genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.253.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79800410--79800820	49	8.4	49	95	0	696	29	33	9	27	1.87
79805403--79805589	40	4.7	40	89	2	252	24	28	21	25	1.99
79813540--79813720	40	4.5	39	88	1	193	23	27	22	25	2.00
79813532--79813720	80	2.4	80	82	1	236	24	27	22	25	2.00
79815791--79815819	11	2.5	12	88	11	51	48	0	10	41	1.37
79832021--79832090	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
79832021--79832102	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
79839848--79839917	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
79839848--79839929	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
79860467--79860864	49	8.3	48	93	2	617	31	8	30	29	1.87
79868172--79868324	40	3.8	40	85	2	193	27	22	25	24	2.00
79875826--79875856	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
79876116--79876237	40	3.1	39	87	6	167	22	22	30	24	1.99
79879818--79879921	52	2.0	52	96	0	190	33	10	16	39	1.83
79880193--79880334	42	3.4	42	78	2	151	26	17	27	28	1.98
79881301--79881336	13	2.8	13	95	0	63	11	19	52	16	1.73
79883160--79883232	25	2.9	26	91	4	114	27	26	20	26	1.99
79883162--79883245	25	3.4	25	88	6	109	29	22	21	26	1.99
79884914--79885086	40	4.3	40	90	0	274	29	30	18	21	1.97
79887228--79887291	31	2.1	31	87	0	92	37	15	23	23	1.93
79894726--79894755	16	1.9	15	93	6	51	36	10	20	33	1.86
79894832--79894883	25	2.0	26	88	3	79	28	23	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79894841--79894899	25	2.4	25	85	5	75	33	18	16	30	1.94
79902411--79902512	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
79905255--79905350	47	2.0	47	100	0	192	27	14	32	26	1.95
79910378--79910480	39	2.7	39	90	1	154	30	24	18	27	1.98
79922069--79922239	93	1.8	93	93	0	297	27	29	21	21	1.99
79922065--79922236	46	3.7	46	79	13	199	28	28	21	21	1.99
79924620--79924708	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
79924620--79924702	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
79924631--79924708	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
79927626--79927796	93	1.8	93	92	0	288	28	29	21	21	1.98
79927622--79927793	46	3.7	46	77	13	190	29	28	20	21	1.98
79934805--79934852	23	2.1	23	96	0	87	33	6	29	31	1.82
79937012--79937223	53	3.9	53	75	4	201	40	16	22	20	1.91
79943114--79943301	40	4.7	39	86	3	207	26	22	27	23	2.00
79951244--79951446	80	2.5	80	83	1	219	25	22	27	25	2.00
79951244--79951424	40	4.5	40	87	1	220	26	22	27	23	2.00
79954380--79954624	56	4.4	56	87	1	357	34	22	13	28	1.93
79971295--79971320	3	8.7	3	100	0	52	30	34	0	34	1.58
79972356--79972404	24	2.0	24	100	0	98	38	28	4	28	1.75
79973470--79973537	34	2.0	34	97	0	127	47	17	10	25	1.79
79973467--79973553	34	2.9	29	75	17	86	45	21	9	22	1.80
79973550--79973622	26	2.8	26	78	0	83	39	27	13	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79979278--79979321	22	2.0	22	82	8	54	38	31	4	25	1.76
79981548--79981708	34	4.7	34	77	5	137	26	21	20	31	1.98
79981618--79981714	35	2.8	35	87	1	142	27	17	17	37	1.92
79981698--79981756	18	3.3	18	74	9	66	40	16	18	23	1.91
79982015--79982064	23	2.2	23	82	13	59	40	18	16	26	1.90
79982154--79982523	27	13.7	27	90	1	499	37	17	14	30	1.89
79984959--79985125	40	4.2	40	78	6	160	26	21	27	24	1.99
79992844--79993010	40	4.2	40	78	6	169	26	22	27	23	1.99
79996724--79996832	37	2.9	37	93	0	173	27	30	18	23	1.98
79996974--79997371	48	8.0	48	79	11	417	30	26	6	36	1.81
79997057--79997099	13	3.3	13	83	0	50	37	23	0	39	1.55
79997025--79997149	61	2.0	61	93	0	214	32	25	5	36	1.79
79997086--79997371	96	3.0	96	96	0	536	31	26	6	35	1.82
79997086--79997371	144	2.0	144	97	0	536	31	26	6	35	1.82
80023839--80024008	43	4.0	42	71	11	132	24	14	25	34	1.94
80029609--80029844	47	5.0	47	86	1	312	33	12	28	25	1.92
