genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  58  of  318  ( 38146 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16574568--16574637	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
16590821--16590946	6	20.5	6	75	13	105	50	13	17	19	1.79
16590821--16590943	43	2.8	43	85	3	158	49	13	17	18	1.79
16590879--16590946	25	2.7	25	93	0	118	47	14	19	19	1.83
16593645--16593724	6	13.0	6	71	15	56	50	17	16	16	1.79
16593651--16593724	25	2.6	30	71	24	77	50	16	16	17	1.79
16593663--16593724	25	2.5	25	89	0	97	48	14	17	19	1.81
16593899--16593926	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
16594267--16594424	27	5.9	27	85	5	178	24	21	17	36	1.94
16594451--16594703	27	9.3	27	82	2	220	31	9	20	38	1.85
16602614--16602667	22	2.5	21	75	3	54	14	25	37	22	1.93
16603160--16603192	13	2.5	13	90	9	50	42	6	18	33	1.75
16609047--16609195	80	1.8	79	81	9	185	22	20	26	30	1.98
16618069--16618158	28	3.2	28	82	6	103	27	33	14	24	1.94
16623913--16624209	143	2.1	143	99	0	585	21	10	29	39	1.86
16624852--16625040	29	6.6	29	91	0	272	28	14	31	25	1.95
16631919--16632215	143	2.1	143	98	0	576	21	10	28	39	1.86
16632867--16633032	29	5.8	29	91	2	237	31	14	29	24	1.95
16632867--16633032	56	2.9	58	88	3	237	31	14	29	24	1.95
16632867--16633030	85	1.9	86	88	1	249	31	14	29	24	1.94
16646355--16646513	43	3.7	43	80	10	173	31	26	17	24	1.97
16646357--16646513	86	1.8	85	83	6	210	31	26	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16656879--16657062	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
16656919--16657107	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
16664991--16665174	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
16665035--16665183	80	1.9	80	81	2	183	22	24	30	22	1.99
16665031--16665202	80	2.1	81	77	5	179	23	24	29	22	1.99
16671306--16671492	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
16671329--16671492	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
16671329--16671526	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
16673376--16673444	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
16673367--16673454	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
16675840--16676108	46	5.8	46	86	6	298	21	20	28	28	1.98
16675936--16676054	47	2.5	47	95	0	211	24	18	27	29	1.98
16681467--16681593	45	2.9	45	81	8	129	23	26	23	25	2.00
16681909--16682033	43	2.9	43	96	0	223	29	34	23	12	1.92
16682030--16682111	38	2.2	38	79	0	92	35	25	18	20	1.95
16685852--16685975	44	2.9	43	80	12	123	23	28	23	25	2.00
16686289--16686449	43	3.8	42	90	2	250	29	34	23	13	1.92
16704931--16704968	16	2.4	15	87	12	58	15	23	13	47	1.81
16712327--16712441	29	4.0	28	80	6	97	28	26	16	28	1.97
16712358--16712422	29	2.2	29	94	0	112	29	27	16	26	1.97
16712358--16712447	29	3.1	29	87	1	101	28	26	16	27	1.97
16713947--16714114	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16721411--16721577	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
16728878--16729044	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
16731011--16731063	26	2.0	26	100	0	106	28	30	7	33	1.85
16732493--16732532	22	2.0	21	85	14	57	27	7	27	37	1.84
16732705--16732917	41	5.2	41	76	5	207	22	26	15	36	1.94
16732820--16732917	20	4.8	20	67	9	54	22	29	13	34	1.92
16732788--16732899	20	5.5	20	70	8	91	23	26	14	35	1.93
16732707--16732947	82	3.0	80	80	6	245	21	26	15	35	1.94
16732707--16732948	41	5.9	41	74	9	154	21	27	15	35	1.94
16739535--16739561	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
16740299--16740466	57	2.9	57	92	0	273	29	20	14	35	1.93
16740694--16740726	11	2.8	12	81	9	50	33	0	0	66	0.92
16743438--16743922	47	10.3	47	89	0	745	32	9	31	27	1.88
16743438--16743922	94	5.2	94	97	0	889	32	9	31	27	1.88
16751167--16751209	18	2.4	18	84	7	61	62	9	4	23	1.44
