genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.279.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88267976--88268014	16	2.4	16	83	8	53	15	2	2	79	0.95
88272418--88272457	16	2.4	17	88	12	57	17	2	0	80	0.83
88284185--88284234	25	2.0	25	100	0	100	20	12	20	48	1.80
88284665--88284718	25	2.2	26	90	6	85	35	3	7	53	1.47
88286826--88286858	13	2.8	12	90	9	50	36	0	12	51	1.39
88286887--88286924	10	3.8	10	83	13	51	23	7	2	65	1.32
88294437--88294493	18	3.1	19	75	5	55	17	5	0	77	0.95
88295991--88296023	13	2.8	12	90	9	50	36	0	12	51	1.39
88296051--88296089	10	3.9	10	80	12	53	20	7	2	69	1.26
88297696--88297759	24	2.7	24	82	0	83	50	6	6	37	1.53
88301457--88301659	41	5.0	41	85	1	237	32	24	21	21	1.98
88301824--88301875	14	3.7	14	81	0	59	26	0	25	48	1.52
88301928--88302027	7	14.0	7	71	14	62	21	0	41	38	1.53
88304514--88304706	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
88304544--88304706	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
88312486--88312678	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
88312516--88312678	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
88316667--88316758	29	3.1	29	98	1	175	30	8	13	47	1.72
88318435--88318539	43	2.4	43	90	0	156	23	18	30	27	1.97
88327144--88327180	12	3.1	13	81	18	53	62	0	0	37	0.96
88327748--88327791	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
88342368--88342425	24	2.4	24	75	13	64	20	20	15	43	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88348923--88348978	2	28.0	2	100	0	112	50	50	0	0	1.00
88348978--88349006	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
88349670--88349716	21	2.1	24	88	11	73	0	23	2	74	0.93
88349709--88349755	24	2.0	24	83	8	60	4	17	4	74	1.14
88356384--88356523	60	2.3	59	84	10	169	27	24	18	29	1.98
88356513--88356568	19	2.8	20	81	2	60	33	26	16	23	1.95
88357939--88357970	4	8.0	4	100	0	64	75	0	0	25	0.81
88359672--88359760	21	4.2	21	76	11	83	26	26	26	19	1.99
88359672--88359752	42	1.9	42	94	0	144	27	23	29	19	1.98
88359685--88359773	42	2.1	42	87	0	124	25	26	30	16	1.97
88363487--88363595	28	3.9	27	83	8	128	25	30	15	28	1.96
88364956--88364987	16	2.0	16	100	0	64	12	6	31	50	1.65
88366953--88367092	60	2.3	59	84	10	169	27	25	18	29	1.98
88367082--88367127	20	2.3	20	85	3	67	28	30	17	23	1.97
88380029--88380076	24	2.0	24	100	0	96	25	29	8	37	1.85
88389090--88389201	25	4.5	25	74	8	95	18	22	21	37	1.94
88395677--88395717	14	2.7	15	88	7	57	56	2	0	41	1.13
88395737--88395792	28	2.0	28	96	0	103	35	8	14	41	1.77
88396245--88396289	14	3.1	14	82	14	56	68	6	2	22	1.24
88396250--88396289	16	2.8	13	82	17	53	70	7	2	20	1.24
88398133--88398216	41	2.0	41	100	0	168	26	21	10	41	1.85
88401001--88401058	25	2.4	24	80	5	64	46	13	0	39	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88402359--88402398	20	2.0	21	85	5	55	50	0	5	45	1.23
88403014--88403039	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
88404127--88404323	99	2.0	99	89	4	299	37	4	6	51	1.47
88405110--88405179	31	2.3	31	89	0	104	44	14	11	30	1.80
88407941--88407967	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
88414055--88414188	65	2.1	65	100	0	268	22	17	26	33	1.96
88417003--88417065	28	2.2	28	88	0	90	30	6	31	31	1.83
88422416--88422478	28	2.2	28	80	0	72	33	6	28	31	1.82
88424075--88424152	35	2.2	36	79	6	88	69	10	3	16	1.32
88431052--88431092	21	2.0	21	85	4	57	51	9	9	29	1.67
88431458--88431563	33	3.2	32	69	12	79	62	5	4	27	1.38
88433892--88433935	18	2.4	18	85	10	63	38	2	2	56	1.24
88434419--88434467	25	2.0	25	88	8	73	46	6	0	46	1.27
88444850--88444897	18	2.6	19	77	12	55	62	0	2	35	1.07
88446918--88447179	129	2.0	130	90	0	409	28	11	19	41	1.85
88447601--88447631	15	2.1	15	93	0	53	35	12	9	41	1.76
