genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21186459--21186495	16	2.4	16	90	4	58	0	24	0	75	0.80
21187084--21187130	19	2.6	17	83	6	58	14	25	46	12	1.80
21189671--21189801	46	2.8	45	80	6	156	22	20	27	29	1.98
21192696--21192771	15	5.2	15	75	7	68	11	15	15	56	1.67
21192716--21192782	14	4.6	14	76	7	62	10	16	16	56	1.66
21195166--21195337	45	3.8	45	78	12	208	20	20	29	29	1.98
21195162--21195330	91	1.9	91	94	2	304	21	20	29	28	1.98
21203708--21203748	18	2.3	18	91	4	66	78	2	4	14	1.03
21211638--21211888	41	6.1	41	93	1	412	35	23	23	18	1.96
21212046--21212150	14	7.2	14	70	8	66	29	0	24	44	1.60
21212059--21212138	21	3.6	21	73	12	79	30	1	25	43	1.62
21217059--21217128	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
21224996--21225065	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
21228353--21228422	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
21228353--21228451	30	3.5	28	87	4	119	30	28	15	26	1.96
21236287--21236356	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
21240068--21240108	19	2.2	19	86	4	57	21	2	4	70	1.18
21240355--21240500	43	3.4	43	89	1	213	23	19	30	26	1.98
21243991--21244209	24	9.1	24	94	0	357	36	25	17	20	1.95
21246860--21246938	41	1.9	41	94	0	140	35	12	13	37	1.83
21257303--21257501	44	4.6	44	79	10	196	30	26	18	24	1.98
21262164--21262198	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21262715--21262843	68	1.9	67	84	4	170	43	11	11	33	1.77
21266924--21266973	21	2.4	21	100	0	100	52	0	4	44	1.20
21266945--21266983	16	2.5	15	83	4	51	48	0	7	43	1.31
21268395--21268436	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
21269317--21269481	46	3.6	46	88	0	231	22	21	12	43	1.86
21273091--21273212	45	2.7	45	88	0	163	33	29	15	21	1.94
21276384--21276422	19	2.1	19	100	0	78	25	35	10	28	1.89
21281324--21281575	127	2.0	127	90	3	402	41	17	12	28	1.86
21284631--21284657	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
21291487--21291621	69	2.0	69	96	0	252	28	32	11	26	1.92
21296335--21296435	42	2.4	42	90	6	152	38	3	4	52	1.42
21297947--21298108	87	1.9	86	88	1	243	37	22	16	24	1.94
21302794--21302821	11	2.5	11	100	0	56	46	10	17	25	1.80
21310125--21310227	27	3.8	27	86	0	134	34	15	27	22	1.94
21321299--21321416	5	23.6	5	98	0	227	39	19	0	40	1.52
21326976--21327025	3	16.7	3	100	0	100	32	0	0	68	0.90
21328888--21328955	34	2.0	34	88	0	100	27	4	25	42	1.74
21328923--21329008	42	2.0	42	93	0	145	29	6	22	41	1.79
21341201--21341246	19	2.4	19	96	0	83	41	4	10	43	1.59
21344300--21344341	20	2.1	20	100	0	84	61	4	4	28	1.36
21345541--21345656	43	2.7	43	95	0	205	24	24	2	49	1.63
21345541--21345669	43	3.0	43	89	0	141	24	21	4	49	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21348502--21348699	69	2.9	69	75	0	180	21	23	19	35	1.95
21352201--21352364	42	3.8	42	72	6	105	28	16	23	31	1.96
21352206--21352366	87	1.9	84	81	3	196	27	16	24	31	1.97
21358681--21358709	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
21362483--21362641	29	5.6	29	79	7	173	36	9	27	27	1.87
21362482--21362640	56	2.8	58	80	7	191	36	10	27	26	1.88
21362482--21362671	58	3.3	58	76	9	199	36	9	27	26	1.87
21375215--21375272	29	2.0	29	83	10	73	58	12	8	20	1.59
21378017--21378052	13	2.8	13	91	8	56	33	0	22	44	1.53
21387434--21387473	21	2.0	20	85	14	55	30	0	2	67	1.04
21387428--21387481	25	2.1	26	83	10	67	31	0	1	66	1.02
21388377--21388408	3	10.7	3	93	0	55	68	0	31	0	0.90
21389161--21389204	23	1.9	23	100	0	88	22	0	22	54	1.45
21390413--21390459	11	4.5	11	82	7	55	34	0	0	65	0.93
21393176--21393251	38	2.0	38	100	0	152	34	5	15	44	1.69
21397961--21398004	22	2.0	22	90	0	70	34	29	6	29	1.83
21399585--21399740	84	1.9	83	81	10	192	37	13	19	28	1.90
