genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76121768--76121938	93	1.8	93	92	2	290	28	29	21	21	1.98
76124831--76124883	16	3.4	16	68	5	54	39	0	16	43	1.49
76124846--76124898	15	3.5	15	69	5	52	35	0	15	49	1.45
76124831--76124898	31	2.2	31	100	0	136	38	0	16	45	1.47
76127853--76127887	18	1.9	18	88	0	52	25	17	14	42	1.86
76132602--76132730	49	2.7	48	79	7	120	24	28	20	26	1.99
76132651--76132781	49	2.7	49	85	2	174	22	30	20	26	1.98
76132753--76132866	44	2.6	44	92	0	183	32	32	14	21	1.92
76132843--76133051	46	4.5	46	82	9	196	24	26	18	30	1.98
76132799--76133051	91	2.8	92	80	7	277	26	27	17	28	1.98
76135428--76135529	44	2.4	42	84	10	143	25	17	24	32	1.97
76135428--76135574	43	3.4	42	81	12	147	26	17	24	31	1.97
76135436--76135592	43	3.7	42	76	13	106	26	17	26	29	1.97
76142164--76142236	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
76150213--76150285	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
76154307--76154467	43	3.8	42	77	11	166	24	16	26	32	1.96
76154318--76154476	44	3.7	43	75	7	162	24	17	26	31	1.97
76155902--76155984	42	2.0	42	82	0	103	31	26	14	27	1.95
76161335--76161387	20	2.7	20	82	5	63	13	26	18	41	1.87
76166257--76166438	39	4.6	39	88	0	238	21	30	23	24	1.99
76166287--76166438	39	3.9	39	92	0	241	22	30	22	24	1.99
76169252--76169283	15	2.1	15	100	0	64	50	6	25	18	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76169358--76169382	13	1.9	13	100	0	50	32	4	16	48	1.64
76169918--76169946	13	2.2	13	100	0	58	37	6	17	37	1.76
76173559--76173608	25	2.0	25	100	0	100	36	0	8	56	1.29
76173564--76173608	12	3.7	12	88	5	72	35	0	8	55	1.31
76175478--76175566	44	2.0	44	95	0	160	37	6	14	41	1.72
76179967--76180137	43	4.0	42	77	10	168	29	26	18	25	1.98
76181449--76181487	21	1.9	20	89	5	60	15	41	7	35	1.76
76184482--76184612	50	2.6	50	84	7	167	30	25	18	25	1.98
76186761--76186941	40	4.5	40	91	0	263	26	25	22	25	2.00
76191071--76191119	22	2.2	23	81	3	55	40	10	0	48	1.37
76195466--76195626	29	5.6	29	86	1	198	25	16	32	25	1.96
76202973--76203133	29	5.6	29	87	1	207	25	16	32	26	1.96
76209380--76209519	41	3.3	43	78	8	162	31	29	16	22	1.96
76209380--76209532	43	3.6	42	76	15	154	30	28	16	24	1.97
76221809--76221849	22	1.9	22	85	5	57	51	7	4	36	1.51
76225281--76225488	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
76225283--76225488	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
76233316--76233523	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
76233318--76233523	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
76243669--76243769	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
76249787--76249811	13	1.9	13	100	0	50	24	4	24	48	1.68
76249801--76250000	85	2.3	86	88	4	280	26	15	27	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76249801--76250013	43	5.0	43	88	5	288	26	15	27	30	1.96
76265270--76265307	20	1.9	20	89	10	60	50	21	2	26	1.62
76269889--76270186	40	7.5	40	91	1	440	22	22	28	26	1.99
76278138--76278400	40	6.6	40	95	0	438	22	22	28	26	1.99
76281182--76281280	42	2.3	43	81	6	112	29	24	17	29	1.97
76286069--76286131	31	2.0	31	100	0	126	34	19	9	36	1.84
76288787--76288887	42	2.4	43	81	6	116	28	23	17	29	1.97
76290870--76290960	34	2.7	34	76	8	89	34	24	18	23	1.96
76294295--76294340	19	2.3	20	77	3	58	36	8	2	52	1.45
76296635--76296696	31	2.0	31	100	0	124	41	16	6	35	1.74
76297137--76297184	18	2.7	18	90	0	78	47	10	20	20	1.79
76301204--76301618	49	8.7	49	73	11	245	27	18	29	24	1.98
76301388--76301619	99	2.3	99	88	1	349	27	17	29	25	1.97
76303555--76303949	50	7.8	50	78	2	387	25	18	25	31	1.98
76303606--76303949	101	3.4	101	84	0	447	25	19	25	30	1.98
76303865--76303940	24	3.1	24	70	20	75	26	15	25	32	1.95
76306913--76307053	27	5.2	27	83	3	176	25	20	17	36	1.95