88449577--88449637	28	2.1	28	84	9	77	34	9	1	54	1.44
88449676--88449755	10	8.3	10	70	19	55	58	1	3	36	1.24
88450518--88450550	15	2.2	15	94	0	57	27	9	12	51	1.69
88454564--88454601	16	2.4	16	86	8	51	57	0	10	31	1.32
88457730--88457783	26	2.0	26	85	7	72	24	20	0	55	1.43
88458126--88458188	27	2.5	26	82	12	71	31	25	0	42	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88458205--88458243	20	2.1	19	90	9	62	38	20	0	41	1.53
88458532--88458617	43	2.0	43	100	0	172	34	25	0	39	1.56
88458994--88459050	8	6.4	8	75	20	51	59	0	1	38	1.08
88458992--88459039	18	2.7	18	84	9	64	58	0	2	39	1.10
88463450--88463603	43	3.6	43	80	8	145	27	14	22	34	1.94
88463494--88463603	42	2.6	43	77	12	127	29	16	22	31	1.96
88466626--88466727	37	2.6	37	74	7	96	32	25	16	25	1.96
88466908--88466946	20	2.1	19	90	9	62	38	20	0	41	1.53
88467676--88467764	5	17.2	5	76	12	74	57	2	1	39	1.19
88467676--88467763	24	3.4	27	71	19	80	56	2	1	39	1.19
88467674--88467753	29	2.7	30	82	9	92	56	2	1	40	1.21
88467688--88467758	16	4.6	16	76	15	69	59	2	1	36	1.21
88467688--88467767	16	4.9	16	69	14	56	60	2	1	36	1.18
88475065--88475121	22	2.6	22	80	0	78	36	15	10	36	1.82
88480102--88480168	25	2.6	25	81	9	82	28	7	28	35	1.84
88480098--88480168	13	5.5	13	78	9	83	26	8	26	38	1.85
88482186--88482420	72	3.3	72	90	1	375	56	14	5	22	1.61
88482853--88482900	18	2.7	18	100	0	96	37	12	14	35	1.84
88491135--88491183	21	2.3	22	85	7	73	44	14	4	36	1.64
88491980--88492074	35	2.7	35	77	11	95	42	1	4	52	1.27
88492271--88492320	21	2.4	21	89	0	73	32	34	8	26	1.85
88498134--88498207	18	4.1	18	72	11	62	40	1	1	56	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88498474--88498513	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
88498980--88499030	20	2.6	21	79	14	65	54	0	0	45	0.99
88500450--88500499	22	2.3	22	85	0	73	62	8	8	22	1.49
88507338--88507395	21	2.8	21	92	5	91	29	24	29	17	1.97
88507585--88507626	18	2.3	19	84	12	52	40	19	2	38	1.64
88507789--88507846	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
88509116--88509147	5	6.2	5	96	3	55	56	0	0	43	0.99
88509173--88509205	8	4.1	8	100	0	66	63	0	0	36	0.95
88511604--88511673	17	3.8	18	69	22	56	50	12	1	35	1.50
88511959--88512005	23	2.0	24	84	12	62	38	0	2	59	1.09
88516493--88516602	51	2.2	52	86	3	152	28	20	12	39	1.89
88518243--88518302	29	2.1	29	100	0	120	41	6	0	51	1.28
88520673--88520701	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
88524753--88525142	88	4.5	88	83	5	420	21	23	19	36	1.95
88524768--88525096	172	1.9	176	85	3	468	21	22	20	36	1.95
88531557--88531605	25	2.0	24	84	4	62	18	4	24	53	1.62
88531728--88531765	13	2.9	13	88	7	51	60	2	0	36	1.11
88531912--88531955	23	1.9	23	86	9	63	31	4	9	54	1.52
88532714--88532790	19	3.9	19	68	17	59	57	1	0	41	1.07
88532842--88532874	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
88534898--88534944	17	2.7	18	81	15	62	57	2	2	38	1.23
88541273--88541368	21	4.5	21	89	2	129	36	27	22	13	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88541756--88541813	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
88544004--88544142	62	2.2	62	96	0	251	48	7	6	37	1.58
88544063--88544097	14	2.5	14	90	0	52	42	2	5	48	1.41
88546236--88546273	18	2.1	18	85	9	51	21	26	10	42	1.85
88551469--88551621	62	2.5	62	83	2	191	23	28	23	24	1.99
88553653--88553929	50	5.5	50	92	0	446	26	22	15	35	1.94
88556136--88556306	10	17.9	10	67	21	66	61	2	0	34	1.15
88556168--88556290	17	7.2	18	66	18	59	65	3	0	31	1.09
88556182--88556337	67	2.3	67	96	1	285	62	3	0	33	1.16
88556214--88556330	10	11.9	10	71	16	50	58	2	0	37	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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