21405676--21405835	32	5.0	32	89	0	248	34	11	10	44	1.74
21405676--21405837	64	2.5	64	94	0	279	34	11	9	44	1.73
21410793--21411102	55	5.7	54	82	8	353	22	24	17	34	1.96
21410798--21411093	108	2.7	108	92	0	484	22	24	18	34	1.96
21411083--21411202	47	2.6	47	95	0	213	25	23	14	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21411294--21411380	44	2.0	44	88	4	131	24	27	13	34	1.93
21415672--21415812	40	3.5	40	83	1	158	22	28	22	26	1.99
21415672--21415853	39	4.6	40	80	4	163	22	26	23	28	1.99
21428748--21428898	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
21428785--21428914	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
21430602--21430676	38	2.0	38	84	7	100	37	25	5	32	1.78
21432088--21432214	45	2.9	45	84	3	152	26	27	22	23	1.99
21432212--21432675	38	12.1	38	90	2	678	29	25	22	21	1.99
21432212--21432675	116	4.0	115	90	2	682	29	25	22	21	1.99
21432212--21432675	154	3.0	154	93	1	754	29	25	22	21	1.99
21432956--21433039	43	1.9	44	85	2	116	25	30	20	23	1.98
21434094--21434128	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
21456084--21456122	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
21457679--21457746	26	2.6	27	85	4	102	27	22	16	33	1.95
21464230--21464334	35	3.0	35	78	5	113	43	13	14	28	1.83
21465056--21465097	19	2.2	19	86	4	57	19	2	50	28	1.60
21469168--21469208	15	2.7	15	96	0	73	58	14	0	26	1.37
21477951--21478158	40	5.2	39	83	6	231	25	22	27	25	2.00
21484977--21485179	40	5.1	39	82	5	201	25	21	26	26	2.00
21492932--21493001	15	4.5	16	74	10	65	32	11	8	47	1.70
21492935--21493003	32	2.2	29	80	12	75	33	13	8	44	1.74
21494210--21494309	24	4.0	24	81	10	119	40	16	20	24	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21494206--21494308	52	2.0	52	90	0	161	38	15	21	24	1.92
21494345--21494532	51	3.7	51	87	5	238	33	13	23	28	1.93
21496814--21496896	28	3.0	28	98	0	157	43	24	0	32	1.54
21505196--21505225	5	6.0	5	96	0	51	23	20	16	40	1.91
21505304--21505510	27	7.7	27	79	9	199	37	18	16	27	1.92
21505310--21505510	54	3.7	54	86	4	253	38	18	15	27	1.91
21508752--21508795	18	2.4	18	88	0	61	47	18	15	18	1.83
21509118--21509295	27	6.6	27	92	0	257	35	22	15	25	1.94
21509476--21509510	17	2.0	18	88	5	54	14	37	34	14	1.86
21518614--21518725	19	5.8	19	86	9	156	37	10	16	35	1.83
21518604--21518689	36	2.4	35	85	14	115	38	10	15	36	1.81
21519100--21519148	2	26.5	2	80	15	52	40	0	0	59	0.98
21519100--21519157	30	2.0	30	96	3	109	37	0	0	62	0.96
21519108--21519157	13	3.5	13	80	19	64	36	0	0	64	0.94
21524943--21525004	33	1.9	32	83	9	81	16	19	8	56	1.64
21526968--21527192	40	5.7	40	90	6	316	24	20	27	27	1.99
21526968--21527225	119	2.2	119	82	9	296	25	20	27	26	1.99
21531328--21531365	18	2.1	18	100	0	76	10	5	10	73	1.23
21532632--21532693	22	2.9	22	83	11	67	48	22	0	29	1.51
21533063--21533131	34	2.0	34	83	10	88	28	0	26	44	1.54
21533083--21533177	21	4.6	21	71	7	68	21	1	33	44	1.59
21533087--21533164	41	1.9	41	89	0	120	21	1	34	42	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21533135--21533227	7	13.1	7	71	6	55	15	3	36	45	1.62
21533075--21533227	42	3.7	40	76	10	137	18	1	33	45	1.61
21533116--21533238	49	2.5	49	85	6	153	15	2	35	46	1.59
21533205--21533235	15	2.1	15	93	0	53	12	0	45	41	1.42
21533499--21533716	84	2.6	84	85	3	244	31	16	21	30	1.95
21533524--21533716	84	2.3	84	89	1	280	34	17	19	29	1.94
21535983--21536061	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
21536168--21536196	10	2.9	10	100	0	58	31	10	6	51	1.62
21540427--21540502	9	8.1	9	77	8	71	48	19	0	31	1.49
21540444--21540502	21	3.0	21	82	7	70	47	22	0	30	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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