76306912--76307053	54	2.6	54	83	4	196	25	20	18	35	1.95
76307037--76307135	27	3.7	27	74	5	83	31	3	22	43	1.68
76306903--76307080	81	2.2	81	74	7	173	28	16	20	35	1.94
76307119--76307214	27	3.6	26	84	5	120	29	8	21	40	1.82
76308326--76308377	27	1.9	27	92	0	86	36	21	17	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76308329--76308390	27	2.3	27	85	0	79	37	17	14	30	1.90
76312921--76313167	49	4.9	50	82	3	282	27	18	25	28	1.98
76312924--76313119	102	1.9	100	87	2	284	27	18	25	28	1.98
76312978--76313185	102	2.0	102	80	5	233	26	18	25	29	1.98
76315256--76315441	50	3.8	48	80	9	187	24	18	27	29	1.98
76315308--76315391	28	3.2	27	67	25	72	25	15	29	29	1.96
76322006--76322051	22	2.1	22	100	0	92	23	17	26	32	1.97
76323613--76323648	18	2.0	18	100	0	72	50	16	5	27	1.68
76323773--76323979	39	5.3	38	83	6	200	32	26	20	20	1.97
76323791--76323979	78	2.4	77	79	6	236	32	27	20	20	1.97
76329715--76329750	18	2.0	18	100	0	72	50	16	5	27	1.68
76329881--76330081	39	5.1	39	85	2	226	31	25	21	21	1.98
76333874--76334041	40	4.2	40	79	4	153	22	27	24	25	2.00
76335792--76335848	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
76335790--76335852	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
76335906--76336024	24	5.0	24	89	9	181	29	21	21	27	1.98
76335907--76336003	47	2.1	47	96	3	178	29	20	20	28	1.98
76336216--76336279	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
76343511--76343558	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
76343597--76343653	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
76343595--76343657	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
76343712--76343809	47	2.1	47	94	5	171	30	20	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76343711--76343830	24	5.0	24	88	10	174	30	20	21	27	1.98
76344023--76344085	31	2.1	30	87	3	90	34	15	23	25	1.95
76347388--76347423	18	2.0	18	100	0	72	50	16	5	27	1.68
76347554--76347754	39	5.1	39	86	2	226	31	24	21	21	1.98
76353885--76354109	40	5.7	40	80	5	208	22	27	23	26	1.99
76356991--76357146	39	4.0	39	82	5	183	29	26	20	23	1.99
76357955--76357997	8	5.1	8	81	10	50	27	27	0	44	1.55
76357951--76358000	26	1.9	26	95	0	91	28	28	0	44	1.55
76358681--76358773	40	2.3	40	80	7	100	27	30	15	26	1.96
76359534--76359579	19	2.3	20	77	3	58	34	8	2	54	1.43
76369910--76370081	93	1.8	93	91	2	283	29	29	20	20	1.98
76369903--76370078	46	3.8	46	77	14	182	30	29	20	19	1.97
76369954--76370097	46	3.1	44	74	15	123	29	28	20	21	1.98
76382645--76383652	48	20.9	48	82	9	700	37	6	25	31	1.82
76382645--76383652	96	10.4	96	85	7	1221	37	6	25	31	1.82
76382930--76383084	78	2.0	79	90	2	249	36	7	23	32	1.82
76382980--76383038	28	2.1	28	90	0	91	35	6	25	32	1.82
76383008--76383652	48	12.9	50	90	4	916	37	6	24	31	1.80
76382834--76383186	178	2.0	172	91	3	562	36	7	25	30	1.84
76383008--76383652	100	6.4	100	90	4	916	37	6	24	31	1.80
76383803--76383911	37	2.9	37	91	0	173	22	18	30	28	1.97
76385178--76385604	40	10.7	40	90	0	665	22	19	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76388890--76389052	48	3.4	48	95	0	290	36	6	25	31	1.80
76389930--76390412	27	18.0	27	85	4	620	27	22	9	39	1.85
76390430--76390615	27	7.0	27	84	2	232	34	19	19	25	1.96
76390422--76390613	80	2.4	80	85	4	235	35	18	19	26	1.95
76390430--76390616	53	3.5	53	83	5	218	35	19	19	25	1.96
76390814--76390896	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
76390984--76391042	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
76391207--76391280	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
76391398--76391578	6	29.8	6	74	16	160	20	16	13	49	1.79
76391398--76391578	79	2.2	82	90	7	280	20	16	13	49	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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