genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.140.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42878060--42878265	41	5.1	41	80	1	191	39	16	20	23	1.92
42881197--42881310	29	4.0	28	76	9	106	28	27	14	29	1.96
42883721--42883758	19	2.0	19	100	0	76	21	10	10	57	1.61
42883873--42883957	29	2.8	30	74	13	75	51	3	8	36	1.49
42884892--42884919	13	2.2	13	100	0	56	28	21	17	32	1.96
42885974--42886152	43	4.2	42	84	3	162	23	17	28	30	1.97
42885993--42886154	43	3.8	42	85	2	191	24	17	29	28	1.98
42886277--42886320	15	2.9	15	93	0	70	18	13	13	54	1.71
42892359--42892466	54	2.0	54	98	0	207	37	13	12	36	1.84
42893801--42893973	46	3.7	46	77	11	192	22	19	27	30	1.98
42893798--42893968	93	1.8	93	91	2	281	22	19	28	29	1.98
42894198--42894235	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
42900755--42900808	28	1.9	28	81	7	65	29	20	22	27	1.98
42903246--42903392	79	1.9	79	95	0	267	27	25	20	27	1.99
42904707--42904951	40	6.2	40	90	4	356	26	29	20	23	1.99
42904698--42904951	118	2.2	119	87	4	363	26	29	20	23	1.99
42913171--42913333	81	2.0	81	96	0	299	28	12	23	34	1.92
42914860--42915022	39	4.2	39	89	0	245	23	32	19	23	1.98
42918683--42918728	22	2.1	22	100	0	92	39	8	17	34	1.80
42918956--42919113	43	3.7	44	76	12	134	22	18	27	31	1.97
42918956--42919073	42	2.7	42	79	13	125	22	16	27	32	1.96
42922841--42922874	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42922925--42922956	9	3.6	9	91	0	55	21	43	21	12	1.86
42922945--42923056	29	3.9	29	90	1	163	27	33	12	25	1.92
42925615--42925767	42	3.6	42	80	6	175	29	22	16	31	1.96
42929879--42929940	28	2.2	29	88	2	90	27	12	30	29	1.93
42934505--42934636	70	1.9	70	87	0	192	30	13	21	34	1.92
42935453--42935581	43	3.0	43	83	1	143	27	20	28	23	1.99
42940026--42940177	43	3.6	42	83	6	200	29	26	14	29	1.95
42943679--42943841	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
42951248--42951431	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
42951288--42951476	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
42957966--42958072	39	2.7	38	81	13	119	23	26	28	21	1.99
42957922--42958104	40	4.6	39	74	8	129	26	24	26	22	2.00
42961645--42961807	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
42968107--42968317	40	5.3	40	84	3	266	26	27	22	24	2.00
42982028--42982090	30	2.1	30	100	0	126	36	12	3	47	1.58
42985834--42986025	40	4.8	39	78	5	145	24	23	28	23	2.00
42985834--42986018	79	2.3	82	83	7	229	24	23	27	24	2.00
42985834--42986051	79	2.7	79	79	6	183	24	22	27	24	2.00
42993805--42993988	40	4.6	39	79	6	165	23	23	28	24	1.99
42993805--42993988	79	2.3	81	82	6	207	23	23	28	24	1.99
42996910--42997007	27	3.6	27	91	0	142	44	22	15	17	1.86
42997056--42997143	27	3.3	26	82	4	104	21	18	23	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42997499--42997535	18	2.1	18	100	0	74	18	10	16	54	1.71
42998039--42998071	17	1.9	17	93	0	57	45	0	12	42	1.41
42999930--42999970	19	2.0	21	86	9	59	31	19	4	43	1.72
43001315--43001368	24	2.3	24	96	3	101	31	25	18	24	1.97
43007330--43007364	18	1.9	18	88	0	52	20	31	22	25	1.98
43013737--43013917	40	4.6	40	86	2	231	24	25	24	24	2.00
43015226--43015326	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
43015226--43015402	40	4.5	40	82	4	180	28	22	25	23	1.99
43022440--43022612	40	4.4	38	77	10	161	28	21	26	23	1.99
43029665--43029844	40	4.5	39	77	10	161	27	22	26	23	1.99
43044966--43045000	15	2.3	15	100	0	70	0	22	42	34	1.54
43057798--43057930	48	2.8	48	85	0	176	30	25	16	27	1.97
43059397--43059550	76	2.0	76	98	0	299	23	30	16	29	1.96
43070869--43071042	46	3.8	46	79	14	223	27	29	21	20	1.98
43070877--43071047	92	1.8	93	96	1	317	26	30	22	20	1.98
43073054--43073101	15	3.2	14	77	13	51	56	12	14	16	1.68