16755381--16755568	40	4.7	40	91	0	297	23	26	22	27	2.00
16755348--16755568	80	2.8	80	86	2	304	22	26	23	27	1.99
16756525--16756679	40	3.9	40	87	0	231	23	27	22	26	1.99
16760031--16760202	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
16760023--16760198	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
16762578--16762666	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
16762578--16762657	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16762589--16762666	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
16765603--16765775	46	3.8	46	79	14	214	28	29	21	20	1.98
16765611--16765780	91	1.8	92	94	2	306	27	30	21	20	1.98
16772908--16773086	40	4.6	40	86	5	242	21	27	24	26	1.99
16772941--16773086	78	1.9	77	92	1	247	23	27	23	26	2.00
16779564--16779636	36	2.0	36	97	0	137	43	13	12	30	1.81
16780983--16781028	19	2.4	19	85	3	56	43	13	2	41	1.55
16789039--16789101	32	2.0	32	100	0	126	57	9	20	12	1.63
16794868--16794916	23	2.1	24	92	3	82	51	18	4	26	1.64
16809176--16809345	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
16812710--16812762	26	2.0	26	100	0	106	33	3	15	47	1.63
16812716--16812773	26	2.2	26	84	0	71	36	6	17	39	1.76
16816728--16816760	13	2.5	13	100	0	66	33	39	27	0	1.57
16819165--16819207	22	2.0	22	85	0	59	39	13	18	27	1.89
16825230--16825285	28	2.0	28	100	0	112	21	7	35	35	1.81
16826320--16826354	18	1.9	18	88	11	54	8	28	37	25	1.85
16828145--16828300	42	3.7	42	83	1	186	30	24	16	29	1.96
16828145--16828300	85	1.8	84	84	4	215	30	24	16	29	1.96
16833653--16833732	27	2.9	27	84	5	106	32	21	23	22	1.98
16841585--16841670	39	2.2	39	97	0	163	15	50	15	19	1.79
16844055--16844141	28	3.2	27	78	15	92	32	24	22	20	1.98
16844253--16844304	26	2.0	26	92	0	86	34	9	23	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16846245--16846364	39	3.0	40	89	2	172	26	20	25	26	1.99
16846265--16846388	39	3.2	39	87	1	158	28	20	25	26	1.99
16846314--16846398	39	2.2	39	86	0	116	27	22	27	23	1.99
16852579--16852679	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
16852608--16852679	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
16868867--16868912	15	3.2	15	71	22	53	28	21	2	47	1.62
16869703--16869790	43	2.0	43	84	4	115	35	20	13	30	1.91
16877217--16877255	19	2.1	19	100	0	78	38	25	10	25	1.87
16878692--16878720	8	3.6	8	100	0	58	13	0	34	51	1.42
16880178--16880218	6	6.8	6	100	0	82	14	0	0	85	0.60
16880513--16880537	12	2.1	12	100	0	50	32	44	16	8	1.76
16880305--16880582	139	2.0	139	97	0	529	30	27	15	26	1.96
16890170--16890229	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
16899043--16899129	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
16899198--16899497	49	6.1	49	96	0	519	30	27	9	33	1.87
16909596--16909826	48	4.9	48	75	9	233	26	19	24	29	1.98
16909596--16909826	96	2.5	94	81	7	267	26	19	24	29	1.98
16921662--16921700	17	2.3	17	100	0	78	28	10	28	33	1.90
16925352--16925430	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
16925302--16925501	47	4.2	48	90	3	291	28	31	8	32	1.87
16925302--16925504	96	2.1	94	89	3	300	28	30	8	32	1.87
16938149--16938209	25	2.4	27	76	13	67	36	3	1	59	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16944452--16944615	30	5.5	30	81	3	188	39	13	27	20	1.90
16944455--16944615	60	2.7	60	81	6	211	39	13	27	19	1.89
16944427--16944645	90	2.5	89	84	3	271	37	12	26	22	1.90
16944427--16944675	90	2.8	90	80	3	218	37	13	27	21	1.91
16949272--16949341	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
16957192--16957261	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
16963158--16963227	29	2.4	30	90	2	106	37	10	32	20	1.85
16963206--16963345	30	4.7	30	82	3	104	36	11	25	26	1.90
16968152--16968335	67	2.8	64	77	8	203	30	17	29	22	1.97
16970181--16970370	49	3.8	49	80	5	222	28	23	18	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318