80029727--80029801	22	3.3	22	68	17	62	33	10	30	25	1.90
80029818--80029906	46	1.9	46	86	0	124	34	11	30	23	1.90
80034066--80034168	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
80041862--80041964	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
80047485--80047660	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
80047482--80047653	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80055027--80055201	46	3.8	46	76	15	182	21	19	29	30	1.97
80055024--80055194	92	1.8	93	91	3	283	21	19	29	29	1.98
80059318--80060826	754	2.0	754	96	0	2813	28	22	16	32	1.96
80061464--80061533	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
80069374--80069443	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
80071809--80071880	29	2.5	29	84	2	92	22	33	16	27	1.95
80072357--80072463	52	2.1	51	82	10	128	39	17	15	27	1.90
80073646--80073810	39	4.2	39	77	6	138	26	21	27	24	2.00
80073646--80073794	78	1.9	79	83	6	196	26	22	27	24	2.00
80082834--80082895	28	2.2	29	88	2	90	22	30	16	30	1.96
80085545--80085794	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
80092190--80092289	28	3.5	28	84	5	103	29	27	15	29	1.96
80096036--80096202	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
80105242--80105319	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
80108687--80108894	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
80108688--80108894	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
80116839--80117046	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
80116840--80117046	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
80119820--80120025	47	4.4	47	93	0	340	29	31	7	32	1.85
80119820--80120025	94	2.2	94	97	0	385	29	31	7	32	1.85
80121288--80121340	26	2.0	26	100	0	106	50	15	7	26	1.70
80125395--80125419	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80138377--80138478	28	3.7	28	85	6	136	23	14	34	27	1.94
80161092--80161148	26	2.2	26	90	6	89	43	24	19	12	1.85
80161092--80161216	24	5.1	25	68	17	73	44	21	16	16	1.86
80163051--80163092	21	2.0	21	100	0	84	38	4	19	38	1.73
80166861--80167004	46	3.1	44	69	21	107	29	28	19	22	1.98
80170613--80170655	21	2.1	21	86	4	61	39	4	4	51	1.44
80172035--80172059	13	1.9	13	100	0	50	40	8	32	20	1.81
80174979--80175020	21	2.0	22	85	4	59	59	0	2	38	1.10
80174967--80175047	29	2.8	29	81	10	94	58	0	3	38	1.16
80174967--80175072	30	3.6	29	77	11	92	59	0	4	35	1.18
80175040--80175094	22	2.7	20	72	10	56	61	0	5	32	1.19
80175091--80175132	20	2.2	19	86	4	57	69	2	9	19	1.28
80175422--80175471	26	1.9	26	83	0	64	32	2	4	62	1.25
80176016--80176065	25	2.0	25	92	7	84	36	4	2	58	1.29
80176098--80176148	26	1.9	26	84	4	66	62	0	1	35	1.06
80180421--80180592	46	3.7	46	75	9	179	22	19	27	29	1.98
80185156--80185188	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
80185753--80186003	43	5.8	43	91	1	398	26	29	20	24	1.99
80192923--80193072	43	3.4	43	87	5	212	27	26	21	24	1.99
80195070--80195288	46	4.7	46	80	7	264	22	19	27	30	1.98
80198413--80198474	26	2.4	26	84	7	83	62	0	1	35	1.05
80200590--80200626	19	1.9	19	94	0	65	45	10	5	37	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80202177--80202410	122	1.9	122	98	0	450	32	12	17	37	1.88
80208268--80208395	46	2.8	46	92	0	211	19	21	29	29	1.97
80211906--80212071	40	4.2	40	81	3	176	24	27	22	25	2.00
80211922--80212029	39	2.7	39	85	7	130	24	29	24	22	1.99
80219891--80220055	40	4.2	40	79	5	167	24	27	22	26	2.00
80219907--80220054	78	1.9	77	83	6	192	23	27	22	25	2.00
80227729--80227895	40	4.2	40	81	3	176	24	26	22	25	2.00
80227745--80227852	39	2.7	39	85	7	130	24	29	24	22	1.99
80237830--80238083	129	2.0	129	87	1	366	29	14	22	33	1.94
80240660--80240835	46	3.8	46	78	14	209	21	20	28	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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