genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  34  of  318  ( 38146 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9405313--9405339	14	1.9	14	100	0	54	33	14	14	37	1.88
9407211--9407426	46	4.7	46	78	8	188	28	16	30	25	1.97
9408993--9409030	19	2.0	19	85	10	51	18	10	0	71	1.14
9421351--9421406	20	2.8	20	81	13	78	62	0	35	1	1.06
9422003--9422480	146	3.2	149	91	3	759	57	8	6	26	1.53
9422440--9422520	29	2.7	30	88	7	130	61	2	6	29	1.33
9422290--9422667	178	2.1	177	91	3	607	58	7	5	27	1.49
9422612--9422641	14	2.1	15	93	6	53	76	0	0	23	0.78
9422470--9423127	148	4.5	144	84	11	830	58	8	5	27	1.50
9422145--9422801	326	2.0	324	90	5	1026	58	8	5	27	1.51
9422890--9422925	13	2.9	12	84	8	54	77	0	0	22	0.76
9429587--9429661	16	4.5	16	74	19	73	64	16	1	18	1.37
9429596--9429623	13	2.2	13	100	0	56	64	14	0	21	1.29
9429511--9429616	40	2.7	41	77	15	132	50	13	3	32	1.59
9430008--9430079	29	2.5	28	81	2	81	18	6	12	62	1.51
9431491--9431647	56	2.8	55	88	5	226	45	14	6	34	1.70
9432859--9432893	2	17.0	2	94	5	61	48	0	2	48	1.16
9432893--9432923	2	15.5	2	100	0	62	0	0	48	51	1.00
9434966--9435030	25	2.6	25	95	0	112	26	18	9	46	1.79
9435724--9435785	25	2.4	27	81	8	74	59	1	0	38	1.07
9435753--9435791	18	2.2	18	85	0	51	61	0	2	35	1.10
9437352--9437639	3	96.3	3	81	4	280	31	4	2	61	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9437601--9437691	6	14.2	6	82	13	56	23	2	2	72	1.07
9437450--9437691	12	19.7	12	79	7	74	25	3	2	68	1.19
9437651--9437706	18	3.1	19	80	10	64	19	0	1	78	0.84
9437670--9437713	17	2.5	18	82	14	56	20	0	2	77	0.88
9443941--9444723	44	17.6	44	71	10	360	30	18	21	28	1.97
9443942--9444369	89	4.8	88	75	9	346	30	18	21	28	1.97
9444219--9444485	135	2.0	134	84	2	347	31	15	20	31	1.94
9444611--9444762	44	3.5	43	78	5	121	30	21	21	26	1.99
9446115--9446418	3	101.7	3	80	5	312	31	4	1	61	1.27
9446408--9446455	17	2.8	17	84	9	62	14	6	2	77	1.06
9446399--9446477	5	14.8	5	74	17	54	18	3	2	74	1.08
9446421--9446477	27	2.1	27	84	12	73	19	1	3	75	1.04
9446135--9446469	9	38.6	8	75	11	149	28	4	1	64	1.24
9461860--9461898	19	2.1	19	85	0	51	2	30	0	66	1.05
9463241--9463286	20	2.3	20	82	14	60	30	15	26	28	1.96
9466806--9466856	21	2.4	22	86	3	68	13	31	37	17	1.89
9468003--9468073	13	5.4	13	75	14	56	47	1	16	33	1.56
9471483--9471512	13	2.3	13	100	0	60	33	23	13	30	1.93
9473284--9473418	50	2.7	49	81	5	148	27	20	28	23	1.99
9473288--9473418	49	2.7	49	81	7	149	27	20	27	24	1.99
9478016--9478064	18	2.7	18	87	3	62	63	2	0	34	1.06
9478475--9478548	31	2.4	31	83	0	103	18	32	31	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9480097--9480145	24	1.9	26	88	12	75	48	6	4	40	1.47
9482133--9482177	23	2.0	23	86	8	65	35	17	8	37	1.81
9486448--9486473	12	2.2	12	100	0	52	26	19	30	23	1.98
9489882--9490068	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
9489905--9490068	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
9489905--9490102	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
9497426--9497612	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
9497449--9497612	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
9497449--9497646	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
9499776--9499884	43	2.5	43	86	2	148	27	14	21	36	1.92
9502925--9503077	39	3.9	39	92	0	234	23	20	31	24	1.98
9502926--9503096	39	4.4	39	88	0	225	23	21	30	24	1.99
9505468--9505619	39	3.9	39	89	0	216	29	28	22	19	1.98
9508563--9508621	30	2.0	30	82	0	73	35	11	23	28	1.91
9509007--9509127	46	2.7	45	83	10	149	25	19	31	23	1.98
