genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26488574--26488601	13	2.2	13	100	0	56	32	0	35	32	1.58
26490091--26490145	26	2.2	26	83	3	67	27	21	18	32	1.96
26502940--26503009	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
26502940--26503021	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
26510763--26510832	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
26510763--26510844	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
26518581--26518649	27	2.6	27	95	4	122	28	13	27	30	1.94
26526046--26526195	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
26526070--26526253	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
26535116--26535950	119	7.0	119	94	0	1409	33	15	19	32	1.93
26537579--26537623	16	2.6	17	82	13	56	33	2	2	62	1.20
26537822--26538048	12	19.2	12	66	20	63	37	3	2	56	1.29
26537973--26538021	2	25.0	2	91	4	82	46	0	0	53	1.00
26538107--26538173	13	4.9	14	70	24	54	34	2	1	61	1.20
26551869--26551915	23	2.0	23	91	0	76	31	21	8	38	1.83
26557676--26557847	46	3.7	46	75	13	181	22	19	28	29	1.98
26557669--26557840	93	1.8	93	92	0	290	22	20	27	28	1.99
26560345--26560606	47	5.6	46	73	12	144	23	29	18	29	1.98
26569875--26569905	14	2.3	13	94	5	53	51	0	3	45	1.17
26570936--26570968	16	1.9	18	88	11	52	42	0	9	48	1.35
26575163--26575322	29	5.6	29	80	4	137	26	12	22	38	1.90
26575326--26575418	29	3.2	28	86	6	114	27	15	23	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26575219--26575424	106	1.9	107	82	6	258	26	14	21	37	1.92
26583161--26583297	23	5.9	24	77	11	108	37	19	18	24	1.94
26583161--26583297	46	2.9	47	78	9	147	37	19	18	24	1.94
26583176--26583306	69	1.9	69	82	6	167	35	20	19	25	1.96
26591932--26591968	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
26592879--26592927	24	1.9	25	84	12	64	63	0	0	36	0.95
26602382--26602423	22	2.0	22	85	4	59	21	23	40	14	1.90
26602857--26602967	57	1.9	57	100	0	222	25	28	17	28	1.97
26606286--26606369	30	2.6	33	78	14	95	45	23	0	30	1.53
26607119--26607165	5	9.4	5	100	0	94	59	0	0	40	0.97
26607123--26607217	27	3.6	26	79	13	88	52	0	2	45	1.12
26607148--26607219	29	2.6	27	72	16	67	50	0	2	47	1.15
26607258--26607314	26	2.2	26	96	0	105	26	10	8	54	1.63
26609259--26609359	28	3.5	28	83	6	105	29	25	14	29	1.95
26617174--26617245	28	2.5	28	91	6	110	29	26	13	30	1.94
26618799--26618973	89	2.0	86	96	3	323	33	16	12	37	1.86
26620042--26620080	17	2.2	18	86	4	53	10	43	30	15	1.80
26620166--26620229	24	2.7	24	87	0	101	31	45	10	12	1.77
26620166--26620234	12	5.8	12	76	6	77	30	46	11	11	1.76
26620885--26620958	37	2.0	37	94	0	130	39	36	12	12	1.80
26628123--26628251	46	2.8	46	92	0	222	19	19	29	31	1.96
26634343--26634372	13	2.3	13	94	0	51	36	30	10	23	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26635617--26635653	15	2.4	16	82	13	51	54	2	2	40	1.29
26635796--26635902	48	2.2	48	98	0	205	47	2	17	31	1.62
26637810--26637844	17	2.0	18	88	5	54	20	45	22	11	1.82
26638547--26638575	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
26639501--26639644	42	3.4	43	77	6	116	31	16	22	29	1.96
26639543--26639644	43	2.4	42	77	4	107	30	17	24	27	1.97
26640932--26641001	35	2.0	35	100	0	140	31	5	17	45	1.71
26642239--26642289	25	2.0	25	92	0	84	23	15	13	47	1.82
26646659--26646713	26	2.1	26	90	6	85	49	9	10	30	1.69
26649842--26649909	28	2.4	28	95	0	118	17	16	8	57	1.64
26651695--26651787	28	3.3	28	76	5	91	15	22	18	44	1.87
26652389--26652442	26	2.1	26	96	0	99	24	27	11	37	1.89
26659421--26659637	49	4.5	49	76	10	153	29	19	27	23	1.98
26659373--26659594	46	4.7	48	76	10	188	29	20	27	22	1.98
26670608--26670644	19	1.9	19	88	0	56	27	21	37	13	1.91
26681819--26681873	27	2.0	27	82	6	67	61	3	3	30	1.30
