genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70188989--70189130	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
70189028--70189140	40	2.8	39	86	5	145	23	23	28	24	2.00
70190519--70190579	19	3.2	19	97	0	113	21	36	32	9	1.86
70204210--70204336	43	3.0	42	81	3	137	26	16	21	35	1.94
70207285--70207354	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
70207285--70207366	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
70215365--70215434	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
70215365--70215446	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
70217875--70217950	37	2.1	37	97	0	143	30	7	30	31	1.86
70225202--70225235	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
70226114--70226171	27	2.1	28	83	3	73	22	20	17	39	1.92
70226536--70226561	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
70228582--70228694	27	4.2	26	88	3	136	18	23	22	36	1.95
70229537--70229577	20	2.0	20	100	0	82	41	14	9	34	1.79
70231869--70231932	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
70232125--70232316	25	8.0	24	85	9	223	28	23	20	27	1.99
70232151--70232315	25	6.8	25	93	2	243	29	24	20	26	1.99
70232362--70232445	20	4.2	20	95	0	150	32	21	11	34	1.90
70232367--70232441	11	7.4	11	68	17	63	30	20	13	36	1.91
70232489--70232536	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
70235940--70236079	27	5.3	27	87	3	160	19	22	20	37	1.94
70235940--70236095	80	2.0	80	80	5	181	19	23	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70237035--70237102	28	2.4	28	82	4	84	25	33	17	23	1.96
70247136--70247200	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
70249667--70249759	42	2.2	43	78	5	100	30	21	22	25	1.99
70253453--70253488	19	1.9	18	88	5	54	38	0	16	44	1.48
70255038--70255220	40	4.6	39	78	10	194	26	28	21	24	1.99
70255038--70255219	78	2.3	80	83	7	228	26	28	20	24	1.99
70257137--70257320	67	2.8	64	76	8	185	29	16	30	23	1.96
70259580--70259685	29	3.7	29	86	3	153	25	30	16	28	1.96
70259908--70259958	8	6.4	8	81	0	57	9	23	17	49	1.77
70259908--70259958	24	2.1	24	88	0	75	9	23	17	49	1.77
70261182--70261212	16	1.9	16	93	0	53	19	6	22	51	1.69
70265453--70265508	26	2.2	26	96	0	103	35	25	7	32	1.83
70267051--70267169	29	4.2	30	82	8	142	27	29	14	28	1.95
70267238--70267273	18	2.0	18	88	0	54	19	41	13	25	1.88
70268639--70268671	16	2.1	16	94	0	57	15	6	30	48	1.69
70271407--70271506	40	2.5	40	96	0	182	21	19	29	31	1.97
70279674--70279812	40	3.5	40	95	3	246	21	18	29	30	1.97
70287200--70287393	55	3.6	54	75	10	173	20	22	17	40	1.92
70287214--70287393	54	3.3	53	74	6	166	20	22	17	40	1.92
70306033--70306135	27	3.8	27	79	6	111	37	23	10	28	1.88
70306033--70306153	27	4.5	26	79	4	107	38	23	9	28	1.85
70306092--70306190	27	3.7	28	73	8	80	39	23	7	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70306174--70306227	27	2.0	27	88	0	81	38	14	20	25	1.91
70306965--70306998	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
70311487--70311591	40	2.7	40	81	1	122	27	22	24	24	2.00
70317678--70317848	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
70317670--70317850	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
70326131--70326323	40	4.8	39	75	11	151	22	26	24	26	2.00
70326111--70326323	80	2.7	80	80	5	223	23	25	24	25	2.00
70326173--70326324	40	3.8	39	83	6	171	23	26	24	25	2.00
70338934--70338993	31	2.0	31	86	3	86	36	16	5	41	1.70
70340723--70340823	29	3.5	30	76	11	97	22	28	16	31	1.96
70341051--70341085	16	2.2	16	95	5	63	5	22	17	54	1.64
70355082--70355123	15	3.2	13	81	15	50	28	2	7	61	1.35
70356323--70356377	22	2.6	20	79	20	67	27	1	1	69	1.09
70356676--70356725	20	2.6	19	84	6	57	40	2	4	54	1.31
70356693--70356736	19	2.2	20	85	14	65	38	0	2	59	1.10
70357429--70357501	26	2.8	26	91	2	110	17	16	38	27	1.91
70359067--70359101	9	3.9	9	100	0	70	20	22	0	57	1.41
