genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29448418--29448529	27	4.2	26	85	7	143	37	23	23	16	1.93
29448418--29448529	54	2.1	54	88	3	163	37	23	23	16	1.93
29451105--29451185	42	1.9	43	89	2	128	29	13	25	30	1.94
29451108--29451211	43	2.5	42	80	3	118	32	14	23	29	1.94
29451299--29451349	20	2.6	20	81	3	59	39	1	25	33	1.67
29454571--29454610	21	2.0	20	85	5	53	12	37	27	22	1.90
29456714--29456756	21	2.0	21	90	0	68	39	20	9	30	1.84
29461316--29461565	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
29469493--29469702	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
29482761--29482816	28	2.0	28	82	0	67	28	26	23	21	1.99
29489494--29489676	49	3.7	49	80	8	219	30	24	19	26	1.98
29489502--29489681	99	1.8	99	92	2	308	30	23	19	26	1.98
29494956--29495151	50	3.9	50	82	2	241	29	27	18	23	1.98
29496251--29496275	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
29498574--29498659	42	2.0	42	93	4	147	40	19	5	33	1.76
29503844--29504014	40	4.2	40	82	4	218	25	24	28	21	1.99
29511942--29512111	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
29520404--29520457	27	2.0	27	100	0	108	44	14	18	22	1.86
29528812--29528849	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
29534401--29534451	27	1.9	26	88	4	75	35	17	17	29	1.93
29542431--29542517	45	1.9	45	88	0	129	24	18	27	29	1.98
29544291--29544369	41	1.9	41	92	0	131	27	31	22	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29544578--29544633	29	1.9	29	96	0	103	25	17	14	42	1.87
29544582--29544643	29	2.2	29	88	5	92	25	17	17	38	1.92
29544695--29544902	27	7.7	26	77	9	150	26	8	19	45	1.79
29544657--29544911	81	3.1	79	79	7	242	29	10	18	41	1.84
29544695--29544911	54	4.0	54	79	3	211	27	9	19	43	1.82
29544664--29544926	54	4.9	54	77	5	199	29	9	18	42	1.83
29544906--29544962	27	2.1	28	87	9	82	29	21	15	33	1.94
29551174--29551249	32	2.3	32	93	4	125	42	18	13	26	1.87
29552916--29552947	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
29554425--29554542	29	4.1	29	83	6	143	27	14	27	29	1.95
29554433--29554548	57	2.0	57	86	3	162	26	15	29	28	1.96
29570677--29570792	43	2.7	42	79	9	119	31	25	15	26	1.96
29582382--29582527	49	3.0	49	89	2	206	28	31	9	30	1.89
29582495--29582559	32	2.0	32	100	0	130	21	35	12	30	1.90
29582446--29582608	81	2.0	81	97	0	308	26	32	9	30	1.89
29582527--29582818	49	6.0	49	97	0	548	29	30	8	31	1.86
29582418--29582657	130	1.8	130	99	0	471	27	31	10	30	1.89
29585946--29585988	21	2.0	22	86	4	61	39	18	6	34	1.78
29590658--29590697	19	2.1	19	85	0	53	42	17	7	32	1.77
29590829--29590886	25	2.3	25	77	13	66	25	18	24	31	1.98
29592123--29592198	38	2.0	38	97	0	143	25	13	22	39	1.90
29594833--29594932	48	2.0	49	84	3	130	29	20	22	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29596293--29596359	24	2.7	25	90	4	100	22	23	26	26	2.00
29596404--29596453	9	4.9	11	76	18	63	38	18	8	36	1.80
29596404--29596453	20	2.5	20	93	0	91	38	18	8	36	1.80
29605324--29605547	48	4.7	48	76	13	221	29	19	25	26	1.99
29613162--29613283	43	2.9	42	82	2	154	30	16	24	28	1.96
29613366--29613412	20	2.3	20	85	0	67	29	4	29	36	1.77
29616819--29616892	38	1.9	38	94	0	130	37	27	0	35	1.57
29617513--29617598	19	4.5	19	73	7	75	40	19	6	32	1.79
29619869--29619971	41	2.5	42	84	7	122	30	23	20	26	1.99
29620389--29620413	8	3.1	8	100	0	50	24	24	0	52	1.48
29640568--29640668	42	2.4	42	84	1	121	30	15	26	26	1.96
29640526--29640714	43	4.5	42	78	4	139	29	15	24	30	1.96
29643171--29643354	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
29643211--29643399	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
29649529--29649699	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
29654584--29654767	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
