Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  14  of  318  ( 38146 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3643358--3643399
18
2.4
17
88
11
66
50
0
0
50
1.00
3643360--3643393
6
5.7
6
100
0
68
50
0
0
50
1.00
3643765--3643806
21
2.0
20
86
4
57
40
0
0
59
0.97
3650937--3651004
30
2.3
30
84
5
84
47
5
19
27
1.72
3653373--3653646
46
6.0
46
91
0
406
39
14
22
22
1.91
3655032--3655258
51
4.5
51
79
4
242
16
25
21
37
1.94
3655179--3655286
51
2.1
50
78
8
110
16
25
20
37
1.93
3657087--3657209
62
2.0
61
91
1
201
26
24
6
42
1.79
3661181--3661222
15
2.7
16
81
7
50
61
0
4
33
1.17
3665546--3665580
18
1.9
18
94
0
61
31
8
8
51
1.63
3669978--3670026
11
4.4
11
77
12
55
83
12
4
0
0.77
3669978--3670018
21
1.9
22
90
5
66
82
12
4
0
0.81
3671927--3671980
26
2.1
26
100
0
108
53
11
7
27
1.63
3672645--3672720
40
1.9
40
83
0
98
50
10
9
30
1.68
3673920--3673965
22
2.1
22
83
0
56
52
8
15
23
1.70
3682883--3682942
31
2.0
31
86
3
86
41
5
13
40
1.66
3683240--3683265
7
3.7
7
100
0
52
46
0
0
53
1.00
3691446--3691497
27
2.0
27
88
3
79
57
19
1
21
1.50
3691758--3692042
139
2.1
139
99
0
561
25
21
14
38
1.91
3692584--3692655
37
1.9
37
97
0
135
29
13
20
36
1.92
3698720--3698757
12
3.1
12
85
14
51
81
5
13
0
0.85
3698716--3698759
18
2.5
17
89
10
63
79
4
15
0
0.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3699537--3699564
8
3.5
8
100
0
56
39
10
0
50
1.37
3699561--3699616
19
2.7
19
82
17
60
50
8
1
39
1.44
3699568--3699660
48
1.9
47
83
12
118
51
7
4
36
1.50
3707567--3707737
93
1.8
93
94
0
306
27
29
21
21
1.98
3707559--3707734
46
3.8
46
81
10
214
28
29
21
21
1.98
3710096--3710163
15
4.7
15
85
10
97
58
14
14
11
1.63
3713099--3713269
46
3.8
46
73
12
174
28
28
21
22
1.99
3713195--3713280
46
1.9
45
88
4
129
30
29
19
20
1.97
3721195--3721228
3
12.0
3
93
6
54
70
0
29
0
0.87
3731661--3731697
18
2.1
18
89
0
56
29
8
5
56
1.51
3733937--3733969
10
3.4
10
87
8
50
30
24
9
36
1.86
3738551--3738589
16
2.5
16
84
15
55
66
0
33
0
0.92
3746436--3746561
65
1.9
65
88
3
191
34
16
11
37
1.86
3746429--3746575
65
2.3
65
83
2
188
35
16
10
38
1.82
3752277--3752358
42
2.0
42
85
9
114
28
21
30
19
1.98
3755088--3755141
27
2.0
27
96
0
99
44
3
16
35
1.66
3755397--3755460
24
2.7
24
92
0
110
31
57
9
1
1.40
3755402--3755448
9
5.6
9
80
14
64
31
57
10
0
1.33
3755568--3755599
12
2.7
12
90
0
55
25
68
6
0
1.12
3755544--3755766
117
1.9
117
92
0
374
25
50
8
15
1.73
3757056--3757133
38
2.1
38
95
0
138
28
14
21
35
1.92
3759764--3759798
17
2.1
17
88
0
52
74
2
0
22
0.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3764892--3764942
3
17.0
3
100
0
102
33
0
0
66
0.92
3766293--3766773
132
3.7
132
86
1
617
26
20
20
33
1.97
3776498--3776672
46
3.8
45
80
11
212
20
21
29
29
1.98
3776495--3776665
92
1.9
92
96
0
315
21
21
29
28
1.98
3785837--3786010
46
3.8
45
78
13
203
20
21
29
29
1.98
3785834--3786003
91
1.9
92
94
1
306
20
21
29
28
1.98
3795138--3795312
46
3.8
45
80
11
212
20
21
29
29
1.98
3795135--3795305
92
1.9
92
96
0
315
21
21
29
28
1.98
3802667--3802842
46
3.8
46
76
12
180
20
21
28
29
1.98
3802664--3802835
93
1.8
93
92
0
290
20
21
29
28
1.98
3807382--3807575
45
4.4
45
67
14
114
26
19
29
24
1.98
3807363--3807766
133
3.0
132
87
4
562
26
19
26
27
1.99
3810740--3811220
132
3.7
132
85
1
606
26
19
20
33
1.96
3813347--3813379
10
3.0
11
91
8
50
78
3
0
18
0.87
3815112--3815152
22
1.9
21
85
5
55
26
2
21
48
1.63
3825932--3825979
25
1.9
25
86
0
69
29
27
14
29
1.95