26682384--26682418	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
26683508--26683546	14	2.9	14	88	3	53	35	2	0	61	1.10
26690251--26690470	109	2.0	110	98	1	424	41	19	8	30	1.80
26696709--26696753	23	2.0	23	86	4	65	46	17	2	33	1.61
26696735--26696787	19	3.0	17	73	10	52	33	20	9	35	1.85
26696706--26696763	22	2.6	22	84	7	73	43	18	1	36	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26700534--26700612	39	2.0	39	95	0	140	29	21	12	36	1.90
26701887--26701931	23	2.0	23	86	4	65	48	15	4	31	1.65
26701884--26701941	22	2.6	22	84	7	73	44	17	3	34	1.65
26701913--26701965	19	3.0	17	73	10	52	33	20	9	35	1.85
26701897--26701941	23	2.0	23	91	4	74	40	17	4	37	1.70
26702891--26702988	27	3.6	27	77	2	90	37	7	25	29	1.83
26707161--26707227	26	2.5	26	78	9	73	32	1	1	64	1.12
26708921--26708992	31	2.3	31	80	0	90	34	18	11	36	1.86
26709722--26709759	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
26710842--26710872	6	5.2	6	92	0	53	12	16	35	35	1.87
26713597--26713635	19	2.1	18	86	13	53	15	2	0	82	0.79
26714216--26714304	36	2.5	36	84	0	124	37	5	39	17	1.74
26715626--26715658	11	3.0	11	91	8	50	63	3	0	33	1.10
26715794--26715900	52	2.1	52	94	1	189	67	8	10	14	1.42
26717466--26717511	21	2.2	21	92	0	74	17	34	23	23	1.96
26718658--26718695	13	2.9	13	92	0	58	26	23	2	47	1.65
26719439--26719472	15	2.2	16	89	5	52	61	11	2	23	1.43
26719851--26719885	16	2.2	16	90	10	54	28	17	2	51	1.59
26723634--26723665	9	3.6	9	91	0	55	25	12	25	37	1.91
26723717--26723753	9	4.1	9	89	0	56	45	10	10	32	1.74
26724116--26724177	17	3.5	17	75	18	54	22	30	0	46	1.52
26732451--26732499	26	1.9	25	83	4	62	40	2	16	40	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26736612--26736663	25	2.1	25	96	0	95	40	25	1	32	1.67
26738223--26738495	48	5.7	47	75	13	197	24	29	18	27	1.98
26738376--26738538	46	3.5	44	82	8	141	25	28	17	28	1.97
26746000--26746120	46	2.6	45	87	7	156	23	27	19	29	1.98
26748991--26749081	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
26749171--26749306	40	3.2	41	68	25	111	30	31	8	29	1.86
26749177--26749333	49	3.4	49	81	15	215	28	32	10	29	1.90
26755715--26755741	7	3.9	7	100	0	54	44	0	40	14	1.46
26755921--26755961	21	2.0	21	85	9	57	70	2	0	26	0.99
26756309--26756338	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
26770762--26770801	21	1.9	21	84	0	53	30	0	15	55	1.41
26771531--26771584	19	2.9	18	82	15	65	16	7	0	75	1.01
26781361--26781527	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
26789370--26789536	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
26791372--26791416	6	7.5	6	84	0	63	15	2	2	80	0.92
26794572--26794620	13	3.9	12	81	10	55	26	2	0	71	0.97
26794569--26794617	20	2.6	18	84	12	55	26	2	0	71	0.97
26800323--26800352	16	1.9	16	93	6	53	13	26	6	53	1.64
26809434--26809499	32	2.1	32	100	0	132	30	27	3	39	1.72
26812659--26812701	19	2.4	18	84	7	52	34	11	13	39	1.82
26812669--26812712	19	2.3	19	96	0	79	34	9	18	38	1.82
26820403--26820846	132	3.4	132	91	0	701	30	17	24	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26820790--26820897	44	2.4	44	89	3	162	28	16	28	25	1.97
26820869--26821579	205	3.5	205	93	1	1230	30	19	22	28	1.98
26821680--26821765	45	1.9	45	92	0	145	33	16	27	22	1.95
26822135--26822192	29	1.9	30	86	6	82	36	5	18	39	1.74
26824372--26824418	4	12.2	4	77	8	53	44	0	0	55	0.99
26824372--26824398	14	1.9	14	100	0	54	44	0	0	55	0.99
26824561--26824630	31	2.3	31	100	0	140	57	8	0	34	1.29
26827328--26827374	24	2.0	22	84	8	58	36	0	2	61	1.08
26827330--26827377	22	2.2	22	81	7	53	37	0	2	60	1.09
26828637--26828667	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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