genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.174.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54028231--54028414	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
54028271--54028459	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
54038972--54039156	40	4.7	40	77	6	171	24	23	27	24	2.00
54038972--54039156	79	2.3	81	81	7	209	24	23	27	24	2.00
54045425--54045543	28	4.2	28	77	5	105	26	31	15	26	1.95
54050466--54050691	40	5.7	40	90	4	291	26	21	26	25	2.00
54053409--54053437	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
54053501--54053600	29	3.4	29	98	0	191	28	28	15	29	1.96
54053472--54053600	58	2.2	58	88	2	188	27	28	16	27	1.97
54061197--54061227	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
54061261--54061365	29	3.6	29	80	2	95	25	32	17	24	1.97
54061320--54061390	29	2.4	29	100	0	142	26	28	15	29	1.96
54069558--54069782	79	2.8	79	87	7	314	25	21	26	26	1.99
54069562--54069782	119	1.9	119	84	9	299	26	20	26	26	1.99
54069558--54069782	40	5.7	40	90	5	300	25	21	26	26	1.99
54069562--54069815	119	2.1	119	82	9	297	27	20	26	25	1.99
54069571--54069815	79	3.1	78	82	10	284	27	20	26	25	1.99
54077683--54077907	40	5.7	40	89	5	282	26	21	26	25	1.99
54077690--54077930	79	3.0	79	84	8	294	27	20	25	26	1.99
54081719--54081833	29	4.0	29	75	5	108	26	31	14	26	1.95
54104278--54104360	37	2.2	37	91	0	130	20	32	22	24	1.98
54104478--54105338	47	18.3	47	92	0	1328	27	29	9	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54104528--54104606	25	3.3	25	71	16	85	31	29	5	34	1.79
54105117--54105239	22	5.3	22	62	11	66	27	31	9	30	1.89
54105135--54105217	25	3.5	24	66	11	71	28	32	4	33	1.78
54108662--54108712	25	2.0	25	85	7	68	29	31	9	29	1.89
54108890--54109160	40	6.8	40	93	0	425	25	28	21	24	1.99
54111076--54111148	37	2.0	37	88	0	110	26	34	16	23	1.95
54111273--54111992	47	15.3	47	92	0	1116	27	29	10	32	1.89
54111323--54111401	25	3.3	25	67	16	76	30	29	6	34	1.82
54115629--54115664	18	2.0	18	100	0	72	27	0	33	38	1.57
54116917--54116983	25	2.7	25	80	13	75	32	19	16	31	1.94
54116921--54117045	50	2.5	50	82	2	153	33	20	20	24	1.97
54116962--54117045	25	3.4	25	80	12	100	35	21	21	21	1.96
54131404--54131444	21	2.0	21	95	0	73	29	2	4	63	1.28
54131480--54131504	13	1.9	13	100	0	50	32	8	0	60	1.26
54133019--54133198	19	9.5	18	68	24	95	35	2	4	57	1.33
54133012--54133198	77	2.5	75	88	1	266	34	3	4	57	1.34
54133148--54133220	17	4.5	15	71	18	56	35	2	2	58	1.26
54133212--54133275	18	3.7	18	75	12	71	48	9	1	40	1.45
54136461--54136612	41	3.7	41	73	7	137	29	25	16	28	1.97
54136461--54136550	42	2.1	42	84	8	112	27	24	17	30	1.97
54137488--54137532	22	2.0	22	95	0	81	13	22	8	55	1.65
54138930--54139323	47	8.4	47	92	0	644	28	30	7	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54145613--54145748	27	5.0	27	83	3	166	27	15	16	39	1.89
54148797--54148880	40	2.1	40	93	4	143	32	7	20	40	1.79
54150418--54150677	46	5.6	46	80	6	253	22	28	21	28	1.99
54150369--54150680	94	3.3	92	77	10	303	22	28	21	27	1.99
54154731--54154903	46	3.7	46	80	7	215	21	20	28	28	1.98
54154725--54154896	93	1.8	93	94	0	308	21	21	28	28	1.99
54158172--54158488	158	2.0	158	94	1	555	37	10	21	30	1.88
54158766--54158879	43	2.7	43	84	2	149	21	20	24	34	1.97
54163376--54163506	30	4.5	30	85	10	164	28	25	13	32	1.94
54163375--54163506	58	2.3	57	84	7	167	28	25	13	32	1.94
54165501--54165570	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
54166651--54166715	30	2.2	30	100	0	130	36	32	6	24	1.80
54169743--54169805	33	1.9	32	90	3	99	52	4	4	38	1.44
54169743--54169824	33	2.5	32	82	9	94	54	6	3	35	1.43
54172018--54172110	24	3.9	24	92	0	150	34	4	39	21	1.73
54172019--54172119	48	2.1	48	90	0	166	36	3	38	20	1.72