70363330--70363580	125	2.0	126	93	0	432	25	21	30	22	1.99
70366784--70366956	46	3.7	46	75	13	192	21	20	27	30	1.98
70366781--70366951	93	1.8	93	93	0	297	21	20	28	29	1.98
70369884--70369928	20	2.2	20	100	0	90	26	35	22	15	1.94
70369899--70370071	93	1.9	93	93	0	301	27	29	22	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70369904--70370073	46	3.7	46	80	10	202	26	30	21	21	1.99
70375413--70375583	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
70375408--70375580	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
70378133--70378176	15	2.9	15	80	12	54	11	15	15	56	1.66
70380582--70380754	46	3.7	46	75	13	183	22	21	27	28	1.99
70380579--70380749	93	1.8	93	92	0	288	22	21	28	28	1.99
70385074--70385382	47	6.6	47	93	0	467	33	14	28	22	1.93
70385356--70385446	46	2.0	46	89	4	139	34	8	29	27	1.87
70387431--70387539	44	2.6	41	82	10	130	33	26	16	23	1.96
70390469--70390532	32	2.0	32	93	0	110	37	18	21	21	1.94
70393825--70393880	7	7.7	7	88	7	85	16	0	41	42	1.48
70393825--70393880	15	3.9	15	90	4	89	16	0	41	42	1.48
70393828--70393880	22	2.4	21	87	9	79	15	0	39	45	1.46
70395564--70395902	169	2.0	169	98	0	651	34	20	18	26	1.95
70396283--70396351	30	2.3	30	87	5	104	21	36	21	20	1.95
70404096--70404126	13	2.4	13	100	0	62	35	19	25	19	1.95
70408942--70409146	48	4.4	48	73	9	163	29	20	22	27	1.98
70409318--70409371	26	2.1	26	89	0	81	29	12	31	25	1.93
70411682--70411751	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
70411682--70411763	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
70419591--70419658	27	2.5	28	95	2	120	29	13	26	30	1.94
70425950--70426157	40	5.2	40	81	5	206	25	25	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70431511--70431546	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
70432238--70432354	57	2.1	57	100	0	234	41	3	22	33	1.70
70432901--70433032	59	2.3	58	97	1	246	37	14	24	24	1.92
70432871--70433032	88	1.8	89	90	1	263	35	14	24	25	1.93
70432901--70433032	29	4.5	29	97	1	246	37	14	24	24	1.92
70442789--70442823	16	2.2	16	94	0	61	28	25	8	37	1.85
70447641--70447707	34	2.0	34	87	0	98	28	4	23	43	1.73
70460189--70460284	40	2.4	40	87	3	131	38	25	12	23	1.90
70462085--70462245	48	3.4	48	78	3	182	27	21	20	30	1.98
70468735--70468787	20	2.8	20	81	13	67	77	1	15	5	1.04
70469950--70470032	29	2.9	29	100	0	166	30	14	28	26	1.95
70469946--70470081	59	2.3	58	82	5	159	27	15	31	25	1.96
70476660--70476712	18	2.9	18	80	20	65	77	1	15	5	1.04
70477856--70477938	29	2.9	29	100	0	166	30	14	28	26	1.95
70477852--70477987	59	2.3	58	82	5	159	27	15	31	25	1.96
70500415--70500581	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
70508375--70508541	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
70510380--70510413	6	5.7	6	85	0	50	14	0	5	79	0.91
70511393--70511424	16	1.9	17	93	6	57	81	0	18	0	0.70
70513037--70513066	14	2.1	14	100	0	60	43	0	13	43	1.43
70516395--70516434	20	2.0	20	85	0	53	57	15	12	15	1.66
70524022--70524172	40	3.8	39	82	2	142	23	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70524022--70524172	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
70532019--70532185	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
70532035--70532185	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
70540016--70540182	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
70540032--70540182	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
70543167--70543288	27	4.5	27	87	2	174	43	19	18	18	1.88
70543635--70543690	18	3.1	18	75	10	51	23	16	19	41	1.90
70549007--70549060	21	2.6	21	81	0	72	18	20	33	27	1.96
70550762--70550793	14	2.2	15	94	5	57	25	0	18	56	1.42
70558791--70558963	27	6.4	27	80	9	167	29	24	8	38	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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