genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.199.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  199  of  318  ( 38146 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62352390--62352425	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
62354390--62354487	39	2.6	37	77	4	99	54	4	6	35	1.45
62354955--62355033	34	2.5	30	79	15	88	5	6	11	77	1.11
62354954--62355051	35	2.9	35	89	7	150	6	5	14	74	1.18
62359562--62359603	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
62362320--62362364	22	2.1	22	84	12	58	51	4	17	26	1.65
62365241--62365296	26	2.2	26	96	0	103	37	25	7	30	1.82
62366083--62366203	63	1.9	63	82	0	152	28	23	21	27	1.99
62367988--62368127	72	1.9	72	100	0	280	25	30	10	33	1.90
62372178--62372296	46	2.5	46	78	8	116	24	28	19	27	1.98
62376215--62376322	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
62382168--62382275	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
62387936--62387968	18	1.9	17	88	11	50	45	0	0	54	0.99
62388256--62388288	16	2.1	16	88	11	50	27	15	15	42	1.86
62393162--62393217	25	2.2	26	81	12	62	64	1	1	32	1.14
62398042--62398090	24	2.0	25	84	4	64	34	20	22	22	1.97
62398098--62398151	26	2.2	25	86	6	74	33	22	27	16	1.95
62398565--62398613	24	2.0	25	84	4	64	34	20	22	22	1.97
62397674--62398723	523	2.0	523	95	0	1904	35	18	18	28	1.94
62400275--62400407	60	2.3	58	81	5	142	25	31	15	27	1.95
62400325--62400407	29	2.9	29	96	0	157	27	28	13	30	1.94
62408351--62408482	59	2.3	58	82	4	149	25	31	15	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62408400--62408482	29	2.9	29	96	0	157	27	28	13	30	1.94
62412535--62412662	49	2.6	49	85	4	179	24	27	20	28	1.99
62412729--62412848	46	2.6	45	79	7	136	24	30	16	29	1.97
62413497--62413547	20	2.7	20	77	19	56	35	21	1	41	1.65
62418232--62418358	45	2.9	45	85	8	147	23	27	23	25	2.00
62418688--62418820	43	3.1	43	88	2	189	31	33	23	12	1.91
62418797--62418993	38	5.1	38	86	2	277	29	23	22	23	1.99
62422607--62422663	20	2.9	19	74	12	53	47	15	0	36	1.46
62424425--62424480	30	1.9	28	82	7	67	32	17	3	46	1.66
62432733--62432789	20	2.9	19	74	12	53	47	15	0	36	1.46
62441681--62441918	38	6.2	38	81	3	255	23	21	24	30	1.99
62444636--62444723	40	2.2	39	84	9	108	43	0	18	38	1.50
62444627--62444734	13	8.2	13	78	2	81	43	0	18	37	1.50
62450105--62450183	25	3.2	24	80	3	86	29	26	12	31	1.93
62464091--62464119	14	2.0	15	93	6	51	24	0	20	55	1.44
62467281--62467394	27	4.2	26	84	8	129	36	21	23	18	1.95
62467281--62467394	55	2.1	54	85	4	149	36	21	23	18	1.95
62467809--62467840	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
62475081--62475193	27	4.2	26	82	8	109	37	19	23	19	1.94
62475082--62475189	55	2.0	54	81	5	128	37	17	24	20	1.93
62475100--62475193	28	3.4	28	79	5	102	35	20	24	20	1.96
62480646--62480832	41	4.6	41	75	2	169	18	19	25	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62486899--62487049	20	7.6	20	87	0	185	37	29	19	13	1.90
62490947--62491096	20	7.6	20	82	0	167	39	26	20	14	1.90
62490947--62491096	40	3.8	40	81	0	194	39	26	20	14	1.90
62494990--62495071	20	4.4	20	68	22	54	37	25	18	18	1.93
62495021--62495191	20	8.6	20	80	0	189	39	26	18	15	1.90
62498995--62499164	20	8.9	20	77	8	165	35	24	24	15	1.94
62504289--62504490	49	4.1	49	96	0	350	34	8	26	30	1.87
62504559--62504682	37	3.3	37	96	3	223	20	20	33	25	1.97
62510473--62510518	20	2.1	22	88	11	69	15	4	0	80	0.86
62510473--62510511	11	3.6	12	77	22	50	12	5	0	82	0.83
62514412--62514537	41	3.1	40	83	8	155	19	19	23	38	1.93
62524204--62524247	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
62526062--62526130	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
62528508--62528551	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
62530364--62530432	28	2.5	28	92	2	113	43	26	10	20	1.83
