genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14610158--14610339	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
14610158--14610339	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
14618087--14618157	35	2.0	35	91	5	117	38	11	23	26	1.89
14625584--14625641	29	2.1	28	87	6	82	43	6	25	24	1.79
14625981--14626151	43	4.0	43	76	6	150	25	14	25	35	1.93
14638982--14639065	42	2.0	42	100	0	168	38	11	16	33	1.86
14639893--14639997	33	3.2	33	80	6	99	44	10	23	20	1.83
14642350--14642379	15	2.0	15	93	0	51	43	13	20	23	1.86
14642651--14642743	27	3.4	27	78	14	118	21	29	6	43	1.77
14643815--14643899	41	2.1	41	97	0	161	25	16	15	42	1.87
14652856--14652916	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
14655281--14655309	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
14657294--14657354	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
14660834--14660874	22	1.9	21	90	5	64	12	39	26	21	1.89
14662923--14662972	24	2.1	24	100	0	100	32	12	18	38	1.87
14664092--14664295	38	5.3	38	86	2	246	32	26	21	19	1.97
14666078--14666186	57	1.9	58	86	1	157	29	27	18	24	1.98
14666085--14666183	29	3.5	28	74	9	92	31	25	19	24	1.98
14667943--14668142	38	5.3	38	83	4	217	33	26	20	20	1.97
14670003--14670210	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
14670003--14670208	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
14676461--14676630	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14680811--14680853	21	2.0	21	100	0	86	34	27	18	18	1.95
14684538--14684707	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
14692007--14692087	42	1.9	42	82	5	101	41	16	23	18	1.89
14692007--14692069	21	3.0	20	72	9	54	39	17	25	17	1.91
14692036--14692130	42	2.3	42	79	3	102	44	14	21	20	1.87
14692111--14692150	21	1.9	21	84	0	53	42	12	17	27	1.85
14692549--14692575	10	2.7	10	100	0	54	44	0	29	25	1.54
14693985--14694076	42	2.2	42	90	0	139	33	21	15	29	1.94
14694224--14694317	26	3.7	26	91	1	154	24	22	25	27	2.00
14695120--14695197	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
14695216--14695696	27	17.8	27	77	6	193	33	8	20	37	1.83
14695329--14695574	54	4.6	54	80	5	264	29	8	21	40	1.82
14695325--14695560	81	2.9	81	87	0	339	29	8	21	41	1.81
14695659--14695721	27	2.3	27	83	0	72	28	6	20	44	1.76
14701433--14701553	43	2.9	42	79	7	136	24	23	18	33	1.97
14706454--14706563	26	4.2	25	79	12	105	39	23	20	16	1.92
14714160--14714272	27	4.1	27	78	6	104	38	21	22	18	1.94
14714688--14714717	16	1.9	15	93	6	51	3	20	23	53	1.60
14715689--14715735	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
14721944--14722051	42	2.5	42	75	7	110	26	21	17	34	1.96
14721930--14722051	43	2.9	42	73	7	120	27	22	16	33	1.95
14724258--14724507	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14732427--14732676	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
14733443--14733693	52	4.7	54	91	6	415	38	17	15	29	1.90
14733443--14733693	106	2.4	106	93	4	418	38	17	15	29	1.90
14733655--14733989	72	4.6	72	90	3	469	35	18	14	31	1.91
14733867--14734098	123	1.9	126	84	2	317	35	21	14	28	1.93
14734029--14734253	76	2.9	78	88	2	319	32	24	16	27	1.96
14734041--14734253	80	2.7	78	89	2	313	30	24	17	28	1.97
14734256--14734286	16	1.9	16	93	0	53	64	6	12	16	1.47
14734105--14734589	168	3.0	167	80	14	544	34	21	17	27	1.95
14734354--14734589	73	3.2	73	84	1	337	33	20	17	28	1.96
14736656--14736716	18	3.4	19	73	17	67	0	8	6	85	0.75
14736665--14736708	12	3.6	12	82	14	54	0	6	6	86	0.71
14736654--14736721	26	2.5	27	83	11	86	0	8	5	85	0.75
14740878--14740959	31	2.8	28	82	13	96	52	4	7	35	1.51
14740890--14740959	31	2.3	31	87	5	106	52	5	5	35	1.49
14741139--14741210	3	24.0	3	100	0	144	66	0	0	33	0.92
14741256--14741327	37	1.9	37	83	10	94	58	5	5	30	1.44