29654624--29654812	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
29664236--29664470	49	4.7	50	80	6	262	25	17	26	30	1.97
29664236--29664470	101	2.4	97	82	6	285	25	17	26	30	1.97
29667603--29667677	29	2.6	29	82	0	78	25	26	20	28	1.99
29669071--29669278	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
29669071--29669276	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29673116--29673214	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
29680794--29680892	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
29687669--29687876	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
29687669--29687874	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
29691004--29691037	16	2.1	16	88	0	50	11	0	29	58	1.33
29693926--29694023	29	3.4	29	75	6	83	26	28	16	28	1.97
29694104--29694150	19	2.6	18	83	6	60	19	34	21	25	1.96
29694104--29694139	18	2.1	17	89	5	54	19	33	22	25	1.97
29695880--29696050	93	1.8	93	89	0	270	29	28	19	22	1.98
29695877--29696044	46	3.7	44	77	13	162	30	27	19	22	1.98
29696467--29696526	30	2.0	30	83	0	75	35	25	3	36	1.72
29699348--29699518	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
29707441--29707625	40	4.7	39	77	9	162	27	22	26	23	1.99
29714816--29714981	46	3.6	46	78	16	216	27	28	21	22	1.99
29715405--29715464	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
29717518--29717556	16	2.4	17	86	4	53	17	5	28	48	1.68
29720451--29720559	29	3.9	29	74	6	107	29	29	13	27	1.94
29722437--29722571	29	4.7	29	86	5	157	24	31	15	28	1.96
29722441--29722570	57	2.3	58	84	1	172	23	31	15	29	1.95
29735266--29735440	86	2.0	86	95	0	314	30	7	23	38	1.82
29737092--29737205	43	2.7	42	80	2	138	29	25	14	29	1.95
29739108--29739137	14	2.1	14	100	0	60	53	6	6	33	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29752156--29752192	14	2.6	14	91	0	56	29	32	8	29	1.86
29757681--29757768	28	3.2	27	72	12	72	36	17	23	22	1.94
29758848--29758880	17	1.9	17	100	0	66	69	0	24	6	1.10
29765542--29765629	28	3.2	28	82	3	108	36	20	25	18	1.95
29766709--29766741	17	1.9	17	100	0	66	69	0	24	6	1.10
29772602--29772639	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
29774270--29774338	28	2.5	28	90	2	113	43	26	10	20	1.83
29777643--29777909	24	11.1	24	95	0	435	35	25	17	20	1.95
29783839--29783876	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
29785507--29785561	28	2.0	28	100	0	110	49	25	7	18	1.73
29802502--29802676	45	4.0	45	88	5	234	28	28	21	22	1.99
29803430--29803586	75	2.1	74	89	5	237	47	9	12	29	1.73
29803429--29803586	25	6.4	25	86	3	212	48	9	12	29	1.73
29810113--29810238	45	2.8	44	89	3	189	29	22	23	24	1.99
29811071--29811168	25	4.0	25	90	1	126	48	11	14	25	1.76
29814093--29814281	101	1.9	101	89	0	297	31	23	19	25	1.98
29814100--29814285	50	3.7	50	77	4	203	31	23	18	26	1.98
29816269--29816384	50	2.3	51	93	6	207	37	10	20	31	1.87
29818131--29818542	205	2.0	205	99	0	806	28	13	25	32	1.94
29820395--29820425	14	2.2	14	100	0	62	41	12	25	19	1.87
29821461--29821542	25	3.4	25	67	23	75	20	7	26	45	1.77
29821428--29821540	47	2.4	47	97	2	210	23	7	26	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29821439--29821512	22	3.2	22	66	23	62	22	5	28	43	1.75
29828244--29828351	40	2.7	40	97	0	198	24	26	28	20	1.99
29828197--29828367	40	4.3	40	84	5	197	25	23	27	23	2.00
29830977--29831021	22	2.0	22	83	8	56	20	6	20	53	1.67
29832070--29832197	27	4.7	27	82	5	125	37	17	11	32	1.87
29832187--29832284	27	3.7	27	75	6	92	32	20	23	23	1.98
29832279--29832343	26	2.5	26	80	2	78	35	15	18	30	1.92
29834430--29834552	61	2.0	61	98	0	237	29	8	19	42	1.82
29835111--29835155	22	2.0	22	83	8	56	20	6	20	53	1.67
29836235--29836326	27	3.4	27	83	4	123	34	20	11	32	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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