genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6676082--6676140	7	9.5	6	72	20	50	61	3	1	33	1.23
6676062--6676168	36	3.2	34	75	12	98	59	1	3	34	1.26
6676062--6676168	16	6.4	16	73	18	76	59	1	3	34	1.26
6678480--6678538	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
6678509--6678568	26	2.4	24	83	8	75	28	0	3	68	1.05
6679115--6679234	60	2.0	59	98	1	231	35	7	5	52	1.51
6682055--6682088	15	2.3	15	89	0	50	67	0	8	23	1.18
6682063--6682092	15	2.0	15	100	0	60	66	0	6	26	1.16
6682535--6682565	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
6690965--6690994	2	15.5	2	93	6	53	46	0	0	53	1.00
6691764--6691847	38	2.2	38	81	6	98	25	20	23	30	1.98
6691783--6691903	38	3.1	38	80	7	109	23	16	23	37	1.94
6696421--6696459	17	2.2	18	90	4	62	71	0	10	17	1.12
6696804--6696840	17	2.1	18	95	5	67	43	5	5	45	1.49
6699600--6699641	10	4.2	10	76	11	50	64	0	0	35	0.94
6700519--6700552	15	2.2	16	89	5	52	32	44	5	17	1.73
6701726--6701833	12	8.5	13	69	19	59	37	3	4	54	1.39
6701740--6701815	23	3.5	22	71	16	61	39	5	2	52	1.38
6701755--6701794	18	2.3	17	86	4	53	42	5	0	52	1.23
6702052--6702097	15	3.1	14	81	12	56	36	2	6	54	1.39
6702066--6702186	24	4.9	24	70	18	81	33	8	4	53	1.50
6710917--6710958	18	2.3	19	80	12	52	33	0	2	64	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6718136--6718162	14	1.9	14	100	0	54	18	37	22	22	1.95
6720060--6720095	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
6720047--6720087	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
6720584--6720622	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
6721930--6721966	5	7.4	5	93	0	65	56	0	2	40	1.13
6728793--6728958	74	2.3	75	83	9	204	32	11	22	33	1.90
6728793--6728956	35	4.6	35	83	10	172	31	11	23	33	1.90
6736202--6736367	74	2.3	75	83	9	204	32	11	22	33	1.90
6736202--6736365	35	4.6	35	83	10	172	31	11	23	33	1.90
6740131--6740190	18	3.6	18	69	17	65	43	16	6	33	1.74
6741473--6741544	15	5.5	13	73	18	53	52	1	1	44	1.18
6741630--6741667	14	2.4	17	87	12	55	52	0	0	47	1.00
6741814--6741852	17	2.3	17	81	0	51	23	15	5	56	1.59
6743769--6743808	11	3.6	11	82	0	53	20	10	10	60	1.57
6744381--6744418	2	19.0	2	88	0	58	44	0	2	52	1.14
6749066--6749097	15	2.1	15	100	0	64	25	15	25	34	1.95
6750419--6750456	19	2.0	19	100	0	76	21	10	15	52	1.72
6754645--6754727	42	2.0	43	87	2	123	25	25	13	36	1.92
6754655--6754788	49	3.0	42	76	15	126	29	25	14	31	1.94
6754699--6754866	47	3.6	46	84	6	194	29	25	15	29	1.96
6754888--6755098	31	6.8	31	85	4	282	27	25	18	28	1.98
6754888--6755099	93	2.3	93	87	4	311	26	25	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6755074--6755202	50	2.5	51	89	2	206	25	23	16	34	1.95
6760955--6760989	17	2.1	17	100	0	70	42	0	17	40	1.49
6761307--6761337	15	2.1	15	100	0	62	41	25	12	19	1.87
6765662--6765923	138	1.9	138	86	3	375	20	22	14	42	1.89
6765662--6765929	46	5.8	46	88	1	333	20	22	15	41	1.89
6768374--6768430	16	3.4	16	72	15	53	68	3	5	22	1.25
6768730--6768794	28	2.3	27	82	12	78	58	0	4	36	1.19
6768824--6768880	27	2.1	27	83	0	69	63	1	7	28	1.30
6770427--6770580	44	3.5	44	78	1	148	29	16	22	30	1.96
6770621--6770892	131	2.1	133	82	8	324	26	23	19	30	1.98
6770778--6770962	88	2.1	87	85	5	248	22	27	21	28	1.99
6770984--6771070	44	2.0	44	84	4	113	31	28	12	27	1.93
6770885--6771340	178	2.6	178	85	2	614	28	26	17	27	1.98
6779850--6779894	19	2.3	20	85	7	58	40	8	22	28	1.84
6783450--6783506	16	3.4	16	72	15	53	68	3	5	22	1.25
6783807--6783873	30	2.3	29	82	12	84	62	0	2	34	1.10
