genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.111.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33871069--33871237	53	3.2	53	82	3	187	36	18	20	24	1.95
33870980--33871152	88	2.0	89	96	1	321	35	20	21	21	1.96
33871663--33871727	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
33871885--33871985	27	3.8	26	89	2	130	18	22	21	36	1.95
33871885--33871985	53	1.9	53	85	0	139	18	22	21	36	1.95
33872142--33872301	6	26.8	6	77	15	163	20	16	13	49	1.79
33872117--33872301	30	6.4	30	82	13	235	19	17	14	48	1.81
33875491--33875531	20	2.0	20	100	0	82	39	14	4	41	1.67
33875668--33875772	47	2.2	47	81	8	124	39	16	18	26	1.91
33875668--33875777	23	4.7	24	68	15	77	39	16	19	25	1.92
33877793--33877865	32	2.3	32	87	0	110	15	28	31	24	1.95
33891900--33891970	31	2.2	32	85	2	90	45	22	16	15	1.85
33892170--33892250	32	2.5	32	75	0	81	34	17	19	28	1.95
33892767--33892852	27	3.2	27	81	3	102	25	24	17	32	1.97
33892767--33892866	27	3.7	26	80	7	92	26	23	18	33	1.97
33892859--33893040	54	3.4	53	83	4	204	34	9	17	39	1.81
33892887--33893076	54	3.5	54	84	4	206	31	10	20	38	1.86
33892859--33893076	27	8.1	27	77	8	167	32	10	19	38	1.85
33893378--33893412	17	2.0	17	88	5	52	17	37	28	17	1.92
33894372--33894459	42	2.1	42	100	0	176	53	11	21	13	1.71
33906478--33906647	27	6.3	26	85	6	180	39	16	14	30	1.88
33906501--33906647	54	2.7	53	87	2	204	38	17	14	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33908851--33908904	8	6.5	8	84	16	74	24	35	3	37	1.73
33911288--33911344	28	2.0	28	100	0	114	14	36	17	31	1.89
33919161--33919333	43	4.0	43	72	8	145	25	16	24	33	1.96
33924657--33924737	40	2.1	39	85	2	108	24	17	29	28	1.97
33927529--33927708	50	3.7	50	79	9	178	29	17	30	22	1.97
33927529--33927708	94	1.9	94	84	5	243	29	17	30	22	1.97
33927679--33927801	43	2.7	45	81	8	135	25	16	27	30	1.96
33931089--33931213	41	3.0	41	95	1	223	48	5	16	29	1.69
33931569--33931645	40	1.9	39	84	2	100	27	15	27	29	1.96
33936921--33936964	12	3.5	12	76	11	52	34	0	20	45	1.51
33936915--33936967	26	2.0	26	100	0	106	39	0	18	41	1.51
33937281--33937437	43	3.7	42	71	10	140	26	17	25	29	1.98
33941124--33941292	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
33949227--33949395	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
33954574--33954646	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
33955933--33955981	24	2.1	22	85	7	62	8	18	0	73	1.07
33959660--33959832	46	3.7	46	79	10	217	23	21	26	28	1.99
33959656--33959827	93	1.8	93	96	0	317	22	21	27	27	1.99
33962381--33962420	19	2.2	18	86	4	53	50	0	10	40	1.36
33962541--33962571	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
33968208--33968325	44	2.8	41	72	12	103	25	17	22	33	1.96
33972146--33972362	40	5.5	40	87	5	284	22	23	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33984675--33984743	28	2.5	28	88	2	95	23	8	26	42	1.83
33989495--33989546	25	2.1	25	85	3	70	21	17	25	36	1.94
33989594--33989654	21	2.9	21	85	0	86	36	18	9	36	1.84
33993380--33993473	33	2.9	33	74	18	99	28	26	21	23	1.99
33993411--33993465	29	1.9	28	88	3	83	27	27	23	21	1.99
33993749--33993818	25	2.8	25	84	2	97	25	21	24	28	1.99
33994746--33994843	27	3.6	27	71	15	74	33	7	17	41	1.77
33994795--33994974	27	6.7	27	75	8	143	30	8	20	40	1.83
33996776--33996954	27	6.6	27	73	6	139	30	11	18	39	1.86
33996776--33996921	54	2.7	54	79	4	159	30	9	19	39	1.84
33996789--33996954	81	2.0	81	80	6	185	31	11	19	37	1.87
33996953--33997016	27	2.4	27	87	7	87	37	9	28	25	1.87
33998748--33998884	53	2.6	54	80	1	159	31	10	18	39	1.85
33998760--33998934	27	6.5	26	74	10	122	30	11	20	37	1.88
33998924--33998987	27	2.4	27	87	7	87	37	9	28	25	1.87
34001152--34001226	30	2.5	30	91	2	114	29	25	18	26	1.98
34001447--34001516	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
