genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.244.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  244  of  318  ( 38146 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76734335--76734364	14	2.1	14	93	0	51	26	30	6	36	1.82
76738875--76738904	14	2.1	14	93	0	51	26	30	6	36	1.82
76740792--76740888	29	3.3	29	72	5	88	37	10	28	23	1.88
76740792--76740917	58	2.2	58	88	2	182	37	11	28	23	1.89
76740812--76740955	29	5.0	30	74	6	136	36	13	29	20	1.91
76746533--76746700	90	1.9	89	82	5	212	25	26	19	28	1.99
76746679--76746779	48	2.2	46	84	10	129	34	20	12	31	1.91
76751138--76751197	30	2.0	29	84	9	77	28	25	6	40	1.80
76759006--76759172	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
76767006--76767172	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
76775877--76776006	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
76775893--76776043	40	3.8	40	78	6	146	22	26	23	27	2.00
76775893--76776041	80	1.9	79	83	6	194	22	26	24	26	2.00
76784036--76784102	28	2.3	29	87	2	100	29	31	13	25	1.94
76790936--76791074	42	3.2	43	74	5	129	29	16	22	31	1.96
76793282--76793351	27	2.5	28	88	2	106	27	14	27	31	1.95
76807475--76807658	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
76807515--76807703	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
76813994--76814160	67	2.5	66	81	7	169	31	16	29	22	1.96
76815288--76815316	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
76825720--76825755	16	2.2	16	95	0	63	47	13	25	13	1.80
76825988--76826056	28	2.4	29	90	2	104	24	14	34	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76830268--76830394	39	3.2	40	89	3	195	28	29	19	22	1.98
76846471--76846593	3	40.3	3	71	16	85	61	1	6	30	1.30
76848140--76848211	34	2.1	35	94	2	128	26	19	20	33	1.97
76848216--76848361	44	3.3	43	71	9	118	17	26	22	33	1.96
76848175--76848490	87	3.7	85	83	4	411	19	22	22	35	1.96
76848580--76848774	67	3.0	66	86	3	259	37	12	17	32	1.87
76853092--76853130	6	6.8	6	97	2	64	46	17	17	17	1.85
76856900--76857000	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
76856929--76857004	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
76864700--76864800	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
76864729--76864804	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
76866545--76866572	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
76866662--76866782	3	39.3	3	71	15	79	61	2	6	29	1.35
76866647--76866750	18	5.5	17	75	19	75	61	4	5	27	1.39
76870209--76870748	47	11.3	47	89	5	782	32	10	29	27	1.89
76870646--76870720	22	3.3	22	66	14	62	30	10	32	26	1.90
76870865--76870947	37	2.2	37	89	0	121	24	21	32	21	1.98
76878923--76879064	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
76878962--76879090	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
76886920--76887062	40	3.6	40	82	4	130	27	23	27	22	1.99
76886958--76887085	40	3.2	39	83	7	143	23	22	28	25	1.99
76897271--76897311	15	2.7	15	92	3	64	48	0	26	24	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76901391--76901521	42	3.0	44	83	8	146	24	16	28	30	1.97
76904670--76904875	53	3.8	54	78	5	202	20	24	16	37	1.93
76905213--76905270	30	1.9	30	85	0	80	25	27	6	39	1.81
76909269--76909307	13	3.0	13	100	0	78	15	0	30	53	1.42
76912101--76912193	27	3.4	27	79	10	100	36	22	22	18	1.95
76912082--76912193	54	2.1	54	86	3	154	38	22	21	17	1.93
76912082--76912176	27	3.5	26	79	8	100	41	21	21	16	1.91
76914510--76914615	27	3.9	27	85	11	137	36	22	24	16	1.94
76914507--76914615	54	2.0	54	87	7	159	37	22	24	15	1.93
76916029--76916129	24	4.2	24	93	0	148	24	39	1	33	1.67
76922406--76922511	27	3.9	27	83	11	128	36	21	24	16	1.94
76922403--76922511	54	2.0	54	85	7	150	37	21	24	16	1.93
76923923--76924022	24	4.2	24	92	0	155	26	41	1	32	1.63
76925342--76925375	5	6.4	5	87	12	50	79	2	0	17	0.86
76928432--76928602	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
76936551--76936721	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