9512261--9512408	39	3.8	39	87	5	203	18	21	31	29	1.97
9518623--9518793	39	4.5	38	81	10	199	19	23	27	29	1.98
9518659--9518723	33	2.0	33	96	0	121	23	26	24	26	2.00
9518623--9518758	72	1.9	72	93	0	236	20	23	27	27	1.99
9518590--9518809	39	5.8	38	73	14	161	19	23	29	28	1.98
9520509--9520548	21	1.9	21	94	0	71	10	30	22	37	1.87
9523103--9523176	30	2.4	32	78	10	84	60	4	0	35	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9523103--9523185	30	2.7	31	75	14	75	61	3	0	34	1.13
9523385--9523443	30	1.9	31	86	3	84	28	20	1	49	1.59
9527779--9527960	91	2.0	91	100	0	364	29	18	13	38	1.89
9532751--9532807	20	2.9	19	82	15	64	36	0	5	57	1.21
9534182--9534480	152	2.0	143	84	10	377	25	10	23	40	1.87
9535701--9535732	12	2.6	13	85	14	50	50	18	0	31	1.48
9535642--9535766	59	2.1	59	96	0	232	36	11	9	42	1.73
9541629--9541661	16	2.1	16	100	0	66	30	0	12	57	1.35
9548677--9548717	11	3.8	11	75	18	50	26	7	12	53	1.64
9565724--9565755	16	2.0	16	93	0	55	40	0	0	59	0.97
9566277--9566314	18	2.0	20	90	10	62	63	0	0	36	0.95
9569576--9570011	214	2.0	213	93	1	748	36	7	15	40	1.75
9571288--9571650	46	7.7	49	74	12	255	25	18	30	25	1.98
9571432--9571650	96	2.3	94	83	10	259	25	18	31	24	1.98
9572476--9572837	192	1.9	192	94	0	643	24	22	30	22	1.99
9573319--9573395	33	2.3	32	82	6	91	35	18	22	24	1.96
9579522--9579546	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
9588273--9588297	6	4.2	6	100	0	50	20	0	0	80	0.72
9590216--9590258	21	2.1	20	82	4	50	46	0	13	39	1.44
9592271--9592380	23	4.8	24	75	9	106	23	23	20	31	1.98
9592281--9592432	46	3.2	46	80	11	159	25	21	21	31	1.98
9596191--9596263	35	2.1	36	97	2	139	45	19	5	30	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9596885--9597146	40	6.6	40	95	1	438	24	26	22	25	2.00
9605080--9605181	40	2.6	40	87	4	136	22	25	23	28	1.99
9612910--9612955	22	2.1	22	91	0	74	52	13	8	26	1.69
9614746--9614776	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
9615023--9615056	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
9615189--9615217	8	3.6	8	100	0	58	48	0	0	51	1.00
9619229--9619327	44	2.3	43	96	3	189	34	4	24	37	1.74
9619330--9619415	42	2.0	42	100	0	172	36	16	2	45	1.60
9627066--9627095	11	2.7	11	89	0	51	23	0	0	76	0.78
9627064--9627092	14	2.0	15	93	6	51	24	0	0	75	0.80
9635724--9635772	23	2.1	24	81	11	57	14	16	24	44	1.84
9647273--9647303	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
9647296--9647352	18	3.1	18	80	10	62	52	1	1	43	1.21
9660702--9660884	40	4.6	39	78	11	185	26	28	20	23	1.99
9660702--9660886	79	2.3	80	80	10	209	27	28	21	23	1.99
9664125--9664244	43	2.8	42	86	7	179	29	16	25	28	1.97
9667067--9667130	21	3.1	21	81	4	76	48	21	14	15	1.80
9667761--9667831	36	2.0	36	100	0	142	28	11	22	38	1.88
9671255--9671450	88	2.3	83	78	6	207	40	17	9	32	1.82
9671565--9671625	20	3.1	20	81	6	63	62	1	1	34	1.15
9672063--9672313	89	2.8	87	79	7	274	39	9	17	33	1.83
9675475--9675511	2	18.5	2	89	10	58	51	0	2	45	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9677235--9677343	51	2.1	52	93	1	184	33	5	24	36	1.79
9677235--9677343	26	4.2	26	96	2	184	33	5	24	36	1.79
9678820--9678871	25	2.0	26	82	10	63	36	23	15	25	1.93
9682985--9683119	26	5.2	26	94	1	227	33	5	25	36	1.78
9682985--9683119	51	2.6	52	96	1	245	33	5	25	36	1.78
9684598--9684650	26	2.0	26	85	7	72	35	22	15	26	1.93
9688645--9689034	132	3.0	132	84	4	475	27	19	17	35	1.94
9691871--9691909	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
9693174--9693204	16	1.9	16	93	0	53	41	0	3	54	1.16
9693284--9693314	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318