6783807--6783873	14	4.6	15	68	18	52	62	0	2	34	1.10
6783840--6783889	24	2.1	24	85	10	68	62	2	2	34	1.18
6783911--6783944	13	2.5	14	90	9	61	64	0	0	35	0.94
6786213--6786332	43	2.8	43	78	5	136	28	21	20	29	1.98
6789013--6789076	28	2.3	28	94	0	110	18	28	31	21	1.97
6797864--6797916	18	2.9	18	83	5	61	24	1	1	71	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6797871--6797938	6	10.8	6	81	9	73	17	1	1	79	0.88
6797871--6797938	20	3.6	18	86	6	73	17	1	1	79	0.88
6797896--6797940	14	3.4	14	90	6	67	11	0	2	86	0.65
6800423--6800465	18	2.4	18	88	0	59	44	13	4	37	1.65
6800687--6800871	42	4.5	41	85	6	223	35	24	19	20	1.96
6800721--6800871	42	3.6	42	90	2	225	33	25	19	20	1.97
6800687--6800871	83	2.2	83	85	5	241	35	24	19	20	1.96
6809040--6809082	20	2.2	20	86	0	59	53	2	0	44	1.13
6812440--6812474	17	2.0	18	88	5	54	62	2	0	34	1.10
6826032--6826068	19	1.9	19	100	0	74	35	10	21	32	1.88
6826035--6826075	18	2.2	19	86	4	57	36	12	17	34	1.87
6826936--6827015	24	3.3	24	68	25	78	33	12	13	40	1.83
6826936--6827032	48	2.0	48	100	0	194	32	10	15	41	1.81
6829123--6829200	21	3.7	21	84	0	93	42	16	23	17	1.89
6833457--6833569	40	2.8	39	79	2	109	23	15	27	33	1.95
6833536--6833635	44	2.3	43	77	8	103	26	19	25	30	1.98
6838061--6838109	25	2.0	25	95	0	89	44	4	22	28	1.71
6840906--6841266	125	2.9	124	81	6	392	29	16	14	39	1.88
6841341--6841446	34	3.1	33	81	5	131	41	17	0	40	1.50
6841470--6841555	34	2.6	34	86	1	120	45	29	0	25	1.54
6852402--6852449	19	2.6	19	83	3	62	33	2	16	47	1.58
6852466--6852554	42	2.1	42	93	0	151	31	4	13	50	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6856368--6856455	42	2.1	42	93	0	149	29	4	14	51	1.62
6860292--6860377	43	2.0	43	100	0	172	39	6	18	34	1.78
6861949--6861973	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
6862500--6862531	5	6.2	5	96	3	55	18	3	0	78	0.89
6865305--6865364	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
6865319--6865390	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
6869445--6869498	24	2.2	24	93	0	90	40	14	11	33	1.82
6870325--6870564	57	4.2	57	90	4	371	29	35	17	17	1.93
6870336--6870557	111	2.0	111	91	1	365	29	36	17	17	1.93
6870882--6870922	20	2.0	20	95	0	73	31	26	21	19	1.97
6872525--6872584	28	2.2	26	80	11	75	26	25	11	36	1.90
6872532--6872601	28	2.5	28	90	0	113	28	24	10	37	1.88
6879581--6879639	26	2.2	26	84	3	82	37	22	25	15	1.93
6887717--6887771	24	2.2	25	80	6	67	54	16	0	29	1.42
6892029--6892171	71	2.0	71	90	1	223	27	17	14	40	1.89
6894679--6894705	11	2.5	11	100	0	54	77	0	0	22	0.76
6895535--6895579	19	2.2	21	88	7	67	46	0	8	44	1.34
6904550--6904586	9	4.1	9	85	0	56	48	13	8	29	1.71
6905057--6905137	17	4.6	17	72	20	69	38	3	2	55	1.31
6905376--6905414	19	2.0	20	85	5	53	35	0	20	43	1.52
6911729--6911808	38	2.1	38	100	0	160	45	5	8	41	1.57
6912014--6912055	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6913611--6913648	16	2.2	18	86	13	53	44	0	2	52	1.14
6916613--6916888	94	2.9	92	78	13	296	24	29	18	27	1.98
6920327--6920358	15	2.1	15	100	0	64	25	6	18	50	1.70
6921837--6921870	7	4.9	7	100	0	68	29	26	14	29	1.95
6927045--6927075	6	5.0	6	92	7	53	16	0	0	83	0.64
6927046--6927078	7	5.0	7	96	3	52	15	0	0	84	0.61
6927045--6927075	13	2.5	13	94	5	55	16	0	0	83	0.64
6927811--6927849	6	6.5	6	90	0	51	41	15	25	17	1.89
6927829--6927936	45	2.4	45	89	3	164	42	19	17	20	1.89
6929025--6929064	3	13.3	3	94	0	71	65	0	0	35	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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