22940985--22941044	31	1.9	31	96	0	111	45	3	15	36	1.62
22943266--22943370	48	2.2	48	82	3	122	35	16	10	38	1.83
22954028--22954073	21	2.3	20	78	14	51	32	4	17	45	1.68
22955766--22955822	28	2.0	28	100	0	114	10	21	24	43	1.83
22956618--22956728	54	2.1	54	98	0	213	44	20	11	23	1.84
22963660--22963865	40	5.2	40	89	6	264	24	27	22	24	2.00
22963683--22963865	39	4.6	40	93	4	266	24	28	22	24	2.00
22963676--22963865	79	2.4	79	86	6	269	24	28	22	24	1.99
22968264--22968454	47	4.1	47	87	1	231	30	10	31	27	1.90
22968288--22968363	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
22968346--22968417	22	3.1	22	64	24	58	30	9	33	26	1.89
22968654--22968728	37	2.0	37	94	0	132	24	20	34	21	1.96
22972830--22973014	79	2.3	82	83	7	229	23	27	24	24	2.00
22972823--22973014	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
22979826--22980047	39	5.6	40	92	3	319	24	29	22	23	1.99
22985944--22985974	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22985941--22985980	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
22986213--22986410	108	1.8	110	86	6	296	23	25	17	33	1.96
22986166--22986420	55	4.8	54	78	9	242	21	25	18	35	1.95
22988019--22988064	21	2.3	20	78	14	51	30	6	17	45	1.73
23020702--23020734	15	2.1	17	88	11	52	69	15	9	6	1.34
23026429--23026684	40	6.2	40	84	8	309	23	22	29	25	1.99
23026488--23026684	40	4.9	40	91	0	315	22	21	29	26	1.99
23026885--23026914	11	2.7	11	94	0	51	43	0	30	26	1.55
23034707--23034954	40	6.2	40	91	1	374	22	21	29	26	1.99
23035154--23035183	11	2.7	11	94	0	51	43	0	30	26	1.55
23036580--23036652	20	3.7	20	92	0	110	21	36	24	16	1.94
23048087--23048144	25	2.3	25	100	0	116	27	24	17	31	1.97
23049125--23049183	10	5.9	10	86	9	77	67	1	8	22	1.26
23049829--23050012	96	1.9	97	86	5	266	32	25	15	27	1.96
23050736--23050801	28	2.4	26	77	22	73	77	1	1	19	0.93
23050736--23050801	10	6.0	11	75	13	57	77	1	1	19	0.93
23050741--23050801	6	10.5	6	78	18	51	77	1	1	19	0.95
23057152--23057201	10	5.0	10	86	13	68	70	2	8	20	1.23
23061619--23061697	30	2.6	31	76	11	92	44	3	22	29	1.70
23064940--23064967	5	5.6	5	100	0	56	39	0	0	60	0.97
23067138--23067177	19	2.1	19	100	0	80	45	12	5	37	1.64
23072931--23073123	49	3.9	49	81	5	237	27	25	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23072936--23073114	98	1.8	98	93	0	313	27	25	20	26	1.99
23075101--23075195	30	3.2	30	98	0	181	37	25	13	23	1.91
23075649--23075704	15	3.7	15	77	17	71	62	12	14	10	1.55
23089915--23090099	40	4.6	41	75	9	127	23	25	23	27	2.00
23097914--23097954	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
23100842--23100892	27	2.0	26	84	7	68	33	3	3	58	1.35
23100843--23100898	25	2.1	27	80	6	62	33	3	3	58	1.32
23100839--23100900	26	2.3	28	78	10	76	35	3	3	58	1.31
23103735--23103775	18	2.2	18	86	4	55	63	4	2	29	1.28
23110550--23110580	3	10.3	3	100	0	62	35	32	0	32	1.58
23120759--23120804	21	2.1	22	88	12	76	47	13	4	34	1.62
23120764--23120806	21	2.0	21	100	0	86	41	13	4	39	1.66
23123383--23123506	46	2.7	45	85	8	153	24	29	19	26	1.98
23128430--23128467	17	2.1	19	90	9	62	55	5	13	26	1.59
23129195--23129238	17	2.4	18	77	14	54	56	9	0	34	1.31
23129233--23129262	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
23140945--23140990	24	1.9	24	83	16	60	52	2	19	26	1.58
23142029--23142054	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
23158692--23158819	66	1.9	66	90	0	202	32	13	12	42	1.81
23161873--23162094	53	4.3	52	75	15	176	36	18	23	21	1.95
23162297--23162327	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
23165354--23165405	22	2.4	22	93	3	88	17	0	25	57	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23167571--23167671	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
23167600--23167671	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
23170230--23170265	17	2.1	17	94	0	63	58	22	8	11	1.59
23172705--23172757	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
23174802--23174831	15	2.0	15	93	0	51	16	13	10	60	1.59
23178801--23178859	30	2.0	30	96	0	109	28	16	28	25	1.97
23179194--23179406	46	4.6	47	72	15	145	27	18	29	24	1.98
23196628--23196742	46	2.5	47	83	11	139	28	18	26	26	1.98
23200627--23200684	26	2.2	26	90	0	89	12	24	20	43	1.86
23206101--23206138	20	1.9	20	88	0	58	76	0	15	7	1.01
23207429--23207529	28	3.5	28	83	4	94	28	14	27	28	1.96
23207458--23207529	28	2.5	29	88	6	103	30	15	26	27	1.96
23211787--23211816	12	2.5	12	94	0	51	6	43	23	26	1.78
23213597--23213630	8	4.1	8	88	3	50	11	2	23	61	1.43
23221634--23221808	80	2.2	81	81	3	210	26	24	25	23	2.00
23221634--23221826	40	4.8	39	76	9	156	27	23	25	22	1.99
23221670--23221826	80	2.0	80	82	2	190	29	24	24	21	1.99
23227115--23227307	42	4.6	42	88	0	278	29	23	16	30	1.96
23234734--23234857	61	2.0	60	80	7	135	41	14	5	37	1.69
23236690--23236725	18	2.0	18	89	10	56	22	22	13	41	1.89
23241847--23242258	48	8.7	47	77	5	425	28	19	27	24	1.98
23241847--23242258	96	4.3	96	85	3	503	28	19	27	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23241851--23242258	144	2.9	144	83	3	477	28	19	27	24	1.99
23243444--23243483	21	2.0	20	90	5	62	17	35	27	20	1.95
23245259--23245388	40	3.2	40	84	8	167	23	29	25	22	1.99
23249280--23249304	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
23251414--23251474	23	2.6	23	82	7	70	21	8	1	68	1.24
23251453--23251503	15	3.5	15	73	13	52	29	11	0	58	1.33
23251787--23251829	14	3.2	14	87	6	63	27	2	0	69	1.00
23251833--23251862	14	2.1	14	93	0	51	26	10	0	63	1.26
23263860--23264067	90	2.3	90	87	1	301	27	21	23	28	1.99
23263949--23264255	135	2.3	135	88	0	443	30	20	20	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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