34001971--34002024	20	2.7	20	85	2	72	18	33	25	22	1.97
34002345--34002422	27	2.9	27	74	11	79	21	19	20	38	1.94
34002553--34002649	27	3.6	26	76	14	90	28	9	20	41	1.83
34002550--34002677	54	2.4	54	81	5	143	28	11	20	39	1.88
34002662--34002717	26	2.2	26	86	0	76	28	12	23	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34002707--34002771	27	2.4	27	89	0	94	38	9	26	26	1.86
34004867--34004921	29	1.9	28	85	3	74	29	27	21	21	1.99
34004935--34005019	31	2.8	31	89	3	138	27	25	17	29	1.98
34005237--34005306	25	2.8	25	91	0	104	25	21	25	27	1.99
34006212--34006278	27	2.5	28	80	4	66	29	13	19	37	1.90
34006235--34006320	27	3.1	27	80	11	102	33	8	15	43	1.76
34006299--34006454	27	5.8	27	80	3	152	26	8	21	43	1.80
34006298--34006454	81	1.9	81	84	5	210	26	8	21	43	1.80
34006324--34006463	54	2.6	54	82	7	169	27	9	23	40	1.85
34008913--34008995	29	2.9	29	100	0	166	30	14	28	26	1.95
34008909--34009044	59	2.3	58	82	5	159	27	15	31	25	1.96
34012084--34012153	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
34013130--34013267	27	5.1	27	82	6	138	28	6	21	42	1.78
34013171--34013307	27	5.1	27	72	13	95	26	10	24	39	1.87
34013291--34013343	27	2.0	27	84	0	70	35	11	22	30	1.89
34013299--34013363	27	2.4	27	86	0	85	36	9	26	27	1.87
34014573--34014603	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
34014570--34014609	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
34014847--34015045	108	1.8	110	90	4	323	23	24	17	35	1.95
34014847--34015045	55	3.7	53	81	6	222	23	24	17	35	1.95
34016831--34016957	43	3.0	43	83	2	141	23	29	20	25	1.99
34022205--34022247	22	2.0	22	100	0	86	27	30	9	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34028489--34028549	30	2.0	30	100	0	122	40	16	9	32	1.81
34030625--34030672	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
34030720--34030775	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
34030709--34030775	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
34030826--34030965	23	6.0	23	89	5	201	27	22	20	30	1.98
34031161--34031222	32	1.9	32	90	0	97	32	16	25	25	1.96
34034295--34034481	40	4.7	40	91	0	284	18	21	27	32	1.96
34037646--34037833	40	4.7	40	89	2	225	27	22	27	21	1.99
34045641--34045827	40	4.7	40	92	0	293	18	20	28	32	1.96
34047962--34048008	18	2.6	18	74	12	51	23	0	12	63	1.28
34048009--34048041	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
34051451--34051475	10	2.5	10	100	0	50	32	0	28	40	1.57
34052129--34052153	11	2.3	11	100	0	50	8	16	8	68	1.38
34053345--34053377	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
34058704--34058908	40	5.2	40	94	1	342	24	22	27	25	2.00
34066974--34067176	40	5.2	39	94	2	320	24	22	27	25	2.00
34069774--34069802	11	2.6	11	100	0	58	44	0	10	44	1.38
34070810--34070886	33	2.3	32	82	6	91	33	16	22	27	1.95
34073733--34073822	27	3.2	27	82	7	110	33	23	23	20	1.97
34073733--34073822	28	3.2	28	81	7	112	33	23	23	20	1.97
34079298--34079472	33	5.2	32	72	9	125	30	15	25	29	1.96
34079245--34079472	101	2.3	101	91	0	357	31	15	25	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34083800--34083947	43	3.5	41	79	8	145	25	17	25	31	1.97
34088384--34088455	28	2.5	29	86	4	101	25	13	31	29	1.94
34097782--34097832	24	2.1	24	100	0	102	50	0	11	37	1.39
34108980--34109076	39	2.5	39	89	0	149	27	20	26	24	1.99
34111447--34111611	43	3.9	41	76	7	150	24	16	24	33	1.96
34111455--34111598	42	3.4	42	78	6	130	25	17	24	32	1.97
34121799--34121855	30	1.9	29	92	3	96	33	24	14	28	1.94
34125744--34125886	38	3.6	40	82	8	175	23	24	25	26	2.00
34133771--34133915	40	3.6	40	85	4	193	23	25	24	26	2.00
34138148--34138215	28	2.5	28	92	2	111	29	29	13	27	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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