43075283--43075466	46	3.7	46	74	17	179	28	27	20	23	1.99
43078409--43078438	15	2.0	15	100	0	60	46	53	0	0	1.00
43078754--43078806	27	2.0	27	84	0	70	28	13	20	37	1.90
43082039--43082119	33	2.4	34	75	8	85	28	17	23	30	1.97
43084379--43084419	21	2.0	20	85	4	55	17	19	46	17	1.85
43087810--43087886	33	2.3	34	77	8	86	28	18	23	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43088463--43088659	50	4.0	50	76	2	182	32	26	16	23	1.96
43104708--43104808	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
43104737--43104812	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
43109340--43109507	40	4.2	40	77	3	151	23	26	23	27	2.00
43117354--43117520	40	4.2	40	77	4	151	22	26	23	27	2.00
43123855--43123923	29	2.4	28	85	7	86	30	14	26	28	1.95
43131193--43131433	24	10.0	24	71	3	117	27	11	24	36	1.90
43131278--43131513	24	9.8	24	71	9	158	25	11	27	34	1.91
43131230--43131484	48	5.3	48	75	7	266	27	11	25	35	1.91
43131222--43131484	96	2.7	96	92	0	454	26	11	25	36	1.90
43138656--43138687	16	2.0	16	93	0	55	28	0	15	56	1.40
43139113--43139396	24	11.8	24	76	8	222	26	10	25	38	1.88
43139165--43139416	48	5.3	47	76	9	267	26	11	25	36	1.89
43139114--43139416	96	3.2	96	93	0	491	26	11	25	37	1.89
43141793--43141995	40	5.1	40	86	2	257	22	20	30	27	1.98
43141789--43141999	80	2.7	80	87	2	293	23	20	28	27	1.99
43148448--43148533	40	2.2	40	78	4	93	33	17	17	31	1.93
43153834--43153858	11	2.3	11	100	0	50	88	0	12	0	0.53
43155046--43155230	40	4.6	40	95	1	318	22	23	27	25	2.00
43155042--43155262	80	2.8	79	88	4	302	25	22	26	25	2.00
43155489--43155532	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
43158804--43158987	40	4.6	40	80	10	207	26	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43158806--43158988	79	2.3	80	83	7	212	26	27	21	24	1.99
43160978--43161019	21	2.0	21	100	0	84	38	33	14	14	1.86
43161504--43161606	40	2.6	40	75	3	100	31	21	14	33	1.93
43169592--43169621	14	2.1	14	100	0	60	6	23	20	50	1.71
43170364--43170434	24	2.9	25	78	17	87	19	26	21	32	1.97
43172932--43173031	28	3.4	28	73	15	76	25	21	27	27	1.99
43172960--43173031	33	2.1	34	85	7	94	23	20	29	26	1.99
43173976--43174109	42	3.1	42	77	10	110	33	23	15	26	1.95
43174007--43174108	44	2.4	44	80	11	113	31	22	17	28	1.97
43177452--43177541	29	3.1	29	91	1	137	30	28	12	28	1.93
43180425--43180452	13	2.2	13	100	0	56	46	14	17	21	1.84
43181435--43181524	29	3.1	28	87	4	126	30	30	13	26	1.94
43191128--43191284	43	3.7	41	79	11	156	31	26	17	25	1.97
43195850--43196022	46	3.8	45	77	13	199	22	20	27	30	1.98
43195847--43196017	93	1.8	93	94	0	306	22	20	28	29	1.98
43200318--43200348	15	2.1	15	100	0	62	45	12	12	29	1.80
43201932--43201972	21	1.9	22	85	14	59	34	2	26	36	1.70
43202543--43202718	48	3.7	48	75	1	156	28	17	22	31	1.96
43203515--43203578	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
43203770--43203912	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
43203770--43203911	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
43203769--43203912	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43203962--43204022	20	3.0	20	95	0	113	34	19	9	36	1.85
43203962--43204017	11	5.5	11	71	16	57	32	19	10	37	1.86
43204065--43204111	24	2.0	24	86	0	67	25	17	25	31	1.97
43205262--43205324	27	2.4	26	76	10	65	22	22	19	36	1.95
43205397--43205685	27	10.8	27	82	7	331	41	7	23	28	1.81
43205396--43205685	81	3.6	81	90	3	444	41	7	23	28	1.81
43205681--43205780	27	3.7	27	80	9	107	32	10	19	39	1.84
43205690--43205795	27	3.9	27	77	9	83	35	9	16	37	1.82
43208546--43208663	31	3.5	35	87	9	126	23	22	16	37	1.93
43208569--43208663	31	3.1	31	95	0	172	24	22	14	38	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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