14743824--14743860	2	18.5	2	94	0	65	51	0	0	48	1.00
14747590--14747711	61	2.0	61	100	0	244	36	27	4	31	1.78
14752178--14752455	138	2.0	138	94	0	484	25	11	17	44	1.83
14757335--14757395	15	4.3	15	67	26	51	24	21	0	54	1.45
14757311--14757395	43	2.0	42	93	2	143	24	23	0	51	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14764136--14764262	41	3.1	40	85	6	141	18	18	23	39	1.92
14765774--14765937	71	2.3	71	98	0	319	35	17	28	18	1.93
14767284--14767330	19	2.6	19	86	6	62	0	25	2	72	0.96
14769457--14769513	24	2.4	24	84	0	69	33	42	8	15	1.78
14769826--14769866	20	2.0	20	90	0	64	9	19	14	56	1.66
14770610--14770914	153	2.0	154	94	0	531	37	12	19	30	1.89
14776059--14776122	30	2.2	29	94	2	110	35	23	17	23	1.95
14780115--14780299	40	4.7	40	82	5	232	27	28	22	22	1.99
14788242--14788423	40	4.6	40	81	8	210	27	28	20	23	1.99
14788270--14788426	79	2.0	80	89	3	246	28	28	19	22	1.98
14790550--14790629	21	3.8	21	80	3	88	23	28	31	16	1.96
14794251--14794417	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
14800959--14801066	55	2.0	53	82	10	130	37	17	15	28	1.91
14802262--14802428	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
14805341--14805507	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
14813346--14813512	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
14822397--14822440	20	2.2	20	83	0	52	18	25	31	25	1.97
14829822--14829851	4	7.8	4	92	7	53	50	0	0	50	1.00
14835120--14835302	39	4.6	39	88	2	233	22	30	22	24	1.99
14835151--14835303	39	3.9	39	91	2	236	22	31	21	24	1.98
14841560--14841669	53	2.2	50	82	10	129	31	16	22	29	1.96
14844927--14845010	40	2.0	43	84	6	111	47	2	23	26	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14845699--14845818	59	2.0	59	93	0	204	24	18	5	51	1.68
14847524--14847563	21	2.0	20	85	5	53	25	0	25	50	1.50
14848049--14848235	40	4.6	40	90	1	275	22	14	28	34	1.93
14853452--14853659	55	3.8	54	80	8	219	21	24	17	36	1.94
14853452--14853652	108	1.8	109	86	4	289	21	24	17	35	1.95
14860757--14860787	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
14860754--14860793	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
14861023--14861222	108	1.8	109	89	5	316	22	25	18	34	1.96
14860976--14861225	53	4.7	54	79	10	243	21	24	18	35	1.95
14861566--14861625	29	2.1	29	83	0	75	31	23	5	40	1.76
14863350--14863401	3	17.7	3	96	4	97	67	0	0	32	0.91
14864167--14864251	43	2.0	43	92	0	143	48	2	24	24	1.63
14869328--14869386	25	2.4	25	88	5	84	49	33	5	11	1.62
14870700--14870764	28	2.3	29	76	7	71	29	3	1	66	1.16
14870736--14870767	12	2.6	13	85	14	50	37	0	0	62	0.95
14873680--14873716	14	2.5	15	84	16	51	24	21	8	45	1.78
14878474--14879098	44	14.2	45	73	11	445	30	16	24	27	1.97
14878479--14879100	132	4.7	132	91	1	942	30	17	24	27	1.97
14879649--14879707	25	2.4	25	91	5	93	47	37	5	10	1.59
14881060--14881121	2	31.5	2	86	3	90	45	1	0	53	1.10
14884959--14885022	18	3.6	19	73	12	55	45	1	4	48	1.32
14885148--14885194	23	2.0	25	91	8	80	76	0	17	6	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14885148--14885193	13	3.6	13	77	22	53	76	0	17	6	1.00
14886465--14886500	18	2.1	17	89	5	54	33	13	11	41	1.80
14889018--14889051	15	2.3	15	89	0	50	26	0	23	50	1.50
14891120--14891189	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
14898935--14899004	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
14905713--14905896	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
14905753--14905941	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
14914690--14914734	20	2.3	20	85	7	58	13	33	33	20	1.91
14924201--14924341	47	3.0	47	92	2	228	32	9	29	29	1.88
14924405--14924440	18	2.0	18	88	0	54	33	11	22	33	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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