62539066--62539098	12	2.8	12	100	0	66	18	0	42	39	1.50
62541424--62541544	57	2.1	58	87	3	174	24	31	15	28	1.96
62541444--62541544	29	3.5	28	94	2	175	25	29	14	29	1.95
62549402--62549522	57	2.1	58	87	3	174	24	31	15	28	1.96
62549422--62549522	29	3.5	28	94	2	175	25	29	14	29	1.95
62553355--62553410	3	18.3	3	96	3	103	67	0	0	32	0.91
62553613--62553639	14	1.9	14	100	0	54	40	22	0	37	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62554187--62554240	19	2.8	19	83	8	56	57	3	18	20	1.55
62554217--62554248	8	4.1	8	96	4	57	53	0	21	25	1.46
62555230--62555314	43	2.0	43	90	0	134	17	28	30	23	1.97
62555610--62555703	49	1.9	49	91	4	154	43	8	22	25	1.81
62557826--62558008	48	3.9	48	77	9	180	29	25	18	26	1.98
62572177--62572315	48	3.0	48	85	14	229	35	5	26	31	1.80
62572206--62572291	41	2.1	41	100	0	172	37	4	26	31	1.77
62572296--62572333	18	2.1	18	100	0	76	39	0	26	34	1.57
62572248--62572381	66	2.0	66	100	0	268	36	4	26	32	1.77
62572314--62572429	48	2.4	48	94	0	196	34	5	30	30	1.79
62572207--62572432	114	2.0	107	90	5	353	34	4	29	30	1.78
62572570--62572678	37	2.9	37	95	2	193	23	19	31	25	1.98
62575648--62575674	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
62575690--62575918	118	2.0	114	86	11	324	33	4	6	55	1.47
62578967--62579068	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
62586855--62586956	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
62589411--62589607	64	3.2	63	86	8	255	48	9	7	34	1.65
62597953--62598122	46	3.7	45	72	13	141	28	28	20	22	1.98
62597960--62598132	93	1.9	93	85	4	242	27	27	20	24	1.99
62603673--62603880	40	5.2	40	81	2	229	25	22	26	25	2.00
62606337--62606443	43	2.5	43	85	0	142	26	13	27	33	1.93
62606345--62606460	43	2.7	42	82	5	133	25	13	26	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62620898--62621064	43	3.9	42	75	13	153	24	17	28	29	1.97
62622440--62622603	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
62629541--62629704	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
62629541--62629738	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
62640594--62640708	54	2.1	54	87	3	160	35	21	23	19	1.96
62640601--62640707	27	3.9	27	87	3	144	35	20	24	19	1.96
62640626--62640704	28	3.0	24	82	10	70	34	22	24	18	1.97
62640810--62640872	27	2.3	27	88	0	99	25	4	26	42	1.75
62641515--62641544	8	3.8	8	90	0	51	3	23	23	50	1.64
62640877--62641655	393	2.0	393	91	0	1281	30	25	15	29	1.96
62643157--62643225	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
62643834--62643892	27	2.2	27	81	6	66	27	18	27	27	1.98
62643845--62643907	27	2.3	27	91	0	99	23	15	20	39	1.91
62643890--62644042	27	5.7	27	82	0	189	31	8	18	41	1.81
62643860--62644042	54	3.4	51	83	7	206	30	10	19	39	1.85
62643890--62644056	54	3.1	54	92	0	262	31	8	20	39	1.82
62643890--62644164	27	10.2	27	82	1	165	36	8	20	34	1.84
62643898--62644167	54	5.0	54	84	1	220	37	8	19	34	1.83
62643898--62644164	81	3.3	81	79	1	230	36	8	19	34	1.84
62644035--62644292	27	9.6	27	86	4	324	40	8	22	29	1.83
62644035--62644298	107	2.5	107	85	4	309	40	7	23	28	1.82
62644036--62644292	134	1.9	135	89	2	401	40	8	22	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62648929--62649000	29	2.6	29	84	4	94	23	31	16	27	1.96
62656739--62656809	29	2.6	29	88	6	112	26	32	15	25	1.95
62660756--62660825	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
62660756--62660837	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
62667683--62667806	57	2.2	57	85	4	160	44	7	19	29	1.77
62678346--62678460	43	2.7	43	81	11	137	26	15	23	34	1.95
62678306--62678478	43	4.0	43	73	12	131	25	15	25	34	1.94
62685283--62685438	43	3.7	43	81	2	181	31	25	13	29	1.94
62694888--62694992	40	2.6	40	80	8	115	25	22	26	24	2.00
62698382--62698441	27	2.3	26	82	2	66	33	20	25	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318