3829030--3829068
18
2.2
18
100
0
78
58
0
15
25
1.37
3829321--3829388
30
2.3
29
87
2
91
32
2
10
54
1.49
3831799--3831947
3
49.3
3
81
11
173
63
1
2
32
1.14
3831998--3832022
4
6.2
4
100
0
50
76
0
0
24
0.80
3832063--3832108
21
2.2
22
77
18
53
67
0
8
23
1.18
3832083--3832126
15
2.9
15
100
0
88
68
0
6
25
1.14
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3832071--3832139
15
5.2
14
82
16
69
68
0
7
24
1.15
3832073--3832159
15
6.0
14
81
12
65
65
0
8
26
1.20
3832095--3832153
27
2.2
26
80
19
68
67
0
6
25
1.15
3832141--3832185
24
2.0
21
84
16
56
57
2
8
31
1.41
3832669--3832717
8
5.6
9
81
13
50
79
2
0
18
0.83
3832669--3832717
20
2.4
21
86
6
66
79
2
0
18
0.83
3835959--3836000
22
1.9
22
85
9
59
64
0
4
30
1.14
3836334--3836388
20
2.6
22
74
5
60
40
21
10
27
1.87
3836579--3836950
191
2.0
189
90
2
584
35
10
16
37
1.83
3838097--3838132
16
2.2
17
95
5
65
8
0
30
61
1.26
3839686--3839856
46
3.7
46
76
13
197
29
26
20
23
1.99
3839691--3839861
93
1.8
93
93
0
297
29
27
20
22
1.99
3846221--3846264
22
2.0
22
100
0
88
40
13
13
31
1.84
3855388--3855477
45
2.0
45
100
0
180
35
20
13
31
1.91
3860754--3860876
47
2.7
44
77
7
131
23
31
18
26
1.97
3872182--3872617
46
9.8
46
86
8
537
21
24
14
38
1.91
3872450--3872606
38
3.9
38
85
12
233
23
24
17
34
1.96
3872404--3872617
84
2.5
84
97
0
410
23
24
15
35
1.94
3877226--3877277
21
2.5
21
87
0
77
23
34
25
17
1.96
3877170--3877380
109
1.9
109
83
1
271
19
26
31
22
1.98
3877343--3877388
21
2.2
21
92
0
74
13
30
32
23
1.93
3878066--3878105
18
2.2
18
90
0
62
42
7
7
42
1.61
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3879855--3880038
40
4.6
39
75
6
138
26
23
27
22
2.00
3879895--3880083
80
2.4
81
77
4
186
23
24
29
22
1.99
3887974--3888157
40
4.6
39
75
6
138
26
23
27
22
2.00
3888014--3888202
80
2.4
81
77
4
186
23
24
29
22
1.99
3901020--3901154
35
3.7
37
81
10
170
31
11
23
34
1.90
3905230--3905272
21
2.0
21
86
8
61
4
23
18
53
1.63
3906800--3906960
20
8.1
20
77
4
128
15
31
19
32
1.93
3906803--3906960
40
4.0
40
80
3
158
15
31
19
32
1.93
3906803--3906930
60
2.1
60
81
8
145
16
33
18
31
1.93
3907587--3907615
3
9.7
3
100
0
58
65
0
0
34
0.93
3909703--3909754
12
4.4
12
76
11
54
32
7
1
57
1.38
3909646--3909734
3
29.0
3
70
15
58
32
4
3
59
1.34
3909781--3909806
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
3910021--3910129
28
4.2
26
75
17
93
37
4
4
53
1.42
3909914--3910130
25
8.6
25
68
21
91
35
5
4
53
1.46
3910162--3910215
3
18.0
3
100
0
108
33
0
0
66
0.92
3910305--3910345
2
20.5
2
89
0
64
46
2
2
48
1.28
3910371--3910404
17
1.9
18
94
5
61
32
2
0
64
1.08
3910369--3910465
22
4.4
22
74
20
71
30
4
4
60
1.34
3921506--3921651
75
2.0
73
90
2
229
28
17
22
31
1.96
3921513--3921668
75
2.1
75
87
2
224
30
17
20
32
1.95
3921594--3921973
88
4.4
85
77
12
341
28
16
20
35
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3921519--3921973
88
5.4
81
77
12
338
28
16
20
35
1.94
3921819--3921854
14
2.6
14
95
4
65
33
16
5
44
1.71
3921513--3921923
169
2.5
166
82
10
475
27
17
20
35
1.94
3923047--3923093
25
2.0
25
83
8
62
27
14
4
53
1.60
3923354--3923619
46
6.0
46
85
7
325
21
24
15
37
1.92
3923444--3923608
84
2.0
84
96
0
303
24
26
15
33
1.95
3926444--3926610
40
4.2
41
80
5
164
24
26
22
26
2.00
3927436--3927481
17
2.5
19
74
22
53
34
23
17
23
1.96
3934520--3934549
13
2.2
14
94
5
53
26
23
30
20
1.98
3935654--3935762
26
4.2
26
95
2
184
36
24
4
33
1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318