54173380--54173413	17	1.9	18	94	5	61	38	20	5	35	1.77
54173567--54173671	53	2.0	52	90	1	165	19	22	21	36	1.95
54173566--54173675	26	4.2	26	84	10	134	18	23	22	35	1.96
54179913--54179966	24	2.2	24	83	0	72	33	5	40	20	1.76
54181219--54181292	26	2.8	27	83	4	80	39	22	9	28	1.85
54181396--54181491	27	3.6	27	80	9	106	20	22	21	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54184019--54184100	26	3.2	26	96	0	155	36	26	6	30	1.81
54191092--54191173	26	3.2	26	100	0	164	35	26	7	30	1.84
54193804--54193967	71	2.3	71	96	0	310	35	17	27	19	1.94
54199902--54199945	19	2.3	19	82	17	56	31	2	13	52	1.53
54200228--54200499	130	2.1	129	89	3	424	43	10	4	41	1.58
54200811--54200854	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
54201229--54201698	42	11.2	42	86	0	598	39	23	17	20	1.92
54216262--54216429	40	4.2	40	79	6	162	23	26	22	27	2.00
54216278--54216427	80	1.9	80	83	8	198	22	26	23	27	2.00
54221496--54221541	19	2.4	19	100	0	92	43	15	0	41	1.46
54222000--54222053	3	17.7	3	84	3	54	55	0	7	37	1.28
54224978--54225078	44	2.3	44	81	8	118	26	15	24	32	1.96
54224996--54225089	42	2.2	43	84	7	120	23	18	26	31	1.97
54225024--54225123	42	2.4	42	77	5	112	30	17	22	31	1.96
54231616--54231653	18	2.1	18	90	0	58	81	5	13	0	0.85
54232892--54232998	40	2.7	40	82	0	124	28	22	25	23	1.99
54232933--54233059	40	3.2	39	83	8	141	22	24	29	23	1.99
54239661--54239696	16	2.1	18	90	10	58	80	5	13	0	0.88
54239667--54239704	20	1.9	20	88	0	58	81	2	15	0	0.80
54240935--54241041	40	2.7	40	82	0	124	28	22	25	23	1.99
54240976--54241102	40	3.2	39	83	8	141	22	24	29	23	1.99
54245073--54245170	40	2.5	40	86	0	133	23	22	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54247959--54248123	43	3.9	42	76	6	161	27	18	24	29	1.98
54248006--54248115	42	2.6	43	81	9	120	30	20	21	27	1.98
54255589--54255618	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
54255818--54256056	50	4.8	50	78	5	214	32	25	17	24	1.97
54259919--54259960	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
54260521--54260590	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
54260846--54260870	12	2.1	12	100	0	50	52	16	0	32	1.44
54265503--54265628	48	2.6	48	89	0	198	26	18	25	29	1.98
54271679--54272594	48	19.0	48	92	0	1517	31	26	6	35	1.81
54278115--54278277	65	2.5	64	84	2	191	26	20	19	33	1.97
54278610--54278634	12	2.1	12	100	0	50	24	8	8	60	1.52
54286792--54286967	46	3.8	46	75	12	180	30	28	20	20	1.98
54286801--54286970	93	1.8	93	90	0	277	29	28	20	21	1.98
54298816--54298863	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
54298880--54298968	42	2.1	42	89	0	133	28	5	14	51	1.65
54300026--54300101	38	2.0	38	100	0	152	36	21	7	34	1.82
54302875--54302963	42	2.1	42	91	0	142	28	6	14	50	1.68
54317304--54317406	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
54321522--54321578	18	2.9	19	82	10	53	50	0	3	45	1.18
54321530--54321579	19	2.6	19	78	12	57	48	0	4	48	1.20
54321581--54321647	19	3.4	19	78	10	64	67	2	4	25	1.24
54321580--54321658	10	8.0	10	74	12	56	68	3	3	24	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54321601--54321658	20	3.0	20	82	5	64	68	5	1	24	1.19
54321812--54321869	19	2.9	21	72	15	59	25	10	1	62	1.37
54321879--54321947	29	2.3	30	81	13	81	31	2	2	62	1.25
54321910--54321983	21	3.6	21	76	18	68	39	0	1	59	1.06
54321911--54322010	10	10.4	10	72	18	61	36	0	1	63	1.02
54323284--54323384	53	1.9	53	93	0	175	16	24	18	39	1.91
54333105--54333138	17	2.1	16	88	5	50	26	8	0	64	1.22
54343746--54343785	21	2.0	21	85	5	55	22	27	37	12	1.90
54345512--54345687	46	3.8	46	78	10	205	30	28	19	21	1.97
54346485--54346537	22	2.4	22	84	6	63	32	16	22	28	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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