76942549--76942626	22	3.5	22	87	3	86	16	29	24	29	1.97
76944530--76944830	149	2.0	150	94	1	534	31	10	25	32	1.90
76945554--76945595	19	2.2	19	87	8	59	14	21	42	21	1.88
76946136--76946178	22	2.0	22	85	0	59	16	23	25	34	1.95
76948887--76948987	44	2.3	44	82	3	123	16	26	23	32	1.96
76948916--76948993	22	3.5	22	70	3	59	14	25	25	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76952030--76952105	29	2.6	29	82	0	89	25	34	18	22	1.96
76952089--76952161	29	2.5	29	93	0	128	26	30	15	28	1.96
76952029--76952161	58	2.3	59	80	7	139	24	32	16	26	1.96
76954015--76954144	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
76954015--76954182	40	4.2	40	79	4	153	22	27	24	25	2.00
76961539--76961583	22	2.0	22	83	8	56	42	6	0	51	1.28
76963487--76963654	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
76978145--76978169	12	2.1	12	100	0	50	44	8	0	48	1.32
76988931--76989000	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
76990897--76991011	27	4.3	26	85	5	140	36	22	24	16	1.94
76990897--76991011	54	2.1	54	87	3	160	36	22	24	16	1.94
76992635--76992718	26	3.2	26	94	0	141	35	23	4	35	1.76
76998940--76999053	27	4.3	26	85	6	147	35	23	23	16	1.95
77000656--77000738	26	3.2	26	94	1	141	36	24	4	34	1.77
77000665--77000739	25	3.1	22	86	7	78	37	25	4	33	1.75
77001214--77001260	23	2.0	23	100	0	94	25	27	8	38	1.85
77005988--77006019	16	2.0	16	93	0	55	25	3	12	59	1.48
77006978--77007092	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
77006978--77007092	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
77008708--77008817	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
77013190--77013265	37	2.1	37	83	14	95	25	7	23	43	1.80
77014184--77014280	40	2.4	41	86	5	135	35	23	20	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77014184--77014287	20	5.2	20	74	4	93	34	22	21	22	1.97
77014184--77014318	40	3.4	39	81	10	132	35	20	21	22	1.96
77014307--77014383	40	1.9	40	86	0	109	40	25	19	14	1.89
77016017--77016106	24	3.8	24	83	0	99	20	18	17	43	1.88
77018252--77018390	43	3.3	43	77	13	144	29	14	27	28	1.95
77018253--77018406	84	1.8	83	83	6	204	29	14	27	28	1.96
77020198--77020260	30	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
77020469--77020632	23	7.1	23	90	4	251	28	20	21	29	1.98
77020469--77020633	45	3.6	47	91	4	282	28	20	21	29	1.98
77020681--77020747	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
77020681--77020736	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
77020784--77020831	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
77027043--77027105	30	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
77027316--77027503	23	8.1	23	92	5	281	27	21	21	29	1.99
77027309--77027504	69	2.8	70	93	3	324	27	21	21	29	1.99
77027309--77027504	46	4.2	48	91	7	314	27	21	21	29	1.99
77027551--77027617	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
77027551--77027606	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
77027654--77027701	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
77033930--77033993	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
77034200--77034351	24	6.4	24	91	3	245	28	21	20	29	1.98
77034200--77034351	71	2.1	71	93	1	259	28	21	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77034200--77034351	47	3.2	48	90	3	245	28	21	20	29	1.98
77034400--77034466	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
77034400--77034455	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
77034503--77034550	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
77036454--77036675	124	1.8	122	82	3	284	31	11	24	32	1.90
77036634--77036784	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
77036671--77036800	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
77036633--77036800	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
77046711--77046824	23	4.9	23	72	5	86	23	18	18	39	1.92
77046711--77046826	47	2.5	47	82	2	144	24	18	18	39	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318